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BioTreasury:a community-based repository enabling indexing and rating of bioinformatics tools

Science China(Life Sciences) 2024年第2期67卷 221-229页

作者： Qi Zhao Xin Zhou Jingxing Wu Jieyi Cai Xiaoqiong Bao Lin Tang Chaoye Wang Chunlei Liu Yukai Wang Yuyan Teng mohan zheng Weiping Mu Zhixiang Zuo Yubin Xie Xiaotong Luo Jian Ren School of Life Sciences State Key Laboratory of Oncology in South ChinaCancer CenterGuangdong Provincial Clinical Research Center for CancerSun Yat-sen UniversityGuangzhou 510060China Institute of Precision Medicine The First Affiliated HospitalSun Yat-sen UniversityGuangzhou 510080China Guangdong Institute of Gastroenterology Department of General SurgeryGuangdong Provincial Key Laboratory of Colorectal and Pelvic Floor DiseasesThe Sixth Affiliated HospitalSun Yat-sen UniversityGuangzhou 510275China

The exponential growth of bioinformatics tools in recent years has posed challenges for scientists in selecting the most suitable one for their data analysis ***,to aid scientists in making informed choices,a community-based platform that indexes and rates bioinformatics tools is urgently *** this study,we introduce Bio Treasury(http://***),an integrated communitybased repository that provides an interactive platform for users and developers to share their experiences in various bioinformatics *** Treasury offers a comprehensive collection of well-indexed bioinformatics software,tools,and databases,totaling over 10,000 *** the past two years,we have continuously improved and maintained Bio Treasury,adding several exciting features,including creating structured homepages for every tool and user,a hierarchical category of bioinformatics tools and classifying tools using large language model(LLM).Bio Treasury streamlines the tool submission process with intelligent ***,Bio Treasury provides a wide range of social features,for example,enabling users to participate in interactive discussions,rate tools,build and share tool collections for the *** believe Bio Treasury can be a valuable resource and knowledge-sharing platform for the biomedical *** empowers researchers to effectively discover and evaluate bioinformatics tools,fostering collaboration and advancing bioinformatics research.

关键词： bioinformatics tools index tool database rating system large language model tool collections shari

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节律基因PER3基于胰腺癌干细胞调控的胰腺癌转移抑制

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大连理工大学学报 2024年第3期64卷 236-242页

作者：王佳琳郑仁王墨涵肖桂山大连理工大学化工学院辽宁大连116024

胰腺癌是一种极具破坏性的消化系统癌症.PER3是昼夜节律基因家族的主要成员,世界卫生组织将其列为潜在的致癌物.有报道显示PER3的异常表达与结直肠癌的发生发展有关,为了解其是否参与胰腺癌调控,使用小鼠胰腺癌细胞系Pan02构建PER3低表... 详细信息

胰腺癌是一种极具破坏性的消化系统癌症.PER3是昼夜节律基因家族的主要成员,世界卫生组织将其列为潜在的致癌物.有报道显示PER3的异常表达与结直肠癌的发生发展有关,为了解其是否参与胰腺癌调控,使用小鼠胰腺癌细胞系Pan02构建PER3低表达细胞系,利用MTT法证明敲低PER3会抑制细胞增殖.通过Transwell实验证明敲低PER3能够抑制细胞迁移.细胞成球实验证明敲低PER3降低了胰腺癌干细胞的干性,并且抑制了干性标记物mRNA的表达.以上结果表明节律基因PER3可以通过抑制胰腺癌干细胞的干性进而抑制胰腺癌转移.

关键词：胰腺癌 PER3 干性细胞迁移

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荀子“性恶论”及其当代意义解析

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胜利油田党校学报 2019年第5期32卷 45-51页

作者：郑默含山东师范大学马克思主义学院

荀子的人性学说,是作为礼义制度存在的基础提出来的,是荀子整个思想理论体系的基石。荀子以'性伪之分'作为性恶论的理论前提,明确对'性'的界定,又通过多种论证方式证明'人之性恶'的核心命题,提出'化性起伪'这条可以使人由恶向善的道德... 详细信息

荀子的人性学说,是作为礼义制度存在的基础提出来的,是荀子整个思想理论体系的基石。荀子以'性伪之分'作为性恶论的理论前提,明确对'性'的界定,又通过多种论证方式证明'人之性恶'的核心命题,提出'化性起伪'这条可以使人由恶向善的道德修养之路,并基于性恶论的人性预设说明了隆礼重法的必要性。尽管性恶论在结构方面有些许漏洞,但它仍具有存在的价值合理性,并对当代社会的发展具有启示作用。对荀子的性恶论进行全面的解析和阐释,并在此基础上分析性恶论存在的价值合理性及对当代社会的现实意义,这有利于我们了解传统文化,感受传统文化的魅力,继承与发展中华民族的优秀传统文化。

关键词：荀子性恶论化性起伪隆礼重法

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存量更新背景下的海淀区绿色基础设施网络优化

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城市环境设计 2024年第1期147卷 246-251页

作者：宝妍刘阳庞世源于墨涵郑曦

在城市栖息地破碎的影响下，绿色基础设施网络构建具有连通生态斑块、提高城市生物多样性和生态环境的重要作用。由于高度城市化地区土地利用复杂且有限，通过原有生态廊道识别方法提取的空间边界主观性强，结果难以落实。本研究的目标... 详细信息

在城市栖息地破碎的影响下，绿色基础设施网络构建具有连通生态斑块、提高城市生物多样性和生态环境的重要作用。由于高度城市化地区土地利用复杂且有限，通过原有生态廊道识别方法提取的空间边界主观性强，结果难以落实。本研究的目标是开发一种综合方法确定城市生态廊道的合适区域，并且识别建设机会较大的廊道空间。以北京市海淀区为例，首先综合MSPA方法和In-VEST模型识别生态源地，结合多指标构建阻力面，利用电路理论提取潜在廊道路径后进行重要性分级，并且识别夹点区域，最后，构建一个度量和指标体系划定生态廊道范围，叠加土地利用现状评估廊道建设潜力。结果表明：（1）识别生态源地17个，面积为56.9平方千米，占海淀区总面积达13%。主要呈集群式分布在西部山区和中部三山五园地，少量散布于其他区域。（2）提取潜在生态廊道28条，总长度83.9千米，识别夹点区域12个作为踏脚石斑块。三山五园地区内的廊道建设是海淀区整体绿色基础设施网络连通的关键。（3）确定生态廊道适宜区域121.4平方千米，其中优先修复区域占比4%，适宜区域内恢复机会较大的廊道空间占比达56%。研究结果可为高度城市化地区的绿色基础设施网络优化和精细化管控提供空间指导。

关键词：形态学景观格局分析电路理论城市绿色基础设施网络生态源地生态廊道

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Differentially expressed whey proteins of donkey and bovine colostrum revealed with a label-free proteomics approach

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Food Science and Human Wellness 2023年第4期12卷 1224-1231页

作者： mohan Li Qilong Li Haikun Yu Xiumin Zhang Dehao Li Wanying Song Yan zheng Xiqing Yue College of Food Science Shenyang Agricultural UniversityShenyang 110866China College of Animal Science and Veterinary Medicine Shenyang Agricultural UniversityShenyang 110866China Beijing Academy of Food Sciences Beijing 100068China The Fourth Affiliated Hospital of China Medical University Shenyang 110866China

This study aimed to analyze and compare the differentially expressed whey proteins(DEWPs)of donkey and bovine colostrum using high-performance liquid chromatography with tandem mass spectrometry-based proteomics.A total of 620 and 696 whey proteins were characterized in the donkey and bovine colostrum,respectively,including 383 common whey *** these common proteins,80 were identified as DEWPs,including 21 upregulated and 59 downregulated DEWPs in donkey colostrum compared to bovine *** Ontology analysis revealed that these DEWPs were mainly related to cellular components,such as extracellular exosome,plasma membrane,and mitochondrion;biological processes,such as oxidation-reduction process,cell-cell adhesion,and small guanosine triphosphate(GTP)ase-mediated signal transduction;and molecular functions,such as GTP binding,GTPase activity,and soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor(NSF)attachment protein receptor *** pathway analysis suggested that the majority of the DEWPs were associated with soluble NSF factor attachment protein receptor interactions in vesicular transport,fatty acid biosynthesis,and estrogen signaling *** results provide a vital insight into the differences between donkey and bovine colostrum,along with important information on the significant components as nutritional and functional factors to be included in infant formula based on multiple milk sources.

关键词： Bovine colostrum Donkey colostrum Proteomics Whey protein Gene Ontology Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

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汽车人机交互设计体系研究

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汽车文摘 2024年第8期 30-34页

作者：赵默涵郑红丽张惠李志艳中国第一汽车股份有限公司研发总院长春130013 一汽-大众汽车有限公司长春130011

为了提高智能座舱用户体验满意度、产品设计质量与产品研发效率,保证智能座舱产品的吸引力和用户粘性,从创新、质量、迭代3个方面对汽车人机交互体系进行阐述,建立了以创新为引领、以用户为中心的汽车HMI设计体系,包含全员协同的创新设... 详细信息

为了提高智能座舱用户体验满意度、产品设计质量与产品研发效率,保证智能座舱产品的吸引力和用户粘性,从创新、质量、迭代3个方面对汽车人机交互体系进行阐述,建立了以创新为引领、以用户为中心的汽车HMI设计体系,包含全员协同的创新设计体系,设计自查、一致性测试、问题管理等质量机制,以及HMI自进化体系,从而实现与用户共生共长。

关键词：人机交互设计体系人机交互设计模型用户体验测评协同创新设计质量

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基于文献与专家咨询的中医体质舌象特征研究

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安徽中医药大学学报 2024年第3期43卷 8-12页

作者：陈泽杰郑燕飞周开林高源郭怡阳武默涵侯淑涓北京中医药大学中医学院北京100029 北京中医药大学国家中医体质与治未病研究院北京100029 北京中医药大学人文学院北京100029

目的构建中医体质舌象特征条目池并评价其在体质辨识中的贡献度。方法梳理现有文献中中医体质的舌象特征,构建特征条目池,采用德尔菲法专家咨询形成专家共识。结果通过22篇文献构建了9种体质104项舌象特征条目池,在此基础上,专家对舌象... 详细信息

目的构建中医体质舌象特征条目池并评价其在体质辨识中的贡献度。方法梳理现有文献中中医体质的舌象特征,构建特征条目池,采用德尔菲法专家咨询形成专家共识。结果通过22篇文献构建了9种体质104项舌象特征条目池,在此基础上,专家对舌象特征在中医体质辨识的重要性进行打分,形成7种体质20项的专家共识条目,总体评价均值为8.13分,其中血瘀质(8.76分)、痰湿质(8.53分)、湿热质(8.42分)和阴虚质(8.39分)表现出较高的贡献度。结论不同体质具有不同的舌象特征,舌象特征对体质辨识具有一定的指导意义,但通过舌象区分体质类型具有一定的难度。

关键词：中医体质舌象特征德尔菲法专家共识

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A Study on the Model of Fact‑Finding in Criminal Investigation

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Journal of Forensic Science and Medicine 2019年第3期5卷 156-163页

作者： mohan Pan Kaixin zheng Department of Humanities and Law Yanshan UniversityQinhuangdaoChina Institute of Evidence Law and Forensic Science China University of Political Science and LawBeijingChina

Fact‑finding,as the foundation of a judicial decision,has been an important consideration in China’s judicial *** study introduces the theory of evidence‑based information and falsification methods in the fact‑finding procedure of criminal investigations and proposes a paradigm for fact‑finding using combined pairs of approaches:individual evidence examination and global analysis,the objective basis and subjective perception of fact‑finders,and methods of verification and *** working procedure of the paradigm is illustrated with the objective of making a contribution to the improvement of the existing model of fact‑finding in the criminal justice process.

关键词： Criminal cases falsification methods subjective perception theory of evidence‑based information

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2014—2022年温州市肝癌死亡趋势分析

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预防医学 2024年第5期36卷 393-396页

作者：叶振淼樊丽辉郑宇航张默涵姜雪霞罗永园谢轶敏金茜李慧君温州市疾病预防控制中心慢性非传染性疾病防制所浙江温州325000

目的了解2014—2022年浙江省温州市肝癌死亡趋势,为完善肝癌防控策略提供依据。方法通过温州市慢性病监测信息管理系统收集2014—2022年温州市肝癌死亡病例资料,计算粗死亡率,采用2010年全国第六次人口普查数据计算标化死亡率,采用平均... 详细信息

目的了解2014—2022年浙江省温州市肝癌死亡趋势,为完善肝癌防控策略提供依据。方法通过温州市慢性病监测信息管理系统收集2014—2022年温州市肝癌死亡病例资料,计算粗死亡率,采用2010年全国第六次人口普查数据计算标化死亡率,采用平均年度变化百分比(AAPC)分析肝癌死亡变化趋势。结果2014—2022年温州市肝癌累计死亡22033例,占恶性肿瘤死亡的18.08%,居恶性肿瘤死亡第二位。肝癌粗死亡率为30.00/10万,标化死亡率为24.32/10万,呈下降趋势(AAPC=-2.812%、-5.742%,均P<0.05)。男性肝癌标化死亡率为36.66/10万,高于女性的11.21/10万(P<0.05),男性和女性肝癌标化死亡率呈下降趋势(AAPC=-5.702%、-5.521%,均P<0.05)。肝癌粗死亡率随年龄增长呈上升趋势(P<0.05),80~<85岁组粗死亡率最高,达145.12/10万。2014—2022年温州市<15岁、15~<45岁、45~<65岁和≥65岁组肝癌粗死亡率呈下降趋势(AAPC=-20.311%、-6.569%、-7.408%和-3.177%,均P<0.05)。结论2014—2022年温州市肝癌死亡率呈下降趋势,男性和老年人是肝癌死亡的高危人群,应针对危险因素加强预防。

关键词：肝癌恶性肿瘤死亡率平均年度变化百分比

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胰岛素样生长因子1抑制高糖诱导胃平滑肌细胞凋亡机制的研究

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中国糖尿病杂志 2023年第3期31卷 215-220页

作者：张香子金政张默函延边大学医学院临床医学系延吉133000 延边大学医学院基础医学系延吉133000

目的探讨胰岛素样生长因子1(IGF-1)对大鼠胃平滑肌细胞凋亡与腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)-蛋白激酶B(Akt)-雷帕霉素靶蛋白(m TOR)通路关键蛋白的影响及相关机制。方法以体外培养大鼠胃平滑肌细胞为研究对象,分为高糖组(HG组)与HG+IGF-1... 详细信息

目的探讨胰岛素样生长因子1(IGF-1)对大鼠胃平滑肌细胞凋亡与腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)-蛋白激酶B(Akt)-雷帕霉素靶蛋白(m TOR)通路关键蛋白的影响及相关机制。方法以体外培养大鼠胃平滑肌细胞为研究对象,分为高糖组(HG组)与HG+IGF-1组。HG组加入葡萄糖至浓度35 mmol/L。HG+IGF-1组加入葡萄糖至浓度35 mmol/L,加入IGF-1至浓度100 ng/ml。流式细胞仪观察细胞凋亡,Western blot法检测B淋巴细胞瘤2基因(Bcl-2)、BCL2关联X蛋白(BAX)、半胱氨酸蛋白酶3(Caspase-3)、磷酸化腺苷酸活化蛋白激酶Thr^(172)(p-AMPK Thr^(172))、AMPK、Akt、m TOR、真核生物细胞翻译起始因子4E结合蛋白1(4E-BP1)、p70核糖体蛋白S6激酶(p70S6K)蛋白表达,抗体芯片观察Akt、结节性脑硬化复合物2(TSC-2)、m TOR、4E-BP1、p70S6K等蛋白不同氨基酸位点磷酸化。结果与HG组比较,HG+IGF-1组细胞凋亡率、p-AMPK Thr^(172)/AMPK比值、BAX、Caspase-3、Akt、m-TOR蛋白表达降低(P<0.05或P<0.01),HG+IGF-1组Bcl-2、4E-BP1蛋白表达升高(P<0.05)。抗体芯片显示,HG+IGF-1组上调大鼠胃平滑肌细胞Akt、TSC-2、m TOR、4E-BP1、p70S6K等的24个磷酸化抗体表达,稳定1个磷酸化抗体表达。结论高糖状态下IGF-1通过AMPK调节Akt、TSC-2、m TOR、p70S6K、4E-BP1不同氨基酸位点磷酸化,调节Akt、TSC-2、m TOR、p70S6K、4E-BP1活性与表达,抑制大鼠胃平滑肌细胞凋亡。

关键词：胰岛素样生长因子1 高糖胃平滑肌细胞凋亡通路

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