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scPlant:A versatile framework for single-cell transcriptomic data analysis in plants

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Plant Communications 2023年第5期4卷 1-14页

作者： Shanni Cao Zhaohui He ruidong chen Yuting Luo Liang-Yu Fu Xinkai Zhou Chao He Wenhao Yan chen-Yu Zhang Dijun chen State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology School of Life SciencesNanjing UniversityNanjing 210023China National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement Hubei Hongshan LaboratoryHuazhong Agricultural UniversityWuhanChina

Single-cell transcriptomics has been fully embraced in plant biological research and is revolutionizing our understanding of plant growth,development,and responses to external ***,single-cell tran-scriptomic data analysis in plants is not trivial,given that there is currently no end-to-end solution and that integration of various bioinformatics tools involves a large number of required ***,we pre-sent scPlant,a versatile framework for exploring plant single-cell atlases with minimuminput data provided by *** scPlant pipeline is implemented with numerous functions for diverse analytical tasks,ranging from basic data processing to advanced demands such as cell-type annotation and deconvolution,trajec-tory inference,cross-species data integration,and cell-type-specific gene regulatory network *** addition,a variety of visualization tools are bundled in a built-in Shiny application,enabling explo-ration of single-cell transcriptomic data on the fly.

关键词： versatile Plant integration

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植物生物反应器研究现状和展望

江苏农业科学 2009年第6期37卷 76-80页

作者：陈瑞栋南京农业大学生命科学学院江苏南京210095

随着植物转基因技术的发展,将植物体作为生物反应器生产有用的生化产物是当今生命科学技术研究中最热门的领域。与其他生物反应器相比,植物系统有独特的优势,应用前景广阔。本文简介了植物生物反应器的研究发展历史和现状,并对我国植物... 详细信息

随着植物转基因技术的发展,将植物体作为生物反应器生产有用的生化产物是当今生命科学技术研究中最热门的领域。与其他生物反应器相比,植物系统有独特的优势,应用前景广阔。本文简介了植物生物反应器的研究发展历史和现状,并对我国植物生物反应器领域的发展作了一定的展望和讨论。

关键词：植物转基因生物反应器

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多特征融合与卡尔曼预测的车辆跟踪算法

电子测量技术 2023年第7期46卷 32-38页

作者：陈瑞东秦会斌杭州电子科技大学新型电子器件与应用研究所杭州310018

为了解决道路中背景光照变化和部分遮挡条件下单特征跟踪失败的问题,提出了一种基于多特征融合与卡尔曼预测的车辆跟踪算法。多特征融合包括:跟踪车辆的颜色、边缘、纹理,使用颜色直方图描述颜色分布情况,使用具有旋转不变性的局部二值... 详细信息

为了解决道路中背景光照变化和部分遮挡条件下单特征跟踪失败的问题,提出了一种基于多特征融合与卡尔曼预测的车辆跟踪算法。多特征融合包括:跟踪车辆的颜色、边缘、纹理,使用颜色直方图描述颜色分布情况,使用具有旋转不变性的局部二值模式(LBP)描述纹理分布特征,使用改进的Canny算子计算边缘分布信息,建立特征融合函数,利用平均峰值相关能量构造本次跟踪的最佳特征描述。在车辆跟踪过程中相邻两帧之间的特征匹配大于设定阈值时,判定有遮挡,跟踪中断,使用卡尔曼滤波预测当前位置,最后通过不同的实验证明了算法的有效性。

关键词：多特征融合 Canny算子 LBP纹理 Kalman滤波目标跟踪

样本熵在婴儿痉挛症患者生酮饮食治疗中的应用

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中华实用儿科临床杂志 2015年第11期30卷 854-856页

作者：陈瑞东廖建湘遵义医学院研究生部 563003 深圳市儿童医院神经内科

目的通过样本熵定量评估生酮饮食治疗婴儿痉挛症（IS）的临床疗效及脑电图的改变，了解临床疗效与脑电图之间的定量关系。方法选择2010年4月至2013年12月在深圳市儿童医院神经内科门诊及病房诊断为难治性Is并启动生酮饮食的患儿，比较... 详细信息

目的通过样本熵定量评估生酮饮食治疗婴儿痉挛症（IS）的临床疗效及脑电图的改变，了解临床疗效与脑电图之间的定量关系。方法选择2010年4月至2013年12月在深圳市儿童医院神经内科门诊及病房诊断为难治性Is并启动生酮饮食的患儿，比较所有入组的经过生酮饮食治疗的Is患儿治疗前后脑电图样本熵的变化及治疗后临床无发作组和发作组的样本熵差异，探讨生酮饮食对其脑电图的影响及有关因素。结果共入选35例患儿，治疗2个月以上，治疗后无发作10例，仍发作25例。35例患儿生酮饮食治疗前样本为0．377±0．246，治疗后为0．725±0．405，治疗前后比较差异有统计学意义（Z=-4．351，P=0．000）。无发作组治疗前样本熵为0．342±0．277，治疗后为0．929±0．379，治疗前后比较差异有统计学意义（Z=-2．497，P=0．013）；发作组治疗前样本熵为0．391±0．237，治疗后为0．643±0．393，治疗前后比较差异有统计学意义（Z=-3．371，P=0．001）。发作组和无发作组经治疗智力和运动发育均有进步，改善率分别为56％（14／25例）和70％（7／10例），但差异无统计学意义（P=0．704）。结论无论发作控制与否，生酮饮食治疗可使脑电活动的复杂性增高，无发作组更明显；生酮饮食治疗后患者智力、运动发育均有进步。

关键词：婴儿痉挛症 West综合征高峰节律紊乱生酮饮食样本熵

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生酮饮食疗法治疗癫癎新进展

中华实用儿科临床杂志 2015年第12期30卷 888-891页

作者：廖建湘陈瑞东深圳市儿童医院神经内科 518038

生酮饮食（KD）最早用于治疗癫癎,近年来对难治性癫癎的治疗取得较好效果,特别是在Dravet综合征、Doose综合征、婴儿痉挛症、发热性感染相关癫癎综合征（FIRES）、结节性硬化症和局灶性皮质发育不良等顽固性、结构性癫癎等的治疗方面,... 详细信息

生酮饮食（KD）最早用于治疗癫癎,近年来对难治性癫癎的治疗取得较好效果,特别是在Dravet综合征、Doose综合征、婴儿痉挛症、发热性感染相关癫癎综合征（FIRES）、结节性硬化症和局灶性皮质发育不良等顽固性、结构性癫癎等的治疗方面,有了更多的临床证据,尤其是KD能够改善认知、言语和行为问题,值得重视.

关键词：生酮饮食难治性癫癎结构性癫癎

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基于卷积长短期记忆网络的换脸视频检测

激光与光电子学进展 2021年第24期58卷 309-317页

作者：郑博文夏华威陈睿东韩乾坤天津大学电气自动化与信息工程学院天津300072

随着近年假脸合成技术(DeepFake)的发展,当前社交平台充斥着通过换脸技术生成的海量假视频,虽然假视频可以丰富大众的娱乐生活,但是同样存在着曝光隐私等负面问题。如何精准检测出由DeepFake生成的伪造数据已成为网络安全防御领域中一... 详细信息

随着近年假脸合成技术(DeepFake)的发展,当前社交平台充斥着通过换脸技术生成的海量假视频,虽然假视频可以丰富大众的娱乐生活,但是同样存在着曝光隐私等负面问题。如何精准检测出由DeepFake生成的伪造数据已成为网络安全防御领域中一项重要且具有挑战性的任务。针对这一问题,很多科研工作者提出了针对换脸视频的检测方法,但是现有的检测方法均忽略了DeepFake视频帧与帧之间的关联特性。因此,对于部分针对脸部信息进行平滑处理的篡改方法,已有的检测方法的检测准确率有明显的下降。基于此,提出了一种基于长短期记忆(LSTM)网络的DeepFake视频检测算法。该算法能够捕获DeepFake视频帧中的脸部微表情变化,并利用编码器生成局部视觉信息的特征,同时利用注意力机制实现局部信息的权重分配;最后再次借助LSTM网络实现时序空间下视频帧的关联信息融合,从而实现对DeepFake视频数据的有效检测。采用FaceForensics++数据库对所提算法进行了评估,与现有方法相比,实验结果证明了所提算法的优越性。

关键词：机器视觉假脸合成技术检测帧间特性卷积长短期记忆网络注意力机制

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基于模糊聚类的僵尸网络识别技术

计算机工程 2018年第10期44卷 46-50页

作者：陈瑞东赵凌园张小松电子科技大学网络空间安全研究中心成都611731

融合蠕虫、后门、木马等技术为一体的僵尸网络因其可被攻击者用于发送垃圾邮件、实施拒绝服务攻击、窃取敏感信息等,已成为高持续性威胁攻击的"后盾"。现有的僵尸网络检测方法多数局限于特定的僵尸网络类型,且不能有效处理边界附近的数... 详细信息

融合蠕虫、后门、木马等技术为一体的僵尸网络因其可被攻击者用于发送垃圾邮件、实施拒绝服务攻击、窃取敏感信息等,已成为高持续性威胁攻击的"后盾"。现有的僵尸网络检测方法多数局限于特定的僵尸网络类型,且不能有效处理边界附近的数据。为此,提出一种基于网络流量相似性的僵尸网络识别方法。该方法不依赖于数据包内容,可处理加密流量。通过提取数据集中流和包的统计特征,分别对每个特征进行模糊聚类,判别其模糊类别的特征边界,并基于最大隶属度原则判断是否存在僵尸网络流量,根据支持度和置信度筛选关联规则,从而确定具体的僵尸网络类型。实验结果表明,该方法可有效识别僵尸网络流量,并且能够对僵尸网络的类型进行预判。

关键词：僵尸网络检测流量相似性模糊聚类特征边界最大隶属

光滑球拟酵母中AMP代谢对其生理功能的影响

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微生物学报 2016年第7期56卷 1113-1122页

作者：靳丛丛陈修来陈瑞东刘立明江南大学食品科学与技术国家重点实验室江苏无锡214122 江南大学工业生物技术教育部重点实验室江苏无锡214122

【目的】研究光滑球拟酵母(Candida glabrata)中AMP代谢影响其碳流代谢和耐酸胁迫的生理机制。【方法】同源重组法敲除基因cgade12(ORF CAGL0K05027g)和cgade13(ORF CAGL0B02794g)构建双缺菌株cgade12Δade13Δ,与出发菌株(ATCC55)比较ATP水平、碳流代谢酶活性和中间代谢物含量变化分析和AMP代谢对其碳流代谢的影响,对比菌株有机酸胁迫下生长情况及胞内环境变化,研究AMP代谢变化对光滑球拟酵母酸胁迫耐受性的影响。【结果】与出发菌株ATCC55相比,cgade12Δade13Δ的ATP水平下降了12.50%。与ATCC55相比,cgade12Δade13Δ中柠檬酸合成酶、苹果酸脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶、α-酮戊二酸脱氢酶的活性分别上升了31.26%、19.45%、28.96%、18.36%,柠檬酸、α-酮戊二酸、苹果酸、琥珀酸含量分别提高了44.11%、73.60%、50.00%、65.68%。胞内丙酮酸浓度下降20.00%,丙酮酸产量下降73.11%。与ATCC55相比,cgade12Δade13Δ在0.4%丙酮酸、0.6%苹果酸和0.2%乙酸胁迫下的菌体浓度分别提高了8.71%、11.21%和12.71%。在0.2%乙酸胁迫下,菌株cgade12Δade13Δ的H^+-ATPase活性、细胞膜完整度、细胞膜电势分别比出发菌株ATCC55上升了7.04%、8.71%、25.14%,ROS水平下降了19.51%。【结论】基因cgade12、cgade13的缺失导致菌株的ATP水平下降,TCA循环活性和有机酸耐受性上升。

关键词：光滑球拟酵母 AMP代谢碳流代谢耐酸性

靳三针疗法对基底核区脑卒中患者模糊决策能力的影响

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中国康复医学杂志 2018年第6期33卷 675-680页

作者：田亮周亮程瑞动李厥宝闻万顺叶祥明浙江省人民医院康复医学科、杭州医学院附属人民医院杭州310014

目的:探讨靳三针疗法对基底核区脑卒中患者模糊决策能力的影响。方法:采用爱荷华博弈任务分别对20例经常规治疗的基底核区脑卒中患者、20例经靳三针针刺治疗的基底核区脑卒中患者,以及20例年龄、性别及受教育程度匹配的健康对照组进行... 详细信息

目的:探讨靳三针疗法对基底核区脑卒中患者模糊决策能力的影响。方法:采用爱荷华博弈任务分别对20例经常规治疗的基底核区脑卒中患者、20例经靳三针针刺治疗的基底核区脑卒中患者,以及20例年龄、性别及受教育程度匹配的健康对照组进行模糊风险决策能力测试。结果:与健康对照组相比,常规治疗组的脑卒中患者不仅存在数字广度(即倒序DS)(t=-15.4258,P<0.01)及stroop-3错误率(t=12.2369,P<0.01)测试的障碍,还存在模糊决策能力障碍,三组在博弈任务中总净剩值差异有显著性意义(P<0.05),靳三针治疗组的总净剩值高于常规治疗组(t=3.2264,P<0.01),靳三针治疗组与常规治疗组在5个Block中的净剩值两两比较显示,从Block1至Block5两组净剩值的差异逐渐增加,并且在Block4(t=2.2281,P<0.05)和Block5(t=2.2162 P<0.05)的净剩值差异有显著性意义。靳三针治疗组在5个Block的净剩值及总净剩值与正常组相比,差异无显著性意义。相关分析表明,常规治疗组的总净剩值与stroop-3错误率负相关(r=-0.691,P<0.05)。结论:基底核区脑卒中患者在风险概率不明确条件下存在决策能力受损,表现出主动趋利不能。当使用具有明智作用的靳三针治疗后,基底核区脑卒中患者的模糊风险决策能力得到明显改善。

关键词：基底核卒中模糊决策能力针刺治疗靳三针