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A Single-Cell Landscape of Human Liver Transplantation Reveals a Pathogenic Immune Niche Associated with Early Allograft Dysfunction

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Engineering 2024年第5期36卷 193-208页

作者： Xin Shao Zheng Wang Kai Wang Xiaoyan Lu Ping Zhang rongfang guo Jie Liao Penghui Yang Shusen Zheng Xiao Xu Xiaohui Fan Pharmaceutical Informatics Institute College of Pharmaceutical SciencesZhejiang UniversityHangzhou 310058China National Key Laboratory of Chinese Medicine Modernization Innovation Center of Yangtze River DeltaZhejiang UniversityJiaxing 314103China Zhejiang University School of Medicine Hangzhou 310058China NHC Key Laboratory of Combined Multi-organ Transplantation Hangzhou 310003China Department of Hepatobiliary and Pancreatic Surgery Shulan(Hangzhou)Hospital Affiliated to Shulan International Medical CollegeZhejiang Shuren UniversityHangzhou 310000China Engineering Research Center of Innovative Anticancer Drugs Ministry of EducationHarbin 150023China

Liver transplantation(LT)is the standard therapy for individuals afflicted with end-stage liver *** notable advancements in LT technology,the incidence of early allograft dysfunction(EAD)remains a critical concern,exacerbating the current organ shortage and detrimentally affecting the prognosis of ***,the perplexing hepatic heterogeneity has impeded characterization of the cellular traits and molecular events that contribute to ***,we constructed a pioneering single-cell transcriptomic landscape of human transplanted livers derived from non-EAD and EAD patients,with 12 liver samples collected from 7 donors during the cold perfusion and portal reperfusion *** of the 75231 cells of non-EAD and EAD patients revealed an EAD-associated immune niche comprising mucosal-associated invariant T cells,granzyme B^(+)(GZMB^(+))granzyme K^(+)(GZMK^(+))natural killer cells,and S100 calcium binding protein A12^(+)(S100A12^(+))***,we verified this immune niche and its association with EAD occurrence in two independent *** findings elucidate the cellular characteristics of transplanted livers and the EAD-associated pathogenic immune niche at the single-cell level,thus,offering valuable insights into EAD onset.

关键词： Human liver transplantation Early allograft dysfunction Pathogenic immune niche Single-cell analysis Cell-cell communication

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慢性肝病不同肝纤维化阶段的肝脏体积及其病理变化特点

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中华肝脏病杂志 2024年第6期32卷 517-524页

作者：朱亭亭李正鑫袁杰黄恺陈高峰国荣芳赵志敏刘成海上海中医药大学附属曙光医院肝病研究所上海201203 上海市中医临床重点实验室上海201203 肝肾疾病病证教育部重点实验室上海201203 上海市浦东新区公利医院上海200130 上海中医药大学附属曙光医院影像医学科上海201203

目的:测量不同肝纤维化程度慢性肝病患者的肝脏整体与分叶体积,并观察患者肝脏微血管、肝细胞消亡与再生等病理改变,以期了解肝纤维化时肝脏宏观体积变化及其与肝组织微观病理的联系。方法:收集同时进行肝活检组织和腹部磁共振成像检查... 详细信息

目的:测量不同肝纤维化程度慢性肝病患者的肝脏整体与分叶体积,并观察患者肝脏微血管、肝细胞消亡与再生等病理改变,以期了解肝纤维化时肝脏宏观体积变化及其与肝组织微观病理的联系。方法:收集同时进行肝活检组织和腹部磁共振成像检查的慢性乙型肝炎、酒精性脂肪肝、自身免疫性肝病、非酒精性脂肪性肝病、药物性肝病的慢性肝病患者53例。采用Masson染色并根据Ishak肝纤维化分期,将患者分为肝纤维化早期(F1~2)、中期(F3~4)和晚期(F5~6)。应用ITK-SNAP软件测量肝脏和脾脏体积。通过CD31免疫组织化学染色反映肝内血管生成,Ki67与肝细胞核因子4α多重荧光免疫组织化学染色反映肝细胞再生,谷氨酰胺合成酶(GS)染色判断肝实质细胞消亡,原位末端标记法观察肝细胞凋亡。Spearman相关性分析肝体积变化与肝组织病理变化之间的关系。结果:随着肝纤维化进展,总肝体积和右肝叶体积逐渐降低(P<0.05),脾脏体积逐渐升高(P<0.05),CD31、GS的表达逐渐增加(P<0.05),Ki67的表达先升高后下降(P<0.05)。CD31阳性率与右肝叶体积(r=-0.609,P<0.001)和总肝体积(r=﹣0.363,P=0.017)呈负相关。Ki67阳性率与右肝叶体积呈正相关(r=0.423,P=0.018),凋亡细胞的阳性率与总肝体积呈显著负相关(r=-0.860,P<0.001)。GS阳性率与右肝叶体积呈负相关(r=﹣0.440,P=0.002),肝细胞消亡数量与右肝叶体积呈负相关(r=﹣0.476,P=0.013)。CD31阳性染色面积与Ki67阳性染色面积呈负相关(r=﹣0.511,P=0.009)。结论:随肝纤维化进展,患者总肝体积与右肝叶体积缩小,主要与肝组织中肝细胞减少与微血管紊乱有关。

关键词：肝纤维化肝体积肝细胞消亡肝再生肝细胞血管生成诊断

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基于动态低频振幅机器学习对无先兆偏头痛相关睡眠障碍的机制探究

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中国医学计算机成像杂志 2024年第3期30卷 299-304页

作者：侯逸轩詹松华谭文莉徐春阳王立成建明龚志刚龚姝卉张敏国荣芳杨玉婵上海中医药大学附属曙光医院影像医学科上海市201203

目的:采用动态低频振幅技术(dALFF)结合监督学习模型探讨无先兆偏头痛(患者睡眠障碍)的神经影像机制。方法:收集52名确诊为无先兆偏头痛的患者,根据匹兹堡睡眠质量指数将其分为偏头痛伴睡眠障碍组(MwSD)与偏头痛不伴睡眠障碍组(MwoSD),... 详细信息

目的:采用动态低频振幅技术(dALFF)结合监督学习模型探讨无先兆偏头痛(患者睡眠障碍)的神经影像机制。方法:收集52名确诊为无先兆偏头痛的患者,根据匹兹堡睡眠质量指数将其分为偏头痛伴睡眠障碍组(MwSD)与偏头痛不伴睡眠障碍组(MwoSD),并同期招募40名年龄与性别相匹配的健康志愿者作为对照组。使用3.0 T MRI采集其T1WI和BOLD-fMRI图像,通过随机森林(RF)、逻辑回归(LR)、支持向量机(SVM)机器学习算法对其dALFF进行分析。结果:单因素方差分析(one-way ANOVA)显示3组受试者在左侧丘脑、右侧枕中回、左侧楔前叶dALFF有差异;两独立样本t检验显示MwSD组较MwoSD组左内侧和旁扣带回、左侧额中回dALFF值升高,右侧颞上回dALFF值下降;无监督学习模型中SVM性能较好,权重绝对值排名前三的脑区右侧枕中回、左侧楔前叶、左内侧和旁扣带回,均与视觉通路相关。结论:视觉通路相关脑区dALFF值可作为预测MwSD患者的神经影像学标志。

关键词：无先兆偏头痛睡眠障碍动态低频振幅机器学习

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甲状腺微小滤泡增生结节的特征性CT征象

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中国中西医结合影像学杂志 2024年第3期22卷 298-301,321页

作者：国荣芳成建明杨玉婵谢晓峰刘坤丁晓青张敏程瑞新詹松华上海中医药大学附属曙光医院放射科上海200021 上海中医药大学附属曙光医院普外科上海200021 上海中医药大学附属曙光医院病理科上海200021

目的:探讨甲状腺微小滤泡增生结节(FHN)的特征性CT征象。方法:收集经手术病理证实的69例(109个)甲状腺微小FHN(FHN组)和77例(90个)甲状腺微小乳头状癌(PTMC)(PTMC组)的临床和影像学资料。观察2组结节的CT征象,包括平扫密度、强化方式、... 详细信息

目的:探讨甲状腺微小滤泡增生结节(FHN)的特征性CT征象。方法:收集经手术病理证实的69例(109个)甲状腺微小FHN(FHN组)和77例(90个)甲状腺微小乳头状癌(PTMC)(PTMC组)的临床和影像学资料。观察2组结节的CT征象,包括平扫密度、强化方式、囊变、边缘中断征、包膜征及钙化。对2组数据行组间比较,并分析相关CT征象的诊断效能。结果:2组CT平扫密度、强化方式、囊变、边缘中断征、包膜征及钙化差异均有统计学意义(均P<0.05)。阳性预测值高的征象包括CT平扫呈均匀等/高密度(1.000)、平扫密度不均匀(0.894)、强化不均匀(0.804)、囊变(0.838)。阴性预测值高的CT征象为包膜征阴性(0.758)。结论:CT平扫呈均匀性等/高密度或平扫密度不均匀、增强扫描后不均匀强化、伴发囊变、包膜征阴性可能是甲状腺微小FHN的特征性CT征象。

关键词：甲状腺结节体层摄影术,X线计算机

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成型冶金灰脱硫剂对烟气脱硫及其再生的研究

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钢铁 2003年第Z1期38卷 139-142页

作者： Shufeng YE Kuniyuki KITAGAWA Yusheng XIE rongfang ZHAO Zhancheng guo Yunfa CHEN 名古屋大学名古屋大学名古屋大学中国科学院过程工程研究院中国科学院过程工程研究院中国科学院过程工程研究院

冶金灰(MD)因含大量的金属氧化物而有很强的脱硫能力.但是,MD颗粒细小,易被气流吹走,不能直接应用.必须将MD成型为有一定尺寸和足够机械强度后才能采用.研究了成型冶金灰脱硫剂(DSMD)的成型、脱硫和再生.实验结果指出,首先将诸如粘土,... 详细信息

冶金灰(MD)因含大量的金属氧化物而有很强的脱硫能力.但是,MD颗粒细小,易被气流吹走,不能直接应用.必须将MD成型为有一定尺寸和足够机械强度后才能采用.研究了成型冶金灰脱硫剂(DSMD)的成型、脱硫和再生.实验结果指出,首先将诸如粘土,水玻璃,聚磷酸钠等粘结剂,水和MD混合,混合质量比MD:粘土:水玻璃:聚磷酸钠:水为100:3.3:3.3:3.3:5.0,然后将混合粉末压制成圆柱状块体,最后在973 K时结烧3 ***在烟气脱硫(FGD)过程中的脱硫率和MD相近,而且经过几次连续的脱硫-再生循环后,脱硫率仍保持稳定.此外,当DSMD未被贯透和DSMD的硫容量到达约5～6 mol/kg(＞773 K)之前,烟气出口处的H2S浓度可保持在小于10 mg/m3的水平.

关键词：成型冶金灰脱硫剂(DSMD) 脱硫再生

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Effects of 2, 4-Dichlorophenoxy Acetic Acid andLight on Growth of Gerbera (Gerbera jamesoniicv. Daxueju) Callus

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Agricultural Science & Technology 2017年第3期18卷 385-388,393页

作者： Esther Mabafokeng MOHLAKOLA Chunzhen CHENG Yuling LIN rongfang guo Kyaw Thu MIN Yukun CHEN Zhongxiong LAI Institute of Horticultural Biotechnology Fujian Agriculture and Forestry University Fuzhou 350002 China

This study was conducted to determine effects of 2,4-dichlorophenoxy acetic acid(2,4-D) and light on growth of gerbera(Gerbera jamesonii cv. Daxueju) callus. Callus was induced from both petiole and leaf explants of gerbera on Murashige and Skoog medium supplemented with 3% sucrose and various concentrations of 2,4-D and placed under light and dark. Callus induction percentage, callus size and callus fresh and dry weights were efficiently higher when using petiole as explant. MS medium supplemented with 1.5 mg/L 2,4-D showed the highest callus induction percentage of 96.70%. Callus induced under light had larger weight mass. It was indicated that 1.5 mg/L 2,4-D and light could promote growth of gerbera callus from petiole explant.

关键词： Gerbera jamesonii Callus Light Callus growth

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台湾火龙果高产栽培技术

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安徽农学通报 2010年第12期16卷 148-148,181页

作者：郭荣芳蕉岭县农产品质量监督检测站广东蕉岭514100

介绍了台湾火龙果特点,并提出高产栽培技术要点,供生产参考。

关键词：台湾火龙果高产栽培技术

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芥蓝AOP基因家族生物信息学分析

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应用与环境生物学报 2021年第6期27卷 1653-1661页

作者：赵怡娇唐为玲李尊文赖钟雄郭容芳福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002 福建农林大学戴尔豪西大学联合实验室福州350002

芥子油苷(GS)是一类植物次生代谢产物,其多样性是由特定氨基酸前体延伸和侧链修饰所致.在侧链修饰过程中,AOP2和AOP3被证明可催化甲基亚磺酰基烷基GS分别形成烯基和羟烷基GS.为了解芥蓝(Brassica alboglabra)AOP基因家族成员编码2-氧化... 详细信息

芥子油苷(GS)是一类植物次生代谢产物,其多样性是由特定氨基酸前体延伸和侧链修饰所致.在侧链修饰过程中,AOP2和AOP3被证明可催化甲基亚磺酰基烷基GS分别形成烯基和羟烷基GS.为了解芥蓝(Brassica alboglabra)AOP基因家族成员编码2-氧化戊二酸双加氧酶的生物学功能,利用鉴定的家族成员进行蛋白质理化性质、蛋白质保守结构、基因结构、染色体定位、共线性关系、系统进化树、启动子顺式作用元件以及编码蛋白互作预测的生物信息学分析.结果显示芥蓝中有17个AOP基因家族成员,蛋白质分子量为34 106.15-51 346.77,属酸性非分泌蛋白质,分布在6条染色体上;系统进化树分析结果显示AOP基因家族可分为两大类;成员均包含DIOX_N和FE2OG_OXY结构域,Motif相对保守;成员启动子可能有多个转录起始位点,包含非生物胁迫应激响应元件及MYB结合位点,推测MYB可能通过调控AOP进而调控芥蓝GS代谢;AOP基因家族编码蛋白间不互作,与MYB、NDUF等蛋白互作;AOP家族成员间有3对共线性关系,与拟南芥基因组和芜菁基因组之间分别存在9对、20对共线性关系.本研究表明芥蓝17个AOP基因家族成员在功能上存在差异,且该家族成员参与光、多种激素信号和MYB转录因子复杂的调控网络,结果可为今后人工调控芥蓝GS组分和含量提供理论依据.

关键词：芥蓝 AOP基因家族成员鉴定功能分析

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芥蓝MAM基因家族成员鉴定、分析及表达

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应用与环境生物学报 2022年第2期28卷 491-497页

作者：陈家璇陈泽源赵怡娇 Wang-Pruski Gefu 郭容芳福建农林大学戴尔豪西大学联合实验室福州350002 福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002 戴尔豪西大学农学院植物食品和环境科学系特鲁罗NS B2N 5E3

在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了10个芥蓝(Brassica alboglabra)MAM家族基因,进行生物信息学分析并利用qRT-PCR检测BoMAM在芥蓝6个部位的表达情况.理化性质分析表明,10个BoMAM蛋白序列长度为191-623 aa,相对分子量为21 385.73-... 详细信息

在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了10个芥蓝(Brassica alboglabra)MAM家族基因,进行生物信息学分析并利用qRT-PCR检测BoMAM在芥蓝6个部位的表达情况.理化性质分析表明,10个BoMAM蛋白序列长度为191-623 aa,相对分子量为21 385.73-67 608.93,理论等电点pI介于5.70-9.43之间;拟南芥(Arabidopsis thaliana)、番茄(Solanum lycopersicum)、芜青(Brassica rapa)、油菜(Brassica napus)和芥蓝的MAM基因家族系统进化树分析显示MAM家族基因可分成2类4个亚家族,物种中MAM基因的亲缘关系符合期望的物种间系统进化关系;MEME分析表明10个BoMAM基因都具有HMGL-like结构域的保守基序结构;染色体定位和进一步分析表明芸薹属全基因组三倍乘事件对BoMAM家族的形成起到重要作用;启动子分析表明BoMAM启动子区域中包含大量光响应、激素响应和逆境响应相关顺式作用元件;qRT-PCR结果表明成员BoMAM1/2/7在种荚中的表达极高,BoMAM8/9在各部位中均有表达;相关性分析结果显示,BoMAM1与BoMAM2、BoMAM1与BoMAM7、BoMAM2与BoMAM7、BoMAM3与BoMAM8、BoMAM8与BoMAM9基因两两之间呈极显著相关(P <0.01),表明MAM基因相互间密切相关,可能存在协同作用.本研究表明全基因组加倍、串联重复和片段丢失可能是BoMAM家族演变的动力,且家族成员可能受到光、激素和逆境调控而参与芥子油苷合成.(图5表3参43)

关键词：芥蓝 MAM基因家族芥子油苷生物信息学表达分析

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基于转录组的芥蓝NAC家族成员鉴定与分析

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分子植物育种 2022年第22期20卷 7332-7341页

作者：刘涛陈家璇 Gefu Wang-Pruski 郭容芳福建农林大学园艺学院戴尔豪西大学联合实验室福州350002 福建农林大学园艺学院园艺植物生物工程研究所福州350002 戴尔豪西大学农学院特鲁罗NSB2N5E3加拿大

本研究运用生物信息学方法,基于转录组数据在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了28个芥蓝(Brassica alboglabra)NAC家族基因,对该家族成员蛋白基本理化信息、内含子、蛋白保守结构域、MOTIF基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和... 详细信息

本研究运用生物信息学方法,基于转录组数据在甘蓝(Brassica oleracea)基因组中鉴定了28个芥蓝(Brassica alboglabra)NAC家族基因,对该家族成员蛋白基本理化信息、内含子、蛋白保守结构域、MOTIF基序、系统进化树、启动子顺式作用元件和转录组表达量等进行分析。理化性质分析表明,28个BoNAC蛋白序列长度为139~556 aa,16.64~62.27 kD,等电点(pI)在4.5~10.06;拟南芥(Arabidopsis thaliana)和芥蓝的NAC转录因子家族系统发育树分析显示芥蓝和拟南芥NAC基因可分为17个亚族;MEME和保守结构域分析表明28个BoNAC基因都具有NAM结构域的保守基序结构;启动子分析表明BoNAC家族成员受到多种植物激素、胁迫和光的调控;BoNAC家族28个基因在高温处理下转录组中的表达量表明高温上调了大部分BoNAC家族基因的表达量。研究结果对BoNAC家族的后续研究具有一定的意义。

关键词：芥蓝 NAC 生物信息学表达分析

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