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Construction of a CRISPR-based paired-sgRNA library for chromosomal deletion of long non-coding RNAs

Quantitative Biology 2020年第1期8卷 31-42页

作者： Minzhen Tao qiaochu mu Yurui Zhang Zhen Xie MOE Key Laboratory of Bioinformatics and Bioinformatics Division Center for Synthetic and System BiologyDepartment of AutomationBeijing National Research Center for Information Science and TechnologyTsinghua UniversityBeijing 100084China Zhejiang Tmall Techonogy Co. LtdYuhang DistrictHangzhou 311121China Beiing Syngentech Co..Ltd Zhongguancun Life Science ParkChangping DistrictBeijing 102206China

Background:Derived from an adaptive bacterial immune system,the clustered regularly interspaced palindromic repeats(CRISPR)/CRISPR-associated 9(Cas9)system has shown great potential in high-throughput functional genomic screening,especially for protein-coding genes.However,it is still challenging to apply the similar strategy to study non-coding genomic elements such as long non-coding RNAs(lncRNAs)or clusters of microRNAs,because short insertions or deletions may not be sufficient to generate loss-of-function phenotypes.Methods:Here,we presented a systematic strategy for designing a CRISPR-based paired-sgRNA library for highthroughput screening in non-coding regions.Due to the abundance of lncRNAs and their diverse regulatory roles in vivo,we repurposed microarray datasets to select 600 highly expressed lncRNAs in non-small-cell lung cancer and designed two schemes for lncRNA deletion with^20 paired-sgRNAs for each lncRNA.Through Golden-Gate assembly,we generated a pooled CRISPR-based library with a total of 12,878 sgRNA pairs.Results:Over 80%of paired-sgRNAs were recovered from final pooled library with a relarively even distribution.Cleavage efficiency of sgRNA pairs was validated through experiments of transient transfection and viral infection.Moreover,randomly selected paired-sgRNAs showed that efficient deletion of genomic DNA could be achieved with a deletion size within the range of 500 to 3000 bp.Conclusions:In summary,we have demonstrated a strategy to design and construct a pooled paired-sgRNA library to generate genomic deletion in the lncRNA regions,validated their deletion efficiency and explored the relationship of deletion efficiency with respect to deletion size.This method would be also suitable for investigation of other uncharacterized non-coding genomic regions in mammalian cells in an efficient and cost-efTective manner.

关键词： CRISPR/Cas9 paired-sgRNA chromosomal deletion non-coding genomic elements lncRNA

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从英文科技期刊建设需求再谈加强国内出版平台国际化运营能力建设

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编辑学报 2024年第1期36卷 5-10页

作者：张莉牟翘楚李梦迪孟瑶石磊清华大学出版社期刊中心北京100084

中国英文科技期刊寻求和海外出版机构合作,其核心是寻求成熟的出版平台对其出版的内容进行收集(投稿)、遴选(审稿)、发布和传播,同时获取标准化的出版规范、办刊经验指导、数据库的申请与数据传输等服务。国内出版平台应从英文科技期刊... 详细信息

中国英文科技期刊寻求和海外出版机构合作,其核心是寻求成熟的出版平台对其出版的内容进行收集(投稿)、遴选(审稿)、发布和传播,同时获取标准化的出版规范、办刊经验指导、数据库的申请与数据传输等服务。国内出版平台应从英文科技期刊建设需求出发加强国际化运营能力建设。以服务中国英文科技期刊建设为目的,清华大学出版社SciOpen平台从夯实平台技术基础、支持多种出版模式,创新出版模式、推广中国数据标准,加强和数据库沟通、服务学术传播,加强期刊出版标准作业程序(SOP)建设,提升全流程期刊建设能力等方面,全面提升国际化运营能力。针对当前国内出版平台建设问题,提出了以服务学术出版来明确建设定位、加强期刊与平台的相互赋能、推广我国数据标准、拥抱新技术的同时,关注出版伦理等发展建议。

关键词：英文科技期刊数字化出版平台国际化运营

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经济术语“年金“”养老金”在中日两国的互动与流变

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日语学习与研究 2023年第6期 95-106页

作者：邓牧马俏楚中南大学外国语学院

综合利用词典、语料库、报刊数据库等资料,可以明晰中日两国“年金”“养老金”互动与流变的词汇史,有助于阐明词汇演变背后养老保障制度的变迁。研究得出以下结论“:年金”“养老金”在古代尚未成词。中国方面,“年金”可追溯至1848年... 详细信息

综合利用词典、语料库、报刊数据库等资料,可以明晰中日两国“年金”“养老金”互动与流变的词汇史,有助于阐明词汇演变背后养老保障制度的变迁。研究得出以下结论“:年金”“养老金”在古代尚未成词。中国方面,“年金”可追溯至1848年麦都思《英华字典》,其中将annuity for life对译为“终生年金”,但并未在中国得到传播。十九世纪末二十世纪初,西方“年金”“养老金”概念及译词经由日本传入中国,其所指有所区别。日本方面,1871年箕作麟祥在翻译法国法典时将法语rente译为“年金”,十九世纪八十年代之后在法律公文、政经书籍中频繁使用,逐渐固定下来,“養老金”出现于十九世纪七十年代,在八十年代较为活跃,但随后被淘汰。现代中日两国“年金”“养老金”仍有互动,其使用差异除了受到历史上词汇流变的影响,也随着时代变迁产生新变化。

关键词：年金养老金经济术语日语借词词汇史

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