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结合PCA和GWAS解析甘蓝型油菜株型相关性状的遗传调控位点

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中国油料作物学报 2021年第3期43卷 462-469页

作者：张旭 Luqman Bin safdar 唐敏强刘越英张园园刘胜毅西南大学数学与统计学院重庆400715 中国农业科学院油料作物研究所/农业农村部油料作物生物学与遗传育种重点实验室湖北武汉430062

作物株型改良是提高收获指数和产量的重要途径,为了解其复杂的遗传调控机制,以373份甘蓝型油菜组成的自然群体为基础,对4个株型相关性状(株高、第一分枝高度、有效分枝数和主花序长度)进行多环境下表型鉴定,组合利用全基因组关联分析(GW... 详细信息

作物株型改良是提高收获指数和产量的重要途径,为了解其复杂的遗传调控机制,以373份甘蓝型油菜组成的自然群体为基础,对4个株型相关性状(株高、第一分枝高度、有效分枝数和主花序长度)进行多环境下表型鉴定,组合利用全基因组关联分析(GWAS)和主成分分析(PCA)方法对株型的遗传调控进行解析。研究表明,PCA可以合理地解释株型的相关表型,基于主成分的GWAS和基于单个性状的GWAS的结果可互相验证和互为补充,挖掘更多的调控位点和信息。进一步,从染色体A01、A10和C06中筛选到19个株型相关的候选基因,其中,位于染色体C06上的两个候选基因跟PC1-GWAS鉴定到的新位点相关。此方法和结果为株型等复杂性状的形成机制解析提供了新的思路和策略。

关键词：植物株型甘蓝型油菜主成分分析全基因组关联分析

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Urinary neutrophil gelatinase-associated lipocalin(NGAL)and serum cystatin C measurements for early diagnosis of acute kidney injury in children admitted to PICU

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World Journal of Pediatrics 2018年第2期14卷 134-142页

作者： Jameela Abdulaziz Kari Mohamed Ahmed Shalaby Kholoud Sofyani Ahmad Saleh Sanad Albaraa Fuad Ossra Rayan Smeer Halabi Maha Hassan Aljuhani Wael Mohammad Toffaha Feras Aymen Moria Samar Sabry Hanan AbdelAziz Ahmed Khalid Abdulaziz Alhasan Sara Sharief Osama safdar Pediatric Nephrology Center of Excellence and Department of Pediatrics King Abdulaziz University80215Jeddah 21589Kingdom of Saudi Arabia Pediatric Intensive Care Unit Department of PediatricsKing Abdulaziz UniversityJeddahKingdom of Saudi Arabia Pediatric Department Cairo UniversityGizaEgypt Department of Pediatrics College of MedicineKing Khalid University HospitalKing Saud UniversityRiyadhKingdom of Saudi Arabia

Background Acute kidney injury(AKI)is common in critically ill children with significant mortality and *** creatinine is an insensitive and late biomarker compared to newly proposed AKI *** Prospective study in pediatric intensive care unit(PICU)over three months to compare between serum cystatin-C(s-Cys-C)and urinary neutrophil gelatinase-associated lipocalin(uNGAL)as AKI biomarkers at multiple time points with pediatric risk,injury,failure,loss,end-stage renal disease(pRIFLE)classification in diagnosing *** Forty children were *** these 40 children,22 developed AKI according to pRIFLE *** was no significant difference between AKI and non-AKI in age(P=0.29).Post cardiac surgery,renal insult was the main cause of AKI(27.3%).There was a twofold increased risk of incident AKI in those patients with high baseline uNGAL at PICU admission and almost a fourfold increased risk in patients with high baseline s-Cys-C at PICU *** levels were highly predictive of AKI during the follow-up period[area under the curve(AUC)=0.76,95%confidence interval(CI)0.61-0.92].The cutoff point with the highest correctly classified proportion was 223 ng/mL(≥12 centiles)which correctly predict 80.0%patients with AKI,with a corresponding sensitivity of 72.7%and a specificity of 89.9%.AUC for s-Cys-C was 0.86(95%CI 0.75-0.97),and the highest correctly classified proportion was 1009μg/L(≥13 centiles);75%of patients with AKI,with a corresponding sensitivity of 63.6%and a specificity of 88.9%.Conclusion uNGAL and s-Cys-C predicts AKI early in critically ill children.

关键词： Acute kidney injury Neutrophil gelatinase-associated lipocalin Serum cystatin C

Factors Affecting Antibiotic Prescribing for Acute Respiratory Infection by Emergency Physicians

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Health 2014年第8期6卷 774-780页

作者： Nasia safdar Thomas G. Tape Barry C. Fox James E. Svenson Robert S. Wigton College of Medicine University of Nebraska Medical Center Omaha USA Division of Infectious Diseases Department of Medicine University of Wisconsin-Madison Madison USA Section of Emergency Medicine Department of Medicine University of Wisconsin-Madison Madison USA William S. Middleton Memorial Veterans Hospital Madison USA

Background: Antibiotics are frequently prescribed for upper acute respiratory tract infections (ARI) in the emergency department. To reduce inappropriate overprescribing, it is necessary to understand factors influencing physicians’ decisions to prescribe antibiotics. Objective: Analyze the judgment policies of emergency physicians to determine factors predicting antibiotic use. Design: Paper case vignette study. Participants: 104 emergency physicians from Wisconsin. Measurements: We used judgment analysis to derive the policies of 104 emergency physicians from their responses to 20 case vignettes. We designed the cases such that each physician’s use of clinical findings and patient factors could be inferred from the decisions they made about each case. Findings were compared to primary care practitioners (PCPs) in Colorado responding to the same paper cases to examine differences in factors influencing prescribing among the two groups. Results: The emergency physicians said they would prescribe an antibiotic (yes/no) in 51.4% of cases compared with 44.5% in the Colorado study. The majority of emergency physicians gave the greatest weight to duration of illness (51%), followed by temperature (20%) and cough (12%). Conclusions: These emergency physicians prescribed antibiotics more frequently than the Colorado PCPs. There was little difference in how clinical findings were weighted, suggesting this was not the source of the higher prescription rate among the emergency physicians. The considerable emphasis on duration of illness suggests that this would be a productive area for educational efforts to reduce antibiotic prescribing for ARI in the emergency department.

关键词： Antibiotic Infection Prescribing

大剂量粒细胞输注治疗癌症伴有念珠菌血症病人的效果——491例念珠菌血症病例的回顾性对照分析

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国际输血及血液学杂志 2006年第1期29卷 88-91页

作者： safdar A Hanna HA Boktour M 洪缨

血液感染念珠菌或念珠菌血症是长期中性白细胞持续减少病人的感染并发症,恢复病人的中性白细胞计数至正常范围是成功治疗感染和提高生存机会的关键.影响癌症伴有念珠菌血症病人短期存活率的负面因素包括白血病、之前的造血干细胞移植以... 详细信息

血液感染念珠菌或念珠菌血症是长期中性白细胞持续减少病人的感染并发症,恢复病人的中性白细胞计数至正常范围是成功治疗感染和提高生存机会的关键.影响癌症伴有念珠菌血症病人短期存活率的负面因素包括白血病、之前的造血干细胞移植以及危重疾病病人监护室的治疗和脓毒综合征.供者粒细胞输注治疗(GTX)的疗效及其可行性在过去40年中发生了显著改变,目前美国和欧洲GTX仅偶尔在癌症中心使用,病种不同则疗效亦不同.

关键词：念珠菌血症输注治疗回顾性对照分析粒细胞病人癌症大剂量造血干细胞移植感染并发症中性白细胞

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成人单纯型单侧先天性肺动脉发育不全的X线表现

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西部医学 2008年第5期20卷 1082-1083页

作者：张娜陈志凡 safdar Mozher 成都市传染病医院放射科四川成都610016 成都铁路中心医院放射科四川成都610081 沙特阿拉伯阿歇尔中心医院放射科

单侧肺动脉先天性缺损是一少见畸形,临床发病率约为二十万分之一,而且常常累及右侧[1],常伴随其它心脏、大血管畸形,尤其是累及左侧者;单纯型者不伴随其它心血管畸形.现将近年工作中遇到的5例患者的临床资料介绍如下.

关键词：单纯型单侧先天性肺动脉发育不全成人型 X线摄影常规体层摄影术 X线计算机

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基于数码相机的色貌计

基于数码相机的色貌计

2015第四届中国印刷与包装学术会议

作者： Muhammad safdar 罗明朱玉腾刘晓瑜浙江大学现代光学仪器国家重点实验室英国利兹大学设计学院哈尔滨工程大学

目前,人们使用亮度计或照度计用于测量室内不同位置点的光貌,但这些基于点的光貌测量方法并不能准确地反应人对于实际光貌的视觉感知,所以亟需一种新型的测度计来有效测量特定照明条件下空间的光分布。本研究旨在提出一种基于仪器的、... 详细信息

目前,人们使用亮度计或照度计用于测量室内不同位置点的光貌,但这些基于点的光貌测量方法并不能准确地反应人对于实际光貌的视觉感知,所以亟需一种新型的测度计来有效测量特定照明条件下空间的光分布。本研究旨在提出一种基于仪器的、稳定可实现的色貌测量方法。国际照明组织的色貌模型CIECAM02经过一定的修正之后,被应用于对数字图像的各项色貌指标的预测。由于亮度为相对色温和Duv的函数,本文给出了CIECAM02明度计算的修正公式。通过三组实验的图像和原始数据对所提出模型的检测,结果显示,修正后的CIECAM02预测与视觉实验结果在三个测试试验中均表明显著相关。

关键词： CIECAMO2 明度彩度色度组成均匀度

来源： cnki会议评论

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利用HDR图像获得场景的绝对亮度

利用HDR图像获得场景的绝对亮度

猪TREX1基因的真核表达及其在JEV感染中的作用研究

2015第四届中国印刷与包装学术会议

作者： Muhammad safdar 罗明朱玉腾刘晓瑜浙江大学现代光学仪器国家重点实验室英国利兹大学设计学院哈尔滨工程大学理学院

在许多实际应用中,我们都需要获得场景的绝对亮度量,如彩色图像的重现（尤其是室外图像）,监控图像,光貌的模型,眩光的预测等。目前,市场上可用于测量场景亮度的亮度相机不仅成本昂贵,而且还受限于动态范围。因此,设计一种有效且低成本... 详细信息

在许多实际应用中,我们都需要获得场景的绝对亮度量,如彩色图像的重现（尤其是室外图像）,监控图像,光貌的模型,眩光的预测等。目前,市场上可用于测量场景亮度的亮度相机不仅成本昂贵,而且还受限于动态范围。因此,设计一种有效且低成本的方法来获得场景中的每个像素点的绝对亮度就非常有必要。本文提出了一种基于RGB数码相机,利用高动态范围（HDR）成像,结合相应的数学模型,最终获得场景图像中每个像素的绝对亮度的方法。这种实验模型是通过远程光谱辐射计测量获得一处小点的平均亮度来进行校正的。实验结果显示,该模型的预测结果与远程光谱辐射计测量结果非常吻合。

关键词：高动态范围 RGB XYZ 亮度辐射度图像校正

来源： cnki会议评论

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中国动物传染病学报 2022年第1期30卷 1-5页

作者： safdar Anum 李慧李壮壮相笑魏建超刘珂邵东华李蓓蓓马志永邱亚峰中国农业科学院上海兽医研究所上海200241

为了明确猪TREX1在JEV感染中的作用,本研究利用PCR扩增获得猪TREX1基因的ORF,并将该基因克隆至真核表达载体p3xFlag-CMV-14中,将构建的重组真核表达质粒命名为pFlag-pTREX1,利用lipofectamine 2000将构建成功的pFlag-pTREX1重组质粒瞬... 详细信息

为了明确猪TREX1在JEV感染中的作用,本研究利用PCR扩增获得猪TREX1基因的ORF,并将该基因克隆至真核表达载体p3xFlag-CMV-14中,将构建的重组真核表达质粒命名为pFlag-pTREX1,利用lipofectamine 2000将构建成功的pFlag-pTREX1重组质粒瞬时转染至293T细胞中,通过Western blot检测其表达情况,最后在PIEC细胞上,通过猪TREX1基因过表达或沉默TREX1基因的表达,分析其在JEV感染中的作用。结果显示:本研究成功构建了Flag-pTREX1真核表达载体;利用抗Flag抗体可以识别真核表达的Flag-pTREX1融合蛋白,约35 kDa;与转染Flag-vector的样品相比,过表达猪TREX1促进JEV在PIEC上的感染;与NC对照组相比,沉默猪TREX1基因的表达抑制JEV在PIEC上的表达。结果表明,本研究成功构建了猪TREX1基因真核表达载体并初步探索了猪TREX1在JEV感染中的作用,这为进一步研究猪TREX1在猪源病毒中的作用奠定了基础。

关键词： TREX1 真核表达 RNA干扰抗病毒反应 JEV

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3D影像的光谱反射率矫正

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