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circPTPN4 regulates myogenesis via the miR-499-3p/NAMPT axis

Journal of Animal Science and Biotechnology 2022年第3期13卷 682-696页

作者： Bolin Cai Manting Ma Zhen Zhou shaofen kong Jing Zhang Xiquan Zhang Qinghua Nie State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Subtropical Agro-Bioresources Lingnan Guangdong Laboratory of AgricultureCollege of Animal ScienceSouth China Agricultural UniversityGuangzhou 510642GuangdongChina Guangdong Provincial Key Lab of Agro-Animal Genomics and Molecular Breeding and Key Laboratory of Chicken GeneticsBreeding and ReproductionMinistry of AgricultureGuangzhou 510642GuangdongChina

Background:Circular RNAs(circ RNAs)are a novel class of endogenous nc RNA,which widely exist in the transcriptomes of different species and tissues.Recent studies indicate important roles for circ RNAs in the regulation of gene expression by acting as competing endogenous RNAs(ce RNAs).However,the specific role of circ RNAs in myogenesis is still poorly understood.In this study,we attempted to systematically identify the circ RNAs involved in myogenesis and analyze the biological functions of circ RNAs in chicken skeletal muscle development.Results:In total,532 circ RNAs were identified as being differentially expressed between pectoralis major(PEM)and soleus(SOL)in 7-week-old Xinghua chicken.Among them,a novel circ RNA(novel_circ_002621),generated by PTPN4 gene,was named circ PTPN4 and identified.circ PTPN4 is highly expressed in skeletal muscle,and its expression level is upregulated during myoblast differentiation.circ PTPN4 facilitates the proliferation and differentiation of myoblast.Moreover,circ PTPN4 suppresses mitochondria biogenesis and activates fast-twitch muscle phenotype.Mechanistically,circ PTPN4 can function as a ce RNA to regulate NAMPT expression by sponging mi R-499-3p,thus participating in AMPK signaling.Conclusions:circ PTPN4 functions as a ce RNA to regulate NAMPT expression by sponging mi R-499-3p,thus promoting the proliferation and differentiation of myoblast,as well as activating fast-twitch muscle phenotype.

关键词： Chicken Circ PTPN4 Circular RNA MiR-499-3p Myogenesis NAMPT The transformation of myofiber

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分子靶向治疗在急性髓系白血病中的研究进展

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临床血液学杂志 2024年第1期37卷 76-80页

作者：蔡少芬孔繁聪李菲南昌大学第一附属医院血液病中心江西省血液病临床医学研究中心南昌330006

急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一种高度异质性的血液系统恶性肿瘤,常规治疗以细胞毒药物化疗为主,但总体疗效不理想,5年生存率不到30%。近年来随着对AML发病机制及基因突变认识的逐渐深入,一系列新型分子靶向药物相继... 详细信息

急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是一种高度异质性的血液系统恶性肿瘤,常规治疗以细胞毒药物化疗为主,但总体疗效不理想,5年生存率不到30%。近年来随着对AML发病机制及基因突变认识的逐渐深入,一系列新型分子靶向药物相继问世。这些药物明显改善了AML患者的预后,为AML患者提供更多的治疗选择。本文就分子靶向治疗在AML中的研究进展作一综述。

关键词：急性髓系白血病靶向治疗研究进展

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中国地方品种杏花鸡的群体全基因组选择印记分析

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中国家禽 2023年第3期45卷 30-37页

作者：孔少芬罗威郑茗聂庆华华南农业大学动物科学学院广东广州510642 广东省农业动物基因组学和分子育种重点实验室农业农村部鸡遗传育种与繁殖重点实验室广东广州510642 广东省农业科学院动物科学研究所畜禽育种国家重点实验室广东省畜禽育种与营养研究重点实验室广东广州510640

试验旨在挖掘杏花鸡品种的群体特征性选择印记,筛选杏花鸡特征性基因和核心基因。研究基于已报道的来源于22个群体的157只鸡的全基因组数据,通过窗口内群体间遗传分化系数(ZFst)及群体内杂合度(ZHp),对其中的杏花鸡群体(n=9)进行全基因... 详细信息

试验旨在挖掘杏花鸡品种的群体特征性选择印记,筛选杏花鸡特征性基因和核心基因。研究基于已报道的来源于22个群体的157只鸡的全基因组数据,通过窗口内群体间遗传分化系数(ZFst)及群体内杂合度(ZHp),对其中的杏花鸡群体(n=9)进行全基因组选择印记分析,挖掘杏花鸡群体特征性选择印记,对候选基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,蛋白相互作用网络分析和核心基因的筛选。结果显示:通过ZFst与ZHp,分别鉴定到172个杏花鸡群体基因组潜在受选择基因,其中包含29个共同受选择基因,包括COL3A1、LMO3、TBC1D14、COL22A1、EP300、TMTC3、KCNE5、PAICS、SGK1、DERA、GPR20、LHFPL6、PREX1、PIK3C2G、HEPACAM2、KITLG、KIAA0232、SMAD1、RIMKLB、SLIT2、LONRF1、NXT2、LDB2、TSNARE1、ABLIM2、VPS50、TCF12、ACSL4与FOXJ2;两种方法共鉴定到的受选择基因进行GO分析,分别富集到68条、82条和16条通路,主要涉及磷和含磷化合物代谢、细胞分化的调节、连接酶活性、转录因子复合体等;杏花鸡特征性核心相关基因为EP300和SMAD1,EP300和SMAD1均参与杏花鸡的肌肉和脂肪的发育和代谢过程。研究表明筛选出的群体特征性基因和核心基因可能通过调节磷代谢和细胞分化等途径影响杏花鸡的形态、肉质和风味。

关键词：杏花鸡遗传多样性基因组选择印记核心基因

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PTPN11基因突变对初治急性髓系白血病患者的预后影响及倾向性评分匹配分析

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中国肿瘤临床 2023年第18期50卷 928-934页

作者：孔繁聪蔡少芬齐凌纪德香喻敏周玉兰王诗轩李菲南昌大学第一附属医院血液病中心江西省血液病临床医学研究中心南昌市330006

目的:分析PTPN11基因突变对初治急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)(非M3型)患者预后的影响。分析2019年1月至2023年1月在南昌大学第一附属医院确诊且行血液肿瘤相关突变基因全外显子二代测序检测的526例初治AML患者的临床资料... 详细信息

目的:分析PTPN11基因突变对初治急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)(非M3型)患者预后的影响。分析2019年1月至2023年1月在南昌大学第一附属医院确诊且行血液肿瘤相关突变基因全外显子二代测序检测的526例初治AML患者的临床资料,应用倾向性评分匹配(propensity score matching,PSM),根据性别、年龄和ELN 2017危险度分层等因素进行1∶1匹配,比较PTPN11基因突变及未突变患者的临床特征、疗效及预后等方面的差异。结果:526例AML患者中,51例(9.7%)患者检测到PTPN11基因突变,包括72种突变类型,均为错义突变。PTPN11突变常与NRAS、DNMT3A、FLT3、NPM1、KRAS等基因伴随出现。PSM后PTPN11突变型(PTPN11^(mut)ation,PTPN11^(mut))与PTPN11野生型(PTPN11 wild-type,PTPN11wt)患者在完全缓解(complete remission,CR)率(70.8%vs.56.3%,P=0.138)和总反应率(overall response rate,ORR)(77.1%vs.66.7%,P=0.256)方面均无显著性差异。PTPN11^(mut)患者中位无复发生存(median relapse-free survival,mRFS)时间为19个月,明显短于PTPN11wt患者[未达到(not reached,N/A),(P=0.02)],而二者中位总生存(median overall survival,mOS)时间(21.3个月vs.31.4个月,P=0.416),差异无统计学意义。13例接受异基因造血干细胞移植(allogeneic hematopoietic stem cell transplantation,allo-HSCT)的PTPN11^(mut)患者,mOS(N/Avs.11个月,P=0.001)和mRFS(N/Avs.5.7个月,P=0.018)均较未接受移植患者明显延长。多因素Cox回归分析显示未接受allo-HSCT、首次诱导疗效未达CR及复发是影响PTPN11^(mut)患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。结论:PTPN11基因突变AML患者预后不良,allo-HSCT可以显著改善PTPN11^(mut)患者的预后。

关键词：急性髓系白血病 PTPN11基因突变倾向性评分匹配预后

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Comparison of Dextran Perfusion and GSI-B4 Isolectin Staining in a Mouse Model of Oxygen-induced Retinopathy

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Eye Science 2015年第2期30卷 70-74页

作者： shaofen Huang Jiajian Liang Gary Hin-Fai Yam Zhihao Lu Chi Pui Pang Haoyu Chen Joint Shantou International Eye Center Shantou University & Chinese University of Hong Kong Singapore Eye Research Institute Department of Ophthalmology and Visual Sciences Chinese University of Hong Kong

Purpose: Oxygen-induced retinopathy(OIR) is a robust and widely used animal model for the study of retinal neovascularization(NV). Dextran perfusion and Griffonia simplicifolia isolectin B4(GSI-B4) staining are two common methods for examining the occurrence and extent of OIR. This study provides a quantitative comparison of the two for OIR detection.Methods: At postnatal day 7(PN7), fifteen C57 BL / 6J mice were exposed to a 75% hyperoxic condition for 5 days and then returned to room air conditions. At PN17, the mice received intravitreal injection of GSI-B4 Alexa Fluor 568 conjugate. After 10 hours, they were infused with FITC-dextran conjugate via the left ventricle. Retinal flat mounts were photographed by confocal microscopy. Areas with fluorescent signals and the total retinal areas were quantified by Image J software.Results:Both GSI-B4 and dextran detected the peripheral neovascular area. The mean hyper fluorescence area was 0.33 ±0.14% of whole retinal area determined by GSI-B4 staining and 0.25±0.28% determined by dextran perfusion. The difference between the two measures was 0.08%(95% CI:-0.59%,0.43%)..The Pearson correlation coefficient between the two methods was 0.386,P =0.035..The mean coincidence rates were 14.3 ±13.4% and 24.9 ±18.5% for GSI-B4 and dextran staining, respectively.Conclusion:.Both methods can complement each other indemonstrating and quantitatively evaluating retinal NV. A poor agreement was found between the two methods;.GSI-B4 isolectin was more effective than FITC-dextran perfusion in evaluating the extent of retinal NV in a mouse model of OIR.

关键词：右旋糖酐小鼠模型视网膜凝集素染色灌注高氧病变

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FX-6抗菌肽陈皮油微胶囊改善胃肠道功能探究

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现代食品 2019年第14期4卷 85-88页

作者：张默澜李慧媛欧建林孔少芬华南农业大学

本项目旨在推测超临界萃取所得的陈皮油,进行微胶囊化工艺研究得到陈皮油微胶囊,以及本课题组从西藏开菲尔粒中筛选分离得到的一株新型菌株FX-6发酵提取物牛乳活性肽是否具有改善胃肠道功能。为下一步得到陈皮油微胶囊牛乳活性肽复合物... 详细信息

本项目旨在推测超临界萃取所得的陈皮油,进行微胶囊化工艺研究得到陈皮油微胶囊,以及本课题组从西藏开菲尔粒中筛选分离得到的一株新型菌株FX-6发酵提取物牛乳活性肽是否具有改善胃肠道功能。为下一步得到陈皮油微胶囊牛乳活性肽复合物提供思路,以期得到一组既能保护胃黏膜又能调节肠道菌群结构的功能性的陈皮油微胶囊牛乳活性肽复合物配方,为开发安全、天然、稳定、无毒副作用的改善胃肠道功能的保健品提供一定的理论基础。

关键词：抗菌肽陈皮油微胶囊化胃肠道功能肠道菌群

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