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Connolly Surface on an Atomic Structure via Voronoi Diagram of Atoms

Journal of Computer Science & Technology 2006年第2期21卷 255-260页

作者： Joonghyun Ryu rhohun park Deok-Soo Kim Voronoi Diagram Research Center Hanyang University Seoul Korea Department of Industrial Engineering Hanyang University Seoul Korea

One of the most important geometric structures of a protein is the Connolly surface of protein since a Connolly surface plays an important role in protein folding, docking, interactions between proteins, amongst other things. This paper presents an algorithm for precisely and efficiently computing the Connolly surface of a protein using a proposed geometric construct called β-shape based on the Voronoi diagram of atoms in the protein. Given the Voronoi diagram of atoms based on the Euclidean distance from the atom surfaces, the proposed algorithm first computes a β-shape with an appropriate probe. Then, the Connolly surface is computed by employing the blending operation on the atomic complex of the protein by the given probe.

关键词： protein Connolly/molecular surface β-shape Voronoi diagram of atoms blending surface

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