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Gene dysregulation analysis builds a mechanistic signature for prognosis and therapeutic benefit in colorectal cancer

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Journal of Molecular Cell Biology 2020年第11期12卷 881-893页

作者： quanxue li Wentao Dai jixiang liu Qingqing Sang Yi-Xue li Yuan-Yuan li School of Biotechnology East China University of Science and TechnologyShanghai 200237China Shanghai Center for Bioinformation Technology Shanghai 201203China Department of Surgery Shanghai Key Laboratory of Gastric NeoplasmsShanghai Institute of Digestive SurgeryRuijin HospitalShanghai jiao Tong University School of MedicineShanghai 200025China CAS Key Laboratory of Computational Biology CAS-MPG Partner Institute for Computational BiologyShanghai Institutes for Biological SciencesChinese Academy of SciencesShanghai 200031China Shanghai Engineering Research Center of Pharmaceutical Translation and Shanghai Industrial Technology Institute Shanghai 201203China

The implementation of cancer precision medicine requires biomarkers or signatures for predicting prognosis and therapeutic *** of current efforts in this field are paying much more attention to predictive accuracy than to molecular mechanistic ***-driven strategy has recently emerged,aiming to build signatures with both predictive power and explanatory *** by this strategy,we developed a robust gene dysregulation analysis framework with machine learning algorithms,which is capable of exploring gene dysregulations underlying carcinogenesis from high-dimensional data with cooperativity and synergy between regulators and several other transcriptional regulation rules taken into *** then applied the framework to a colorectal cancer(CRC)cohort from The Cancer Genome *** identified CRC-related dysregulations significantly covered known carcinogenic processes and exhibited good prognostic *** choosing dysregulations with greedy strategy,we built a four-dysregulation(4-DysReg)signature,which has the capability of predicting prognosis and adjuvant chemotherapy benefit.4-DysReg has the potential to explain carcinogenesis in terms of dysfunctional transcriptional *** results demonstrate that our gene dysregulation analysis framework could be used to develop predictive signature with mechanistic interpretability for cancer precision medicine,and furthermore,elucidate the mechanisms of carcinogenesis.

关键词： gene dysregulation analysis mechanistic signature cancer precision medicine prognosis chemotherapy benefit colorectal cancer

TGPred:a tumor gene prediction webserver for analyzing structural and functional impacts of variants

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Journal of Molecular Cell Biology 2020年第7期12卷 556-558页

作者： Jixiang liu Wei liu Xue-ling li quanxue li Wentao Dai Yuan-Yuan li Shanghai Center for Bioinformation Technology&Shanghai Engineering Research Center of Pharmaceutical Translation Shanghai Industrial Technology InstituteShanghai 201203China Department of Surgery Shanghai Key Laboratory of Gastric NeoplasmsShanghai Institute of Digestive SurgeryRuijin HospitalShanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghai 200020China National Engineering Research Center for Nanotechnology Shanghai University of Medicine and Health SciencesShanghai 201318China School of Biotechnology East China University of Science and TechnologyShanghai 200237China

With the increasing use of high-throughput sequencing technology in tumor research,a large number of somatic variations are being identified and some of them have proved to be responsible for tumorigenesis(Cancer Genome Atlas Research Network et al.,2013).Investigating structural and functional impacts of tumor somatic variants would greatly help to identify causal variations,understand the mechanisms of carcinogenesis,and develop novel anti-tumor ***,many efforts have recently been made to map genomic variations to 3D protein structure,such as G23D(Solomon et al.,2016)and G2S(Wang et al.,2018).

关键词： al. Cancer structural

RP-HPLC法测定二乙酰氨乙酸乙二胺注射液的含量

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中国药师 2010年第4期13卷 528-529页

作者：李全学吴小红湖南中南科伦药业有限公司湖南岳阳414000 岳阳市药品检验所

目的:建立测定二乙酰氨乙酸乙二胺注射液含量的HPLC方法。方法:采用Alltima AQ(200 mm×4.6 mm,5μm)色谱柱,水-磷酸-三乙胺溶液(100:0.15:0.2)为流动相,流速为1.0 ml·min^(-1),检测波长为225 nm。结果:二乙酰氨乙酸乙二胺在0.25～2.04... 详细信息

目的:建立测定二乙酰氨乙酸乙二胺注射液含量的HPLC方法。方法:采用Alltima AQ(200 mm×4.6 mm,5μm)色谱柱,水-磷酸-三乙胺溶液(100:0.15:0.2)为流动相,流速为1.0 ml·min^(-1),检测波长为225 nm。结果:二乙酰氨乙酸乙二胺在0.25～2.04μg(r=0.999 8)范围内线性关系良好,平均加样回收率为98.6%(n=9)。结论:方法简便、准确、重复性好,可用于二乙酰氨乙酸乙二胺注射液中的含量测定。

关键词： HPLC 二乙酰氨乙酸乙二胺注射液含量测定

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百令胶囊中甘露醇及腺苷含量测定方法的改进

中国药师 2010年第5期13卷 683-685页

作者：李全学吴小红湖南中南科伦药业有限公司湖南岳阳414000 岳阳市药品检验所

目的:改进百令胶囊中甘露醇和腺苷的含量测定方法。方法:甘露醇的含量测定由醇提取改为水提取,腺苷的含量测定中改进流动相的组成及供试品溶液的制备方法。结果:改进后的含量测定方法能更准确地测定百令胶囊中甘露醇和腺苷的含量。结论... 详细信息

目的:改进百令胶囊中甘露醇和腺苷的含量测定方法。方法:甘露醇的含量测定由醇提取改为水提取,腺苷的含量测定中改进流动相的组成及供试品溶液的制备方法。结果:改进后的含量测定方法能更准确地测定百令胶囊中甘露醇和腺苷的含量。结论:方法简便、易行,可用于百令胶囊的质量控制。

关键词：百令胶囊甘露醇腺苷含量测定

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基于ROA模型的DG投资及扩容决策

水电能源科学 2011年第4期29卷 189-191页

作者：董全学姜丹微李晨田廓曾鸣华北电力大学经济与管理学院北京102206

针对天然气价格的不确定性对投资及扩容燃气DG的影响问题,基于实物期权模型研究了不同水平的天然气价格波动下投资DG的门槛价。结果表明,时序投资及扩容较直接投资燃气DG在抵抗风险、降低成本方面更具有优势,为我国制定天燃气DG投资及... 详细信息

针对天然气价格的不确定性对投资及扩容燃气DG的影响问题,基于实物期权模型研究了不同水平的天然气价格波动下投资DG的门槛价。结果表明,时序投资及扩容较直接投资燃气DG在抵抗风险、降低成本方面更具有优势,为我国制定天燃气DG投资及扩容决策提供参考。

关键词：实物期权模型投资及扩容分布式发电微网

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分布式发电的灵活性投资策略研究

水电能源科学 2011年第12期29卷 180-183页

作者：曾鸣董全学魏阳李晨姜丹微华北电力大学经济与管理学院北京102206

为激励投资者投资以促进分布式发电的建设,研究了天然气价格不确定性下,基于实物期权模型的燃气分布式发电灵活性投资策略。构建了分布式发电投资策略的实物期权模型,提出一种灵活的时序投资策略,并分析了策略的投资阈值和项目价值,计... 详细信息

为激励投资者投资以促进分布式发电的建设,研究了天然气价格不确定性下,基于实物期权模型的燃气分布式发电灵活性投资策略。构建了分布式发电投资策略的实物期权模型,提出一种灵活的时序投资策略,并分析了策略的投资阈值和项目价值,计算分析了4种不同的投资策略在不同波动水平下每种策略的天然气投资价格阈值及其适用性。研究结果表明,实物期权理论可有效应用于分布式发电投资策略研究,可为投资者根据价格信息灵活选择投资策略、提高经济效益提供指导。

关键词：分布式发电投资策略天然气价格实物期权模型

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计及排放约束与输电约束的电力市场均衡分析

水电能源科学 2011年第5期29卷 180-183,193页

作者：董全学张信李晨王恩琦曾鸣田廓华北电力大学经济与管理学院北京102206

为满足节能减排和供电安全可靠的需求,构建了计及排放约束和输电约束的电力市场竞争模型,研究了双重约束条件下电力市场的均衡问题,分析了策略性发电方的博弈行为,利用耦合制约博弈的分析方法,并采用处罚函数,将具有限制条件的均衡问题... 详细信息

为满足节能减排和供电安全可靠的需求,构建了计及排放约束和输电约束的电力市场竞争模型,研究了双重约束条件下电力市场的均衡问题,分析了策略性发电方的博弈行为,利用耦合制约博弈的分析方法,并采用处罚函数,将具有限制条件的均衡问题转化为带有处罚函数的无约束均衡问题,分析求解电力市场的纳什均衡解,并通过算例进行了验证。结果表明,该模型合理、有效。

关键词：排放约束输电约束电力市场耦合制约均衡纳什均衡

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基于生成对抗网络的图像风格转换算法

成都信息工程大学学报 2021年第6期36卷 629-633页

作者：李权学牛梦晨陈睿麟陈伊婷杜帅徐梓欣成都信息工程大学四川成都610225

针对图像样式转换产生的图像质量不高的问题,提出一种基于生成对抗网络的高质量图像样式转换方法。借鉴循环GAN网络结构上的发电网络相结合的方法采用跳层结构和U-Net网络中的残差网络,增强网络的多尺度不变性;其次,在判别网络方面,提... 详细信息

针对图像样式转换产生的图像质量不高的问题,提出一种基于生成对抗网络的高质量图像样式转换方法。借鉴循环GAN网络结构上的发电网络相结合的方法采用跳层结构和U-Net网络中的残差网络,增强网络的多尺度不变性;其次,在判别网络方面,提出一种多尺度扩展卷积判别器,以改善图像样式的空间几何变换。实验证明,与Cycle-GAN算法相比,该算法在图像样式转换中的效果有很大提升,图像样式转换的质量也得到了提高。

关键词：图像风格转换 GAN Cycle-GAN U-Net残差网络

Secrecy Transmission of NOMA-OTFS Based Multicast-Unicast Streaming

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China Communications 2023年第1期20卷 1-13页

作者： Junfan Hu Jia Shi Xianyu Wang Xiaoju Lu Zan li Zhuangzhuang Tie quanxue Gao The State Key Laboratory of Integrated Services Networks Xidian UniversityXi’an 710071China Academy of Space Electronic Information Technology Xi’an 710100China Unit 69036 of PLA Urumqi 830000China

This paper investigates the security performance of a cooperative multicast-unicast system,where the users present the feature of high ***,we develop the non-orthogonal multiple access(NOMA)based orthogonal time frequency space(OTFS)transmission scheme,namely NOMAOTFS,in order to combat Doppler effect as well as to improve the spectral ***,we propose a power allocation method addressing the trade-off between the reliability of multicast streaming and the confidentiality of unicast *** on that,we utilize the relay selection strategy,to improve the security of unicast *** the context of multicastunicast streaming,our simulation findings validate the effectiveness of the NOMA-OTFS based cooperative transmission,which can significantly outperform the existing NOMA-OFDM in terms of both reliability and security.

关键词： OTFS NOMA physical layer security multicast-unicast