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qSanger:Quantification of Genetic Variants in Bacterial Cultures by Sanger Sequencing

BioDesign Research 2023年第1期5卷 49-57页

作者： Satya Prakash Adrian Racovita Teresa Petrucci roberto galizi Alfonso Jaramillo School of Life Sciences University of WarwickCoventryUK. De Novo Synthetic Biology Lab I2SysBioCSIC-University of ValenciaPaternaSpain. Department of Biotechnology Chemistry and PharmacyUniversity of SienaSienaItaly. Centre for Applied Entomology and Parasitology School of Life SciencesKeele UniversityKeeleUK.

Genetic variations such as mutations and recombinations arise spontaneously in all cultured *** it is possible to identify nonneutral mutations by selection or counterselection,the identification of neutral mutations in a heterogeneous population usually requires expensive and time-consuming methods such as quantitative or droplet polymerase chain reaction and high-throughput *** mutations could even become dominant under changing environmental conditions enforcing transitory selection or *** propose a novel method,which we called qSanger,to quantify DNA using amplitude ratios of aligned electropherogram peaks from mixed Sanger sequencing *** expressing enhanced green fluorescent protein and mCherry fluorescent markers were used to validate qSanger both in vitro and in cotransformed Escherichia coli via quantitative polymerase chain reaction and fluorescence *** show that qSanger allows the quantification of genetic variants,including single-base natural polymorphisms or de novo mutations,from mixed Sanger sequencing reads,with substantial reduction of labor and costs compared to canonical approaches.

关键词： neutral consuming transformed

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