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DNA extraction from fresh-frozen and formalin-fixed, paraffinembedded human brain tissue

Neuroscience Bulletin 2013年第5期29卷 649-654页

作者： Jian-Hua Wang Amany Gouda-Vossos nicolas dzamko Glenda Halliday Yue Huang Neuroscience Research Australia and the University of New South Wales Department of Neurology Hebei General Hospital

Both fresh-frozen and formalin-fixed,paraffinembedded（FFPE）human brain tissues are invaluable resources for molecular genetic studies of central nervous system diseases,especially neurodegenerative *** identify the optimal method for DNA extraction from human brain tissue,we compared methods on differently-processed *** of LRRK2 and MAPT（257 bp and 483 bp/245 bp）were amplified for *** found that for FFPE samples,the success rate of DNA extraction was greater when using a commercial kit than a laboratory-based method（successful DNA extraction from 76%versus 33%of samples）.PCR amplicon size and storage period were key factors influencing the success rate of DNA extraction from FFPE *** the fresh-frozen samples,the DNA extraction success rate was 100%using either a commercial kit（QIAamp DNA Micro）or a laboratorybased method（sample boiling in 0.1 mol/L NaOH,followed by proteinase K digestion,and then DNA extraction using Chelex-100）regardless of PCR amplicon length or tissue storage *** the present results demonstrate that PCR-amplifiable genomic DNA can be extracted from both fresh-frozen and FFPE samples,fresh brain tissue is recommended for DNA extraction in future neuropathological studies.

关键词： DNA extraction fresh-frozen human brain tissue formalin-fixed paraffin-embedded human brain tissue polymerase chain reaction amplification

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