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热力学遗传算法计算效率的改进

软件学报 2008年第7期19卷 1613-1622页

作者：应伟勤李元香 sheu phillip c-y 武汉大学软件工程国家重点实验室湖北武汉430072 Department of Electrical Engineering and computer Science University of CaliforniaIrvineCA 92697USA

热力学遗传算法(thermodynamical genetic algorithms,简称TDGA)借鉴固体退火过程中能量与熵的竞争模式来协调GA中"选择压力"和"种群多样性"之间的冲突.然而TDGA目前极高的计算代价限制了其应用.为了提高TDGA的计算效率,首先定义一种等... 详细信息

热力学遗传算法(thermodynamical genetic algorithms,简称TDGA)借鉴固体退火过程中能量与熵的竞争模式来协调GA中"选择压力"和"种群多样性"之间的冲突.然而TDGA目前极高的计算代价限制了其应用.为了提高TDGA的计算效率,首先定义一种等级熵(rating-based entropy,简称RE)度量方法,它能以较小的计算成本度量种群中个体适应值的分散程度.然后引入分量热力学替换规则(component thermodynamical replacement,简称cTR),有效地降低了替换规则的复杂度.同时也证明了cTR规则具有驱动种群自由能近似最速下降的能力.在0-1背包问题上的实验结果表明,RE方法和cTR规则在保持TDGA良好的性能与稳定性的同时,极大地提高了其计算效率.

关键词：遗传算法热力学计算效率多样性度量潜换规则

Pre-operative visceral adipose tissue radiodensity is a potentially novel prognostic biomarker for early endoscopic post-operative recurrence in crohn’s disease

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World Journal of Gastrointestinal Surgery 2024年第3期16卷 740-750页

作者： phillip Gu Shishir Dube Norman Gellada So yung choi Susan Win yoo Jin Lee Shaohong yang Talin Haritunians Gil y Melmed Eric A Vasiliauskas Niru Bonthala Gaurav Syal Andres J yarur David Ziring Shervin Rabizadeh phillip Fleshner cindy Kallman Suzanne Devkota Stephan R Targan Dalin Li Dermot PB McGovern Department of Medicine Cedars-Sinai Medical CenterLos AngelesCA 90048United States Department of Imaging Cedars-Sinai Medical CenterLos AngelesCA 90048United States Department of Biostatistics Shared Resource Cedars-Sinai Medical CenterLos AngelesCA 90048United States Department of Internal Medicine Keimyung University School of MedicineDaegu 42601South Korea Department of Medicine University of California at Los AngelesLos AngelesCA 90095United States Department of Medicine University of California at San DiegoSan DiegoCA 92093United States Department of Pediatrics Cedars-Sinai Medical CenterLos AngelesCA 90048United States Department of Surgery Cedars-Sinai Medical CenterLos AngelesCA 90048United States

BAcKGROUND Evidence suggests inflammatory mesenteric fat is involved in post-operative recurrence(POR)of crohn’s disease(cD).However,its prognostic value is INTRODUcTION crohn’s disease(cD)is a debilitating chronic immune-mediated inflammatory disease(IMID)of the gastrointestinal tract that is increasing in incidence and prevalence globally[1].cD patients often undergo surgery for disease-related complic-ations and/or medically refractory disease.Unfortunately,surgery is not curative,and many patients develop post-operative recurrence(POR)of cD with a significant proportion eventually requiring additional surgeries.With advances in early detection and therapeutics,the contemporary 10-year risk of surgery has improved from 50%to 26%,but the risk of recurrent surgery has remained unchanged at 30%,suggesting a need to improve post-operative management strategies[2].Presently,there are two accepted strategies to mitigate POR,but each have potential limitations.Firstly,patients start early post-operative pharmacologic prophylaxis within 4-6 wk after surgery.This strategy can potentially overtreat a subset of patient who may not develop long-term disease recurrence off therapy.consequently,these patients are at risk of medication-related adverse events and the direct and indirect costs associated with therapy with little or no benefit[3].The second strategy is performing early colonoscopy within 6-12 months after surgery and escalating therapy based on FOOTNOTES Author contributions:Gu P is the guarantor of the article and was involved in concept and design,data collection,statistical analysis,drafting of manuscript,and final approval of manuscript;Dube S and choi Sy were involved in statistical analysis,drafting of the manuscript,and final approval of manuscript;Gellada N,Win S,Lee yJ and yang S were involved in the data collection,drafting of the manuscript,and final approval of manuscript;Haritunians T and Li D were involved in data analysis and interpretation,drafting of manuscript and final approval of manuscript;

关键词： crohn’s disease Surgery Visceral adipose tissue Mesenteric adipose tissue creeping fat computed tomography

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演化多目标优化中的几何热力学选择

计算机学报 2010年第4期33卷 755-767页

作者：应伟勤李元香 sheu phillip c-y 吴昱余法红武汉大学软件工程国家重点实验室武汉430072 加州大学尔湾分校电气工程和计算机科学系美国加利福利亚92697

热力学遗传算法(Thermodynamical Genetic Algorithms,TDGAs)借鉴热力学中的自由能极小过程来统一处理多目标优化在逼近性和多样性两方面的任务.为提高TDGA的运行效率和解集分布均匀性,提出了一种几何热力学选择.在该选择中首先定义角... 详细信息

热力学遗传算法(Thermodynamical Genetic Algorithms,TDGAs)借鉴热力学中的自由能极小过程来统一处理多目标优化在逼近性和多样性两方面的任务.为提高TDGA的运行效率和解集分布均匀性,提出了一种几何热力学选择.在该选择中首先定义角度熵通过扇形采样来度量种群逼近方向的多样性.然后利用距离精英定义距离能量来度量种群的逼近程度,避免了耗时的非劣分层操作.此外,引入分量热力学替换规则以较低计算代价驱动种群的几何自由能快速下降.在多目标0/1背包问题上的实验结果表明,几何热力学选择极大地提高了TDGA的运行效率和解集分布均匀性;采用该选择的TDGA算法可生成与NSGA-II在逼近性和分布多样性上性能相当的解,但在运行效率上明显优于NSGA-II.

关键词：多目标优化演化算法热力学替换角度熵距离能量

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一种新的语义对象行为语言

计算机科学 2008年第11期35卷 272-275页

作者：张桂刚 phillip c-y sheu 黄蓓蓓龚志远武汉大学软件工程国家重点实验室武汉430072 加州大学尔湾分校电子工程与计算机科学系加州CA92697

针对人类用自然语言与机器交互所面临的巨大鸿沟,提出了一种基于类自然语言的语义对象行为语言。SOBL是一种宣称式的陈述语言,用于开发数据库驱动的应用,支持复杂的用户交互,主要由一个SemanticObjectsTM的对象关系开发框架所支持。该... 详细信息

针对人类用自然语言与机器交互所面临的巨大鸿沟,提出了一种基于类自然语言的语义对象行为语言。SOBL是一种宣称式的陈述语言,用于开发数据库驱动的应用,支持复杂的用户交互,主要由一个SemanticObjectsTM的对象关系开发框架所支持。该语言扩展结构化自然语言,携带语义信息,能够面向非程序员使用,降低了软件的开发难度。最后通过一个具体的实例验证了该语言的有效性。

关键词：语义对象行为语言语义对象技术^TM 语义语义计算

Data Hiding in DNA for Authentication of Plant Variety Rights

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Journal of Electronic Science and Technology 2013年第1期11卷 38-43页

作者： Wei-Liang Tai charles c.N.Wang phillip c.y.sheu Jeffrey J.P.Tsai the Department of Information communications Chinese Culture University the Department of Biomedical Informatics Asia University

Hiding data in acid （DNA） can facilitate annotation of important plant the deoxyribose nucleic the authentication and variety rights. A grant of plant variety rights for a new plant variety gives you the exclusive right to produce for sale and sell propagating material of the variety. Digital watermarking techniques have been proposed for a wide range of applications, including ownership protection, copy control, annotation, and authentication. However, existing data hiding methods for DNA change the functionalities of DNA sequences, which induce morphological changes in biological patterns. This paper proposes a high capacity data hiding scheme for DNA without changing the functionalities of DNA sequences. This scheme adaptively varies the embedding process according to the amount of hidden data. Experimental results show that the proposed scheme gives a significantly improved hiding performance than previous schemes. And the robustness and security issues are also analyzed.

关键词： Authentication,data hiding,deoxyribose nucleic acid,watermarking.

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一种互联网海量情报规则优化方法

小型微型计算机系统 2011年第11期32卷 2204-2209页

作者：张桂刚张勇尤川川李超邢春晓 Philip c-y sheu 清华大学信息技术研究院北京100084 清华大学信息科学与技术国家实验室北京100084 武汉大学软件工程国家重点实验室武汉430072 美国加州大学尔湾分校电子与信息工程系美国加州92697

现在很多部门都需要通过规则处理海量情报数据,规则的数量一旦达到海量级规模,对规则的处理技术的要求将会变得越来越高,海量规则的优化将是一个十分重要的问题.文中展示了一种海量规则的优化方法.若两个规则网最后的计算结果是一样的,... 详细信息

现在很多部门都需要通过规则处理海量情报数据,规则的数量一旦达到海量级规模,对规则的处理技术的要求将会变得越来越高,海量规则的优化将是一个十分重要的问题.文中展示了一种海量规则的优化方法.若两个规则网最后的计算结果是一样的,则可以认为这两个规则网是等价的.基于该等价规则模块的变换可以将代价小的规则模块替换掉代价大的规则模块,从而以后可以选择一种代价最小的规则模块.本文提出规则网模块等价替换的5种优化方法,并对其做了相应的证明.通过优化,可以使得海量规则网处于计算代价尽量最小状态,以此减少处理机的计算工作量.分析表明,通过等价规则替换,可以大大提高规则处理效率.

关键词：规则海量情报规则等价替换规则优化

基于RDF4S的一种轻量语义Web服务组合

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计算机科学 2009年第6期36卷 114-118页

作者：黄蓓蓓 Philip c-y sheu 应时张韬崔华张桂刚武汉大学软件工程国家重点实验室武汉430072 加州大学尔湾分校电子工程与计算机科学系美国加州92697

首先简要介绍语义Web服务资源描述框架(RDF4S),在此基础上提出语义Web服务包装机制,语义Web服务经包装后,分别通过组合接口和调用接口为组合语义Web服务的设计与调用提供支持。然后分别详细介绍组合语义Web服务的设计存储和调用执行:通... 详细信息

首先简要介绍语义Web服务资源描述框架(RDF4S),在此基础上提出语义Web服务包装机制,语义Web服务经包装后,分别通过组合接口和调用接口为组合语义Web服务的设计与调用提供支持。然后分别详细介绍组合语义Web服务的设计存储和调用执行:通过图形化的设计工具按照语义Web服务的3种基本逻辑关系设计组合结构图,然后将该图映射到组合结构信息表存储,组合语义Web服务执行时根据结构信息表生成语义Web服务代理对象和相应的语义消息,再根据语义消息传递机制调用Web服务实体。最后用一个实例展示组合语义Web服务执行时的消息传递,试验表明该方法有效。

关键词：服务资源描述框架语义Web服务包装组合结构信息表语义消息语义消息传递机制

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甘蔗农艺性状与光能利用关系的初步研究

台湾农业情况 1984年第1期 22-27页

作者： y、S.sheu R、T、Tang c、c、LO 钟敏修

田间试验有助于甘蔗农艺性状与光能利用关系的研究。用三种不同分叶型态的品种,ROc1（低蘖）、F160（中等）和71—296（高蘖）,发现ROc1可以算是一个高光效的品种。结果显示ROc1如下的一些农艺性状,优于其他品种: 1.良好的叶/宁排列——... 详细信息

田间试验有助于甘蔗农艺性状与光能利用关系的研究。用三种不同分叶型态的品种,ROc1（低蘖）、F160（中等）和71—296（高蘖）,发现ROc1可以算是一个高光效的品种。结果显示ROc1如下的一些农艺性状,优于其他品种: 1.良好的叶/宁排列——ROc1品种均匀的叶片分布和较低的叶面积指数,意味着其整个植株冠层光幅射高效分布的可能性。 2.高的特效的叶面积——ROc1在七月份时有较高的特效的叶面积,保证其有较高的光能利用潜力。 3.强的气候适应性——ROc1在热的气候时有高的净同化率,和对荫蔽反应不敏感显示其优于大面积栽培品种F160。

关键词：甘蔗品种 ROc 净同化率光合生产率叶面积指数农艺性状光能利用

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甘蔗SSR和AFLP分子遗传连锁图谱构建

作物学报 2010年第1期36卷 177-183页

作者：刘新龙毛钧陆鑫马丽 Karen Sarah AITKEN phillip Andrew JAcKSON 蔡青范源洪云南省甘蔗遗传改良重点实验室云南开远661600 云南省农业科学院甘蔗研究所云南开远661600 澳大利亚联邦科学与工业研究组织(cSIRO)植物研究中心云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所云南昆明650223

采用甘蔗商业品种co419与野生种割手密y75/1/2杂交,获得269个单株,组成F1群体,用F102/356与商业品种ROc25回交获得266个单株,组成Bc1群体。利用筛选的多态性条带丰富的36对SSR引物和12对AFLP引物,对两个群体进行PcR扩增和分子遗传连锁分... 详细信息

采用甘蔗商业品种co419与野生种割手密y75/1/2杂交,获得269个单株,组成F1群体,用F102/356与商业品种ROc25回交获得266个单株,组成Bc1群体。利用筛选的多态性条带丰富的36对SSR引物和12对AFLP引物,对两个群体进行PcR扩增和分子遗传连锁分析,构建甘蔗分子遗传连锁图谱。用F1群体获得630个分离标记,经χ2检测,298个标记为单双剂量标记,占总标记数的47%;用Bc1群体获得571个分离标记,有264个标记为单双剂量标记,占总标记数的46%;4个亲本获得单双剂量标记的数量依次为co419>02/356>y75/1/2>ROc25。在LOD≥5.0,相邻标记遗传距离≤40cM的条件下,F1群体有134个单双剂量标记被纳入55个连锁群,其中39个连锁群归属8个同源组,16个未列入,总遗传距离为1458.3cM,标记间平均图距为10.9cM;Bc1群体有133个单双剂量标记被纳入47个连锁群,其中34个连锁群归属于8个同源组,13个连锁群未列入,总遗传距离为1059.6cM,标记间平均图距为8.0cM。从4个亲本单双剂量标记进入的连锁群数来看,co419最多,归入34个连锁群,其次为y75/1/2,归入20个连锁群,第3为02/356和ROc25,归入19个连锁群。研究结果表明,从单双剂量标记比例、形成连锁群数量、总遗传距离来看,F1群体构图质量要优于Bc1群体。

关键词：甘蔗遗传连锁图谱 SSR AFLP 群体