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Genomic variation of 363 diverse tea accessions unveils the genetic diversity, domestication, and structural variations associated with tea adaptation

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Journal of Integrative Plant Biology 2024年第10期66卷 2175-2190页

作者： Wei Tong Yanli Wang Fangdong Li Fei Zhai Jingjing Su Didi Wu Lianghui Yi qijuan gao Qiong Wu Enhua Xia State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization Anhui Agricultural UniversityHefei 230036China School of Information and Artificial Intelligence Anhui Agricultural UniversityHefei 230036China School of Computer and Artificial Intelligence Hefei Normal UniversityHefei 230061China Tea Research Institute Anhui Academy of Agricultural SciencesHefei 230031China

Domestication has shaped the population structure and agronomic traits of tea plants, yet the complexity of tea population structure and genetic variation that determines these traits remains *** here investigated the resequencing data of 363 diverse tea accessions collected extensively from almost all tea distributions and found that the population structure of tea plants was divided into eight subgroups, which were basically consistent with their geographical distributions. The genetic diversity of tea plants in China decreased from southwest to east as latitude increased. Results also indicated that Camellia sinensis var. assamica(CSA) illustrated divergent selection signatures with Camellia sinensis var. sinensis(CSS). The domesticated genes of CSA were mainly involved in leaf development, flavonoid and alkaloid biosynthesis, while the domesticated genes in CSS mainly participated in amino acid metabolism, aroma compounds biosynthesis,and cold stress. Comparative population genomics further identified ~730 Mb novel sequences, generating 6,058 full-length protein-encoding genes,significantly expanding the gene pool of tea *** also discovered 217,376 large-scale structural variations and 56,583 presence and absence variations(PAVs) across diverse tea accessions, some of which were associated with tea quality and stress resistance. Functional experiments demonstrated that two PAV genes(CSS0049975 and CSS0006599)were likely to drive trait diversification in cold tolerance between CSA and CSS tea plants. The overall findings not only revealed the genetic diversity and domestication of tea plants, but also underscored the vital role of structural variations in the diversification of tea plant traits.

关键词： Camellia sinensis cold tolerance novel genes population structure presence-absence variation structural variation

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BambooBase:A comprehensive database of bamboo omics and systematics

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Molecular Plant 2024年第5期17卷 682-685页

作者： Yun-Long Liu Shu-Yang gao Guihua Jin Meng-Yuan Zhou qijuan gao Cen Guo Yi-Zhou Yang Liang-Zhong Niu Enhua Xia Zhen-Hua Guo Peng-Fei Ma De-Zhu Li Germplasm Bank of Wild Species&Yunnan Key Laboratory of Crop Wild Relatives Omics Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China Kunming College of Life Science University of Chinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization Anhui Agricultural UniversityHefeiAnhui 230036China School of Computer and Artificial Intelligence Hefei Normal UniversityHefeiAnhui 230061China Key Laboratory for Plant Diversity and Biogeography in East Asia Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China

Dear Editor,Bamboos(Bambusoideae,Poaceae)are of significant economic and ecological importance,supporting billions of people and contributing to international trade(Wu et al.,2023).They play a crucial role in carbon fixation and support a multitude of other species including the giant panda(Clark et al.,2015).Since the release of the first draft genome of moso bamboo(Phyllostachys edulis)(Peng et al.,2013),there has been a notable increase in the sequencing,assembly,and annotation of diverse bamboo genomes(Guo et al.,2019;Zheng et al.,2022;Ma et al.,2024).An existing resource for bamboo genomics,BambooGDB(Zhao et al.,2014),provides information based on the individual draft reference genome of moso *** is needed,however,is a resource reinforcing multiple genome assemblies in Bambusoideae to enable researchers to unravel the evolutionary history of chromosomes and genes through cladespecific comparative genomic ***,we present BambooBase(https://***/),a newly developed web-based database designed to provide a seamless user experience for bamboo omics and systematics.

关键词： enable supporting Bamboo

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基于Python的合肥英语新闻语料库的建设与应用

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合肥师范学院学报 2022年第6期40卷 49-53,100页

作者：方耀高琪娟安徽农业大学外国语学院安徽合肥230036 安徽农业大学信息化办公室安徽合肥230036

合肥英语新闻语料库在合肥城市地位不断提升、国际化进程不断加快的背景下建立,该语料库以人民网、新华网和中国日报网英文版自2001年至今有关合肥的新闻报道为语料来源,通过Python实现数据挖掘、清洗与标注。合肥英语新闻语料库的建设... 详细信息

合肥英语新闻语料库在合肥城市地位不断提升、国际化进程不断加快的背景下建立,该语料库以人民网、新华网和中国日报网英文版自2001年至今有关合肥的新闻报道为语料来源,通过Python实现数据挖掘、清洗与标注。合肥英语新闻语料库的建设包含语料选择、语料采集、语料分类及语料加工四个步骤,其中利用Python编程的语料自动采集成为该库建设的关键技术。合肥英语新闻语料库可运用于合肥城市形象研究、英语教学及“课程思政”的有效实施。

关键词：合肥新闻语料库 Python

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基于深度残差网络的茶园杂草分类及模型压缩方法研究

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安徽农业大学学报 2021年第4期48卷 668-673页

作者：高琪娟李春波金秀李叶云吴慧平安徽农业大学信息与计算机学院合肥230036 安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室合肥230036 安徽农业大学植物保护学院合肥230036

为提高茶园杂草分类深度模型的准确性,减少深度模型的冗余参数问题。以茶园常见的10类杂草图像为数据样本,分别基于深度学习的ResNet50、VGGNet和AlexNet网络结构构建杂草分类模型;在此基础上,进一步利用剪枝算法压缩深度模型ResNet50... 详细信息

为提高茶园杂草分类深度模型的准确性,减少深度模型的冗余参数问题。以茶园常见的10类杂草图像为数据样本,分别基于深度学习的ResNet50、VGGNet和AlexNet网络结构构建杂草分类模型;在此基础上,进一步利用剪枝算法压缩深度模型ResNet50。通过实验对比3个模型测试集的平均准确率分别为0.86、0.72和0.63;此外,通过对比ResNet50的茶园杂草模型在训练集和测试集上压缩前后效果,显示结果基本一致。研究表明ResNet50在这3个模型中是最优分类模型,且压缩后的深度模型ResNet50提升了模型的性能。因此,该研究也为移动端设备的分类提供了理论基础。

关键词：深度神经网络深度模型压缩模型剪枝茶园杂草识别图像分类

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算法设计与分析以项目带动课程教学改革与探索

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滁州职业技术学院学报 2024年第3期23卷 70-74页

作者：高琪娟范庆春苏瑜陈黎伟刘路路李书家合肥师范学院计算机与人工智能学院安徽合肥230000 合肥师范学院信息化管理处安徽合肥230000 合肥师范学院青少年心理健康与危机智能干预安徽省哲学社会科学重点实验室安徽合肥230000

算法设计与分析是大数据及人工智能等本科专业的一门专业核心课,由于其内容比较抽象且要求学生具备较强逻辑思维能力,传统的课堂教学方式往往难以激发学生对这门课程的学习兴趣,导致教学效果难以提升。为此,本课题组将项目驱动的教学方... 详细信息

算法设计与分析是大数据及人工智能等本科专业的一门专业核心课,由于其内容比较抽象且要求学生具备较强逻辑思维能力,传统的课堂教学方式往往难以激发学生对这门课程的学习兴趣,导致教学效果难以提升。为此,本课题组将项目驱动的教学方法引入该课程的教学过程中,对教学活动进行了重新设计。授课老师将算法设计任务分配给各个学生团队,团队成员共同参与任务的分析和分解,并通过分工协作,实现预期的教学目标。实践证明,新教学方法的采用不仅提高了学生对算法学习的热情和学习效果,增强了学生团队合作解决问题的能力,而且有效提高了教学的整体质量。

关键词：项目驱动教学算法设计与分析课程改革实践应用

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基于区块链的茶叶质量安全溯源系统研究

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安徽农业大学学报 2021年第2期48卷 299-303页

作者：高琪娟杨春节武咸春赵宇王震宇吴雨婷张友华安徽农业大学信息与计算机学院合肥230036 安徽财贸职业学院合肥230601

区块链作为新兴的分布式数据库技术,其公开透明、不可篡改和易于追溯等特征,与茶叶产品溯源具有良好的契合度。运用区块链技术设计了茶叶质量安全追溯系统,链条贯穿于茶叶种植、采摘、加工、包装、流通,直到卖场的全过程,从而切实保障... 详细信息

区块链作为新兴的分布式数据库技术,其公开透明、不可篡改和易于追溯等特征,与茶叶产品溯源具有良好的契合度。运用区块链技术设计了茶叶质量安全追溯系统,链条贯穿于茶叶种植、采摘、加工、包装、流通,直到卖场的全过程,从而切实保障消费者对茶叶相关过程信息的知情权,提升对茶叶产品质量安全的监管。通过对比发现,区块链溯源系统与传统的溯源方式相比,产品数据的安全性和溯源效率等方面具有明显优势。

关键词：溯源系统茶叶区块链

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基于Fisco-Bcos联盟链技术的农产品溯源系统设计与实现研究

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安徽农业大学学报 2024年第3期51卷 530-536页

作者：高琪娟蒋道臻乐阳王广顺张友华丁文清陈煜霖桂利权谢裕大茶叶股份有限公司博士后科研工作站合肥230036 合肥师范学院计算机与人工智能学院合肥230061 安徽农业大学安徽省北斗精准农业信息工程研究中心合肥230036 安徽农业大学茶树生物学与资源利用国家重点实验室合肥230036 安徽农业大学林学与园林学院合肥230036

随着消费者对农产品质量要求的不断提升,有效的质量安全监管成为现代农业亟需解决的问题。农产品溯源系统作为一种有效的解决方案,能够提升信息的透明度和操作的可靠性。本研究利用Fisco-Bcos联盟链技术,构建了一个新型的农产品溯源系... 详细信息

随着消费者对农产品质量要求的不断提升,有效的质量安全监管成为现代农业亟需解决的问题。农产品溯源系统作为一种有效的解决方案,能够提升信息的透明度和操作的可靠性。本研究利用Fisco-Bcos联盟链技术,构建了一个新型的农产品溯源系统。通过即时将农产品质量相关的图片信息上传到区块链上,本系统提升了数据的可信性,强化了消费者的监管能力及知情权。结果表明该系统显著提高了溯源信息的真实性和整体的信任度。此外,本研究系统通过仅上传关键的质量认证图片,而非全部溯源节点信息,不仅加强了消费者的知情权和监管能力,同时也进一步有效减轻了区块链节点的存储压力。

关键词：溯源系统农产品 Fisco-Bcos 区块链

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萹蓄两种异型种子萌发及幼苗的生长特性

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草业科学 2024年第7期41卷 1660-1667页

作者：高悦秦启娟严佳玥崔静怡魏岩新疆农业大学草业学院/新疆草地资源与生态自治区重点实验室/西部干旱区草地资源与生态教育部重点实验室新疆乌鲁木齐830052

萹蓄(Polygonum aviculare)为蓼科一年生草本植物,是潜在的草坪绿化资源。萹蓄种子具有二型性:夏季产生黑色小种子,秋季产生棕色大种子。为探究萹蓄异型种子幼苗在大小以及生物量分配模式方面是否存在差异。本研究采用野外盆栽试验与实... 详细信息

萹蓄(Polygonum aviculare)为蓼科一年生草本植物,是潜在的草坪绿化资源。萹蓄种子具有二型性:夏季产生黑色小种子,秋季产生棕色大种子。为探究萹蓄异型种子幼苗在大小以及生物量分配模式方面是否存在差异。本研究采用野外盆栽试验与实验室试验相结合的方法,研究萹蓄两种形态种子的萌发与幼苗生长特性。结果表明:1)新成熟棕色种子的萌发率显著高于黑色种子(P<0.05)。2)棕色种子幼苗株高显著大于黑色种子幼苗(P<0.05),且棕色种子幼苗比黑色种子幼苗根系伸长和生物量积累更快、子叶更大。3)5月12日四叶期最后一次测量时,棕色大种子和黑色小种子幼苗的根冠比分别为0.07和0.29,黑色种子幼苗的根冠比显著大于棕色种子幼苗(P<0.05)。异型种子幼苗的差异为种群提供了灵活的生态适应策略,最大限度地保障种群的成功。

关键词：萹蓄异型种子萌发幼苗子叶生物量根冠比

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贵州喀斯特农田生态系统碳足迹时空差异研究

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四川农业大学学报 2019年第5期37卷 685-694页

作者：白义鑫盛茂银胡琪娟高梦迪贵州师范大学喀斯特研究院贵阳550001 贵州省喀斯特石漠化防治与衍生产业工程实验室贵阳550001 国家喀斯特石漠化治理工程技术研究中心贵阳550001

【目的】探明贵州省碳排放、碳吸收与碳足迹现状,可以为贵州省农田生态系统减源增汇以及农业的可持续发展提供参考。【方法】依据2007—2016年贵州省和贵阳、遵义、六盘水三市农业投入、农作物产量、耕地面积等数据,对贵州省不同尺度农... 详细信息

【目的】探明贵州省碳排放、碳吸收与碳足迹现状,可以为贵州省农田生态系统减源增汇以及农业的可持续发展提供参考。【方法】依据2007—2016年贵州省和贵阳、遵义、六盘水三市农业投入、农作物产量、耕地面积等数据,对贵州省不同尺度农田生态系统碳排放、碳吸收和碳足迹进行估算,分析变化规律并探讨其影响因素。【结果】①2007—2016年贵州省及贵阳、遵义、六盘水三市农田生态系统的碳排放量均呈逐年增长趋势,其中化肥施用产生的碳排放量所占比例最大,分别为68%、73%、81%、72%;2016年贵州省化肥单位面积碳排放达到298.23 kg/hm^2。②碳吸收量表现为"上升下降式"波动变化,总体呈增长趋势,其中,水稻碳吸收量所占比例最高,平均为50.9%,但呈减少趋势,蔬菜增幅较大,达到47%。③贵州省农田生态系统存在较大碳生态盈余,农田生态系统碳足迹呈现不断增加趋势。【结论】尽管农业碳吸收量远大于碳排放量,但化肥与农膜所占碳排放比例较大,应是未来农业减源的重点。

关键词：贵州省喀斯特农田生态系统碳足迹

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漂浮摆式波浪能发电装置的频时域仿真分析

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可再生能源 2022年第3期40卷 421-426页

作者：高功正耿大洲顾兴远岳旭辉陈启卷武汉大学动力与机械学院湖北武汉430072

文章研究了3种不同外形(圆、椭圆和椭圆-圆)波浪能发电装置的纵摇运动,通过ANSYS AQWA对3种外形装置进行了频域仿真,对比了3种外形装置的辐射阻尼、附加质量和波浪激励力等水动力系数;再将频域分析中得到的水动力系数导入WEC-SIM,进行... 详细信息

文章研究了3种不同外形(圆、椭圆和椭圆-圆)波浪能发电装置的纵摇运动,通过ANSYS AQWA对3种外形装置进行了频域仿真,对比了3种外形装置的辐射阻尼、附加质量和波浪激励力等水动力系数;再将频域分析中得到的水动力系数导入WEC-SIM,进行了时域仿真,对比了3种外形装置的摆角和瞬时功率。研究结果表明,尽管椭圆形装置的辐射阻尼、附加质量和波浪激励力矩等水动力系数最大,但椭圆-圆形装置的摆角和瞬时功率最大,说明了不对称结构更有利于波浪能量的吸收和转化。

关键词：漂浮摆波浪能发电装置频域时域水动力性能

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