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An Integrated Workflow for DNA Methylation Analysis

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Journal of Genetics and Genomics 2013年第5期40卷 249-260页

作者： pingchuan li Feray Demirci Gayathri Mahalingam Caghan Demirci Mayumi Nakano Blake C.Meyers Department of Plant & Soil Sciences Delaware Biotechnology InstituteUniversity of DelawareNewarkDE 19711USA

The analysis of cytosine methylation provides a new way to assess and describe epigenetic regulation at a whole-genome level in many *** methylation has a demonstrated role in the genome stability and protection,regulation of gene expression and many other aspects of genome function and ***-seq is a relatively unbiased method for profiling the DNA methylation,with a resolution capable of measuring methylation at individual *** we describe,as an example,a workflow to handle DNA methylation analysis,from BS-seq library preparation to the data *** describe some applications for the analysis and interpretation of these *** laboratory provides public access to plant DNA methylation data via visualization tools available at our ＂Next-Gen Sequence＂ websites（http：//***）,along with small RNA,RNA-seq and other data types.

关键词： DNA methylation BS-seq Epigenetics

Degradome sequencing reveals endogenous small RNA targets in rice (Oryza sativa L. ssp. indica)

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Frontiers in Biology 2010年第1期5卷 67-90页

作者： Ming ZHOU lianfeng GU pingchuan li Xianwei SONG liya WEI Zhiyu CHEN Xiaofeng CAO State Key Laboratory of Plant Genomics and National Center for Plant Gene Research Institute of Genetics and Developmental BiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Graduate School of the Chinese Academy of Sciences Yuquan RoadBeijing 100039China

MicroRNAs(miRNAs)and small interfering RNAs(siRNAs)regulate gene expression in *** miRNAs modulate their targets mainly via messenger RNA(mRNA)*** RNA(sRNA)targets have been extensively investigated in Arabidopsis using computational prediction,experimental validation,and degradome ***,small RNA targets are largely unknown in rice(Oryza sativa).Here,we report global identification of small RNA targets using high throughput degradome sequencing in the rice indica cultivar 93-11(Oryza sativa ***).One hundred and seventy-seven transcripts targeted by a total of 87 unique miRNAs were *** targets for the conserved miRNAs between Arabidopsis and rice,transcription factors comprise around 70%(58 in 82),indicating that these miRNAs act as masters of gene regulatory nodes in *** contrast,non-conserved miRNAs targeted diverse genes which provide more complex regulatory *** addition,5 AUXIN RESPONSE FACTORs(ARFs)cleaved by the TAS3 derived ta-siRNAs were also detected.A total of 40 sRNA targets were further validated via RNA ligasemediated 5′rapid amplification of cDNA ends(RLM 5′-RACE).Our degradome results present a detailed sRNAtarget interaction atlas,which provides a guide for the study of the roles of sRNAs and their targets in rice.

关键词： Degradome miRNA ta-siRNA small RNA targets rice

Fine-Tuning of MiR528 Accumulation Modulates Flowering Time in Rice

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Molecular Plant 2019年第8期12卷 1103-1113页

作者： Rongxin Yang pingchuan li Hailiang Mei Dong Wang Jing Sun Chao Yang lili Hao Shouyun Cao Chengcai Chu Songnian Hu Xianwei Song Xiaofeng Cao State Key Laboratory of Plant Genomics and National Center for Plant Gene Research (Beijing) Institute of Genetics and Developmental BiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of SciencesBeijing 100101China Key Laboratory of Molecular Biology and Gene Engineering in Jiangxi Province College of Life ScienceNanchang UniversityNanchangJiangxi 330031China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China Center for Excellence in Molecular Plant Sciences Institute of Genetics and Developmental BiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China

In plants,microRNA (miRNA) functions in the post-transcriptional repression of target mRNAs have been well ***,the mechanisms regulating the accumulation of miRNAs remain poorly ***,we report that distinct mechanisms regulate accumulation of a monocot-specific miRNA,rice (Oryza sativa) *** the transcriptional level,miR528 accumulated to higher levels in older plants than in young seedlings and exhibited aging-modulated gradual accumulation and diurnal rhythms in leaves;at the post-transcriptional level,aging also modulated miR528 levels by enhancing pri-miR528 *** *** found that miR528 promotes rice flowering under long-day conditions by targeting RED AND FAR-RED INSENSITIVE2 (OsRFI2).Moreover,natural variations in the MIR528 promoter region caused differences in miR528 expression among rice varieties,which are correlated with their different binding affinities with the transcription factor OsSPL9 that activates the expression of *** together,our findings reveal rice plants have evolved sophisticated modes fine-tuning miR528 levels and provide insight into the mechanisms that regulate MIRNA expression in plants.

关键词： miRNA OsSPL9 Alternative splicing Post-transcriptional regulation Natural variation Flowering

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圆柱形阳极层霍尔推力器的内磁极刻蚀研究

真空科学与技术学报 2018年第8期38卷 708-718页

作者：赵杰唐德礼李平川耿少飞核工业西南物理研究院成都610041 成都理工大学工程技术学院乐山614007

本文重点研究引起圆柱形阳极层霍尔推力器的内磁极刻蚀的入射离子能量和入射角分布,仿真中考虑入射离子能量和入射角分布大小的变化,进而得到相应的刻蚀速率。由仿真结果可知,放电电压400 V,阳极表面磁场强度175×10^(-4)T,中心最大刻... 详细信息

本文重点研究引起圆柱形阳极层霍尔推力器的内磁极刻蚀的入射离子能量和入射角分布,仿真中考虑入射离子能量和入射角分布大小的变化,进而得到相应的刻蚀速率。由仿真结果可知,放电电压400 V,阳极表面磁场强度175×10^(-4)T,中心最大刻蚀速率为3×10^(-9)m/s。磁场提高到205×10^(-9)T时,中心附近刻蚀速率增加到原来的1.3倍左右,边沿处的刻蚀速率基本相同。在175×10^(-9)T的磁场强度时,把放电电压从400提高到600 V时,中心附近的刻蚀速率从3×10^(-9)提高到12.1×10^(-9)m/s,刻蚀速率增加了4倍多。此仿真结果与150 h的实验结果一致。此研究方法和结果有助于圆柱形阳极层霍尔推力器的设计和寿命评估工作。

关键词：刻蚀速率推力器等离子体入射能量入射角余弦值

磁控溅射源中氩辉光放电的等离子体行为及分布特性

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真空科学与技术学报 2024年第6期44卷 521-528页

作者：李平川张帆张正浩李箫波唐德礼核工业西南物理研究院成都610207 中核同创(成都)科技有限公司成都610207

通过三维粒子数值模型对现有磁控溅射源结构中氩辉光放电的等离子体行为和分布特征进行了模拟,从而得到靶材利用率和能量利用率的信息。离子轨迹、离子能量和离子入射角分布的分析结果表明,由于电势的空间分布影响,放电电压从260 V增加... 详细信息

通过三维粒子数值模型对现有磁控溅射源结构中氩辉光放电的等离子体行为和分布特征进行了模拟,从而得到靶材利用率和能量利用率的信息。离子轨迹、离子能量和离子入射角分布的分析结果表明,由于电势的空间分布影响,放电电压从260 V增加到340 V,使得轰击离子比例从80%降低到67%。由于离子向靶材移动和远离靶材都会得到加速,过高的放电电压不利于提高能量利用率。另一方面,提高放电电压有利于离子以更高的平均动能撞击靶材,有利于提高溅射产额。因此,根据工作压力选择合适的放电电压是提高电源效率的有效途径。通过离子溅射位置分布与靶材实际侵蚀剖面图的对比,验证了仿真模型的可靠性,对磁控溅射源的优化设计具有一定的参考价值。

关键词：磁控溅射数值仿真等离子体行为靶材利用率能量利用率

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空心内磁极圆柱形阳极层霍尔推进器溅射仿真

真空科学与技术学报 2018年第10期38卷 875-882页

作者：李平川唐德礼赵杰耿少飞张帆核工业西南物理研究院成都610207

溅射对圆柱形阳极层霍尔推进器的稳定运行和寿命具有不可忽视的影响。为了研究D-80空心内磁极圆柱形阳极层霍尔推进器的磁极溅射程度,建立了D-80圆柱形阳极层霍尔推进器的三维全粒子PIC/MCC模型,利用VORPAL仿真软件对D-80圆柱形阳极层... 详细信息

溅射对圆柱形阳极层霍尔推进器的稳定运行和寿命具有不可忽视的影响。为了研究D-80空心内磁极圆柱形阳极层霍尔推进器的磁极溅射程度,建立了D-80圆柱形阳极层霍尔推进器的三维全粒子PIC/MCC模型,利用VORPAL仿真软件对D-80圆柱形阳极层霍尔推进器放电-溅射过程进行了仿真,得到了离子轰击到内、外磁极上的入射能量,入射角度的概率分布,分析了溅射粒子在不同放电功率、磁场和气压下的变化规律。仿真结果表明:离子溅射全部发生在内、外磁极的表面上,轰击内磁极的离子能量平均值和入射角都小于轰击外磁极的离子入射能量和入射角,但内磁极的内、外径表面上溅射程度最严重,与实验中磁极溅射形貌一致;高放电电压和高气压下,溅射程度更严重,并且与实验结果一致。

关键词：阳极层霍尔推进器仿真入射离子溅射粒子

钼电极加热对放射性硼硅酸盐玻璃显微结构与性能影响研究

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核动力工程 2024年第S1期45卷 186-191页

作者：李箫波袁青青李平川程昌明唐德礼叶欣楠王伟核工业西南物理研究院成都610200 中核同创(成都)科技有限公司成都610200 中国核电工程有限公司北京100840 海南核电有限公司海口570100

硼硅酸盐玻璃被广泛应用于放射性废物的固化处理。在等离子体高温熔融系统中,含放射性核素的硼硅酸盐玻璃熔池底部和远离热源区域的玻璃体温度相对较低,熔池流动均匀性较差,极大阻碍出料过程。通过引入钼电极辅助加热熔池的方法,探究钼... 详细信息

硼硅酸盐玻璃被广泛应用于放射性废物的固化处理。在等离子体高温熔融系统中,含放射性核素的硼硅酸盐玻璃熔池底部和远离热源区域的玻璃体温度相对较低,熔池流动均匀性较差,极大阻碍出料过程。通过引入钼电极辅助加热熔池的方法,探究钼电极对放射性硼硅酸盐玻璃显微结构与性能的影响。实验结果表明,玻璃配方中Na_(2)O质量分数为10%时,能够避免出料玻璃体中析出杂质-钼酸钠和氧化钼;投入钼电极后,电极间玻璃液的初始大电阻特性使其释放大量焦耳热,熔池温度分布均匀性和流动性得到了改善,从而有效促进了出料过程,出料玻璃体重量提升约8.2%、密度提升约14.6%、抗压强度提升约13.6%。本文为开发一种废物容量大、运行时间长的等离子体高温熔融系统提供一定的解决思路。

关键词：热等离子体硼硅酸盐玻璃钼电极抗压强度

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基于霍尔离子源的小型化电推力器仿真设计

真空科学与技术学报 2021年第10期41卷 993-1000页

作者：张帆李平川张正浩赵杰唐德礼核工业西南物理研究院成都610041 成都同创材料表面科技有限公司成都610207 成都理工大学工程技术学院成都610059

市场化、小型化将成为中国商业遥感卫星发展的主流趋势,但与之相应的小型化推进系统是制约小型商业遥感卫星应用的一大因素。从上述原因考虑,本文以现有技术相对较为成熟的阳极层霍尔离子源装置结构为基础,通过粒子网格结合蒙特卡罗碰... 详细信息

市场化、小型化将成为中国商业遥感卫星发展的主流趋势,但与之相应的小型化推进系统是制约小型商业遥感卫星应用的一大因素。从上述原因考虑,本文以现有技术相对较为成熟的阳极层霍尔离子源装置结构为基础,通过粒子网格结合蒙特卡罗碰撞方法的数值仿真手段,对不同结构的小型化装置放电性能进行预测,分析影响装置工作性能的关键因素,最终得到装置小型化设计依据,为适用于小型化商业遥感卫星的电推力器提供又一种选择。针对小型化霍尔推力器装置的数值仿真计算结果显示,装置结构小型化设计的难点在于由放电区域缩小造成的放电效率和工作性能的下降,可以通过增强内外磁极之间磁场或延长电子在内外磁极间振荡路径来解决上述问题。

关键词：霍尔离子源电推力器小型化数值仿真结构设计

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高电压阳极层霍尔离子源三维数值仿真与设计

真空科学与技术学报 2019年第4期39卷 332-337页

作者：张帆唐德礼李平川赵杰金凡亚核工业西南物理研究院成都企业部成都610207 核工业西南物理研究院成都理工大学工程技术学院乐山614000

对于阳极层霍尔离子源装置本身,宽能、大束流、低气耗及低污染等指标是新一代装置的研发方向。基于拓宽装置放电电压范围的考虑,针对装置现有结构,进行了三维数值仿真建模。在现有装置的结构设计基础上,对装置磁路及结构设计进行修改,... 详细信息

对于阳极层霍尔离子源装置本身,宽能、大束流、低气耗及低污染等指标是新一代装置的研发方向。基于拓宽装置放电电压范围的考虑,针对装置现有结构,进行了三维数值仿真建模。在现有装置的结构设计基础上,对装置磁路及结构设计进行修改,从而实现了对装置工作性能的提高。改进后的阳极层霍尔离子源放电电压范围在原有基础上扩展了50%以上,放电电压上限可以达到3000Vo改进后的装置在高电压、低气压、小电流的放电条件下运行稳定,仿真结果对装置的实际加工制造具有一定参考意义。

关键词：霍尔离子源工作性能数值仿真结构设计