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Allotetraploidization event of Coptis chinensis shared by all Ranunculales

Horticultural Plant Journal 2024年第1期10卷 288-303页

作者： Yan Zhang Weina Ge Jia Teng Yanmei Yang Jianyu Wang Zijian Yu Jiaqi Wang qimeng xiao Junxin Zhao Shaoqi Shen Yishan Feng Shoutong Bao Yu Li Yuxian Li Tianyu Lei Yuxin Pan Lan Zhang Jinpeng Wang Department of Bioinformatics School of Life SciencesNorth China University of Science and TechnologyTangshanHebei 063000China School of Life Sciences North China University of Science and TechnologyTangshanHebei 063000China State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of ScienceBeijing 100093China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Coptis chinensis Franch.,also named Chinese goldthread is a member of Ranunculaceae in the order Ranunculales and represents an important lineage of early eudicots with traditional medicinal *** our study,by using syntenic analysis combined with phylogenomic analysis of *** and four other representative genomes from basal and core eudicots,we confirmed that the WGD event in *** was shared by Aquilegia coerulea and Papaver somniferum *** quickly occurred after Ranunculales diverged from other eudicots,likely a Ranunculales common tetraploidization(RCT).The synonymous nucleotide substitutions at synonymous sites distribution of syntenic blocks across these genomes showed that the evolutionary rate of the *** genome is faster than that of the *** genome by approximately 13.7%,possibly due to Papaveraceaes having an additional special tetraploidization event(PST).After Ks correction,the RCT dated to 115—130 million years ago(MYA),which was close to the divergence of Ranunculaceaes and Papaveraceaes approximately115.45—130.51 ***,we identified homologous genes related to polyploidization and speciation and constructed multiple sequence alignments with different reference ***,the event-related subgenomes in the basal genomes all showed genomic fractionation bias,suggesting a likely allopolyploid nature of the RCT,PST and T-Alpha and T-Beta events in Tetracentron *** addition,we detected that the sixteen P450 subfamilies were markedly expanded in the genomes of Ranunculales,and most of them were related to the RCT and PST *** constructed a new platform for Early Eudicot Comparative Genomic Research(http://***/***)to store more *** summary,our findings support the WGD of *** shared by Ranunculales,which is likely an allotetraploidization *** present effort offered new insights into the evolution of key polyploidization events and the genes related to second

关键词： Coptis chinensis Ranunculales Polyploidization Genomic fractionation P450 genes

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A likely paleo-autotetraploidization event shaped the high conservation of Nyssaceae genome

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Horticultural Plant Journal 2024年第3期10卷 911-930页

作者： Yishan Feng Zhenyi Wang qimeng xiao Jia Teng Jianyu Wang Zijian Yu Jiaqi Wang Qiang Xu Yan Zhang Shaoqi Shen Shoutong Bao Yu Li Zimo Yan Yue Ding Zihan Liu Yuxian Li Tianyu Lei Min Yuan Xiu-Qing Li Jinpeng Wang Department of Bioinformatics School of Life SciencesNorth China University of Science and TechnologyTangshanHebei 063000China Fredericton Research and Development Centre Agriculture and Agri-Food CanadaFrederictonNew Brunswick E3B 4Z7Canada State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of ScienceBeijing 100093China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Scientific knowledge about the ancestral genome of core eudicot plant kingdom can potentially have profound impacts on both basic and applied research,including evolution,genetics,genomics,ecology,agriculture,forestry,and global *** investigate which plant conserves best the core eudicots common ancestor genome,we compared Arcto-Tertiary relict Nyssaceae and 30 other eudicot plant *** genomes of Davidia involucrata(a known living fossil),Camptotheca acuminata and Nyssa sinensis,one per existent genus of Nyssaceae,were performed comparative genomic *** found that Nyssaceae originated from a single Nyssaceae common tetraploidization event(NCT)-autotetraploidization 28-31 Mya after the core eudicot common hexaploidization(ECH).We identified Nyssaceae orthologous and paralogous genes,determined its chromosomal evolutionary trajectory,and reconstructed the Nyssaceae most recent ancestor *** genome contained the entire seven paleochromosomes and 17 ECH-generated eudicot common ancestor chromosomes and was the slowest in mutation among the analyzed 42 species of 31 plant *** both its high retention of paleochromosomes and its low mutation rate,*** provides the best case in conservation of the core eudicot paleogenome.

关键词： Nyssaceae Polyploidization Multigenome alignment Evolutionary rate Autotetraploidization Karyotype evolution

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A likely autotetraploidization event shaped the Chinese mahogany(Toona sinensis)genome

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Horticultural Plant Journal 2023年第2期9卷 306-320页

作者： Jianyu Wang Ziyi Yang Tianyu Lei Yan Zhang qimeng xiao Zijian Yu Jiaqi Zhang Sangrong Sun Qiang Xu Shaoqi Shen Zimo Yan Mengnan Fang Yue Ding Zihan Liu Qianwen Zhu Ke Ren Yuxin Pan Haibin Liu Jinpeng Wang School of Life Sciences Center for Genomics and Computational BiologyNorth China University of Science and TechnologyTangshanHebei 063000China State Key Laboratory of Systematic and Evolutionary Botany Institute of BotanyChinese Academy of ScienceBeijing 100093China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Chinese mahogany(Toona sinensis) is of considerable medical and economic importance, and its genome has been deciphered. However, the process underlying its polyploidy is unclear, and the chromosomal evolutionary trajectory is poorly understood. Here, by reanalysing the *** genome, we found evidence of a tetraploidization event(T. sinensis special tetraploidization, TST) that occurred approximately 15-17 million years ago(MYA) after the core eudicot-common hexaploidization(ECH or gamma) event. We characterized the synonymous nucleotide substitution rates(Ks values) of collinear genes and found that T. sinensis genes affected by the TST evolve at a slower rate than Acer yangbiense genes. Furthermore, we identified homologous genes related to polyploidization and speciation and constructed multiple alignments with different reference genomes. Notably, the significant balance of gene retention and loss characterized in the two TST-derived subgenomes suggests an autopolyploid nature of the TST. Moreover, we deduced the chromosomal karyotypes of the two subgenomes and identified 7chromosomal fusions that have shaped the T. sinensis genome;more information is available on a newly constructed karyotype platform(http://***/Toona_sinensis/***). The T. sinensis genome preserves the ancestral chromosome structure of dicotyledons well and could serve as a good reference for understanding genomic changes in other Meliaceae and Sapindales plants. In addition, we verified that tandem duplication and the ECH have promoted the expansion of terpene synthase(TPS) genes;conversely, the TST seems to have inhibited expansion of these genes. This present effort has clarified the polyploidy events of the T. sinensis genome, filled gaps in the history of karyotype evolution, and laid a solid foundation for further genomic studies in the Meliaceae research community and beyond.

关键词： Toona sinensis Alignment Autotetraploidization Karyotype evolution Terpene synthase genes

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板蓝与葡萄、漾濞槭基因组的共线性分析

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南方农业 2023年第15期17卷 12-15,F0003页

作者：肖启蒙华北理工大学生命科学学院河北唐山063210

板蓝(Strobilanthes cusia)具有极高的药用价值,全草可入药,是中草药南板蓝根的主要成分。为了厘清板蓝基因组的进化历程,探究板蓝的生物学功能,通过将板蓝基因组与葡萄(Vitis vinifera)、漾濞槭(Acer yangbiense)基因组进行全基因组比... 详细信息

板蓝(Strobilanthes cusia)具有极高的药用价值,全草可入药,是中草药南板蓝根的主要成分。为了厘清板蓝基因组的进化历程,探究板蓝的生物学功能,通过将板蓝基因组与葡萄(Vitis vinifera)、漾濞槭(Acer yangbiense)基因组进行全基因组比对,采用推断基因组同源性、同义碱基替换、Ks的核函数分析、鉴定染色体的直系和旁系同源区域、全基因组与局部比对等方法,发现板蓝在经历了核心真双子叶共享的三倍化事件后,还额外经历了一次三倍化事件,并且确定时间节点在106~120个百万年前。

关键词：板蓝共线性多倍化全基因组比对同义核苷酸替换率

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宫腔灌注hCG对胚胎着床影响的研究进展

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中华生殖与避孕杂志 2021年第7期41卷 655-660页

作者：肖奇梦刘源孙翟陈佩琴傅悦柏明珠张箴波上海交通大学附属第一人民医院辅助生殖中心 200080

由于各种因素的影响,不孕发生率在逐年增高。体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization-embryo transfer,IVF-ET)技术使不孕夫妇的生育愿望成为可能,然而着床失败一直阻碍着IVF-ET技术的发展。着床的过程十分复杂,胚胎质量、子宫内膜... 详细信息

由于各种因素的影响,不孕发生率在逐年增高。体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization-embryo transfer,IVF-ET)技术使不孕夫妇的生育愿望成为可能,然而着床失败一直阻碍着IVF-ET技术的发展。着床的过程十分复杂,胚胎质量、子宫内膜容受性是成功着床的关键,其中人绒毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin,hCG)在着床过程甚至整个妊娠过程中起到重要作用。而目前关于胚胎移植前灌注hCG是否会影响患者的妊娠结局,存在两种观点:宫腔灌注hCG能改善患者的妊娠结局;宫腔灌注hCG可能不仅不会改善患者妊娠率,甚至会给患者带来不良后果。但是由于已完成的研究中没有较为统一的标准,使得宫腔灌注hCG与胚胎着床之间的关系仍没有确切定论。本文对国内外宫腔灌注hCG和胚胎着床关系的研究进展进行了综述。

关键词：宫腔灌注人绒毛膜促性腺激素胚胎着床

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A global model for evaluating discharge characteristics and performance of hollow cathodes

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Chinese Journal of Aeronautics 2024年第9期37卷 72-84页

作者： Feng TIAN Long MIAO qimeng XIA Zhiwen WU Ningfei WANG xiao HOU School of Aerospace Engineering Beijing Institute of TechnologyBeijing 100081China Chongqing Innovation Center Beijing Institute of TechnologyChongqing 404100China

Hollow cathode,with the highest plasma density,current density,and temperature,becomes one of the most important components in the electro-thruster *** the electric-propulsion thruster performance is directly related to the ionization rate,reliability,and lifetime of the hollow cathode,this paper develops a global model to study the effects of discharge current,gas flow rate,and gas species on the discharge characteristics in the insert and orifice regions of the hollow *** emitter wall temperatures of hollow cathodes predicted by the global model are compared with experimental results from NSTAR thruster neutralization cathodes,confirming the model's *** influence of hollow cathode emitter material and structure sizes on the plasma parameters in the internal regions was also *** simulation results show that there is an optimal matching relationship between the discharge current and gas flow rate to guarantee the maximum ionization *** optimal working region for the hollow cathode has been deter-mined under different energetic,regime and structural *** global model established in this paper can quickly determine the key structure and operating parameters of hollow cathode at the design stage,and provide the theoretical basis for hollow cathode design and development.

关键词： Hollow cathode Global model Electric propulsion Discharge characteristics Optimal matching relationship

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彩色多普勒超声诊断缺血性脑血管病:与CTA、DSA对比分析

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中国医学影像技术 2016年第8期32卷 1189-1194页

作者：赵丽娟肖春孙广宏赵启蒙叶华宁夏回族自治区人民医院超声科宁夏银川750021

目的探讨彩色多普勒超声(CDU)诊断缺血性脑血管病(ICVD)的价值。方法回顾性分析107例ICVD患者(缺血组)及79例无ICVD患者(对照组)的TCCD和(或)TCD及颈动脉超声资料,观察颅外动脉及颅内动脉超声征象,并与CTA或DSA结果进行对照。采用Logis... 详细信息

目的探讨彩色多普勒超声(CDU)诊断缺血性脑血管病(ICVD)的价值。方法回顾性分析107例ICVD患者(缺血组)及79例无ICVD患者(对照组)的TCCD和(或)TCD及颈动脉超声资料,观察颅外动脉及颅内动脉超声征象,并与CTA或DSA结果进行对照。采用Logistic回归模型评价CDU检测指标与ICVD的相关性。结果经CTA或DSA证实,缺血组颅内动脉狭窄22例(22/107,20.56%),颅外动脉狭窄77例(77/107,71.96%);对照组颅内动脉均无狭窄,颅外动脉狭窄34例(34/79,43.04%)。缺血组与对照组比较,颅外动脉的IMT、斑块数量及性质、管腔狭窄程度差异均有统计学意义(P均<0.05)。CDU诊断ICVD患者颅内动脉狭窄与CTA或DSA的一致性中等(Kappa=0.730),诊断颅外动脉狭窄的一致性良好(Kappa=0.883)。ICA狭窄(P=0.005)、软斑/溃疡斑(P=0.002)、VA狭窄(P=0.029)与ICVD的发生相关。结论 CDU诊断ICVD患者颈动脉狭窄与CTA或DSA具有较好的相关性,ICA狭窄、软斑/溃疡斑、椎动脉狭窄是ICVD的危险因素。

关键词：脑缺血超声检查,多普勒 Logistic模型

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MCM-41分子筛负载Pd/La_(0.8)Ce_(0.2)MnO_3低温催化燃烧甲苯实验研究

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中国石油大学学报（自然科学版） 2014年第6期38卷 167-172页

作者：王永强肖丽赵东风赵朝成刘芳孙启猛中国石油大学化学工程学院山东青岛266580

以贵金属改性的钙钛矿为活性组分,采用等体积浸渍法制备Pd/La0.8Ce0.2MnO3/MCM-41催化剂,以甲苯为模型污染物进行催化燃烧实验,考察焙烧温度、负载量对催化反应的影响,并通过XRD、BET、SEM等手段对催化剂进行表征。结果表明:Pd/La0.8Ce0... 详细信息

以贵金属改性的钙钛矿为活性组分,采用等体积浸渍法制备Pd/La0.8Ce0.2MnO3/MCM-41催化剂,以甲苯为模型污染物进行催化燃烧实验,考察焙烧温度、负载量对催化反应的影响,并通过XRD、BET、SEM等手段对催化剂进行表征。结果表明:Pd/La0.8Ce0.2MnO3/MCM-41催化剂具有完整的钙钛矿型结构,Pd在钙钛矿型氧化物上得到高度的分散,同时MCM-41也发挥了很好的载体效应,有利于催化剂活性的发挥;La0.8Ce0.2MnO3负载量为20%、焙烧温度在750℃,起燃温度和完全转化温度分别为203和283℃;在加入0.05%Pd后,La0.8Ce0.2MnO3/MCM-41催化活性显著增强,甲苯完全转化温度仅为235℃;催化剂表面活性组分具有高分散性,活性组分颗粒粒径均一,分散均匀。

关键词：挥发性有机物钙钛矿贵金属低温催化燃烧分子筛

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体外凝血检测传感器性能分析与不确定度评定

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机械工程学报 2022年第12期58卷 18-28页

作者：王哲李晓陈启梦赵梓朝孟祥凯于源华长春理工大学生命科学技术学院长春130022 长春理工大学光电工程学院长春130022 吉林省计量科学研究院长春130103

针对常规传感器标定方法无法满足体外凝血检测传感器性能分析等实际问题,建立一种体外凝血检测传感器性能分析与测量不确定度评定方法。根据体外凝血检测传感器工作原理及结构特点,采用光谱共焦位移传感器对凝血检测传感器进行静态特性... 详细信息

针对常规传感器标定方法无法满足体外凝血检测传感器性能分析等实际问题,建立一种体外凝血检测传感器性能分析与测量不确定度评定方法。根据体外凝血检测传感器工作原理及结构特点,采用光谱共焦位移传感器对凝血检测传感器进行静态特性分析,并且借助于五轴精密机械加工机床进行位移标定,搭建运动轴、测量轴、传感轴三轴共线的测量装置,通过建立高阶曲线拟合方程对传感器性能参数进行在线标定;采用误差精度理论,对传感器自身误差引入的不确定度、传感器安装误差引入的不确定度、上级溯源引入的不确定度等因素进行不确定度分析与评定。利用本方法对体外凝血检测传感器进行性能分析与不确定度评定,标定结果表明传感器灵敏度为0.659 V/μm,迟滞为4.88%,线性度由0.007 6%提高到0.002 5%,重复性为0.003 3%,通过计算合成测量不确定度为0.84μm,小于体外凝血检测传感器频响特性指标允许误差为±1μm。所以搭建的测量系统的精度可以保证体外凝血检测的精度,验证了建立的体外凝血检测传感器性能分析与测量不确定度评定方法可以满足传感器精度分析的要求,为提升此类传感器的研制工艺提供核心技术。

关键词：凝血检测传感器曲线拟合性能分析不确定度

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家长教育满意度现状及其影响因素研究——基于对S省140所高中的调查

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华东师范大学学报（教育科学版） 2020年第12期38卷 99-108页

作者：冯娉婷肖磊峰周达刘启蒙刘坚北京师范大学中国基础教育质量监测协同创新中心北京100875 浙江省杭州四季青中学浙江杭州310016 香港中文大学教育学院香港999077

随着国家对于“办人民满意教育”要求的深化,研究人员不断探寻影响教育满意度的因素,以便为改进区域和学校教育提供建设性意见。基于对S省140所高中近1.4万名家长和学生的调查数据,采用多元回归分析的统计方法对家长教育满意度的影响因... 详细信息

随着国家对于“办人民满意教育”要求的深化,研究人员不断探寻影响教育满意度的因素,以便为改进区域和学校教育提供建设性意见。基于对S省140所高中近1.4万名家长和学生的调查数据,采用多元回归分析的统计方法对家长教育满意度的影响因素加以解释。结果发现在学校层面,师生关系对家长教育满意度的影响最大;在学生层面,学生的学习兴趣、主观幸福感及学业成绩对家长教育满意度有正向的预测作用;同时,家校沟通的频率、内容和方式等也对家长教育满意度有着重要的影响。因此提出建议:学校应当保障基本的硬件设施,营造良好的校园环境;构建融洽的师生关系,共享优质的教育资源;激发学生的学习兴趣,践行现代教育理念;建立家校沟通机制,深入推进家校合作。

关键词：家长教育满意度影响因素师生关系学习兴趣家校沟通

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