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Effects of insulin-like growth factor binding protein-related protein 1 in mice with hepatic fibrosis induced by thioacetamide

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Chinese Medical Journal 2010年第18期123卷 2521-2526页

作者： LIU Li-xin ZHANG Hai-yan ZHANG qian-qian GUO xiao-hong Experimental Center of Science and Research of the First Teaching Hospital of Shanxi Medical University Institute of Liver Disease and Key Laboratory of Cell Physiology Provincial Department of the Ministry of Education of Shanxi Medical University Taiyuan Shanxi 030001 China

Background Insulin-like growth factor binding protein-related protein 1 （IGFBPrP1） can activate hepatic stellate cells and increase extracellular matrix （ECM） in vitro. However, the effects of IGFBPrP1 in mice with hepatic fibrosis, and the mechanisms of these effects, are currently unknown. We aim to address these issues in this study. Methods Intraperitoneal injection of thioacetamide （TAA） is a classic method for establishing a mouse model of hepatic fibrosis. Using this model, we administered anti-IGFBPrP1 antibody, again via intraperitoneal injection. The morphological changes of liver fibrosis were observed with both HE and Masson stainning. The immunohistochemical assays and Western blotting were used to measure changes in IGFBPrP1, a-smooth muscle actin （a-SMA） and ECM in liver tissues, and the expression of transforming growth factor-β1 （TGF-β1） and Smad3. Data were statistically analyzed using one-way analysis of variance （ANOVA）, the SNK-q test for inter-group differences. Results The Masson staining analysis showed that compared with normal control group, content of collagen fiber in TAA5w group was significantly increased （P 〈0.01）, and it was significantly decreased in TAA5w/alGFBPrP1 group compared with in TAA5w group （P 〈0.01）. The expression of hepatic IGFBPrP1, a-SMA, TGF-β1, Smad3, collagen 1 and fibronectin （FN） was significantly up-regulated in the TAA5w group （P 〈0.01）. Anti-IGFBPrP1 treatment reversed these changes （P 〈0.01）. Conclusions IGFBPrP1 plays an important role in the development of hepatic fibrosis. Anti-IGFBPrP1 prevents fibrosis in mice by suppressing the activation of hepatic stellate cells, inhibiting the synthesis of major components of the ECM （namely, collagen I and FN）. The mechanism for this suppression of fibrosis is associated with the TGF-β1/Smad3 signaling pathways.

关键词： insulin-like growth factor binding protein-related protein 1 hepatic fibrosis extracellular matrix Smad3 protein transforming growth factor beta 1

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基于温敏型材料的固定化酶的制备及其在蛋白质组快速分析中的应用

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分析化学 2016年第11期44卷 1692-1697页

作者：张倩郑斐秦伟捷钱小红军事医学科学院放射与辐射医学研究学所国家蛋白质科学研究中心蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心

蛋白质组学通过规模化鉴定、分析从细胞、组织或有机体中提取的蛋白质,从而获得蛋白表达、修饰、组成和定量的变化信息。在目前最为有效的"鸟枪法"蛋白质组学策略中,固定化酶试剂基质常用固相载体材料,该固定化酶试剂在酶解蛋白质时为... 详细信息

蛋白质组学通过规模化鉴定、分析从细胞、组织或有机体中提取的蛋白质,从而获得蛋白表达、修饰、组成和定量的变化信息。在目前最为有效的"鸟枪法"蛋白质组学策略中,固定化酶试剂基质常用固相载体材料,该固定化酶试剂在酶解蛋白质时为异相体系,存在固液界面传质阻力和空间位阻,限制了酶解效率和样品处理通量。针对这一技术瓶颈,本研究利用温敏聚合物对外界温度变化的响应能力,制备了一种新型的基于可溶性温敏聚合物的固定化胰蛋白酶试剂。该固定化酶特有的温度敏感特性,使其具有"高温均相酶解,低温异相分离"的特色,且兼具酶切时间显著缩短、酶可重复利用的优势。BSA 1 min固定化酶解产物肽段的氨基酸序列覆盖率可达94%,高于传统溶液酶解12 h所得覆盖率为(74%)。进一步将该固定化酶试剂应用于HeLa细胞全蛋白质组的酶解,其酶解效果与相同条件下溶液酶解12 h相当。该固定化酶试剂对复杂蛋白质的快速、高效酶解充分证明其在蛋白质组学研究中的应用潜力。

关键词：固定化酶温度敏感型聚合物质谱鉴定蛋白质组学快速酶解

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Smith图导出关系模式的分解算法与递归处理

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小型微型计算机系统 2000年第7期21卷 777-778页

作者：钱晓红王译东北大学计算中心沈阳110003 辽宁省信息中心沈阳110002

本文提出了一个由优化的 Sm ith图导出规范化关系模式的分解算法 ,包括确定根结点 ,生成森林 ,导出规范化关系模式等 .这些都是用递归处理实现的 ,本文给出了这些递归处理的描述 .最后介绍了一个例子 .

关键词： Smith图分解算法递归处理关系数据库

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蛋白质组研究的技术体系及其进展

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生物化学与生物物理进展 2000年第6期27卷 584-588页

作者：成海平钱小红北京总后卫生部药品检验所北京100071 北京军事医学科学院国家生物医学分析中心北京100850

随着后基因组时代的到来 ,蛋白质组研究越来越受到国内外科学工作者的密切关注 ,我国国家自然科学基金委员会已把蛋白质组研究列为重大科研项目 .概述了蛋白质组研究中的基本技术 ,包括双向凝胶电泳的样品制备和分离、蛋白质的检测、凝... 详细信息

随着后基因组时代的到来 ,蛋白质组研究越来越受到国内外科学工作者的密切关注 ,我国国家自然科学基金委员会已把蛋白质组研究列为重大科研项目 .概述了蛋白质组研究中的基本技术 ,包括双向凝胶电泳的样品制备和分离、蛋白质的检测、凝胶图像分析、蛋白质的鉴定以及蛋白质数据库构建等 ,并就蛋白质鉴定的常用方法如氨基酸组成分析方法、蛋白质末端序列分析、肽质量指纹谱作了详细阐述 .直观地列出了蛋白质组研究的技术体系流程图。

关键词：蛋白质组双向凝胶电泳质谱凝胶图像分析数据库

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深度学习方法在生物质谱及蛋白质组学中的应用

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生物化学与生物物理进展 2018年第12期45卷 1214-1223页

作者：赵新元秦伟捷钱小红北京工业大学生命科学与生物工程学院北京100022 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心国家蛋白质科学中心(北京)军事医学研究院生命组学研究所北京102206

深度学习是近年来机器学习领域最热门的研究方向,尤其是在图像及语音识别、自然语言处理、自动驾驶等方面取得了突破性进展.生物质谱是当今生命科学领域重要的研究工具,尤其在蛋白质组学、代谢组学、生物制药等领域发挥着关键作用.近年... 详细信息

深度学习是近年来机器学习领域最热门的研究方向,尤其是在图像及语音识别、自然语言处理、自动驾驶等方面取得了突破性进展.生物质谱是当今生命科学领域重要的研究工具,尤其在蛋白质组学、代谢组学、生物制药等领域发挥着关键作用.近年来,基于深度学习方法的发展,以生物质谱为核心的蛋白质组学大数据分析将迎来发展新契机.本文综述了深度学习方法在生物质谱数据解析及蛋白质组学研究方面的最新应用.

关键词：深度学习生物质谱蛋白质组学大数据

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亲水相互作用色谱结合串联质谱多重碎裂模式在完整糖肽研究中的应用

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分析化学 2014年第2期42卷 159-165页

作者：江静应万涛钱小红中国人民解放军总医院军医进修学院蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组研究中心解放军医学院

蛋白质的糖基化修饰在生理及病理过程中发挥着重要作用。由于技术条件的限制,传统的糖蛋白分析方法中,通常分别鉴定蛋白质和糖链两者的结构,而忽略了蛋白质与糖链的连接关系。本研究旨在以完整糖肽作为检测对象,对糖肽中肽段序列和糖链... 详细信息

蛋白质的糖基化修饰在生理及病理过程中发挥着重要作用。由于技术条件的限制,传统的糖蛋白分析方法中,通常分别鉴定蛋白质和糖链两者的结构,而忽略了蛋白质与糖链的连接关系。本研究旨在以完整糖肽作为检测对象,对糖肽中肽段序列和糖链结构的同步解析。采用亲水相互作用色谱对完整糖肽进行分离纯化,联合生物质谱中碰撞诱导解离(CID)、高能诱导解离(HCD)、电子转移解离(ETD)等裂解模式,对完整糖肽的糖基化位点、糖链结构、肽段序列等进行全方面的解析。结果表明,亲水相互作用色谱中样品与填料比1∶50可有效富集糖肽,采用30%CID能量,主要产生糖苷键断裂的碎片,为糖链的结构组成分析提供了线索;采用25%HCD能量,在低分子量区域提供了糖链的特征离子信息,并产生明确的糖肽Y1特征离子;ETD保留了完整的修饰基团而产生肽段骨架的断裂,可以提供有效的肽段序列信息。本研究结合亲水相互作用色谱与质谱仪中的多种碎裂方式,为完整糖肽的结构解析提供了一种快速、有效的研究方案。

关键词：亲水作用色谱串联质谱完整糖肽碰撞诱导解离高能诱导解离电子转移解离

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荧光双向电泳和串联质谱技术检测卵巢上皮癌血清标志物的研究

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中华肿瘤杂志 2008年第10期30卷 754-758页

作者：赵群段微吴玉梅钱小红邓小虹首都医科大学附属北京妇产医院肿瘤科 100026 北京蛋白质组研究中心

目的通过差异蛋白质组学的方法寻找卵巢上皮癌血清标志物，以提高卵巢癌诊断的灵敏度和特异度。方法收集103例卵巢上皮癌、60例正常对照、63例卵巢良性肿瘤和63例盆腔良性病变患者的血清。按照患者年龄匹配，选取卵巢上皮癌、盆腔良性... 详细信息

目的通过差异蛋白质组学的方法寻找卵巢上皮癌血清标志物，以提高卵巢癌诊断的灵敏度和特异度。方法收集103例卵巢上皮癌、60例正常对照、63例卵巢良性肿瘤和63例盆腔良性病变患者的血清。按照患者年龄匹配，选取卵巢上皮癌、盆腔良性病变、卵巢良性肿瘤和正常对照者血清各20例，等容积混合，去除高丰度白蛋白和IgG后，进行荧光双向电泳（2-DE DIGE），实验重复3次。以DyCyder软件分析得出有显著差异的蛋白质点，以基质辅助激光解吸离子飞行时间串联质谱（MALDI TOF／TOF）鉴定差异蛋白质，分别采用Western blot和酶联免疫吸附实验（ELISA）验证获选的血清标志物。结果2-DEDIGE得出有显著差异的蛋白质点41个，MALDI TOF／TOF成功鉴定出其中的28个蛋白质。上调最显著的蛋白质为结合珠蛋白（Hp），下调最显著的蛋白质为转铁蛋白（Tf）。Western blot和ELISA验证结果显示，Hp和Tf在卵巢上皮癌与正常对照、卵巢上皮癌与卵巢良性肿瘤、卵巢上皮癌与盆腔良性病变之间的差异有统计学意义（均P=0．000）。CA125＋Hp＋Tf联合检测诊断卵巢上皮癌的灵敏度（81．6％）和特异度（76．9％）高于CA125（78．6％和70．4％）、Hp（69．9％和70．4％）和Tf（66．0％和70．4％）单独检测。结论Hp和Tf是卵巢上皮癌血清中差异表达的蛋白质，可作为卵巢上皮癌的血清标志物，CA125＋Hp＋Tf联合检测有助于提高卵巢上皮癌诊断的灵敏度和特异度。

关键词：卵巢肿瘤肿瘤标志物蛋白质组学差异凝胶电泳串联质谱结合珠蛋白转铁蛋白诊断

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混合浆液组分对α-淀粉酶酶解淀粉浆料的影响

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印染 2019年第22期45卷 16-20页

作者：向中林申珊玉蔡红梅范雪荣蒋龙宇 qian xiao-hong 江苏联发纺织股份有限公司江苏省生态染整技术重点实验室江南大学 Jiangsu Lianfa Textile Co. Ltd.Key Laboratory of Ecological Dyeing Technology

针对以淀粉为主浆料上浆的色织物淀粉浆料退浆效率差的问题,对混合浆液中的PVA浆料、聚丙烯酸类浆料和辅助浆料进行单因素试验,探讨了这些组分对淀粉浆料酶解性能的影响。结果表明,混合浆液中的PVA浆料、聚丙烯酸类浆料对淀粉浆料的酶... 详细信息

针对以淀粉为主浆料上浆的色织物淀粉浆料退浆效率差的问题,对混合浆液中的PVA浆料、聚丙烯酸类浆料和辅助浆料进行单因素试验,探讨了这些组分对淀粉浆料酶解性能的影响。结果表明,混合浆液中的PVA浆料、聚丙烯酸类浆料对淀粉浆料的酶解性能基本无影响,但混合浆液中的辅助浆料蜡片对淀粉浆料的酶解性能有显著影响。在混合浆液中加入脂肪酶,与淀粉酶协同作用能一定程度提高淀粉浆料的分解效率,但效果不显著,可能是因为α-淀粉酶和脂肪酶的最适条件不同。

关键词：退浆 α-淀粉酶酶解性能淀粉浆料混合浆液组分影响

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