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The Optimization and Improvement of MapReduce in Web Data Mining

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Journal of Software Engineering and Applications 2015年第8期8卷 395-406页

作者： Jun Qu Chang-Qing Yin shangwei song Logistics Department Tongji University Shanghai China School of Software Engineering Tongji University Shanghai China College of Design and Innovation Tongji University Shanghai China

Extracting and mining social networks information from massive Web data is of both theoretical and practical significance. However, one of definite features of this task was a large scale data processing, which remained to be a great challenge that would be addressed. MapReduce is a kind of distributed programming model. Just through the implementation of map and reduce those two functions, the distributed tasks can work well. Nevertheless, this model does not directly support heterogeneous datasets processing, while heterogeneous datasets are common in Web. This article proposes a new framework which improves original MapReduce framework into a new one called Map-Reduce-Merge. It adds merge phase that can efficiently solve the problems of heterogeneous data processing. At the same time, some works of optimization and improvement are done based on the features of Web data.

关键词： Cloud Computing Web Data MapReduce Map-Reduce-Merge

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论自由意志并非道德责任的必要条件

哲学分析 2019年第4期10卷 161-168,199页

作者：宋尚玮山西大学哲学社会学学院

传统哲学观认为,自由意志是道德责任的必要条件,没有自由意志就没有道德责任。但对二者的概念分析却表明,在某些情境下,自由意志并非道德责任的必要条件,实验哲学研究为这一观点的合理性提供了佐证,而道德演化论则阐释了自由意志不足以... 详细信息

传统哲学观认为,自由意志是道德责任的必要条件,没有自由意志就没有道德责任。但对二者的概念分析却表明,在某些情境下,自由意志并非道德责任的必要条件,实验哲学研究为这一观点的合理性提供了佐证,而道德演化论则阐释了自由意志不足以成为道德责任之必要条件的缘由。

关键词：自由意志道德责任概念分析实验哲学演化论

Contrasting Drought Tolerance in Two Apple Cultivars Associated with Difference in Leaf Morphology and Anatomy

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American Journal of Plant Sciences 2019年第5期10卷 709-722页

作者： Tuanhui Bai Zhanying Li Chunhui song shangwei song Jian Jiao Yuchen Liu Zhidan Dong Xianbo Zheng College of Horticulture Henan Agricultural University Zhengzhou China Henan Key Laboratory of Fruit and Cucurbit Biology Zhengzhou China

Apple is one of the most important fruit trees in temperate zones, and is cultivated widely throughout the world. Drought stress affects the normal growth of apple tree, and further affects fruit yield and quality. The present study examined the effects of drought on photosynthesis and water use efficiency (WUE) of two apple cultivars (Honeycrisp and Yanfu 3) that differ in drought tolerance. The results showed that the photosynthetic rate decreased in response to drought stress for both cultivars, with significant differences in intensity. Values for net photosynthetic rate (Pn) in stressed Yanfu 3 remained significantly lower than in the controls, while, for Honeycrisp, only a slight drop in photosynthesis. Similarly, stomatal conductance (Gs), intercellular CO2 concentration (Ci), transpiration rate (Tr) were markedly reduced in Yanfu 3 under drought stress. However, Honeycrisp showed only minor changes. Under drought stress, the contents of Chl a, Chl b and Chl t in Yanfu 3 were all decreased significantly compared with the control. However, little difference in Honeycrisp was noted between stressed plants and controls. Values for WUE in stressed Yanfu 3 remained higher than in the controls from day 3 until the end of the experiment, while no significant difference was observed in Honeycrisp. Furthermore, Honeycrisp also exhibited superior physiological traits, as indicated by its anatomical and morphological characteristics. Therefore, we conclude that the superior drought tolerance of Honeycrisp was due to its anatomical and morphological characteristics, which possibly contributed to the maintenance of higher photosynthetic capacity than Yanfu 3.

关键词： Apple Drought Stress Photosynthesis Water Use Efficiency Leaf Anatomy

Genome Wide Transcriptomic Analysis of WRKYGene Family Response to Biotic Stresses in Malus×domestica

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American Journal of Plant Sciences 2021年第5期12卷 858-885页

作者： Hanghang Zhang Liu Yang Ruli Zhou Yingli Zhang Zhengyang Wang Hongguang Pang Tuanhui Bai shangwei song Jian Jiao Miaomiao Wang Jiancan Feng Chunhui song Xianbo Zheng College of Horticulture Henan Agricultural University Zhengzhou China

Apple (Malus × domestica Borkh.) is a perennial woody plant that often suffers from various biological stresses. Many harmful pathogens can infect apple trees and lead to reduced production. We comprehensively identified the WRKY genes in the apple genome and analyzed their expression in response to several biological stressors, including Alternaria alternata, Pythium ultimum, Botryosphaeria dothidea, Erwinia amylovora, Penicillium expansum, Gymnosporangium yamadae, and Apple replant disease. There were 113 MdWRKYs identified in the apple genome. Twenty-two MdWRKYs were differentially expressed in response to at least five pathogens. Promoter sequence analysis showed that these genes carried many defense- and stress-responsive elements, such as MeJA-response elements, salicylic acid-response elements, and W-box elements, in their promoters. Transient expression assays showed that MdWRKY

关键词： Apple WRKY Transcription Factor Pathogens Big Data

叶面喷施硒对甜樱桃硒和重金属含量及果实品质的影响

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果树学报 2019年第6期36卷 748-754页

作者：戚霄晨简在海张琦宋尚伟河南农业大学园艺学院·河南省果树瓜类生物学重点实验室

【目的】探讨叶面施用外源硒对甜樱桃叶片、果实中的硒及有害重金属含量、部分生化指标、果实品质的影响,以期为富硒甜樱桃的生产提供理论依据。【方法】以‘美早’甜樱桃为试材,选取亚硒酸钠(Na2SeO3)溶液为硒源,设置0、5、10、20和40... 详细信息

【目的】探讨叶面施用外源硒对甜樱桃叶片、果实中的硒及有害重金属含量、部分生化指标、果实品质的影响,以期为富硒甜樱桃的生产提供理论依据。【方法】以‘美早’甜樱桃为试材,选取亚硒酸钠(Na2SeO3)溶液为硒源,设置0、5、10、20和40 mg·L-1等5个质量浓度水平,于落花后喷施叶片,1周后再喷施1次。【结果】甜樱桃果实和叶片中的硒含量随施硒浓度的增加而递增,重金属镉和铅的含量均有不同程度的降低。叶面喷硒可显著提高甜樱桃叶片和果实中超氧化物岐化酶(SOD)的酶活性,降低丙二醛(MDA)的活性,减少脯氨酸(Pro)的积累。果实维生素C含量增加、可滴定酸含量降低、果实品质改善。【结论】叶面施硒可以提高甜樱桃果实品质,降低部分重金属的含量。

关键词：甜樱桃硒叶面喷施果实品质重金属

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柱状苹果Co基因的筛选与候选基因分析

中国农业科学 2019年第23期52卷 4350-4363页

作者：白团辉李莉郑先波王苗苗宋尚伟焦健宋春晖河南农业大学园艺学院/河南省果树瓜类生物学重点实验室

【目的】柱状苹果是一种特殊的矮生突变类型,其节间短、短枝多、侧生分枝少、主干粗壮直立,是苹果实行矮化密植栽培的重要资源。本研究在前期Co精细定位的基础上,对定位区间的基因进行筛选,为阐明柱状苹果形成的分子机制和选育柱状苹果... 详细信息

【目的】柱状苹果是一种特殊的矮生突变类型,其节间短、短枝多、侧生分枝少、主干粗壮直立,是苹果实行矮化密植栽培的重要资源。本研究在前期Co精细定位的基础上,对定位区间的基因进行筛选,为阐明柱状苹果形成的分子机制和选育柱状苹果新品种奠定基础。【方法】以柱状苹果‘舞佳’和‘润太一号’,普通型苹果‘富士’和‘华硕’的芽、茎尖和叶片为试材,根据最新的苹果基因组以及与柱状相关的转录组信息,对Co精细定位区间27.66—29.05 Mb的基因进行注释分类,选择目标基因,查找其CDS序列,使用RT-PCR技术检测引物特异性,利用实时荧光定量PCR分析预测基因在不同组织器官中的表达特征,筛选出差异基因并将其作为候选基因。【结果】在苹果第10号染色体27.66—29.05 Mb区域内包含67个基因,其中12个为非编码RNA(ncRNA),其余为编码蛋白质的基因。根据RNA-seq分析,柱状和普通型苹果基因相对表达差异倍数在1倍以上的有25个基因,其中13个基因在柱状苹果中上调表达,12个基因在柱状苹果中下调表达。在预测的14个基因中,发现4个基因MD10G1184100、MD10G1185400、MD10G1185600和MD10G1190500在柱状和普通型苹果的主枝茎尖或侧枝茎尖中相对表达存在显著差异。其中,MD10G1184100和MD10G1185600在两个柱状苹果主枝茎尖中的相对表达量均显著高于两个普通型苹果。MD10G1185400和MD10G1190500在两个柱状苹果侧枝茎尖的表达量显著高于两个普通型苹果,而MD10G1184100在两个柱状苹果中的表达量显著低于普通型苹果。进一步对这4个候选基因进行不同组织或器官的基因表达特征进行分析,发现基因MD10G1184100在柱状苹果根部的表达显著高于其他部位,MD10G1185400和MD10G1185600在柱状苹果的侧枝茎尖中显著高表达,而MD10G1190500在柱状苹果的顶芽中显著高表达。【结论】在柱状和普通型苹果茎尖中筛选到4个表达显著差异的基因,可作为Co候选基因,为该基因的克隆和功能验证及苹果树树型定向遗传改良奠定了基础。

关键词：苹果柱状树型基因定位基因表达候选基因

苹果PIN家族基因鉴定及在不定根形成中的表达分析

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果树学报 2023年第9期40卷 1789-1799页

作者：方森宋雪莲韩轩轩宋春晖焦健王苗苗宋尚伟郑先波白团辉河南农业大学园艺学院郑州450046

【目的】探究苹果PIN全基因组特征及在不定根形成过程中的表达分析,以便更深入地了解其结构特点与潜在功能,为研究不定根形成的分子机制奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和HMMER对苹果PIN基因家族成员进行鉴定并编号,用MEGA、... 详细信息

【目的】探究苹果PIN全基因组特征及在不定根形成过程中的表达分析,以便更深入地了解其结构特点与潜在功能,为研究不定根形成的分子机制奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和HMMER对苹果PIN基因家族成员进行鉴定并编号,用MEGA、TBtools和MEME等生物信息学软件对其家族成员的基因定位、系统进化关系、基因结构、保守motif基序和蛋白保守结构域等进行分析,并采用qRT-PCR方法对PIN基因家族成员在不定根形成中的表达模式进行分析。【结果】苹果PIN基因家族有13个成员,分布于基因组8条染色体上,氨基酸数目在357~660个之间,蛋白质分子质量为38.84~71.61 ku,等电点在6.93~9.35之间。启动子作用元件分析表明,13个PIN启动子上含有响应激素、生长发育和逆境相关的顺式作用元件,其中有8个PIN基因含有生长素响应作用元件,暗示他们可能参与生长素调控不定根形成。转录组分析显示,13个PIN家族成员中,有6个基因(MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6、MdPIN7、Md-PIN11和MdPIN12)在吲哚丁酸(IBA)处理下表达上调。进一步通过qRT-PCR分析,发现MdPIN3、MdPIN4、MdPIN6和MdPIN11在IBA处理下都有明显上升趋势,其中MdPIN4表达量变化最大。【结论】通过对苹果全基因组进行分析,共鉴定到13个PIN基因,分布在8条染色体上,通过转录组和qRT-PCR分析,推测MdPIN4可能在调控苹果砧木不定根形成中起着重要作用。

关键词：苹果 PIN 全基因组鉴定不定根形成基因表达分析

基于宏病毒组测序技术的苹果病毒病鉴定与分析

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园艺学报 2022年第7期49卷 1415-1428页

作者：夏炎黄松武雪莉刘一琪王苗苗宋春晖白团辉宋尚伟庞宏光焦健郑先波河南农业大学园艺学院郑州450002 信阳农林学院河南信阳464001

采用宏病毒组测序技术(Virome Sequencing Technology)对河南地区染病苹果树进行病毒检测与分析,从建库测序的苹果叶片中共检测出13种病毒,其中有5种苹果病毒:苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(apple stem p... 详细信息

采用宏病毒组测序技术(Virome Sequencing Technology)对河南地区染病苹果树进行病毒检测与分析,从建库测序的苹果叶片中共检测出13种病毒,其中有5种苹果病毒:苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(apple stem pitting virus,ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(apple chlorotic leafspotvirus,ACLSV)、苹果坏死花叶病毒(applenecroticmosaicvirus,Ap NMV)和苹果绿皱缩相关病毒(apple green crinkle associated virus,AGCa V)。对病毒检测结果中的5种苹果病毒进行RT-PCR验证,扩增后均获得目的条带,与宏病毒组测序检测结果一致,表明宏病毒组测序检测结果精准可靠。根据测序结果设计特异性引物对ASPV全长进行扩增,得到1条长度为9246 nt的ASPV-HN分离物基因组,与NCBI数据库中已报道的19个ASPV分离物的基因组核苷酸序列一致性为75.48%~79.85%;宏病毒组测序拼接所得的两条长度均为6475 nt的ASGV基因组全长基因ASGV-HN1和ASGV-HN2,与NCBI数据库中已报道的18个ASGV分离物的基因组核苷酸序列一致性为79.98%~98.08%。对53份河南不同产区的苹果叶片样品进行苹果花叶病毒(apple mosaic virus,Ap MV)和Ap NMV的检测,结果显示花叶病症样品中均检测出Ap NMV,未检测到Ap MV,表明Ap NMV可能是引起河南地区苹果花叶病的主要病原。

关键词：苹果病毒病宏病毒组测序技术 RT-PCR 检测苹果花叶病

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果树种质资源超低温保存技术研究进展

中国农学通报 2007年第9期23卷 392-398页

作者：苗红霞宋尚伟王娟河南农业大学林学园艺学院河南郑州450002

综述了国内外果树种质资源超低温保存技术的研究现状,着重阐述了影响超低温保存效果的各种因素及调控措施,介绍了材料经超低温保存后遗传稳定性检测方法,为今后果树种质超低温保存技术的发展提出了一些建议。

关键词：果树种质资源超低温保存遗传稳定性