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2003年～2005年北京地区甲3型流感病毒流行株金刚烷胺耐药性调查

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中国药房 2006年第6期17卷 443-444页

作者：徐红钱渊许航朱汝南王芳马越中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所流感室北京市100052 首都儿科研究所病毒研究室北京市100020 中国药品生物制品检定所国家细菌耐药性监测中心北京市100050

目的:为我国制订流感大流行防备计划提供参考。方法:对2003年～2005年北京地区流感样患儿分离的流感病毒流行株30株,用RT-PCR一步法扩增流感病毒M2基因片段、测定核酸序列和进行生物信息软件分析,确定耐药性氨基酸位点。结果:M2基因31... 详细信息

目的:为我国制订流感大流行防备计划提供参考。方法:对2003年～2005年北京地区流感样患儿分离的流感病毒流行株30株,用RT-PCR一步法扩增流感病毒M2基因片段、测定核酸序列和进行生物信息软件分析,确定耐药性氨基酸位点。结果:M2基因31位氨基酸被天冬酰胺置换的有20株,显示对金刚烷胺类药耐药率为66.7%。结论:应在我国进一步开展抗流感病毒耐药性监测。

关键词：流感病毒耐药性 M2离子通道金刚烷胺

2020年北京地区儿童中急性胃肠炎相关诺如病毒的分子流行病学特征

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中华儿科杂志 2021年第8期59卷 645-650页

作者：贾立平赵林清周林刘立颖董慧瑾朱汝南钱渊首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020 首都儿科研究所附属儿童医院检验中心北京100020

目的探讨北京地区2020年疫情防控措施下急性胃肠炎患儿诺如病毒的分子流行病学特点。方法采用回顾性重复横断面研究方法,2020年收集首都儿科研究所附属儿童医院就诊急性胃肠炎患儿的粪便标本或呕吐物标本1213份。首先用实时荧光反转录PC... 详细信息

目的探讨北京地区2020年疫情防控措施下急性胃肠炎患儿诺如病毒的分子流行病学特点。方法采用回顾性重复横断面研究方法,2020年收集首都儿科研究所附属儿童医院就诊急性胃肠炎患儿的粪便标本或呕吐物标本1213份。首先用实时荧光反转录PCR进行标本中诺如病毒筛查,然后用反转录PCR对诺如病毒阳性标本进行病毒VP1基因和RdRp基因扩增,据核苷酸序列进行基因分型。采用χ^(2)检验对不同标本类型、患儿不同性别及不同年龄组间诺如病毒的检出阳性率进行比较。结果在1213份急性胃肠炎患儿标本中,共筛查到诺如病毒阳性标本215份,全年的检出阳性率为17.7%,阳性病例集中在秋冬季节[1、10、11及12月阳性率分别为28.6%(18/63)、26.2%(16/61)、22.8%(77/338)以及17.1%(89/520)]。粪便标本的阳性率明显高于呕吐物标本(χ^(2)=9.692,P0.05),各年龄组间诺如病毒检出率差异有统计学意义(χ^(2)=103.112,P<0.01),以6~48月龄诺如病毒的检出率较高。对G基因型分析显示共有3个基因群(GⅠ、GⅡ和GⅨ)诺如病毒流行,以GⅡ基因群为主,占总数的98.5%(196/199)。而GⅡ基因群中以GⅡ.4 Sydney为主要流行株,占GⅡ基因群的55.1%(108/196);其次为GⅡ.2型(29.6%,58/196),以往流行的GⅡ.3型(10.2%,20/196)诺如病毒在本次监测周期中较少。诺如病毒P基因型分析结果显示以GⅡ.P16为主,占61.5%(96/156);其次为GⅡ.P31(19.9%,31/156)。双基因测定结果显示以GⅡ.4 Sydney[P16]为主,占36.4%(56/154),其次为GⅡ.2[P16]占24.7%(38/154)。结论2020年诺如病毒的总阳性率与以往没有大的区别,但流行的基因型别构成有了明显的改变,且呈现多种基因型别诺如病毒的同时流行。

关键词：诺罗病毒胃肠炎基因型

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北京市儿童肠道感染相关腺病毒的病原学研究

中华实验和临床病毒学杂志 2021年第2期35卷 182-187页

作者：刘立颖钱渊董慧瑾贾立平朱汝南首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的了解北京市腹泻患儿及社区健康儿童中人腺病毒(human adenovirus, HAdV)的流行和基因变异特征。方法收集2015—2107年6岁以下门诊腹泻患儿以及2016—2017社区健康儿童的粪便标本共1 834份,检测HAdV六邻体基因进行分型并扩增HAdV-41... 详细信息

目的了解北京市腹泻患儿及社区健康儿童中人腺病毒(human adenovirus, HAdV)的流行和基因变异特征。方法收集2015—2107年6岁以下门诊腹泻患儿以及2016—2017社区健康儿童的粪便标本共1 834份,检测HAdV六邻体基因进行分型并扩增HAdV-41纤维蛋白基因进行序列分析。结果健康儿童和门诊腹泻患儿HAdV的检出率分别为1.5%(8/536)和7.4%(96/1 298),两者间差异有统计学意义(χ^(2)=23.62,P<0.001)。健康儿童和腹泻患儿中HAdV-41均为最主要的检出型别。HAdV在门诊腹泻患儿中的检出无性别差异(χ^(2)=0.002,P=0.961)。除新生儿组无检出外,其他年龄组之间的检出无差异。HAdV流行无明显季节特征。序列分析显示HAdV-41地方流行株分属于3个进化分支,并出现纤维蛋白轴区截短15个氨基酸的毒株。结论 HAdV是引起2015—2017年北京市儿童腹泻的主要病原之一,以HAdV-41为主。

关键词：儿童腹泻人腺病毒纤维蛋白

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儿童手足口病临床诊断评分系统的建立及评价

中国妇幼健康研究 2021年第8期32卷 1187-1194页

作者：黄辉邓莉贾立平朱汝南首都儿科研究所附属儿童医院感染科北京100021 首都儿科研究所附属儿童医院病毒研究室北京100021

目的建立一个儿童手足口病(HFMD)的临床诊断评分系统,并评价其准确度。方法回顾性分析2012年1月至2017年12月在首都儿科研究所附属儿童医院感染科就诊的1 435例年龄≤3岁的急性出疹性疾病患儿的临床资料,根据肠道病毒核酸检测结果,分为H... 详细信息

目的建立一个儿童手足口病(HFMD)的临床诊断评分系统,并评价其准确度。方法回顾性分析2012年1月至2017年12月在首都儿科研究所附属儿童医院感染科就诊的1 435例年龄≤3岁的急性出疹性疾病患儿的临床资料,根据肠道病毒核酸检测结果,分为HFMD组1 094例和非HFMD组341例。随机选取70%作为训练集(1 004例),其余30%作为测试集(431例),采用多元Logistic回归筛选临床变量并建立手足口病临床诊断评分系统,同时在测试集中进行评分系统的验证及评价。结果 HFMD组病程、年龄、暴露史阳性占比均显著大于非HFMD组(χ^(2)/t值分别为3.36、4.44、97.88,P0.05);HFMD组在硬腭、软腭、舌、颊粘膜、牙龈、前胸、后背、臀部和足趾的皮疹分布数量较非HFMD组更多(χ^(2)值分别为61.77、48.25、20.79、41.32、7.73、27.53、30.34、44.23、29.27,P<0.05);HFMD组发热的比例以及白细胞计数和中性粒细胞占比均高于非HFMD组(χ^(2)/t值分别为13.49、5.21、10.17,P<0.05);利用训练集数据共筛选出7项纳入多因素评分预测模型,包括年龄、暴露史、3个口腔溃疡部位(硬腭、软腭、颊粘膜)和2个躯体皮疹部位(背部、臀部),该评分系统受试者工作特征(ROC)曲线下面积为0.80(95%CI:0.77~0.84,P<0.01),敏感度为0.76,特异度为0.68;评分系统在测试集中ROC曲线下面积为0.76(95%CI:0.71~0.81,P<0.01),敏感度为0.76,特异度为0.62。结论该评分系统敏感度、特异度及准确性较好,可作为一种儿童手足口病快速、低成本的辅助诊断方法。

关键词：儿童手足口病肠道病毒临床诊断评分系统受试者工作特征曲线

人呼吸道合胞病毒北京地区A亚型ON1基因型地方株感染A549细胞转录组学分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2024年第2期44卷 128-133页

作者：王凤杰江明礼郭琪李晓芸孙宇朱汝南赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地... 详细信息

目的应用转录组测序方法,分析北京地区人呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)A亚型优势流行基因型ON1地方株感染A549细胞后差异表达基因,为RSV防治提供潜在靶点。方法选用已经过全基因组测序确定为RSV A亚型ON1基因型的地方株(61397-ON1)感染A549细胞,提取总mRNA,通过转录组测序筛选出与未感染的A549细胞为对照的差异表达基因,对其进行GO分析、KEGG通路分析,同时随机选择6个差异表达倍数大于2倍的基因进行qRT-PCR验证。结果以未感染的A549细胞为对照,筛选出1632个差异表达基因,其中807个基因表达上调,825个基因表达下调。差异基因主要参与细胞因子反应以及MAPK级联反应正向调控等免疫应答相关生物过程,并在MAPK信号通路、NOD样受体信号通路、p53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路及NF-κB信号通路发生了富集。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论RSV A亚型ON1基因型毒株感染A549细胞后的差异表达基因主要参与细胞因子应答及免疫相关信号通路,为RSV致病的分子机制及防治策略研究提供基础资料。

关键词：呼吸道合胞病毒地方株 ON1基因型转录组学分析差异表达基因

毛细支气管炎患儿呼吸道合胞病毒分子生物学及临床特征分析

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中华儿科杂志 2017年第8期55卷 586-592页

作者：张拓慧邓洁钱渊朱汝南孙宇王芳田润赵林清首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的探讨呼吸道合胞病毒（RSV）毛细支气管炎患儿的临床特征和病毒的分子生物学特征.方法系统性回顾性研究,收集2006年7月至2016年6月首都儿科研究所毛细支气管炎患儿的鼻咽部分泌物标本（NPA）进行多种呼吸道病毒抗原检测;RSV阳性标... 详细信息

目的探讨呼吸道合胞病毒（RSV）毛细支气管炎患儿的临床特征和病毒的分子生物学特征.方法系统性回顾性研究,收集2006年7月至2016年6月首都儿科研究所毛细支气管炎患儿的鼻咽部分泌物标本（NPA）进行多种呼吸道病毒抗原检测;RSV阳性标本实时PCR法区分亚型;扩增RSV G蛋白全基因确定基因型别;改良Tal评分法评价疾病严重程度.采用t检验、MannWhitney U检验及x2检验.结果2 296例分泌物标本中,961例（41.9％）为RSV阳性,其中719例（74.8％）为RSV A亚型,236例（24.6％）为B亚型;10年间亚型转换模式为A-A-B-B-A-A-B-AB-A-AB,且在A亚型流行季发病例数较多.RSV G蛋白全基因序列分析结果提示6种A亚型基因型（NA1、NA2、NA3、NA4、GA5、ON1）和5种B亚型基因型（BA3、BA7、BA9、BA10、CB1）在北京地区被检出,A亚型中以NA1基因型（55.9％）和ON1基因型（39.1％）为主导基因型,2014年以前以NA1为主（50.0％～100％）,之后以ON1为主（68.0％～90.9％）;B亚型以BA9（90.6％）为绝对优势基因型.对比NA1感染与ON1感染患儿,NA1感染者中位住院时间8d、ON1患儿中位住院时间6d（U=1.035,P=0.005）,且其中重度者（中度：41.0％,重度：10.0％）比ON1患儿（中度：22.9％,重度：4.3％）多（U=9.785,P=0.008）;而ON1患儿出现发热症状的比例（38.6％）较NA1感染者（15.0％）高（x^2 =11.064,P=0.001）,其低月龄者（0～3月龄）所占比例（54.3％）高于NA1感染者（33.0％）（x^2=77.408,P＜0.001）.结论北京地区毛细支气管炎患儿中RSVA、B亚型轮换或共同主导不同的流行季,多个基因型共同存在,基因型别与疾病的临床特征和严重程度存在一定相关性.

关键词：细支气管炎呼吸道合胞病毒儿童基因型临床特征

2010-2016年北京地区儿童肠道病毒感染疾病的病原特征分析

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中华儿科杂志 2018年第8期56卷 575-581页

作者：于方圆朱汝南邓洁宋秦伟贾立平刘立颖钱渊北京大学首都儿科研究所教学医院首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室 100020

目的分析北京地区2010至2016年引起儿童肠道病毒（EV）相关疾病的病原谱变化及其各型别的流行趋势.方法采用重复横断面研究方法,对2010-2016年收集的首都儿科研究所附属儿童医院感染科门诊疑似EV相关疾病患儿的口咽拭子标本进行EV筛查... 详细信息

目的分析北京地区2010至2016年引起儿童肠道病毒（EV）相关疾病的病原谱变化及其各型别的流行趋势.方法采用重复横断面研究方法,对2010-2016年收集的首都儿科研究所附属儿童医院感染科门诊疑似EV相关疾病患儿的口咽拭子标本进行EV筛查.使用实时荧光反转录（RT）PCR反应检测EV、肠道病毒71型（EV-A71）和柯萨奇病毒A组16型（CV-A16）.经自行设计引物、改进引物及PCR扩增条件,通过RT-PCR方法对EV阳性而EV-A71和CV-A16阴性标本依次用CV-A6、EV-A和B组特异性引物以及5＇UTR通用引物进行扩增、测序以确定型别.通过计算构成比的方式分析不同EV型别的流行特点以及在不同年龄组的分布情况,使用x2检验对患儿性别的差异进行统计学分析.结果收集的2 703份口咽拭子标本中EV阳性标本共1 992例,总阳性率为73.7％,其中EV-A71的阳性率为19.1％（516份）,CV-A16为24.3％（658份）,CV-A6为22.2％（600份）,CV-A10为4.5％（122份）,其他型别EV为3.5％（95份）,还有1份标本为EV-A71和CV-A16同时阳性,提示共感染.通过改进EV-A组VP1特异性引物和PCR扩增条件后,EV-A组（除EV-A71、CV-A16、CV-A6和CV-A10）阻性检出率由11.3％（7/62）增加至95.2％（59/62）.2010-2012年,EV阳性标本中CV-A16和EV-A71所占比例最高;然而2013年CV-A6代替CV-A16和EV-A71成为主导病原,所占比例达60.7％（68/112）,远远高于CV-A16（23.2％,26/112）和EV-A71（12.5％,14/112）;2014年,EV型别仍以CV-A16和EV-A71为主;2015和2016年均以CV-A6所占比例最高,分别为68.2％（232/340）和38.6％（151/391）.EV的流行季节多为4至8月份,但每年稍有不同,CV-A6在10和11月份会出现小的流行高峰.EV阳性标本中的男女性别比为1.50∶1,以5岁以下儿童多见.与EV-A71和CV-A16相比,CV-A6更易感染年龄偏小的儿童.结论 2010-2016年北京地区儿童中EV感染的病例中EV病原谱发生了明显变化,自2013年以来,非EV-A71和CV-A16的病原增多,CV-A6逐渐成为EV感染性疾病的主要病原体之一.对PCR引物和扩增条件的改进可以有效地提高检测结果的可靠程度.

关键词：肠道病毒感染流行病学研究特征(主题) 病原谱

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人呼吸道合胞病毒快速抗原检测方法的床旁检测适用性探讨

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中华儿科杂志 2017年第2期55卷 139-143页

作者：丁雅馨田润钱渊孙宇邓洁王芳朱汝南赵林清首都儿科研究所病毒研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京 100020

目的探讨呼吸道合胞病毒（RSV）快速抗原检测方法的临床实用性，为临床选择床旁检测方法提供依据。方法收集2015年1月5日至2月7日首都儿科研究所附属儿童医院临床疑为病毒感染的急性呼吸道感染（ARI）住院患儿呼吸道标本209份，其中包... 详细信息

目的探讨呼吸道合胞病毒（RSV）快速抗原检测方法的临床实用性，为临床选择床旁检测方法提供依据。方法收集2015年1月5日至2月7日首都儿科研究所附属儿童医院临床疑为病毒感染的急性呼吸道感染（ARI）住院患儿呼吸道标本209份，其中包括咽拭子标本78份、鼻咽分泌物标本131份。应用免疫层析方法，对上述标本进行RSV快速抗原检测，应用转录（1iT）-巢式PCR进行RSV核酸检测。对其中的鼻咽分泌物标本，同时应用直接免疫荧光进行RSV抗原检测。统计学分析快速抗原检测方法的灵敏度、特异度及与对照方法间的一致性。结果RSV快速抗原检测方法与直接免疫荧光相比较，在鼻咽分泌物检测中特异度为97．3％，灵敏度为83．9％，两种方法的一致性检验Kappa=0．86；X^2=73．9561，P〈0．01；与RT-巢式PCR相比较，特异度在鼻咽分泌物中为100．0％，咽拭子中为92．0％，灵敏度在鼻咽分泌物中为74．2％，咽拭子中为77．8％，两种方法的一致性检验在鼻咽分泌物中Kappa=0．74，X^2=73．9561，P〈0．01，在咽拭子中Kappa=0．62，X^2=25．2478，P〈0．01。采用RSV快速抗原和RT-巢式PCR检测，咽拭子标本的RSV阳性检出率（21．7％、7．3％）均明显低于鼻咽分泌物标本（78．3％、78．0％）。RSV快速抗原检测方法可床旁、手工操作，整体操作所需时间约为10min。结论RSV快速抗原检测方法与直接免疫荧光及RT-巢式PCR方法相比较，有很好的灵敏度与特异度，RSV快速抗原检测为RSV阳性的标本可确定为阳性，但阴性结果需要进一步经直接免疫荧光及RT-巢式PCR方法确证；对临床诊断为急性呼吸道感染的儿童进行RSV检测时更适合用鼻咽分泌物标本；RSV快速抗原检测方法具有快速、高效、操作方便等特点，适合于床旁检测。

关键词：呼吸道合胞病毒床旁检测抗原检测

2023年春季北京地区儿童急性呼吸道感染病原谱分析

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中华儿科杂志 2024年第2期62卷 159-164页

作者：孙宇朱汝南王芳陈冬梅郭琪周禹彤姚尧贾立平赵林清首都儿科研究所病毒学研究室儿童病毒病病原学北京市重点实验室北京100020

目的探讨北京地区儿童急性呼吸道感染(ARI)的病原谱。方法采用横断面研究,收集2023年2月6日(第6周)至5月28日(第21周)首都儿科研究所附属儿童医院因ARI就诊的9284例患儿呼吸道标本。根据标本来源,分为急诊就诊的流感样病例组、门诊ARI... 详细信息

目的探讨北京地区儿童急性呼吸道感染(ARI)的病原谱。方法采用横断面研究,收集2023年2月6日(第6周)至5月28日(第21周)首都儿科研究所附属儿童医院因ARI就诊的9284例患儿呼吸道标本。根据标本来源,分为急诊就诊的流感样病例组、门诊ARI组及住院ARI组。流感样病例组进行流感病毒(Flu)及人偏肺病毒(HMPV)核酸检测;门诊ARI组进行Flu、呼吸道合胞病毒(RSV)、腺病毒、副流感病毒(PIV)核酸检测;住院ARI组进行Flu、RSV、HMPV、腺病毒、人博卡病毒(HBoV)、鼻病毒、PIV、冠状病毒、肺炎支原体(Mp)及衣原体核酸检测。结果流感样病例组320例患儿中男192例、女128例,就诊年龄4.7(3.6,6.9)岁,Flu A阳性117例(36.6%),其中甲型流感病毒H1N1亚型(H1N1)55例(47.0%),甲型流感病毒H3N2亚型(H3N2)62例(53.0%),第6~9周以H1N1为主(10.0%~50.0%),第10~16周以H3N2为主(15.0%~90.0%);HMPV阳性13例(4.1%),第15周检出率为5.0%(1/20),第20周达30.0%(6/20)。门诊ARI组7573例患儿中男4131例、女3442例,就诊年龄4.0(2.1,5.3)岁,阳性检出率RSV为32.9%(2491/7573),Flu A为12.1%(915/7573);第6~14周以Flu A为主(23.2%~74.7%),第15周开始以RSV为主,阳性检出率为24.8%(36/145)。住院ARI组1391例患儿中男804例、女587例,就诊年龄3.3(0.4,5.8)岁,阳性检出率鼻病毒为18.7%(260/1391)、RSV为12.4%(173/1391)、Flu A为10.2%(142/1391)[H1N1116例(81.7%)、H3N226例(18.3%)]及HMPV为3.1%(43/1391)。第7周开始检出H1N1[10%(6/60)],第11周达高峰[31.8%(21/66)],第8周开始检出H3N2[1.5%(1/68)]。住院ARI组Flu阳性患儿H1N1阳性检出率为81.7%(116/142)。第12周开始检出RSV,阳性检出率为1.3%(1/80),第19周达30.4%(35/115);第21周HMPV阳性检出率为12.1%(14/116)。结论北京地区2023年春季(2至5月)ARI患儿中首先出现Flu流行,前期以H1N1为主,后期以H3N2为主,RSV出现滞后流行,同时需密切关注HMPV。应加强对门诊监测,提前发出流行预警。

关键词：儿童急性呼吸道感染病原