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Comparative analysis of rapamycin biosynthesis clusters between Actinoplanes sp. N902-109 and Streptomyces hygroscopicus ATCC29253

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Chinese Journal of Natural Medicines 2015年第2期13卷 90-98页

作者： HUANG He ren shuang-xi YANG Sheng HU Hai-Feng Shanghai Institute of Pharmaceutical Industry Institute of Plant Physiology and Ecology Shanghai Institutes for Biological Sciences Chinese Academy of Sciences

The present study was designed to identify the difference between two rapamycin biosynthetic gene clusters from Streptomyces hygroscopicus ATCC29253 and Actinoplanes sp. N902-109 by comparing the sequence and organization of the gene clusters. The biosynthetic gene cluster for rapamycin in Streptomyces hygroscopicus ATCC29253 was reported in 1995. The second rapamycin producer, Actinoplanes sp. N902-109, which was isolated in 1995, could produce more rapamycin than Streptomyces hygroscopicus ATCC29253. The genomic map of Actinoplanes sp. N902-109 has been elucidated in our laboratory. Two gene clusters were compared using the online software anti-SMASH, Glimmer 3.02 and Subsystem Technology(RAST). Comparative analysis revealed that the organization of the multifunctional polyketide synthases(PKS) genes: Rap A, RapB, RapC, and NRPS-like RapP were identical in the two clusters. The genes responsible for precursor synthesis and macrolactone modification flanked the PKS core region in N902-109, while the homologs of those genes located downstream of the PKS core region in ATCC29253. Besides, no homolog of the gene encoding a putative type II thioesterase that may serve as a PKS "editing" enzyme accounted for over-production of rapamycin in N902-109, was found in ATCC29253. Furthermore, no homologs of genes rapQ(encoding a methyltransferase) and rap G in N902-109 were found in ATCC29253, however, an extra rap M gene encoding methyltransferase was discovered in ATCC29253. Two rapamycin biosynthetic gene clusters displayed overall high homology as well as some differences in gene organization and functions.

关键词： Rapamycin Actinoplanes Biosynthetic gene cluster Comparative analysis

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房建工程中后浇带施工技术要点

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建筑技术开发 2016年第11期43卷 52-53页

作者：任双喜湖南省第六工程有限公司长沙410000

在施工中,后浇带处理对整个工程来说是至关重要的一部分。结合相关理论知识对后浇带施工技术要点进行阐述。通过相关同行互相学习,以减少在后浇带施工过程中出现类似问题。

关键词：房建后浇带技术要点

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RNA干扰Fus3基因对二态性真菌马尔尼菲青霉菌的孢子形成和细胞壁组分合成功能的影响

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菌物学报 2009年第3期28卷 415-421页

作者：王峰董辉钱震陶菊红游松任双喜上海人类基因组南方中心上海201203 沈阳药科大学制药工程学院沈阳110016

马尔尼菲青霉菌Penicillium marneffei是一种重要的条件致病真菌,可致艾滋病患者产生严重的系统性霉菌病并发症。基因组学的研究和RNA干扰技术,为马尔尼菲青霉菌致病基因和致病机制的深入探讨提供了可能。我们研究马尔尼菲青霉菌的一个... 详细信息

马尔尼菲青霉菌Penicillium marneffei是一种重要的条件致病真菌,可致艾滋病患者产生严重的系统性霉菌病并发症。基因组学的研究和RNA干扰技术,为马尔尼菲青霉菌致病基因和致病机制的深入探讨提供了可能。我们研究马尔尼菲青霉菌的一个新基因Fus3,它是丝氨酸/苏氨酸-特异性激酶丝裂原活化蛋白激酶家族的成员。为了研究Fus3的功能,我们利用根癌农杆菌介导的双链RNA干扰技术构建了Fus3 RNA干扰菌株(Fus3-i)。RNA干扰的活性是由木糖诱导的启动子xylP控制的。Fus3基因活性下降后影响了马尔尼菲青霉菌生长,包括孢子的生成,细胞壁组分的合成。实验表明,Fus3基因对于马尔尼菲青霉菌细胞生长发育起着重要的调控作用,为研究真菌疾病提供了帮助。

关键词：丝裂原活化蛋白激酶双链RNA干扰孢子生成细胞壁合成真菌疾病

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基于Web的基因组序列数据库管理系统的设计与实现

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生物信息学 2009年第2期7卷 143-145,149页

作者：赵锐钱震任双喜苏州大学生命科学学院江苏苏州215123 国家人类基因组南方研究中心上海201203

设计一种基于网络的可用来存储和注释海量DNA数据的数据库模型。整个过程分为三部分:首先是构建数据库框架,然后对原始基因组序列数据进行批量注释并输出有效格式导入数据库,最后通过一个友好的用户交互界面,实现对基因组数据的在线读取... 详细信息

设计一种基于网络的可用来存储和注释海量DNA数据的数据库模型。整个过程分为三部分:首先是构建数据库框架,然后对原始基因组序列数据进行批量注释并输出有效格式导入数据库,最后通过一个友好的用户交互界面,实现对基因组数据的在线读取,查询,注释等操作。设计的数据库用于解决大量产生并有待分析的基因组序列的有效存储和管理问题。

关键词：数据库 Web技术序列注释 DBMS

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本质与价值:数字时代广告本体的再认识

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武汉大学学报（哲学社会科学版） 2025年第1期78卷 125-132页

作者：姚曦任文姣武汉大学新闻与传播学院湖北武汉430072 武汉大学媒体发展研究中心

用传播的方式促进从生产到消费转换的行为皆为存在意义上的广告,广告的本体是本质与价值的统一。本体的坚守要建立开放的认识观,在不变的广告本质中解释变化着的广告形态,而非用未触及本体的不确定认识窄化新的广告事实。彰显广告价值... 详细信息

用传播的方式促进从生产到消费转换的行为皆为存在意义上的广告,广告的本体是本质与价值的统一。本体的坚守要建立开放的认识观,在不变的广告本质中解释变化着的广告形态,而非用未触及本体的不确定认识窄化新的广告事实。彰显广告价值需深耕数字广告实践,用创意提升广告的社会吸引力,建构多主体参与的沟通网络。彰显广告价值还需要在理论层面,以本体观为支点,立足于本土广告实践,重新组织数字广告研究范畴,使用大数据技术与混合研究法探究新问题,为广告学知识体系的建构提供框架与方向。

关键词：广告广告本质广告价值广告本体

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垂体瘤发病相关基因的大规模筛选及鉴定

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癌症 2001年第3期20卷 229-234页

作者：宋怀东胡仁明黄秋花彭永德任双喜周隽吴昕彦付刚张庆华陈家伦第二医科大学附属瑞金医院上海市内分泌研究所上海200025 上海血液学研究所上海200025 国家人类基因组南方研究中心上海201203

目的：探讨垂体瘤与垂体组织差异表达基因的大规模筛选及鉴定。方法：垂体无功能腺瘤及正常垂体组织 cDNA文库构建，大规模表达序列标签 (expressed sequence tags， ESTs)测序、表达谱差异的生物信息学处理及半定量逆转录－聚合酶链反... 详细信息

目的：探讨垂体瘤与垂体组织差异表达基因的大规模筛选及鉴定。方法：垂体无功能腺瘤及正常垂体组织 cDNA文库构建，大规模表达序列标签 (expressed sequence tags， ESTs)测序、表达谱差异的生物信息学处理及半定量逆转录－聚合酶链反应 (reverse transcriptase polymerase chain reaction， RT-PCR)鉴定。结果：从无功能腺瘤和正常垂体组织中分别获得 1253和 7222个质量满意的 ESTs；垂体瘤中已知基因的品种数 200个，经组织表达谱差异比较的统计学软件处理，在这些已知基因中，差异的可靠性≥ 0.99者 38个，≥ 0.95者 130个；其中与细胞生长、分化相关的 G2类基因共 17个； 6个经半定量 RT-PCR证实 4个基因的表达在垂体瘤中明显高于正常垂体。结论：与细胞生长、分化相关的 G2类基因 MEIS2、 SMT3C、 C1D、 BUB3在垂体瘤中表达高于正常垂体，推测可能与垂体瘤的发生有关。

关键词：垂体瘤基因表达谱生物信息学半定量RT-PCR

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Transforming waste particles into valuable adsorbents via amyloid-mediated molecular engineering

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Science China Chemistry 2025年第1期68卷 317-328页

作者： Qingmin Yang Jian Zhao Yujia Zhang xingyu Zhou Hao ren Bowen Hu Zhongli Lei Lixin Chen Peng Yang School of Material and Chemical Engineering Bengbu University Anhui Provincial Engineering Laboratory of Silicon-Based Materials School of Chemistry and Chemical Engineering Northwestern Polytechnical University Key Laboratory of Applied Surface and Colloid Chemistry Ministry of Education School of Chemistry and Chemical EngineeringShaanxi Normal University xi'an Key Laboratory of Polymeric Soft Matter School of Chemistry and Chemical Engineering Shaanxi Normal University International Joint Research Center on Functional Fiber and Soft Smart Textile School of Chemistry and Chemical EngineeringShaanxi Normal University

The high-value utilization of industrial solid waste using a facile and eco-friendly process is of great interest and significance in reducing environmental pollution and developing a green circular economy. Herein, we propose an amyloid-mediated molecular engineering strategy to transform particulate waste into valuable adsorbents for metal ions. Our method has the advantage of aqueous solution fabrication under mild conditions without the use of high-temperature hydrothermal methods and toxic chemical reagents. Amyloid-mediated molecular engineering manipulates the phase transition of bovine serum albumin(BSA)on particulate waste surfaces, resulting in a remarkable ～3.1 times improvement in the adsorption capacity of fly ash, a typical industrial solid waste for gold ions after modification with the phase-transitioned BSA(PTB). The resultant adsorption ability was 69–1,980 times higher than those of conventional and emerging adsorbent materials such as ion exchange resins, activated carbon(AC), covalent organic frameworks(COFs), and metal-organic frameworks(MOFs). We further demonstrated the application of our PTB-modified materials in the recovery of precious metals from low-grade gold ore and electronic waste leachates. Consequently, this strategy could increase the value of waste materials nearly 27 times. In addition, this method is generally extendable to other conventional industrial adsorbents such as resin, clay, and Al2O3, and enhances their adsorption capabilities at least twofold. Overall, this work provides a simple and green approach for improving the adsorption performance of solid particles, and is expected to develop into a universal strategy for transforming waste particles into high-value-added products.

关键词： amyloid-like protein aggregates surface engineering fly ash solid waste adsorption

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人类基因组计划现状与展望

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自然杂志 2000年第3期22卷 125-133页

作者：陈竺黄薇傅刚韩泽广任双喜张蔚鴒国家人类基因组南方研究中心

人类基因组计划（ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＰｒｏｊｅｃｔ，ＨＧＰ）是美国科学家于１９８５年在能源部（ＤＯＥ）的一次会议上讨论酝酿诺贝尔奖获得者ＲｅｎａｔｏＤｕｌｂｅｃｃｏ于１９８６年在《科学》（Ｓｃｉｅｎｃｅ）杂志... 详细信息

人类基因组计划（ＨｕｍａｎＧｅｎｏｍｅＰｒｏｊｅｃｔ，ＨＧＰ）是美国科学家于１９８５年在能源部（ＤＯＥ）的一次会议上讨论酝酿诺贝尔奖获得者ＲｅｎａｔｏＤｕｌｂｅｃｃｏ于１９８６年在《科学》（Ｓｃｉｅｎｃｅ）杂志上发表的一篇短文中率先提出的，旨在阐明人类基因组ＤＮＡ长达３×１０＾９碱基对（ｂａｓｅｐａｉｒ，ｂｐ）的序列，发现所有人类基因并阐明其在染色体上的位置，从而在整体上破译人类遗传信息，

关键词：人类基因组计划功能基因组学单核苷酸多态性

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Inhibition of in-stent restenosis after graphene oxide double-layer drug coating with good biocompatibility

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Regenerative Biomaterials 2019年第5期6卷 299-309页

作者： shuang Ge Yadong xi Ruolin Du Yuzhen ren Zichen Xu Youhua Tan Yazhou Wang Tieying Yin Guixue Wang Key Laboratory for Biorheological Science and Technology of Ministry of Education State and Local Joint Engineering Laboratory for Vascular ImplantsBioengineering College of Chongqing UniversityChongqing 400030China Department of Biomedical Engineering The Hong Kong Polytechnic UniversityHong Kong SARChina

In this study,we designed a double layer-coated vascular stent of 316L stainless steel using an ultrasonic spray system to achieve both antiproliferation and *** coating included an inner layer of graphene oxide(GO)loaded with docetaxel(DTX)and an outer layer of carboxymethyl chitosan(CMC)loaded with heparin(Hep).The coated surface was uniform without aggregation and shedding phenomena before and after stent *** coating treatment was able to inhibit the adhesion and activation of platelets and the proliferation and migration of smooth muscle cells,indicating the excellent biocompatibility and antiproliferation *** toxicity tests showed that the GO/DTX and CMC/Hep coating did not cause deformity and organ abnormalities in zebrafish under *** stents with GO double-layer coating were safe and could effectively prevent thrombosis and in-stent restenosis after the implantation into rabbit carotid arteries for 4–12 weeks.

关键词： graphene oxide drug coating vascular stents restenosis thrombosis

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The excluded-volume effect in microscopic pedestrian simulations

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Chinese Physics B 2012年第1期21卷 539-548页

作者： Guo ren-Yong Guo xi College of Computer Science Inner Mongolia UniversityHohhot 010021China School of Public Administration Inner Mongolia UniversityHohhot 010021China

We propose a pedestrian position update rule, which is added to a microscopic pedestrian model to avoid pedestrian overlap. In the rule, the step size of a pedestrian moving in a selected direction at each update is in inverse proportion to the repulsive actions imposed by other pedestrians moving in a direction with an exponential rate. The positions of the pedestrians are then updated in each small time interval. In this way, a barrier between the pedestrians can be generated, and after updating their positions the pedestrians do not overlap with each other. The modified model is compared to the original model through a simulation of the evacuation process of pedestrians in a closed area. The simulation results indicate that the modified model is superior to the original model in several aspects.

关键词： pedestrian model excluded-volume effect discrete dynamic system

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