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i.proved Method for i.olati.n of Mi.robi.l RNA from Bi.fuel Feedstock for Metatranscri.tomi.s

Advances i. Mi.robi.logy 2013年第1期3卷 101-107页

作者： Hai.an Pi.o Lye Meng Marki.li. Davi. E. Culley roderick i. mackie Matthi.s Hess Department of Ani.al Sci.nces Institute for Genomic Biology and Energy Biosciences University of Illinois Urbana USA DOE Joi.t Genome i.sti.ute Walnut Creek USA Paci.i. Northwest Nati.nal Laboratory Richland USA School of Molecular Bi.sci.nces Washington State University Richland USA

Metatranscri.tomi.s—gene express profi.i.g vi. DNA sequenci.g—i. a powerful tool to i.enti.y genes that are acti.ely expressed and mi.ht contri.ute to the phenotype of i.di.i.ual organi.ms or the phenome (the sum of several phenotypes) of a mi.robi.l communi.y. Furthermore, metatranscri.tome studi.s can result i. extensi.e catalogues of genes that encode for enzymes of i.dustri.l relevance. i. both cases, a major challenge for generati.g a hi.h quali.y metatranscri.tome i. the extreme labi.i.y of RNA and i.s suscepti.i.i.y to ubi.ui.ous RNAses. The mi.robi.l communi.y (the mi.robi.me) of the cow rumen effi.i.ntly degrades li.nocelullosi. bi.mass, generates si.ni.i.ant amounts of methane, a greenhouse gas twenty ti.es more potent than carbon di.xi.e, and i. of general i.portance for the physi.logi.al wellbei.g of the host ani.al. Metatranscri.tomes of the rumen mi.robi.me from ani.als kept under di.ferent condi.i.ns and from vari.us types of rumen-i.cubated bi.mass can be expected to provi.e new i.si.hts i.to these hi.hly i.teresti.g phenotypes and subsequently provi.e the framework for an enhanced understandi.g of thi. soci.economi.ally i.portant ecosystem. The abi.i.y to i.olate large amounts of i.tact RNA wi.l si.ni.i.antly faci.i.ate accurate transcri.t annotati.n and expressi.n profi.i.g. Here we report a method that combi.es mechani.al di.rupti.n wi.h chemi.al homogeni.ati.n of the sample materi.l and consi.tently yi.lds 1 mg of i.tact RNA from 1 g of rumen-i.cubated bi.fuel feedstock. The yi.ld of total RNA obtai.ed wi.h our method exceeds the RNA yi.ld achi.ved wi.h previ.usly reported i.olati.n techni.ues, whi.h renders RNA i.olated wi.h the method presented here as an i.eal starti.g materi.l for metatranscri.tomi. analyses and other molecular bi.logy appli.ati.ns that requi.e si.ni.i.ant amounts of starti.g materi.l.

关键词： RNA Extracti.n Bi.fuels CAZymes Metatranscri.tomi.s Systems Mi.robi.logy Mi.robi.l Ecology

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