检索结果-南通市图书馆

Journal of Environmental Sciences 2020年第4期32卷 59-66页

作者： Lihua Fan Xiaofeng Zhang ruoxue zeng Suhua Wang Chenchen Jin Yongqiang He Jiangbing Shuai Department of Food Science and Nutrition Zhejiang Key Laboratory for Agro-Food ProcessingZhejiang UniversityHangzhou 310016China Zhejiang Academy of Science and Technology for Inspection and Quarantine Hangzhou 310058China

To correctly assess and properly manage the public health risks associated with exposure to contaminated water,it is necessary to identify the source of fecal pollution in a watershed.In this study,we evaluated the efficacy of our two previously developed real time-quantitative PCR(qPCR)assays for the detection of swine-associated Bacteroidales genetic markers(gene 1-38,gene 3-53)in the Yangtze Delta watershed of southeastern China.The results indicated that the gene 1-38 and 3-53 markers exhibited high accuracy(92.5%,91.7%conditional probability,respectively)in detecting Bacteroidales spp.in water samples.According to binary logistic regression(BLR),these two swine-associated markers were well correlated(P<0.05)with fecal indicators(Escherichia coli and Enterococci spp.)and zoonotic pathogens(E.coli O157:H7,Salmonella spp.and Campylobacter spp.)in water samples.In contrast,concentrations of conventional fecal indicator bacteria(FIB)were not correlated with zoonotic pathogens,suggesting that they are noneffective at detecting fecal pollution events.Collectively,the results obtained in this study demonstrated that a swinetargeted qPCR assay based on two Bacteroidales genes markers(gene 1-38,gene 3-53)could be a useful tool in determining the swine-associated impacts of fecal contamination in a watershed.

关键词： Bacteroidales genes markers Water pollution Real-time quantitative PCR Fecal indicators Zoonotic pathogens

Validation of an internally controlled multiplex real time RT-PCR for detection and typing of HEV genotype 3 and 4

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六种猪呼吸道RNA病毒MALDI-TOF MS同步检测体系的构建

第六届中国兽药大会

作者： Jiangbing Shuai Yongqiang He Hongfei Mo ruoxue zeng Xiaofeng Zhang Zhejiang Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau

Hepatitis E virus(HEV) genotypes 1 and 2 are restricted to humans,whereas genotypes3(HEV 3) and genotype 4(HEV 4) infect humans and a variety of animal species.Cross-species infections by animal strai

关键词：

来源： cnki会议评论

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微生物学报 2023年第9期63卷 3653-3666页

作者：张晓峰宋士琦曾若雪陈吴健莫虹斐王正亮帅江冰杭州海关技术中心浙江杭州311202 浙江省检验检疫科学技术研究院浙江杭州310016 中国计量大学生命科学学院浙江杭州310018

【目的】建立猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)、猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)、口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)和猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)多目标检测方法,同时对SIV进行通用型、H1型及H3型分型检测。【方法】本研究根据6种病原体基因的保守序列,设计了6对加标引物及对应的延伸探针并进行单反应试验。通过体系优化引物浓度和反应条件,以及方法特异性、重复性及灵敏度分析,使用MALDI-TOF MS检测方法及荧光定量PCR方法分别对临床样本和猪源产制品进行检测,并对结果进行对比验证。【结果】质谱结果显示,6种产物峰仅在靶标病毒对应的产物位置出现峰值,其他常见猪病病原在质谱图像中均未出现干扰,表明该体系的特异性良好。体系中每种病毒在高、中、低浓度时的批内阳性符合率均为100%,批间符合率均≥96.7%,表明该体系的重复性良好。灵敏度分析结果显示,体系中各病毒最低检测限在6.73–21.25拷贝/μL范围。应用MALDI-TOF MS多重检测方法对124份组织、饲料及猪肉样品进行检测,检出PRRSV阳性样本9份,SIV阳性样本3份(其中SIV-H1阳性样本2份,SIV-H3阳性样本1份)。将以上结果与荧光定量PCR方法分析结果进行对比验证,2种方法对各病原体检测结果的总符合率可达到99.2%–100%。【结论】本研究建立的6种猪呼吸道RNA病毒MALDI-TOF MS同步检测方法为相关疫病监测和快速鉴别,以及便利化进出口动物检疫等提供了一种新的敏感、特异的高通量多目标检测技术。

关键词：猪呼吸道病毒基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 高通量检测

猪急性腹泻综合征冠状病毒微滴数字PCR技术的建立和应用

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病毒学报 2023年第5期39卷 1385-1394页

作者：陈可欣曾若雪裘慧金晨晨陈小金董志珍宋厚辉张晓峰帅江冰浙江农林大学动物科技学院·动物医学院杭州311300 浙江省检验检疫科学技术研究院杭州310016 天津海关动植物与食品检测技术天津300461

猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)是近年来在我国新发现的一种会引起猪严重腹泻的冠状病毒,本文旨在建立一种特异性强、重复性好、灵敏度高的SADS-CoV微滴式数字聚合酶链式反应(Digital d... 详细信息

猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)是近年来在我国新发现的一种会引起猪严重腹泻的冠状病毒,本文旨在建立一种特异性强、重复性好、灵敏度高的SADS-CoV微滴式数字聚合酶链式反应(Digital droplet PCR,ddPCR)检测方法。采用SADS-CoV的N基因作为本研究的靶基因,根据其基因序列设计特异性引物及探针。通过优化反应体系中的反应条件,分析方法特异性、敏感性和稳定性,并对临床样本和猪源产制品进行检测验证,建立了猪急性腹泻综合征冠状病毒微滴数字PCR体系。本方法确定最佳引物浓度为500 nmol/L,最佳探针浓度为250 nmol/L,且在58℃反应条件下,ddPCR检测结果最优。本方法与其他常见猪源性病毒无交叉反应,特异性强;本方法重复性好,批间与批内变异系数均小于10%。本ddPCR方法在动态范围内最低检测限为3.85拷贝/反应,比荧光定量PCR(qPCR)高10倍以上。采用qPCR和ddPCR分别对90份样品进行检测,ddPCR方法阳性检出率为13.33%(12/90)优于qPCR阳性检出率11.11%(10/90)。本文首次建立了单重SADS-CoV ddPCR检测方法,其有更优的可靠性以及抗干扰性,为定量检测动物组织、饲料、血清和粪便等样品中SADS-CoV提供了新的、稳定的技术手段。

关键词：猪急性腹泻综合征冠状病毒微滴数字PCR 定量检测方法

基于基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱的猪呼吸道病毒多目标鉴定方法的建立和应用

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微生物学报 2023年第7期63卷 2713-2727页

作者：宋士琦裘慧陈吴健莫虹斐金晨晨曾若雪王巍郭惠民帅江冰王正亮张晓峰中国计量大学生命科学学院浙江杭州310018 杭州海关技术中心浙江杭州311202 浙江省检验检疫科学技术研究院浙江杭州310016 浙江迪谱诊断技术有限公司浙江杭州311100

【目的】建立能高效同步鉴定猪伪狂犬病毒(porcine pseudorabies virus,PRV)、猪圆环病毒2型(porcine circovirus 2,PCV-2)和3型(porcine circovirus 3,PCV-3)、非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)以及猪博卡病毒1型(porcine bocavirus group 1,PBoV-G1)、2型(porcine bocavirus group 2,PBoV-G2)和3型(porcine bocavirus group 3,PBoV-G3)等呼吸道病毒的核酸基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)高通量多目标检测技术。【方法】根据7种病原体基因的保守序列,分别设计不同病原的引物及对应的单碱基延伸探针,通过引物浓度和反应条件优化,方法特异性、敏感性和稳定性分析,以及临床样本和猪源产制品的检测验证,建立常见猪呼吸道DNA病毒的MALDI-TOF MS多目标检测体系。【结果】质谱分析显示,多目标检测体系的7种靶标产物峰只在特定病毒阳性样品检测时产生,与其他病原体检测无交叉反应,表明该方法对7种靶标病毒检测特异性良好。重复性试验结果分析显示,体系中每种病毒在高、中、低浓度时批内阳性符合率均≥98.0%,批间均≥98.3%,表明该方法具有较高的稳定性。体系中7种病原体每种病毒最低检测限在8.65–26.27拷贝/μL之间,与荧光PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR)检测方法相当。采用MALDI-TOF MS多重检测方法对100份组织、饲料和猪肉样品进行检测应用,检出2种及以上混合感染样品39份,其中5份样本同步检出5种病原体阳性;对8份ASFV-p72假病毒人工污染样品进行验证,均可检出ASFV阳性。将以上样本检测应用结果与荧光PCR方法进行比对验证,2种方法对于不同病原体检测结果的符合率高达94.4%–100%。【结论】本研究建立的基于MALDI-TOF MS的猪呼吸道常见DNA病毒多重检测方法为猪群相关疫病快速监测和鉴别诊断,以及便利化进出口动物检疫等提供了一种新的敏感、特异的高通量多目标检测技术。

关键词：猪呼吸道病毒基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 高通量检测

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浙江口岸进境邮寄物检疫现状及对策

植物检疫 2014年第2期28卷 91-93页

作者：曾若雪刘筱嘉龚志强童兰英曹爱玲萧山出入境检验检疫局浙江杭州311208

随着国际邮寄业务的迅速发展,外来有害生物随邮寄物入侵我国的风险与日俱增,为防止外来有害生物通过邮寄物传入我国,应加强进境邮寄物的检疫监管。本文通过对浙江省进境邮寄物监管工作现状分析,提出了加强邮寄物检疫监管工作的对策。

关键词：外来有害生物邮寄物检疫

猪粪便污染特异性分子标记筛选及其PCR检测方法的建立

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环境科学学报 2017年第6期37卷 2085-2091页

作者：樊丽华帅江冰莫虹斐曾若雪金晨晨张晓峰陈青何永强浙江工商大学食品与生物工程学院杭州310035 浙江省检验检疫科学技术研究院杭州310016

肠道微生物群落在与其宿主长期协同进化过程中会形成大量的宿主-肠道微生物互作基因,这些互作基因具有一定的宿主肠道微生物特异性,利用其设计分子标记能有效识别粪便污染源.本研究首次利用竞争性杂交的方法富集猪粪便特异性基因,从中... 详细信息

肠道微生物群落在与其宿主长期协同进化过程中会形成大量的宿主-肠道微生物互作基因,这些互作基因具有一定的宿主肠道微生物特异性,利用其设计分子标记能有效识别粪便污染源.本研究首次利用竞争性杂交的方法富集猪粪便特异性基因,从中筛选出具有猪粪便特异性的基因片段,以此设计引物并建立相应的PCR检测方法,并对采集样进行应用调查.竞争性杂交富集的猪粪便特异性基因文库以拟杆菌群(Bacteroidetes)(43.2%)和梭状杆菌群(Clostridia)(19.5%)相似序列为主,其蛋白功能主要分为3大类:与信息贮存与加工有关(7.6%),与细胞加工及信息传导有关(12.8%)以及与代谢有关(22.0%).进一步针对功能蛋白序列筛选宿主粪便特异性分子标记.分析表明序列3-53-2对应引物可作为猪粪便污染的特异性分子标记,针对其建立的常规PCR方法对粪便DNA的检出限可低至0.01 ng·μL-1,且对实际样品具有较高的应用灵敏性(97%)和特异性.进一步对可能受污染水样进行猪粪便污染特异性检测,结果显示不同地区的阳性检出率高达75%~100%,证明了此方法的有效性,可为研究微生物示踪技术在非点源污染方面的应用提供一定的基础数据.

关键词：竞争性杂交宿主-微生物互作基因宿主粪便特异性分子标记常规PCR