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基于生物信息学研究肝癌发生相关基因及其功能

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中华肝脏外科手术学电子杂志 2020年第5期9卷 488-492页

作者：周国俊应伟李文菠冯彦超吴妮莎黄理政雷蕾侍琳冷政伟川北医学院附属医院肝胆外二科四川省南充市637000

目的基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能。方法从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs)。对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)... 详细信息

目的基于生物信息学探讨肝细胞癌(肝癌)发生相关基因及其功能。方法从公共基因数据库GEO筛选并下载肝癌组织及癌旁组织基因芯片,通过GEO2R在线工具和Venn图网站筛选出差异表达基因(DEGs)。对筛选出来的DEGs在DAVID网站进行基因本体(GO)功能分析和KEGG通路富集分析,再用STRING网站及Cytscape软件进行蛋白-蛋白相互作用网络分析并筛选出核心DEGs,最后将核心DEGs在Kaplan-Meier Plotter网站进行生存分析,筛选出与预后相关的DEGs。将与预后相关且在肝癌组织中高表达的DEGs经metascape网站进行GO功能及KEGG通路富集分析,分析与肝癌发生、发展相关的重要基因及其功能。结果从3个基因芯片GSE60502、GSE14520、GSE45267共筛选出DEGs 124个。GO功能、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytscape软件分析后筛选出22个核心DEGs,11个基因与肝癌预后相关,其中9个基因在肝癌组织中高表达,包括GINS1、AURKA、NUSAP1、TOP2A、ASPM、RRM2、PRC1、RACGAP1、GMNN。metascape网站及KEGG通路富集分析发现,高表达基因涉及细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变。结论基于生物信息学分析发现9个基因是肝细胞癌发生、发展的重要基因,参与细胞核分裂过程、细胞周期中的有丝分裂、纺锤体组装、DNA构象改变过程。

关键词：癌肝细胞生物信息学基因

上皮细胞生长因子作用时间对富集结肠癌肿瘤干细胞的影响

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中国普外基础与临床杂志 2020年第8期27卷 959-963页

作者：吴妮莎周国俊徐黎明罗博窦亚军黄理政侍琳孙成杰冷政伟川北医学院附属医院肝胆外科二四川南充637000 川北医学院附属医院肿瘤干细胞研究中心四川南充637000 川北医学院转化医学中心四川南充637000

目的探讨在上皮细胞生长因子(EGF)作用下,用悬浮培养法富集结肠癌肿瘤干细胞的最佳培养时间。方法在含20 ng/mL EGF的无血清培养基中,悬浮培养人结肠癌DLD-1细胞获取球细胞,设置时间梯度为10 d、20 d、30 d及40 d。采用流式细胞术(FCM)... 详细信息

目的探讨在上皮细胞生长因子(EGF)作用下,用悬浮培养法富集结肠癌肿瘤干细胞的最佳培养时间。方法在含20 ng/mL EGF的无血清培养基中,悬浮培养人结肠癌DLD-1细胞获取球细胞,设置时间梯度为10 d、20 d、30 d及40 d。采用流式细胞术(FCM)检测球细胞中CD133^+、CD44^+和CD133^+CD44^+细胞的比例;采用成球实验和有限稀释法检测细胞球的自我更新能力,平板克隆形成实验检测细胞体外成瘤能力。结果流式细胞术检测结果显示:30 d组球细胞中CD133^+及CD133^+CD44^+细胞的比例较其他组明显增多(均P0.05)。有限稀释法和平板克隆形成实验中,30 d组或40 d组的数量最高,2组比较差异无统计学意义(P>0.05),30 d组与10 d及20 d组比较差异均有统计学意义(均P<0.05)。成球实验中,30 d组细胞球自我更新能力较其他组明显增强(均P<0.05)。结论在20 ng/mL EGF悬浮培养30 d可最大效率地富集结肠癌DLD-1肿瘤干细胞。

关键词：结直肠癌肿瘤干细胞无血清悬浮培养时间上皮细胞生长因子

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高尿酸血症与冠心病关系的研究

右江医学 2008年第4期36卷 388-390页

作者：米仁莎.热买提拉地力夏提热汗尼沙.热买提拉古丽娜蒋丹青田刚新疆喀什地区第一人民医院检验科新疆喀什844000 新疆疏附县人民医院检验科新疆疏附844100 新疆塔县人民医院药剂科新疆塔县845250 天津公安医院检验科天津300040

目的探讨高尿酸血症与冠心病的关系。方法检测经冠脉造影确诊的冠心病患者75例与67例健康体检者的血尿酸(UA)、胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、血肌酐(Cr)、尿素氮(BUN)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平,并将冠... 详细信息

目的探讨高尿酸血症与冠心病的关系。方法检测经冠脉造影确诊的冠心病患者75例与67例健康体检者的血尿酸(UA)、胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、血肌酐(Cr)、尿素氮(BUN)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平,并将冠心病患者按两种方式分组:按稳定型心绞痛(SAP,n=24)、不稳定型心绞痛(UAP,n=29)、急性心肌梗死(AMI,n=22)分为三组;依据冠脉造影分为单支冠脉狭窄(Ⅰ组,n=25)、双支冠脉狭窄(Ⅱ组,n=26)、三支冠脉狭窄(Ⅲ组,n=24)三组,两种分组方式均就上述观察指标进行相关的统计学分析。结果冠心病组血尿酸水平显著高于对照组(P0.05);三组间其它指标TC、TG、HDL-C、LDL-C比较差异无显著性(P>0.05)。Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组间UA比较差异有显著性(P0.05)。结论高尿酸血症是冠心病发病的一个重要危险因素,血尿酸水平升高预示着冠心病病情加重。

关键词：高尿酸血症冠心病相关性

策勒黑羊BMPR-IB基因exon6的多态性分析

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草食家畜 2011年第1期 44-46页

作者：於建国米日尼沙许椿善杨飞董红古丽格娜季跃光孔艳丽新疆畜牧科学院畜牧所新疆乌鲁木齐830000 新疆策勒县畜牧兽医局新疆策勒县848500 新疆和田地区畜牧兽医技术推广站新疆和田848500

本实验利用限制性内切酶Eco47I检测策勒黑羊骨形态发生蛋白受体基因(BMPR-IB)外显子6(exon 6)序列限制性片断长度多态性(RFLP),结果显示:30只策勒黑羊BMPR-IB基因exon 6酶切后出现140bp、110bp和30bp长度的片段。BB型3只,占9.09%;B+型12... 详细信息

本实验利用限制性内切酶Eco47I检测策勒黑羊骨形态发生蛋白受体基因(BMPR-IB)外显子6(exon 6)序列限制性片断长度多态性(RFLP),结果显示:30只策勒黑羊BMPR-IB基因exon 6酶切后出现140bp、110bp和30bp长度的片段。BB型3只,占9.09%;B+型12只,占36.36%;++型18只,占54.55%。。B基因频率为0.27,+基因频率为0.73。

关键词：策勒黑羊 BMPR-IB RFLP 多态性分析