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Genic C-Methylation in Soybean Is Associated with Gene Paralogs Relocated to Transposable element-Rich Pericentromeres

引用

Molecular Plant 2018年第3期11卷 485-495页

作者： moaine el baidouri Kyung Do Kim Brian Abernathy Ying-Hui Li Li-Juan Qiu Scott A. Jackson Center for Applied Genetic Technologies University of Georgia 111 Riverbend Road Athens GA 30602 USA Corporate R&D LG Chem LG Science Park 30 Magokjungang 10-ro Gangseo-gu Seoul 07796 Republic of Korea The National Key Facility for Crop Gene Resources and Genetic Improvement (NFCRI) Institute of Crop Science Chinese Academy of Agricultural SciencesBeijing China These authors contributed equally to this article.

Most plants are polyploid due to whole-genome duplications （WGD） and can thus have duplicated genes. Following a WGD, paralogs are often fractionated （lost） and few duplicate pairs remain. Little attention has been paid to the role of DNA methylation in the functional divergence of paralogous genes. Using high- resolution methylation maps of accessions of domesticated and wild soybean, we show that in soybean, a recent paleopolyploid with many paralogs, DNA methylation likely contributed to the elimination of ge- netic redundancy of polyploidy-derived gene paralogs. Transcriptionally silenced paralogs exhibit partic- ular genomic features as they are often associated with proximal transposable elements （TEs） and are pref- erentially located in pericentromeres, likely due to gene movement during evolution. Additionally, we provide evidence that gene methylation associated with proximal TEs is implicated in the divergence of expression profiles between orthologous genes of wild and domesticated soybean, and within populations.

关键词： soybean paralog gene methylation proximal transposable element methylation spreading

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