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Salsolinol as an RNA m~6A methylation inducer mediates dopaminergic neuronal death by regulating YAP1 and autophagy

Neural Regeneration Research 2025年第3期20卷 887-899页

作者： Jianan Wang Yuanyuan Ran Zihan li Tianyuan Zhao Fangfang Zhang juan Wang Zongjian liu Xuechai Chen Beijing International Science and Technology Cooperation Base for Antiviral Drugs College of Chemistry and LifeBeijing University of TechnologyBeijingChina Department of Rehabilitation Beijing Rehabilitation HospitalCapital Medical UniversityBeijingChina

Salsolinol(1-methyl-6,7-dihydroxy-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline,Sal)is a catechol isoquinoline that causes neurotoxicity and shares structural similarity with 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine,an environmental toxin that causes Parkinson's ***,the mechanism by which Sal mediates dopaminergic neuronal death remains *** this study,we found that Sal significantly enhanced the global level of N~6-methyladenosine(m~6A)RNA methylation in PC12 cells,mainly by inducing the downregulation of the expression of m~6A demethylases fat mass and obesity-associated protein(FTO)and alk B homolog 5(ALKBH5).RNA sequencing analysis showed that Sal downregulated the Hippo signaling *** m~6A reader YTH domain-containing family protein 2(YTHDF2)promoted the degradation of m~6A-containing Yes-associated protein 1(YAP1)mRNA,which is a downstream key effector in the Hippo signaling ***,downregulation of YAP1 promoted autophagy,indicating that the mutual regulation between YAP1 and autophagy can lead to *** findings reveal the role of Sal on m~6A RNA methylation and suggest that Sal may act as an RNA methylation inducer mediating dopaminergic neuronal death through YAP1 and *** results provide greater insights into the neurotoxic effects of catechol isoquinolines compared with other studies and may be a reference for assessing the involvement of RNA methylation in the pathogenesis of Parkinson's disease.

关键词： ALKBH5 autophagy FTO Hippo pathway m~6A Parkinson's disease RNA methylation salsolinol YAP1 YTHDF2

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大豆gma-miR1508a靶基因预测及功能分析

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大豆科学 2014年第4期33卷 479-482页

作者：李永光艾佳王涛金龙国邱丽娟李文滨东北农业大学大豆生物学教育部重点实验室东北农业大学农业部东北大豆生物学与遗传育种重点实验室黑龙江哈尔滨150030 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

microRNA（miRNA）是生物中广泛分布的、内源性的、由21~25个核苷酸大小的非编码单链小分子RNA。miRNA与靶基因mRNA具有互补关系,能够介导降解靶基因和转录后水平的基因沉默,引起目的基因表达的下调。通过利用PlantCARE、PMRD、BAR等数... 详细信息

microRNA（miRNA）是生物中广泛分布的、内源性的、由21~25个核苷酸大小的非编码单链小分子RNA。miRNA与靶基因mRNA具有互补关系,能够介导降解靶基因和转录后水平的基因沉默,引起目的基因表达的下调。通过利用PlantCARE、PMRD、BAR等数据库对gma-miR1508a启动子顺式调控元件和靶基因进行了生物信息学分析,启动子分析结果表明gma-miR1508a含有多种非生物胁迫响应元件,其表达受ABA、低温、干旱等胁迫诱导。利用PMRD软件预测获得7个gma-miR1508a的靶基因,分别参与了细胞凋亡、开花调控、逆境胁迫、细胞壁修饰等调控,最终通过拟南芥同源基因分析获得了Glyma10g03840.1、Glyma16g27800.1、Glyma17g07280.1等5个与低温反应相关的候选靶基因。

关键词：大豆 miRNA 启动子靶基因

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大豆7S球蛋白α'亚基缺失新种质中黄608的分子鉴定

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作物学报 2019年第1期45卷 18-25页

作者：李俊英孙如建李忠峰魏中艳任玉龙王俊邱丽娟长江大学农学院湖北荆州434025 中国农业科学院作物科学研究所/国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程/农业部种质资源利用重点实验室北京100081 呼伦贝尔市农业科学研究所内蒙古扎兰屯162650

大豆7S球蛋白α'亚基含量与大豆的营养品质和加工特性关系密切。本研究利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和免疫印迹法(Western blot)从中品661的EMS突变库中筛选出α'亚基缺失突变体中黄608。利用中黄608与登科1号创建了一个由210个个... 详细信息

大豆7S球蛋白α'亚基含量与大豆的营养品质和加工特性关系密切。本研究利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和免疫印迹法(Western blot)从中品661的EMS突变库中筛选出α'亚基缺失突变体中黄608。利用中黄608与登科1号创建了一个由210个个体组成的F2分离群体。遗传分析表明,α'亚基缺失由1对隐性单基因控制。利用连锁分析方法将该基因定位于第10染色体标记SSR10-1489与SSR10-1612之间,其中,包括控制α'亚基合成基因Cgy-1(Glyma.10G246300),序列分析发现,中黄608在Cgy-1第1外显子第84个碱基发生单碱基突变(G84→A84),导致氨基酸翻译提前终止。根据新发现的变异位点开发了共显性分子标记,并检测F2个体基因型,结果表明, Cgy-1基因型与α'亚基表型共分离。本研究不仅为大豆优质育种提供了新材料,同时也为分子育种提供了技术支持。

关键词：大豆 α'亚基突变体 7S球蛋白 dCAPs标记

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大豆分枝数相关分子标记开发及qBN-18位点精细定位

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作物学报 2020年第11期46卷 1667-1677页

作者：吴海涛张勇苏伯鸿 Lamlom F Sobhi 邱丽娟东北农业大学农学院黑龙江哈尔滨150030 黑龙江省农业科学院克山分院黑龙江齐齐哈尔161606 农作物基因资源与遗传改良国家重大科学工程/农业部种质资源利用重点实验室/中国农业科学院作物科学研究所北京100081 埃及亚历山大大学农业学院Saba Basha植物生产部埃及亚历山大市

分枝数是影响大豆产量的重要因素之一,与植株结荚率直接相关;同时也是决定大豆株型的重要组成因子,并通过调节群体结构、种植密度等进一步影响产量。目前关于大豆分枝数QTL(quantitative trait loci)精细定位与图位克隆的报道极少。因此... 详细信息

分枝数是影响大豆产量的重要因素之一,与植株结荚率直接相关;同时也是决定大豆株型的重要组成因子,并通过调节群体结构、种植密度等进一步影响产量。目前关于大豆分枝数QTL(quantitative trait loci)精细定位与图位克隆的报道极少。因此,发掘参与调控大豆分枝的基因/QTL对于株型建成的基础研究和高产品种培育的应用研究都具有重要意义。本研究在少分枝品种垦丰19(KF19)与多分枝品种垦农24(KN24)组合F2的基础上,培育出由606个株系组成的F7:8重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体,以及由1486个单株KF19-BC3F2和1150个单株KN24-BC2F2组成的2个回交群体。在18号染色体分枝数QTL新位点(qBN-18)的定位区间内筛选出多态性SSR标记11个,利用RIL群体将qBN-18的定位区间由1.6 Mb缩小到113 kb。在定位区间内开发了2个InDel标记BR69与BR77。进一步利用回交群体筛选交换单株,将qBN-18定位区间缩小到63.7 kb,包括9个基因。本研究结果为大豆分枝数的基因图位克隆及分子标记辅助育种创造了条件。

关键词：大豆分枝数 QTL定位候选基因

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大豆抗胞囊线虫4号生理小种的种质创新

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大豆科学 2008年第6期27卷 911-914页

作者：刘章雄卢为国常汝镇邱丽娟中国农业科学院作物科学研究所国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081 河南省农业科学院棉花油料作物研究所河南郑州450002

大豆胞囊线虫(SCN)是生产上毁灭性病害,培育抗病品种是最经济有效的控制措施,目前黄淮地区尚缺乏高抗SCN4号生理小种的品种或综合性状优良的种质。采用杂交选育的方法,以引自美国的Hartwig为母本,以黄色种皮的抗性材料晋1261等为父本配... 详细信息

大豆胞囊线虫(SCN)是生产上毁灭性病害,培育抗病品种是最经济有效的控制措施,目前黄淮地区尚缺乏高抗SCN4号生理小种的品种或综合性状优良的种质。采用杂交选育的方法,以引自美国的Hartwig为母本,以黄色种皮的抗性材料晋1261等为父本配制杂交组合,高代品系经产量和抗性鉴定,共筛选出7个综合农艺性状优良、产量高、对SCN1号和SCN4号小种免疫或高抗的材料,可为黄淮地区抗SCN育种提供优异亲本来源。

关键词：大豆胞囊线虫种质创新

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系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的共同基因表达特征和分子机制

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中华疾病控制杂志 2022年第6期26卷 715-722页

作者：凌华云吴玲玲周颖邱丽娟王红薛昱陈慧娟王廷睿王斌安徽医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系炎症免疫性疾病安徽省实验室合肥203032

目的初步探究系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)和原发性干燥综合征(primary Sj9gren’s syndrome,pSS)的共同基因表达特征和分子机制。方法利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取SLE和pSS基因表达数据集,进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和差异表达基因分析(differentially expressed genes,DEGs),初步确认SLE和pSS的共同关键基因和基因表达特征。结果WGCNA和DEGs分析结果都显示SLE和pSS的共同基因主要富集在I型干扰素(interferon,IFN)和病毒免疫相关的通路上(均有P<0.05);分析得到9个关键基因,分别是ISG15、IFIT3、OASL、OAS2、SERPING1、GBP1、DDX60、XAF1和DDX58,其中大部分是I型IFN相关基因。结论研究结果提示SLE和pSS的共同基因表达特征主要与I型IFN和病毒免疫相关基因以及通路有关,这为未来的机制研究提供了一定的参考。

关键词：系统性红斑狼疮原发性干燥综合征 Ⅰ型干扰素加权基因共表达网络分析差异表达基因分析

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大豆RIL群体ZKS-HX的构建及遗传结构分析

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河南农业科学 2010年第5期39卷 30-34页

作者：吕祝章张娜李慷均常汝镇邱丽娟日照职业技术学院山东日照276826 中国农业科学院作物研究所国家农作物基因资源与遗传改良重大科学工程/农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081

选用全国种植时间最长(20多a)且累计种植面积最大(1.3×106hm2)的栽培大豆(***)品种合丰25为母本,高蛋白、结荚多的半野生大豆(***)新民6号为父本杂交得到F2∶8代122个重组自交系(RIL)群体(ZKS-HX),利用124个SSR标记对大豆RIL群体进行... 详细信息

选用全国种植时间最长(20多a)且累计种植面积最大(1.3×106hm2)的栽培大豆(***)品种合丰25为母本,高蛋白、结荚多的半野生大豆(***)新民6号为父本杂交得到F2∶8代122个重组自交系(RIL)群体(ZKS-HX),利用124个SSR标记对大豆RIL群体进行遗传组成分析,结果表明,父、母本对群体的遗传贡献分别为0.529和0.471,2个亲本在群体中的分离比例相近,总体上未出现严重偏离1∶1的分离比例,群体各家系基因型组成近似符合正态分布,适合遗传作图研究。

关键词：大豆重组自交系遗传结构 SSR

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矮秆大豆突变体叶片和豆荚生理特性的初步分析

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核农学报 2007年第6期21卷 562-566页

作者：苍晶李茫雪张达王豫颖杨阳郝再彬邱丽娟东北农业大学生命科学学院黑龙江哈尔滨150030 中国农业科学院作物科学研究所北京100081

经NaN3诱变获得大豆矮秆突变体HK808,对其豆荚和叶片生理特性及其与原品种"东农42"的比较研究表明:HK808叶片的叶绿素含量比野生型低,但叶绿素a/b比值变化不大;豆荚的叶绿素含量较其对应叶片的含量低,且野生型的含量略高于突变体。开花... 详细信息

经NaN3诱变获得大豆矮秆突变体HK808,对其豆荚和叶片生理特性及其与原品种"东农42"的比较研究表明:HK808叶片的叶绿素含量比野生型低,但叶绿素a/b比值变化不大;豆荚的叶绿素含量较其对应叶片的含量低,且野生型的含量略高于突变体。开花结荚后突变体叶片蛋白质含量、SOD活性逐渐升高,脯氨酸含量下降,且蛋白质和脯氨酸含量都低于东农42;突变体的SOD活性高于东农42;野生型的MDA含量在鼓粒期以后增高,即结荚后期突变体叶片防御自由基伤害能力强。豆荚的蛋白质、脯氨酸含量都与叶片的变化规律基本相同,即前者不断增加,后者不断下降,且豆荚蛋白质和脯氨酸含量都低于叶片;HK808豆荚的蛋白质含量比其野生型高。豆荚的MDA含量比叶片低,且东农42豆荚的MDA含量略高于HK808,豆荚的SOD活性呈下降趋势,但比东农42叶片的活性高,表明豆荚的抗氧化能力比东农42的叶片强。

关键词：大豆矮秆突变体叶片豆荚生理特性

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原发性干燥综合征患者唾液腺组织ceRNA调控网络的构建

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中华疾病控制杂志 2022年第7期26卷 777-783,814页

作者：吴玲玲凌华云周颖邱丽娟王红薛昱陈慧娟王廷睿王斌安徽医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系炎症免疫性疾病安徽省实验室合肥230032

目的通过生物信息学方法构建原发性干燥综合征(primary Sjögren’s syndrome,pSS)患者唾液腺组织中的竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络并探讨其发病机制。方法利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,G... 详细信息

目的通过生物信息学方法构建原发性干燥综合征(primary Sjögren’s syndrome,pSS)患者唾液腺组织中的竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络并探讨其发病机制。方法利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)对pSS患者唾液腺组织中的信使RNA(messenger RNA,mRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)表达谱作差异分析。通过miRcode数据库和3个miRNA数据库(TargetScan、miRDB和miRWalk)获取与pSS有关的靶微小RNA(microRNA,miRNA)和靶mRNA,构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,对ceRNA网络中差异表达基因(differentially expressed mRNAs,DEmRNAs)进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果在ceRNA网络中有214个DEmRNAs。KEGG分析显示DEmRNAs的主要富集信号通路为丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路和腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)信号通路,DEmRNAs中10个枢纽(Hub)基因分别为JUN、CCND1、NRAS、DDX5、KAT2B、VEGFA、SIRT1、CLTA、MCM7和RPS6KA1。结论本研究通过构建ceRNA调控网络,发现网络中DEmRNAs主要富集MAPK和AMPK信号通路,为进一步深入探讨原发性干燥综合征的诊断和治疗提供了新的思路。

关键词：原发性干燥综合征 ceRNA调控网络生信分析信使RNA 长链非编码RNA 微小RNA

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大豆根茎过渡区弯曲突变体M_(rstz)的鉴定与基因定位

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作物学报 2024年第5期50卷 1091-1103页

作者：苗龙舒阔李娟黄茹王业杏 Soltani Muhammad YOUSOF 许竞好吴传磊李佳佳王晓波邱丽娟安徽农业大学农学院安徽合肥230036 中国农业科学院作物科学研究所/农业农村部作物基因资源与遗传改良重大科学工程/农业农村部作物基因资源与种质创制重点实验室北京100081

植物根茎过渡区(root-stem transition zone,RSTZ)将根和茎相互连接,其发育形态决定了大豆的地上部株型和抗倒伏潜力。本研究通过EMS诱变获得一个RSTZ弯曲或旋转的大豆突变体M_(rstz),其形态特征能够稳定遗传,是探究大豆茎秆发育规律的... 详细信息

植物根茎过渡区(root-stem transition zone,RSTZ)将根和茎相互连接,其发育形态决定了大豆的地上部株型和抗倒伏潜力。本研究通过EMS诱变获得一个RSTZ弯曲或旋转的大豆突变体M_(rstz),其形态特征能够稳定遗传,是探究大豆茎秆发育规律的特异材料。将该突变体和栽培大豆中黄13杂交构建重组自交系群体,对群体中直立和弯曲型后代的RSTZ进行解剖结构比较,发现弯曲型株系比直立型株系的维管形成层较宽、次生木质部细胞层数较多、细胞形状不规则,表明维管组织分化可能是导致RSTZ形态发生差异的重要因素之一。进一步对化学组分测定发现,木质素和粗纤维含量越高越不易弯曲。选取RIL群体中弯曲型和直立型2种极端株系进行BSA-Seq,采用SNP-index和InDel-index关联分析方法鉴定到调控RSTZ形态的关联区域Chr19:43030943~45849854,该区间共含有319个基因。结合生物信息学分析、基因注释信息和表达丰度分析筛选到7个候选基因,分别为Glyma.19G170200、Glyma.19G201500、Glyma.19G187800、Glyma.19G178200、Glyma.19G197000、Glyma.19G179100、Glyma.19G196900。其中,Glyma.19G187800、Glyma.19G178200和Glyma.19G196900在大豆驯化中潜在影响RSTZ形态建成。本研究为解析大豆RSTZ组织形成及其遗传基础提供了材料基础,并为挖掘调控大豆茎秆发育基因提供新的见解。

关键词：大豆根茎过渡区突变体 BSA-seq 候选基因

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