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Characterization of cancer genomic heterogeneity by next-generation sequencing advances precision medicine in cancer treatment

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Precision Clinical Medicine 2018年第1期1卷 29-48页

作者： Jialing Zhang Stephan Stanislaw Späth sadie l.marjani Wengeng Zhang Xinghua Pan Department of Genetics Yale School of MedicineYale UniversityNew HavenCT USA University of Tibingen TibingenGermany Department of Biology Central Connecticut State UniversityNew BritainCTUSA Precision Medicine Key laboratory of Sichuan Province&Precision Medicine Center West China HospitalSichuan UniversityChengduSichuanChina Department of Biochemistry and Molecular Biology School of Basic Medical SciencesSouthem Medical University Guangdong Provincial Key laboratory of Single Cell Technology and Application GuangzhouGuangdong ProvinceChina

Cancer is a heterogeneous disease with unique genomic and phenotypic features that differ between individual patients and even among individual tumor *** recent years,large-scale genomic studies and new next-generation sequencing technologies have uncovered more scientifc details about tumor heterogeneity,with significant implications for the choice of specific molecular biomarkers and clinical decision making Genomic heterogeneity signifcantly contributes to the generation of a diverse cell population during tumor development and progression,representing a determining factor for variation in tumor treatment *** has been considered a prominent contributor to therapeutic failure,and increases the likelihood of resistance to future therapies in most common *** understanding of molecular heterogeneity in cancer is a fundamental component of precision oncology,enabling the identification of genomic alteration of key genes and pathways that can be targeted ***,we review the emerging knowledge of tumor genomics and heterogeneity,as well as potential implications for precision medicine in cancer treatment and new therapeutic *** analysis and interpretation of the TCGA database was included.

关键词： Genomics heterogeneity next generation sequencing cancer treatment precision medicine

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单细胞基因组学分析的技术前沿

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遗传 2011年第1期33卷 17-24页

作者：潘星华朱海英 marjani sadie l. 耶鲁大学医学院遗传系

基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术... 详细信息

基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。

关键词：单细胞基因组测序第二代测序技术功能基因组学转录组分析染色质免疫共沉淀 CpG甲基化图谱

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Synthesis and Structural Characterization of Organophosphorus Ylide-1-(3-nitrophenyl)-2-(triphenyl phosphoranylidene)ethanone

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Chinese Journal of Structural Chemistry 2015年第3期34卷 373-378页

作者： AlIREZA Dadrass AlI Ramazani AHMAD Poursattar marjani HOJJATOllAH Rahchamani HASSAN Nasri Koureh AlI Souldozi SEPIDEH Samiee KATARZYNA lepokura TADEUSZ lis Department of Chemistry Faculty of Science Urmia University Department of Chemistry Zanjan Branch Islamic Azad University Department of Chemistry Urmia Branch Islamic Azad University Department of Chemistry Faculty of Science Shahid Chamran University Faculty of Chemistry University of Wroc?aw

The title compound Ph3P=C（H）C（O）PhNO2 （l） has been prepared by the addition of triphenylphosphine in acetone as solvent to 2-bromo-1-（3,nitrophenyl）ethanone followed by the addition of alkaline solution of sodium hydroxide. The yellow crystals of the title ylide were grown in methanol/chloroform solution by drop method without stirring at room temperature. The solid state structure of ylide has been established by X-ray crystallography analysis. In the molecule of the title compound, the geometry around the P atom is nearly tetrahedral and the O atom is in synperiplanar orientation to the P atom. The nitrophenyl ring is twisted with respect to the plane of the carbonyl group through an angle of 36.6（1）°. The crystal （C26H20NO3P, Mr = 425.40） belongs to the monoclinic system, space group P21/n with a = 10.889（3）, b = 14.467（3）, e = 13.872（4）A, β = 103.08（3）°, V = 2128.6（10） A3, Z= 4, T= 100（2） K, R = 0.059 and wR = 0.163 for 3984 observed reflections with I〉 2σ（I）.

关键词： crystal structure, phosphorus yUde, 2-bromo-1-(3-nitrophenyl)ethanone,triphenylphosphine

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不同毛色巴什拜羊皮肤组织中10个候选基因表达水平分析

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中国草食动物科学 2024年第3期44卷 39-44页

作者：柴婷左晓佳赛迪古丽王乐吕雪峰胡昕许艳丽新疆畜牧科学院畜牧业质量标准研究所乌鲁木齐830000

为探讨可能影响动物毛色的10个候选基因(TCF25、TYR、TYRP1、ASIP、KIT、MITF、EDNRB、SlC7A11、MC1R和DCT)与巴什拜羊毛色的关系,利用实时荧光定量PCR技术对30只1周岁不同毛色(棕色、白色和黑色各10只)被毛的巴什拜羊皮肤组织中与毛色... 详细信息

为探讨可能影响动物毛色的10个候选基因(TCF25、TYR、TYRP1、ASIP、KIT、MITF、EDNRB、SlC7A11、MC1R和DCT)与巴什拜羊毛色的关系,利用实时荧光定量PCR技术对30只1周岁不同毛色(棕色、白色和黑色各10只)被毛的巴什拜羊皮肤组织中与毛色相关基因的mRNA表达量进行了研究,所有数据使用SPSS 23.0进行单因素方差分析。结果显示,在不同毛色被毛巴什拜羊皮肤中,TCF25、ASIP和EDNRB基因在白色被毛皮肤中的表达量均显著高于黑色和棕色被毛皮肤(PlC7A11基因在不同毛色皮肤组织中均无显著差异(P>0.05)。综上可知,TCF25和ASIP基因主要与巴什拜羊白色被毛性状相关,TYR、TYRP1、DCT和MC1R主要与巴什拜羊黑色被毛性状相关,而MITF和EDNRB基因参与调控巴什拜羊棕色和白色被毛性状的具体作用机制还有待进一步探究。

关键词：毛色性状巴什拜羊毛色相关基因 qRT-PCR

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