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SNP-STR标记在不平衡DNA混合物次要成分分析中的有限价值

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中国法医学杂志 2024年第6期39卷 710-716页

作者：易少华潘超黄代新肖超华中科技大学同济医学院法医学系

目的评估基于PCR扩增的SNP-STR分型方法在不平衡DNA混合物次要成分分析中的应用价值。方法采用ARMS技术建立SNP-STR荧光多重PCR分型方法，检测中国汉族人群321个无关个体中6个SNP-STR标记的基因型，评估其遗传多态性参数；检测该技术... 详细信息

目的评估基于PCR扩增的SNP-STR分型方法在不平衡DNA混合物次要成分分析中的应用价值。方法采用ARMS技术建立SNP-STR荧光多重PCR分型方法，检测中国汉族人群321个无关个体中6个SNP-STR标记的基因型，评估其遗传多态性参数；检测该技术在单一DNA样本中获得成功分型的灵敏度，检测该技术在两个体DNA混合物分析中的有效信息概率，检测该技术在不同比例DNA混合物中获得次要成分基因型的最大混合比例。结果 6个SNP-STR荧光多重PCR技术获得全部基因型的最小DNA输入量为62.5 pg，可从混合比例高达100∶1的两个体混合DNA中获得次要成分的SNP-STR基因型。随着混合比例的增加，主要成分stutter峰信号的增强可能影响次要成分等位基因峰的准确判断。6个标记对中国中部汉族人群混合物分析的信息概率为0.356 2。在法医不平衡混合物检测中，这些SNP-STR标记比STR具有更强的鉴别能力。结论在法医混合物检测中，SNP-STR标记比STR具有更强的鉴别能力，但不平衡混合物主要成分stutter峰问题可能限制了SNP-STR标记在不平衡DNA混合物次要成分分析中的应用价值。

关键词：不平衡DNA混合物 SNP-STR 次要成分多重分析 ARMS

人外周血FoxO3a mRNA表达随龄变化规律的初步研究

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中国法医学杂志 2013年第4期28卷 307-309页

作者：陈琦童琳易少华刘宇轩胡清清黄代新华中科技大学同济医学院法医学系湖北武汉430030

目的评估人外周血中FoxO3a mRNA表达的随龄变化规律,为法医学个体年龄推断寻找新的分子指标。方法采集80个健康无关个体血样,按年龄分为8组:≤9岁、10～19岁、20～29岁、30～39岁、40～49岁、50～59岁、60～69岁、≥70岁组,每组10人。... 详细信息

目的评估人外周血中FoxO3a mRNA表达的随龄变化规律,为法医学个体年龄推断寻找新的分子指标。方法采集80个健康无关个体血样,按年龄分为8组:≤9岁、10～19岁、20～29岁、30～39岁、40～49岁、50～59岁、60～69岁、≥70岁组,每组10人。提取总RNA后,用实时定量RT-PCR技术检测FoxO3a mRNA的表达水平。结果人外周血FoxO3a mRNA表达随年龄的增长而逐渐增加,具有良好的相关性(r=0.841,P<0.01),以年龄分组为自变量,FoxO3a mRNA表达水平为因变量,可得拟合曲线Y=0.001e0.418x。结论人外周血中FoxO3a mRNA表达具有较强的年龄特征,有望成为年龄推断的有用指标之一。

关键词：法医遗传学 FoxO3a mRNA 年龄推断

DNA甲基化在组织/体液来源鉴定中的研究进展

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中国法医学杂志 2016年第6期31卷 591-594页

作者：贾雲舒曹中围张文琼肖超韦甜易少华华中科技大学同济医学院法医学系湖北武汉430030 长江航运公安局宜昌分局刑事侦查支队湖北宜昌443000

对可疑生物样本的组织/体液进行来源鉴别是重建犯罪现场、推断犯罪性质等侦查活动中极为重要的一环。对表观遗传学理论的研究证明运用基因组中存在的组织特异性DNA甲基化差异位点(t DMRs)可以对组织/体液进行来源鉴别。本文旨在通过对... 详细信息

对可疑生物样本的组织/体液进行来源鉴别是重建犯罪现场、推断犯罪性质等侦查活动中极为重要的一环。对表观遗传学理论的研究证明运用基因组中存在的组织特异性DNA甲基化差异位点(t DMRs)可以对组织/体液进行来源鉴别。本文旨在通过对近年来DNA甲基化在法医学领域用于鉴定人体组织/体液来源方面的研究成果进行阐述,试图用所得到的信息来分析DNA甲基化作为一种组织/体液鉴定遗传学标记的可能性、优劣点及其应用价值和发展前景,以期能为法医工作者的相关研究及实践提供参考。

关键词：法医物证学表观遗传学 DNA甲基化组织/体液来源鉴别

Typing of 24 mtDNA SNPs in a Chinese Population Using SNaPshot Minisequencing

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Journal of Huazhong University of Science and Technology(Medical Sciences) 2010年第3期30卷 291-298页

作者：黄代新桂程易少华杨庆恩杨荣芝梅焜 Faculty of Forensic Medicine Tongji Medical CollegeHuazhong University of Science and Technology

Three SNaPshot multiplex assays were developed to test 23 coding region single nucleotide polymorphisms(SNPs) and one control region SNP outside hypervariable regions(HVR)Ⅰand Ⅱ,which was aimed at increasing the discrimination power of the mitochondrial DNA(mtDNA) typing in forensic casework,and confirming haplogroup assignments of mtDNA profiles in both human population studies and medical *** selected SNPs targeted the East Asian *** multiplex assays were validated by comparing with the sequencing analysis of samples chosen *** mtDNA variations of 100 unrelated individuals from the Wuhan population in China were examined and classified into 31 haplotypes,and the haplotype diversity was estimated to be *** multiplex SNaPshot method is rapid and robust,and suitable for large-scale screening studies of mtDNA variability.

关键词： mtDNA SNP SNaPshot minisequencing haplotype haplogroup

湖北汉族人群15个STR基因座的遗传多态性

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华中科技大学学报（医学版） 2010年第1期39卷 91-93页

作者：易少华杨荣芝梅焜杨庆恩余纯应华中科技大学同济医学院法医学系武汉430030

目的调查湖北汉族人群15个STR基因座(D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA,TPOX,D18S51,D5S818,FGA)的遗传多态性分布。方法采用Identifiler试剂盒复合扩增305例湖北汉族个体的15个STR基因座,产物经3130遗传分析仪电泳分离和分型检测,分析检验基因座的遗传学参数:基因频率、杂合度、多态信息含量(PIC)、个体识别能力(DP)、非父排除概率(PE)和遗传平衡状态。结果305名无关个体共检测到15个STR基因座的146个等位基因,各基因座基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。13个STR基因座的PIC>0.5,14个STR基因座的DP>0.8,12个STR基因座的PE>0.5;累积个体识别力>0.999 999 999,累积非父排除率>0.999 998 8。结论湖北汉族人群15个STR基因座的绝大多数基因座具有较高的遗传多态性,其群体遗传学数据可用于本地人类遗传学、法医亲子鉴定和个体识别等研究领域。

关键词： STR基因座遗传多态性基因频率汉族湖北

A novel corneal adhesive based on functionally coupled PEG-lysozyme hydrogel for wound closure after surgical eye surgery

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Chinese Chemical Letters 2022年第9期33卷 4321-4325页

作者： shaohua Zhang Hang Zhou Chang Huang Jianguo Sun Xue Qu yi Lu Eye Institute and Department of Ophthalmology NHC Key Laboratory of Myopia(Fudan University)Key Laboratory of MyopiaChinese Academy of Medical SciencesShanghai Key Laboratory of Visual Impairment and RestorationEye&ENT HospitalFudan UniversityShanghai 200031China Key Laboratory for Ultrafine Materials of Ministry of Education School of Material Science and EngineeringEast China University of Science and TechnologyShanghai 200237China

Corneal wound closure for surgical eye surgeries or accidents is typically performed to prevent pathogens from the sterile intraocular environment and avoid potential postoperative *** adhesives are increasingly employed for corneal wound closure with superior treatment efficiency and less adverse *** this study,we successfully develop a novel corneal adhesive based on functionally coupled PEG-lysozyme(PEG-LZ)hydrogels for wound closure after surgical eye ***-LZ hydrogels have plenty of micropores and gradually decreased pore size with increasing concentration from 10%,15%to 20%(w/v),in which PEG-LZ(15%)represents the suitable pH value,gelation time and elastic ***-LZ hydrogels have no in vitro cytotoxicity and excellent ex vivo wound closure effectiveness in porcine *** in vivo wound sealant in rabbit eyes by PEG-LZ hydrogels presents a superior therapeutic effect compared with the conventional methods of stromal hydration and suture,in terms of the wound closure percent,mean corneal thickness,percent of wound gaping,and the Descemet membrane ***-LZ hydrogels do not induce obvious histological pathology *** PEG-LZ corneal adhesive is considered as a tissue adhesive alternative for wound closure after surgical eye surgeries.

关键词： Corneal adhesive Hydrogel Wound closure Polyethylene glycol(PEG) Lysozyme

Data Comparison and Software Design for Easy Selection and Application of CRISPR-based Genome Editing Systems in Plants

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2021年第6期19卷 937-948页

作者： yi Wang Fatma Lecourieux Rui Zhang Zhanwu Dai David Lecourieux shaohua Li Zhenchang Liang Beijing Key Laboratory of Grape Science and Enology and CAS Key Laboratory of Plant ResourcesInstitute of Botanythe Innovative Academy of Seed DesignChinese Academy of SciencesBeijing 100093China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Ecophysiology and Functional Genomics of Vine Bordeaux Sciences AgroINRAEUniversity of BordeauxInstitute of Vine and Wine Sciences Bordeaux-AquitaineVillenave d’Ornon 33140France College of Plant Protection Shandong Agricultural UniversityTaian 271018China Sino-Africa Joint Research Center Chinese Academy of SciencesWuhan 430074China

CRISPR-based genome editing systems have been successfully and effectively used in many ***,only a few studies have reported the comparison between CRISPR/Cas9 and CRISPR/Cpf1 systems in the whole-genome *** many web-based toolkits are available,there is still a shortage of comprehensive,user-friendly,and plant-specific CRISPR databases and desktop *** this study,we identified and analyzed the similarities and differences between CRISPR/Cas9 and CRISPR/Cpf1 systems by considering the abundance of proto-spacer adjacent motif(PAM)sites,the effects of GC content,optimal proto-spacer length,potential universality within the plant kingdom,PAM-rich region(PARR)inhibiting ratio,and the effects of G-quadruplex(G-Q)*** this information,we built a comprehensive CRISPR database(including 138 plant genome data sources,***/pc/***),which provides search tools for the identification of CRISPR editing sites in both CRISPR/Cas9 and CRISPR/Cpf1 *** also developed a desktop software on the basis of the Perl/Tk tool,which facilitates and improves the detection and analysis of CRISPR editing sites at the whole-genome level on Linux and/or Windows ***,this study provides helpful data and software for easy selection and application of CRISPR-based genome editing systems in plants.

关键词： CRISPR/Cas PAM-rich region G-Q Software Database

工程录井系列技术在准噶尔盆地南缘GT 1井钻探中的应用

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录井工程 2021年第3期32卷 113-118页

作者：李秀彬李晨解俊昱金庭科易韶华石巧资中国石油西部钻探地质研究院

GT 1井构造位于准噶尔盆地南缘冲断带四棵树凹陷,四棵树凹陷处于北天山构造带与西准噶尔构造带交会处,挤压性、走滑性断裂发育,活动频繁,具有多期活动、断达层位高的特点,导致钻井施工难度大,阻卡、井漏等工程复杂频发,处理耗时较长。... 详细信息

GT 1井构造位于准噶尔盆地南缘冲断带四棵树凹陷,四棵树凹陷处于北天山构造带与西准噶尔构造带交会处,挤压性、走滑性断裂发育,活动频繁,具有多期活动、断达层位高的特点,导致钻井施工难度大,阻卡、井漏等工程复杂频发,处理耗时较长。为保障钻井施工安全,分别介绍了综合运用工程录井策划、地层压力钻前预测及随钻监测、工程地质预警、工程参数异常监测及预报、掉块实时跟踪及阻卡目视化分析等工程地质一体化技术,通过充分发挥工程录井作用,保障和助力GT 1井的优质高效钻探施工,同时形成一套适应该区超深超高压复杂深井的工程辅助一体化技术。

关键词：准噶尔盆地南缘 GT 1井工程录井工程地质一体化

常染色体STR分型鉴定半同胞关系的亲缘关系指数计算

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中国法医学杂志 2019年第1期34卷 30-35页

作者：肖超陈胜杰潘超刘春凤黄钰洁易少华黄代新华中科技大学同济医学院法医学系湖北武汉430030 南宁市公安局青秀公安分局广西南宁530022

目的获得双方生母均参与情形下计算两个或三个孩子间半同胞关系指数(half-sib index, HSI)的简化公式。方法在给定的前提假设下,根据HSI值的定义,首先推导出单基因座上HSI值的统一表达式,再获得不同基因型组合下的计算公式,最后归纳出... 详细信息

目的获得双方生母均参与情形下计算两个或三个孩子间半同胞关系指数(half-sib index, HSI)的简化公式。方法在给定的前提假设下,根据HSI值的定义,首先推导出单基因座上HSI值的统一表达式,再获得不同基因型组合下的计算公式,最后归纳出两种鉴定情形下的简化公式。将简化公式应用于1例典型的半同胞关系鉴定,根据39个常染色体STR位点的分型计算不同鉴定情形下的累积HSI值。结果成功地推导和归纳出双方生母均参与情形下计算两个或三个孩子间HSI值的简化公式。实际案例的计算结果显示,当双方生母均参与时,任意两个孩子间的累积HSI值与生母均不参与时相比均发生了数量级的改变,即在半同胞关系情形下大约为10~4～10~6倍,在无关个体情形下大约为10^(-4)～10^(-3)倍。结论所推导出的简化公式可用于计算双方生母均参与情形下两个或三个孩子间的HSI值。

关键词：法医遗传学亲缘关系指数半同胞计算