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Quaternary paleoenvironmental oscillations drove the evolution of East Asian goldfish (Carassius,Cypriniformes,Cyprinidae)

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Quaternary paleoenvironmental oscillations drove the evoluti...

中国海洋湖沼学会鱼类学分会、中国动物学会鱼类学分会2012年学术研讨会

作者： Yun Gao Shu-Yan wang Jing Luo robert w.murphy Ya-Ping Zhang State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution Kunming Institute of Zoologythe Chinese Academy of Sciences Laboratoryfor Conservation and Utilization of Bio-resources College of Life SciencesYunnan University

Aim we sought to reconstruct the spatio-temporal genetic diversification of the genus Carassius,which is widely distributed in Eurasia,to test whether vicariance events,sudden population expansions or human-mediated t... 详细信息

关键词： phylogeography mtDNA dispersal divergence dating Pleistocene monsoon oscillations glacial cycling

Discovery of a wild,genetically pure Chinese giant salamander creates new conservation opportunities

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Zoological Research 2022年第3期43卷 469-480页

作者： Jing Chai Chen-Qi Lu Mu-Rong Yi Nian-Hua Dai Xiao-Dong weng Ming-Xiao Di Yong Peng Yong Tang Qing-Hua Shan Kai wang Huan-Zhang Liu Hai-Peng Zhao Jie-Qiong Jin Ru-Jun Cao Ping Lu Lai-Chun Luo robert w.murphy Ya-Ping Zhang Jing Che State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650223China Institute of Biological Resources Jiangxi Academy of SciencesNanchangJiangxi 330096China Jiangxi Jiulingshan National Nature Reserve Jing’anJiangxi 330600China Sam Noble Oklahoma Museum of Natural History&Department of Biology University of OklahomaNorman 73072USA The Key Laboratory of Biodiversity and Conservation of Aquatic Organisms Institute of HydrobiologyChinese Academy of SciencesWuhanHubei 430072China School of Life Science Henan UniversityKaifengHenan 475001China Jing’an County Bureau of Agriculture and Rural Affairs Jing’anJiangxi 330600China Centre for Biodiversity and Conservation Biology Royal Ontario MuseumTorontoOntario M5S 2C6Canada Yunnan Key Laboratory of Biodiversity and Ecological Security of Gaoligong Mountain Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650223China Kunming College of Life Science University of the Chinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650204China

Effective conservation of threatened biota relies on accurate assessments and scientific *** an unfortunate example,Chinese giant salamanders(Andrias,CGS)remain critically endangered in *** conservation efforts,e.g.,commercial propagation and releasing of millions of likely non-indigenous or interspecific hybrids,have further compromised conservation *** information on wild populations of CGS poses a significant conservation *** 18-month long field monitoring,we now report the discovery of a wild population of CGS in a closed nature reserve in Jiangxi Province,*** assessments reveal its genetic distinctiveness and do not detect genetic admixture with other *** on morphological and molecular evidences,we describe this CGS as a new species Andrias jiangxiensis *** is the only known species of CGS today with a genetically pure,reproducing,in situ *** discovery emphasizes the important role that closed nature reserves play in protecting species,and the necessity of integrating long-term field monitoring and genetic *** sets a new pathway for discovering and conserving endangered species,especially for those biotas that are similarly being extirpated by anthropogenic translocations and overexploitation.

关键词： Conservation Human translocation Genetic homogenization Field monitoring Taxonomy

A cryptic mitochondrial DNA link between North European and west African dogs

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Journal of Genetics and Genomics 2017年第3期44卷 163-170页

作者： Adeniyi C.Adeola Sheila C.Ommeh Jiao-Jiao Song S.Charles Olaogun Oscar J.Sanke Ting-Ting Yin Guo-Dong wang Shi-Fang wu Zhong-Yin Zhou Jacqueline K.Lichoti Bernard R.Agwanda Philip M.Dawuda robert w.murphy Min-Sheng Peng Ya-Ping Zhang State Key Laboratory for Conservation and Utilization of Bio-Resources Yunnan University Kunming 650091 China

Domestic dogs have an ancient origin and a long history in Africa. Nevertheless, the timing and sources of their introduction into Africa remain enigmatic. Herein, we analyse variation in mitochondrial DNA（mt DNA） D-loop sequences from 345 Nigerian and 37 Kenyan village dogs plus 1530 published sequences of dogs from other parts of Africa, Europe and west Asia. All Kenyan dogs can be assigned to one of three haplogroups（matrilines; clades）： A, B, and C, while Nigerian dogs can be assigned to one of four haplogroups A, B, C, and D. None of the African dogs exhibits a matrilineal contribution from the African wolf（Canis lupus lupaster）. The genetic signal of a recent demographic expansion is detected in Nigerian dogs from west Africa. The analyses of mitochondrial genomes reveal a maternal genetic link between modern west African and North European dogs indicated by sub-haplogroup D1（but not the entire haplogroup D） coalescing around 12,000 years ago. Incorporating molecular anthropological evidence,we propose that sub-haplogroup D1 in west African dogs could be traced back to the late-glacial dispersals, potentially associated with human hunter-gatherer migration from southwestern Europe.

关键词： Dog Mitochondrial DNA Africa Haplogroup D Late-glacial dispersal Hybridization

外群选择对隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)系统重建的影响(英文)

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昆虫学报 2010年第2期53卷 192-201页

作者：罗阿蓉张彦周乔慧捷史卫峰 robert w. murphy 朱朝东中国科学院动物研究所动物系统与进化重点实验室北京100101 中国科学院研究生院北京100049 UCD Conway Institute of Biomolecular and Biomedical Sciences University College Dublin Department of Natural History Royal Ontario Museum100 Queen’s Park

外群用于给树附根和推断祖先性状状态。通常,来自内群的姐妹群中的多个分类单元被共同选择作为外群。为了在经验上验证这一方法,我们采用了3种外群选择策略:姐妹群中的单一分类单元,姐妹群中的多个分类单元和连续姐妹群中的多个分类单... 详细信息

外群用于给树附根和推断祖先性状状态。通常,来自内群的姐妹群中的多个分类单元被共同选择作为外群。为了在经验上验证这一方法,我们采用了3种外群选择策略:姐妹群中的单一分类单元,姐妹群中的多个分类单元和连续姐妹群中的多个分类单元。以隧蜂科(膜翅目:蜜蜂总科)的系统发育重建为例,我们评估了这3种策略对树拓扑结构的影响,包括最大似然树、最大简约树和贝叶斯树。初步结果表明:相比其他两种策略,采用姐妹群中的多个分类单元作为外群更有利于系统发育重建得到现已被广泛认可的隧蜂科系统发育关系;相比最大似然法和贝叶斯法,虽然隧蜂科系统发育关系没有被很好地解决,但最大简约法在不同外群选择策略下得到了较为一致的拓扑结构。

关键词：隧蜂科非同源相似单系性外群姐妹群系统发育

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杂交鲫鲤异源多倍化发生初期转录组学研究

杂交鲫鲤异源多倍化发生初期转录组学研究

2015中国遗传学会大会

作者：柴静任力黄峰 robert w.murphy 刘少军张亚平罗静云南大学/云南省生物资源保护和利用重点实验室云南大学生命科学学院中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室皇家安大略博物馆生物多样性与保护生物学中心湖南师范大学生命科学学院中国科学院大学昆明生命科学学院

多倍化现象也就是整个基因组的重复,这一现象在植物中广泛存在,在脊椎动物中却十分罕见。目前在植物多倍体体系中的相关研究表明:多倍化刚发生时在生物体各个层次的迅速而剧烈的改变是最终决定多倍化是否能存活的关键时期。而脊椎动物...

多倍化现象也就是整个基因组的重复,这一现象在植物中广泛存在,在脊椎动物中却十分罕见。目前在植物多倍体体系中的相关研究表明:多倍化刚发生时在生物体各个层次的迅速而剧烈的改变是最终决定多倍化是否能存活的关键时期。而脊椎动物多倍化初期的改变因缺乏适合的模型一直未见相关报道。本研究从世界上首例远缘属间杂交获得的、家系背景清晰的异源多倍化杂交鲫鲤(红鲫♀n=100×普通鲤♂n=100)入手,通过利用二代高通量测序技术,获得杂交鲫鲤体系原始亲本,四倍体F、F代和八倍体F、F代肝脏转录组数据,从转录水平比较多倍化发生初期各世代杂交鲫鲤与亲本之间的差异。首先,从整体表达量数据来看,四倍体世代显示出与八倍体世代显著的表达差异;其次,在四倍体和八倍体子代中发现,5.36%-6.55%的同源基因为亲本基因的嵌合体,并检测到存在子代特异性突变的基因;在不同倍性的子代中均筛选到显著发生上调和下调的基因;发生嵌合和差异表达的基因功能与突变发生、修复机制以及癌症相关通路有关。以上结果提示在多倍化发生初期的世代,正经历关键而特殊的变化,非正常的DNA切割和交换、不同层次的碱基修复机制障碍可能导致了高比例嵌合基因及突变的发生,这些变化显示初期世代正为克服不同来源的基因组之间的分歧而做出相应的应答。这些非正常应答提示多倍化发生初期脊椎动物转录水平在"基因组休克"效应下可能经历比植物体系更长的"休克恢复期"。本研究以实验结果证明了杂交鲫鲤体系是研究脊椎动物多倍化发生初期基因表达和调控等关键事件变化规律的理想材料,同时也为解释多倍化在脊椎动物罕见的原因提供了研究基础。

关键词：

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鲤科鲫属鱼类多倍化基因组学研究

鲤科鲫属鱼类多倍化基因组学研究

2015中国遗传学会大会

作者：罗静柴静鲁斌王景陈自明 robert w.murphy 刘少军张亚平云南大学/云南省生物资源保护和利用重点实验室云南大学生命科学学院中国科学院研究生院中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室皇家安大略博物馆生物多样性与保护生物学中心湖南师范大学生命科学学院

我们以天然、人工和特殊环境存在的鲫鱼多倍体为研究对象,探讨脊椎动物多倍化机制及其相关适应性机制。首先,我们针对鲫属鱼类极其相关的物种,即天然水体中共12种鲤科鱼类(包括鲤亚科、裂腹鱼亚科、野鲮亚科和鲃亚科)的核基因和线粒体... 详细信息

我们以天然、人工和特殊环境存在的鲫鱼多倍体为研究对象,探讨脊椎动物多倍化机制及其相关适应性机制。首先,我们针对鲫属鱼类极其相关的物种,即天然水体中共12种鲤科鱼类(包括鲤亚科、裂腹鱼亚科、野鲮亚科和鲃亚科)的核基因和线粒体基因组蛋白编码区进行了分析,为鲤科鱼类中的鲤族的异源多倍化起源提供了分子证据,确定了发生异源多倍化父母双方的系统发育位置,并估算了异源多倍化发生的可能时间和多倍化发生父母本及其随后各个物种的演化格局;我们还利用线粒体清楚而系统地解决了鲫属鱼类在欧亚大陆的遗传多样性分化格局。其次,脊椎动物中是否存在物种内多次多倍化是一个值得探讨的现象。我们同时采用线粒体DNA和核基因标记的研究表明:不同地理群体来源的群体中存在的多倍化个体散布在不同的线粒体枝上,表明存在多次多倍化的存在;同时核基因标记显示多次多倍化发生在鲫属指名复合种(Carassius auratus species complex)内部,确认了这些多次多倍化同时还是种内的同源多倍化;我们甚至发现滇池中不同倍性的鲫鱼与其污染存在有趣的相关性,这为多倍化与特殊生境的关系作了有意义的提示。再者,多倍化刚发生时在生物体各个层次的迅速而剧烈的改变是最终决定多倍化是否能存活的关键时期。脊椎动物多倍化初期的改变一直缺乏相关研究。我们以世界上首例通过红鲫和鲤鱼的属间远缘杂交获得两性可育并形成异源八倍体鲫鲤体系(F1-F24),在基因组水平、表观遗传学水平和细胞水平多层次全面深入地研究异源多倍化初期的基础理论问题,我们发现:以鲫属鱼类为代表的脊椎动物在基因组振荡和紊乱方面均强于植物多倍化基因组,提示为何脊椎动物难以形成存活并繁衍的多倍体。这些工作均显示:鲫属鱼类本身发生了异源四倍化,同时存在同源多次多倍化,不同倍性的个体显示不同的生态适应性。因而鲫属鱼类成为研究脊椎动物多倍化不可多得的模型。最后,鲫属鱼类不仅是具有重要的理论研究价值的研究对象,还是重要的经济淡水鱼类和观赏鱼类金鱼的祖先。据此,我们已完成了雌核发育红鲫全基因组测序拼装和注释,成为我们多项研究可用的参考基因组,同时评估表明获得的雌核发育基因组质量明显优于发表在Nature Genetics上发表的鲤鱼基因组。综上,基于鲫属鱼类探讨脊椎动物的形成机制,为云南及周边地区分布的数十种多倍化鱼类的形成及保护提供理论依据;同时为不同生境下的适应性机制提供线索,也为云南丰富多样的湖泊资源保护与合理开发利用提供有意义的理论基础。

关键词：鲤科鲫属多倍化基因组学

VennPainter:基于巢式韦恩图的画图软件

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VennPainter:基于巢式韦恩图的画图软件

2015中国遗传学会大会

作者：林国亮柴静袁硕麦超蔡利 robert w.murphy 张亚平周维罗静云南大学生命科学学院云南省生物资源保护与利用重点实验室遗传资源与进化国家重点实验室中国科学院昆明动物研究所中国科学院研究生院云南大学软件学院复旦大学计算机科学技术学院皇家安大略博物馆生物多样性与保护生物学中心

维恩图(Venn Diagram)是一种非常直观、易懂,用于描述数据集合之间的交集、并集、补集等关系的图。在遗传学和基因组学领域中,维恩图被用于解决不同物种的基因或基因家族之间的共享关系和基因差异性表达。目前已经有许多画维恩图的软件...

维恩图(Venn Diagram)是一种非常直观、易懂,用于描述数据集合之间的交集、并集、补集等关系的图。在遗传学和基因组学领域中,维恩图被用于解决不同物种的基因或基因家族之间的共享关系和基因差异性表达。目前已经有许多画维恩图的软件,但这些软件存在明显的缺陷,诸如效率不高、消耗大量内存、只能画出六个集合的维恩图、无法满足六个以上的聚类关系需求。针对上述需求迄待解决,我们研发了可以在windows、Linux、Mac等多平台上使用、方便而高效地进行数据关系分析的软件Venn Painter。本软件基于C++在Qt应用框架下开发,采用散列表数(HashTable)以提高软件运行效率;同时基于巢式维恩图(NestedVenn)画法,故而可画出八个集合的维恩图,解决了以往软件只能画六个集合维恩图的局限。本软件另外一个显著的优势是其输出的图片是可缩放矢量图形(Scalable Vector Graphics),方便用户按需求修改图片内容。迄今为止Venn Painter是一款效率高、界面友好并能跨平台的应用程序,我们已获得软件授权,相关的文章投稿中。

关键词：

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COI与16S在小鲵科DNA条形码中应用

COI与16S在小鲵科DNA条形码中应用

四川省动物学会第九次会员代表大会暨第十届学术研讨会

作者：夏云顾海丰彭锐陈勤郑渝池 robert w.murphy 曾晓茂中国科学院成都生物研究所中国科学院研究生院 Centrefor Biodiversity and Conservation Biology Royal Ontario Museum100 Queen's Park

线粒体上COI(细胞色素C氧化酶亚单位I)基因5’端的648 bp片段是动物条形码的标准标记。然而,在两栖动物中COI基因却有较高的变异性,其测序常遇到一些挑战。与之相对应,在两栖类条形码中,另外一个线粒体基因——16S核糖体基因被推荐应用... 详细信息

线粒体上COI(细胞色素C氧化酶亚单位I)基因5’端的648 bp片段是动物条形码的标准标记。然而,在两栖动物中COI基因却有较高的变异性,其测序常遇到一些挑战。与之相对应,在两栖类条形码中,另外一个线粒体基因——16S核糖体基因被推荐应用。因此,在本研究中我们对114个小鲵科物种个体的COI和16S基因进行测定以检验这两种标记鉴别该类群物种的能力。该类群物种为亚洲特有种,其物种识别和分类传统上只依赖于形态学特征。结果显示:(1)K2P遗传距离运算显示COI和16S基因在物种内的变异度分别为1.4%和0.5%;(2)基于系统树的物种鉴定COI总是可以区分物种,但16S在部分物种不能区分;(3)这两个标记都呈现出物种内和物种间遗传差异的重叠,从而降低了条形码用于属间鉴别应用。总之,COI基因在小鲵类条形码鉴定中有更优的效果。另外,通过对比这两个潜在的标记,高的物种内差异(COI,>5%)暗示了爪鲵Onychodactylusfischeri和极北鲵Salamandrella keyserlingii可能暗含隐存种。

关键词：小鲵科 DNA条形码物种鉴定隐存种

Genetic variation and cryptic lineage diversity of the Nigerian red-headed rock agama Agama agama associate with eco-geographic zones

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Current Zoology 2019年第6期65卷 713-724页

作者： Lotanna M.NNEJI Adeniyi C.ADEOLA Fang YAN Agboola O.OKEYOYIN Ojo C.OLADIPO Yohanna SAIDU Dinatu SAMUEL Ifeanyi C.NNEJI Akindele O.ADEYI Abiodun B.ONADEKO Temidayo E.OLAGUNJU Olatunde OMOTOSO Segun O.OLADIPO Oluyinka A.IYIOLA John Y.USONGO Timothy AUTA Abbas D.USMAN Halima ABDULLAHI Odion O.IKHIMIUKOR wei-wei ZHOU Jie-Qiong JIN Obih A.UGwUMBA Adiaha A.A.UGwUMBA Min-Sheng PENG robert w.murphy Jing CHE State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of SciencesKunming 650223China Sino-Africa Joint Research Center Chinese Academy of SciencesKunming 650223China National Park Service Headquarters Federal Capital TerritoryAbuja 900001Nigeria Old Oyo National Park Oyo State 211242Nigeria Gashaka Gumti National Park SertiTaraba State 663101Nigeria Department of Biological Sciences University of AbujaFCTAbuja 902101Nigeria Department of Zoology University of IbadanIbadanOyo State 200284Nigeria Department of Zoology University of LagosLagos 100213Nigeria Department of Biosciences and Biotechnology Kwara State UniversityMaleteKwara State 241104Nigeria Department of Zoology Faculty of Life SciencesUniversity of llorinllorinKwara State 240103Nigeria Department of Zoology Modibbo Adama University of TechnologyYola 640101Nigeria Department of Biological Sciences Federal University Dutsin-MaKatsina State 821Nigeria Department of Biology Kashim Ibrahim College of EducationMaiduguriBorno State 600230Nigeria Department of Microbiology University of IbadanIbadanOyo State 200284Nigeria Centre for Biodiversity and Conservation Biology Royal Ontario MuseumTorontoOntarioCanada M5S 2C6

Nigeria is an Afrotropical region with considerable ecological heterogeneity and levels of biotic *** its vertebrate fauna,reptiles have broad distributions,thus,they constitute a compelling system for assessing the impact of ecological variation and geographic isolation on species *** red-headed rock agama,Agama agama,lives in a wide range of habitats and,thus,it may show genetic structuring and ***,we tested the hypothesis that ecology affects its genetic structure and population *** inference phylogenetic analysis of a mitochondrial DNA(mtDNA)gene recovered four well-supported matrilines with strong evidence of genetic structuring consistent with eco-geographic *** differences among populations based on the mtDNA also correlated with geographic distance. The ecologicalniche model for the matrilines had a good fit and robust performance. Population divergence alongthe environmental axes was associated with climatic conditions, and temperature ranked highestamong all environmental variables for forest specialists, while precipitation ranked highest for theforest/derived savanna, and savanna specialists. Our results cannot reject the hypothesis that nicheconservatism promotes geographic isolation of the western populations of Nigerian A. ***, ecological gradients and geographic isolation impact the genetic structure and population divergenceof the lizards. This species might be facing threats due to recent habitat fragmentation,especially in western Nigeria. Conservation actions appear necessary.

关键词： Agama agama ecological speciation genogeography Nigeria population divergence vegetation