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Generating barcodes for nanopore sequencing data with PRO

Fundamental Research 2024年第4期4卷 785-794页

作者： Ting Yu Zitong Ren Xin Gao Guojun Li renmin Han Research center for Mathematics and Interdisciplinary Sciences Frontiers Science Center for Nonlinear Expectations(Ministry of Education)Shandong UniversityShandong 266000China computer Electrical and Mathematical Sciences and Engineering Division&Computational Bioscience Research CenterKing Abdullah University of Science and TechnologyThuwal 23955Saudi Arabia

DNA barcodes,short and unique DNA sequences,play a crucial role in sample identification when processing many samples simultaneously,which helps reduce experimental ***,the low quality of long-read sequencing makes it difficult to identify barcodes accurately,which poses significant challenges for the design of barcodes for large numbers of samples in a single sequencing ***,we present a comprehensive study of the generation of barcodes and develop a tool,PRO,that can be used for selecting optimal barcode sets and *** formulate the barcode design problem as a combinatorial problem and prove that finding the optimal largest barcode set in a given DNA sequence space in which all sequences have the same length is theoretically *** practical applications,we developed the novel method PRO by introducing the probability divergence between two DNA sequences to expand the capacity of barcode kits while ensuring demultiplexing ***,the maximum size of the barcode kits designed by PRO is 2,292,which keeps the length of barcodes the same as that of the official ones used by Oxford Nanopore Technologies(ONT).We validated the performance of PRO on a simulated nanopore dataset with high error *** demultiplexing accuracy of PRO reached 98.29%for a barcode kit of size 2,922,4.31%higher than that of Guppy,the official demultiplexing *** the size of the barcode kit generated by PRO is the same as the official size provided by ONT,both tools show superior and comparable demultiplexing accuracy.

关键词： Third-generation sequencing Nanopore sequencing DNA barcode Farthest point sampling algorithm High throughput

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中国政治经济学年度发展报告（2023）（下）

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政治经济学评论 2024年第3期 90+207-208页

作者： center for Studies of contemporary Political Economy,Research Institute for 21st-century Marxism,Nankai university·university of chinese Academy of Social Science center for Teaching and Research on capital,renmin university of c.ina National Institute of Socialist Political Economy with chinese characteristics,renmin university of c.ina 南开大学·中国社会科学院大学21世纪马克思主义研究院当代政治经济学研究中心中国人民大学《资本论》教学与研究中心中国人民大学全国中国特色社会主义政治经济学研究中心

编者按2023年，高质量发展扎实推进，新质生产力加快形成，我国经济总体回升向好，圆满实现发展主要预期目标。为针对性地破解经济恢复发展中的难题，聚焦推进中国式现代化进程中的重点、难点问题，中国政治经济学界开展系统深入研究，...

编者按2023年，高质量发展扎实推进，新质生产力加快形成，我国经济总体回升向好，圆满实现发展主要预期目标。为针对性地破解经济恢复发展中的难题，聚焦推进中国式现代化进程中的重点、难点问题，中国政治经济学界开展系统深入研究，取得系列代表性成果。为准确刻画学界研究进展和轨迹，推动中国经济学理论体系的构建和完善，本刊精选议题如期奉上《中国政治经济学年度发展报告（2023）》。自2010年起，本刊连续十四年发布《中国政治经济学年度发展报告》，“年度发展报告”专栏已成为本刊标志性特色栏目。2023年报告聚焦12个专题，分为（上）（下）两篇，其中专题1—6于报告（上）篇刊登，专题7—12由报告（下）篇刊登。2023年报告（下）选题如下：

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Thirteen years to get from b to a:one of the neglected isoforms of IL-37 enters the stage

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cellular & Molecular Immunology 2024年第2期21卷 201-202页

作者： Steven X.cho ina Rudloff Andrew M.Ellisdon claudia A.Nold-Petry Marcel F.Nold Ritchie centre Hudson Institute of Medical ResearchMelbourneVICAustralia Department of Pediatrics Monash UniversityMelbourneVICAustralia cancer Program Biomedicine Discovery InstituteMonash UniversityMelbourneVICAustralia Monash Newborn Monash Children’s HospitalMelbourneVICAustralia

Interleukin(IL)-37 is one of the few anti-inflammatory members of the predominantly pro-inflammatory IL-1 cytokine ***-37 possesses alarmin-like properties[1]and exerts its activities via intracellular[2]as well as cell surface receptor-dependent mechanisms,and the latter involves IL-1R8 and IL-18Rα[3].Because of its powerful and broad-spectrum“peacemaking”[4]functions,considerable efforts have been invested in developing IL-37-based anti-inflammatory therapeutics[5,6].

关键词： Interleukin neglected cytokine

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辽宁省兴城市韩家沟南山岗遗址调查与初步认识

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草原文物 2024年第2期 20-27页

作者：张大鹏陈光马红光中国人民大学历史学院葫芦岛市博物馆兴城市文物保护服务中心

韩家沟南山岗遗址位于辽宁省兴城市古城街道韩家沟村西南。2021-2023年，葫芦岛市博物馆在此处先后开展三次考古调查。通过采集遗物判断，遗址年代为兴隆洼文化时期。根据以往对辽宁西部近海地区早期新石器时代遗址和兴隆洼文化遗址总... 详细信息

韩家沟南山岗遗址位于辽宁省兴城市古城街道韩家沟村西南。2021-2023年，葫芦岛市博物馆在此处先后开展三次考古调查。通过采集遗物判断，遗址年代为兴隆洼文化时期。根据以往对辽宁西部近海地区早期新石器时代遗址和兴隆洼文化遗址总体分布的认识，该遗址是近些年辽西走廊新石器时代考古的重要发现，尤其为研究兴隆洼文化分布范围提供了新的材料。

关键词：韩家沟南山岗遗址兴隆洼文化东边界辽西走廊

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融合教育的价值意蕴与实践路径——基于卢曼社会系统理论的分析

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教育科学 2024年第2期40卷 52-59页

作者：史仁民王吉渤海大学教育科学学院辽宁锦州121013

融合教育是保证教育公平而有质量的关键要素,是解决教育发展中不平衡、不充分问题的有效路径。随着社会的进步与多元化发展,学者们日益关注如何有效实施融合教育以更好地满足不同学生的需求。融合教育的发展经历了隔离教育时期、部分融... 详细信息

融合教育是保证教育公平而有质量的关键要素,是解决教育发展中不平衡、不充分问题的有效路径。随着社会的进步与多元化发展,学者们日益关注如何有效实施融合教育以更好地满足不同学生的需求。融合教育的发展经历了隔离教育时期、部分融合时期和完全融合时期的演变过程,体现出社会对融合教育的理解与认可是逐渐深化的。融合教育涉及多样性、平等、质量、权利等相关概念,具有追求教育公平切实实现、尊重个体差异多元发展、促进社会发展深度融合的价值意蕴。卢曼的社会系统理论,从社会结构和功能分化角度出发,将教育作为现代社会系统的重要子系统,为融合教育提供了三方面实践路径,即增强共通性价值认同、建立包容性学习环境和提供个性化学习支持。

关键词：融合教育价值意蕴实践路径社会系统理论

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构建社会主义现代化强国的高水平市场经济体制

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改革 2024年第6期 30-39页

作者：中国人民大学经济学院课题组中国人民大学经济学院中国人民大学国家发展与战略研究院中国人民大学农业与农村发展学院

改革开放是决定当代中国命运、大踏步赶上时代的关键一招,更是推进中国式现代化、实现中华民族伟大复兴的关键一招。新形势下,面对国际国内诸多历史性挑战,只有坚定不移全面深化改革开放、建立现代化经济体系,才能破除体制机制障碍,激... 详细信息

改革开放是决定当代中国命运、大踏步赶上时代的关键一招,更是推进中国式现代化、实现中华民族伟大复兴的关键一招。新形势下,面对国际国内诸多历史性挑战,只有坚定不移全面深化改革开放、建立现代化经济体系,才能破除体制机制障碍,激发经济发展新动能,延续经济增长与追赶势头,为中国式现代化建设提供充满生机活力的制度保障。进一步全面深化改革的总目标是完善和发展中国特色社会主义制度,推进国家治理体系和治理能力现代化。建立支撑建设社会主义现代化强国的高水平社会主义市场经济体制,亟须聚焦基本经济制度、高标准市场体系、政府和市场关系、科技创新体制、数字经济发展机制、高水平开放型经济体制、共同富裕实现机制、城乡融合与乡村振兴体制八大重点领域,推动体制机制创新。在进一步全面深化改革中,寻求改革、发展与稳定之间的平衡,处理好政治与经济、增长与收缩、秩序和活力、体制转型与风险防范、发展和安全、中国和世界六大关系。

关键词：中国式现代化经济体制改革全面深化改革

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血清铜蓝蛋白水平正常的肝豆状核变性患者临床特征分析

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海军军医大学学报 2024年第3期45卷 364-369页

作者：许亚运方明娟李凯杨任民安徽中医药大学神经病学研究所附属医院神经内科合肥230012

目的总结分析血清铜蓝蛋白(cP)水平正常的肝豆状核变性(WD)患者的临床特征。方法以血清cP≥200 mg/L为正常值,选取2018年1月至2022年10月住院治疗的血清cP水平正常的WD患者82例(cP正常组)作为研究对象,选取同一时间入院的血清cP<200 mg/... 详细信息

目的总结分析血清铜蓝蛋白(cP)水平正常的肝豆状核变性(WD)患者的临床特征。方法以血清cP≥200 mg/L为正常值,选取2018年1月至2022年10月住院治疗的血清cP水平正常的WD患者82例(cP正常组)作为研究对象,选取同一时间入院的血清cPcP正常组患者年龄大于对照组(PcP、血清铜、铜氧化酶、肝纤维化指标(透明质酸、层粘连蛋白、Ⅳ型胶原蛋白)、King评分高于对照组,白蛋白低于对照组,差异均有统计学意义(均PcP正常组患者有58例再次入院,患者血清cP、血清铜、铜氧化酶水平均较治疗前下降(均PcP水平仍≥200 mg/L;对照组治疗后有66例患者再次入院,仅患者的血清铜水平较治疗前下降(P=0.001)。结论血清cP水平正常的WD患者以肝型为主,年龄偏大,部分患者肝损害偏重,治疗后血清cP水平可轻度下降。

关键词：铜蓝蛋白正常值肝豆状核变性临床特征

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A toast to a zebrafish germ cell induction cocktail

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Science c.ina(Life Sciences) 2024年第6期67卷 1314-1315页

作者： Mary c.Mullins Department of cell and Developmental Biology University of Pennsylvania Perelman School of MedicinePhiladelphia 19104USA

The zebrafish field is ringing in the new year with a publication from Yonghua Sun's laboratory(Wang et al.,2023)of a cocktail of germline factors that can induce all cells of the zebrafish embryo into primordial germ cells(PGcs)at phenomenal *** major advance is not only of great interest to germ cell biologists,but it has important applications to the entire zebrafish field,as shown in Wang et al.(2023).

关键词： fish zebra field

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Performance of evolutionary optimized machine learning for modeling total organic carbon in core samples of shale gas fields

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Petroleum 2024年第1期10卷 150-164页

作者： Leonardo Goliatt c.M.Saporetti L.c.Oliveira E.Pereira Department of computational and Applied Mechanics Federal University of Juiz de Fora Department of computational Modeling Polytechnic Institute Rio de Janeiro State University Petrobras Department of Stratigraphy and Paleontology Rio de Janeiro State University

Rock samples' TOc content is the best indicator of the organic matter in source rocks. The origin rock samples' analysis is used to calculate it manually by specialists. This method requires time and resources because it relies on samples from many well intervals in source rocks. Therefore, research has been done to aid this effort. Machine learning algorithms can estimate total organic carbon instead of well logs and stratigraphic studies. In light of these efforts, the current work present a study on automating the total organic carbon estimation using machine learning approaches improved by an evolutionary methodology to give the model flexibility and precision. Genetic algorithms, differential evolution, particle swarm optimization, grey wolf optimization, artificial bee colony, and evolution strategies were used to improve machine learning models to predict TOc. The six metaheuristics were integrated into four machine learning methods: extreme learning machine, elastic net linear model, linear support vector regression, and multivariate adaptive regression splines. core samples from the YuDong-Nan shale gas field, located in the Sichuan basin, were used to evaluate the hybrid strategy. The findings show that combining machine learning models with an evolutionary algorithms in a hybrid fashion produce flexible models that accurately predict TOc. The results show that, independent of the metaheuristic used to guide the model selection, optimized extreme learning machines attained the best performance scores according to six metrics. Such hybrid models can be used in exploratory geological research,particularly for unconventional oil and gas resources.

关键词： Total organic carbon Hybrid models Automated machine learning Evolutionary algorithms Geology

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Recent advances on bismuth oxyhalides for photocatalytic cO_(2)reduction

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Journal of Environmental Sciences 2024年第6期140卷 183-203页

作者： Liangpang Xu Jimmy c.Yu Ying Wang Department of chemistry The Chinese University of Hong KongShatinNew TerritoriesHong Kong 999077China

Photocatalytic conversion of cO_(2)into fuels such as cO,cH_(4),and cH_(3)OH,is a promising approach for achieving carbon *** oxyhalides(BiOX,where X=cl,Br,and I)are appropriate photocatalysts for this purpose due to the merits of visible-light-active,efficient charge separation,and easy-to-modify crystal structure and surface *** practical applications,multiple strategies have been proposed to develop high-efficiency BiOX-based *** review summarizes the development of different approaches to prepare BiOX-based photocatalysts for efficient cO_(2)*** the review,the fundamentals of photocatalytic cO_(2)reduction are ***,several widely used modification methods for BiOX photocatalysts are systematacially discussed,including heterojunction construction,introducing oxygen vacancies(OVs),Bi-enrichment,heteroatom-doping,and morphology ***,the challenges and prospects in the design of future BiOX-based photocatalysis for efficient cO_(2)reduction are examined.

关键词： Bismuth oxyhalides Photocatalysis cO_(2)reduction Modification methods

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