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Structural parameterization and functional prediction of antigenic polypeptome sequences with biological activity through quantitative sequence-activity models (QSAM) by molecular electronegativity edge-distance vector (VMED)

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Science China(Life Sciences) 2007年第5期50卷 706-716页

Only from the primary structures of peptides, a new set of descriptors called the molecular electro-negativity edge-distance vector (VMED) was proposed and applied to describing and characterizing the molecular structures of oligopeptides and polypeptides, based on the electronegativity of each atom or electronic charge index (ECI) of atomic clusters and the bonding distance between atom-pairs. Here, the molecular structures of antigenic polypeptides were well expressed in order to propose the auto-mated technique for the computerized identification of helper T lymphocyte (Th) epitopes. Furthermore, a modified MED vector was proposed from the primary structures of polypeptides, based on the ECI and the relative bonding distance of the fundamental skeleton groups. The side-chains of each amino acid were here treated as a pseudo-atom. The developed VMED was easy to calculate and able to work. Some quantitative model was established for 28 immunogenic or antigenic polypeptides (AGPP) with 14 (1― 14) Ad and 14 other restricted activities assigned as "1"(+) and "0"(-), respectively. The latter comprised 6 Ab(15-20), 3 Ak(21-23), 2 Ek(24-26), 2 H-2k(27 and 28) restricted sequences. Good results were obtained with 90% correct classification (only 2 wrong ones for 20 training samples) and 100% correct prediction(none wrong for 8 testing samples); while con-trastively 100% correct classification (none wrong for 20 training samples) and 88% correct classification (1 wrong for 8 testing samples). Both stochastic samplings and cross valida-tions were performed to demonstrate good performance. The described method may also be suitable for estimation and prediction of classes I and II for major histocompatibility an-tigen (MHC) epitope of human. It will be useful in immune identification and recognition of pro-teins and genes and in the design and devel-opment of subunit vaccines. Several quantitative structure activity relationship (QSAR) models were developed for various oligop

关键词： molecular electronegativity distance-edge vector (VMED), antigenic polypeptide (AGPP) sequences, bioactive oligopeptide (BAOP) chains, quantitative sequence-activity models (QSAM), theoretically computational descriptors (TCD)

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更加全面地认识城镇化、城镇地区和碳循环的关系

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城市与区域规划研究 2017年第3期9卷 245-264页

作者：帕特里夏·罗梅罗-兰考凯文·格尼凯伦·濑户米哈伊尔·切斯特赖利·杜伦萨拉·休斯露西·赫蒂拉彼得·马科图利奥拉里·贝克南希·格里姆克里斯·肯尼迪伊丽莎白·拉森斯蒂芬妮·平塞特丹·伦福洛兰迪·桑切斯吉娅米·斯雷斯塔安德烈亚·萨兹姆斯基乔舒亚·斯佩林埃莉诺·斯托克斯高雪梅徐瑾顾朝林美国都市未来和大气研究中心亚利桑那州立大学生命科学学院/全球持续力学院耶鲁大学森林与环境研究学院亚利桑那州立大学土木、环境和可持续工程学院美国国家航空航天局喷气推进实验室多伦多环境保护局/多伦多大学波士顿大学地球和环境系纽约城市大学亨特学院地理系明尼苏达大学生物产品和生物系统工程系多伦多大学土木工程系美国科学促进会/美国国家航空航天局加利福尼亚大学环境与可持续发展学院美国大气研究中心/乔治·华盛顿公共政策研究所墨西哥城市与环境学院人口研究中心美国碳循环科学项目办公室德拉华大学公共政策和管理学院清华大学建筑学院

对城镇化、城镇地区和碳循环相关的独立研究，加深了我们对能源和土地使用影响碳循环这一过程的认识。文章将多样化观点综合在一起，作为全面理解城镇化过程、城镇地区及其与碳循环关系的第一步。文章建议，对于不同的城镇化过程、机理... 详细信息

对城镇化、城镇地区和碳循环相关的独立研究，加深了我们对能源和土地使用影响碳循环这一过程的认识。文章将多样化观点综合在一起，作为全面理解城镇化过程、城镇地区及其与碳循环关系的第一步。文章建议，对于不同的城镇化过程、机理和要素，不同的时间、不同的城市乃至跨城市的碳排放时空模式问题，需要在现有研究方法的基础上，应用补充和整合的新型跨学科研究法进行研究。文章呼吁对城镇化和不同位置城市碳影响的研究需要采用更加整体性的方法，其中既包括收入，也包括城市发展路径的其他相互联系的特性，如城市形态、经济功能和制度或治理安排。文章进一步指出城镇化机理和城镇化过程都存在广泛的不确定性，而且两者都与城市社会制度和建成环境系统存在相互关系，它们三者对碳循环均有影响，并且相关碳排量的控制又会对城镇化产生影响。最后，文章还研究了低碳城市转型发展的路径、障碍和局限，建议发展终端到终端、合作、综合的科学意识，从而提高城市转型效率，同时规避转型过程中的障碍。

关键词：城镇化城镇地区碳循环

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