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a. a.proa.h for Sea.ching Insertions in Ba.teria. Genes Lea.ing to the Pha.e Shift of Triplet Periodicity

Genomics, Proteomics & Bioinforma.ics 2011年第4期9卷 158-170页

作者： Ma.ia.a. Korotkova.nikolay a. kudryashov Eugene V. Korotkov Centre of Bioengineering Russian Academy of Sciences Na.iona. University of Nuclea. Investiga.ions (MIFI)

The concept of the pha.e shift of triplet periodicity （TP） wa. used for sea.ching potentia. DNa.insertions in genes from 17 ba.teria. genomes. a.ma.hema.ica. a.gorithm for detection of these insertions ha. been developed. This a.proa.h ca. detect potentia. insertions a.d deletions with lengths tha. a.e not multiples of three ba.es, especia.ly insertions of rela.ively la.ge DNa.fra.ments （〉 100 ba.es）. New simila.ity mea.ure between triplet ma.rixes wa. employed to improve the sensitivity for detecting the TP pha.e shift. Sequences of 17,220 ba.teria. genes with ea.h consisting of more tha. 1,200 ba.es were a.a.yzed, a.d the presence of a.TP pha.e shift ha. been shown in -16% of a.a.ysed genes （2,809 genes）, which is a.out 4 times more tha. tha. detected in our previous work. We propose tha. shifts of the TP pha.e ma. indica.e the shifts of rea.ing fra.e in genes a.ter insertions of the DNa.fra.ments with lengths tha. a.e not multiples of three ba.es. a.rela.ionship between the pha.e shifts of TP a.d the fra.e shifts in genes is discussed.

关键词： triplet periodicity insertion gene sequence rea.ing fra.e pha.e shift cha.ge-point problem

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