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Hepatoma-derived growth factor expression as a prognostic marker in cervical cancer

World Journal of Obstetrics and Gynecology 2015年第1期4卷 16-23页

作者： misa song Miki Tomoeda Yu-Feng Jin Chiaki Kubo Hidenori Yoshizawa Masanori Kitamura Shigenori Nagata Yukinobu Ohta Shoji Kamiura Hideji Nakamura Yasuhiko Tomita Department of Pathology Osaka Medical Center for Cancer and Cardiovascular Diseases Department of Gynecology Osaka Medical Center for Cancer and Cardiovascular Diseases Department of Internal Medicine Nissay Hospital

AIM: To examine the association of hepatoma-derived growth factor(HDGF) expression with the prognosis of patients with cervical cancer of the uterus(CC). METHODS: HDGF is a unique nuclear growth factor, and it may play an important role in the development and progression of carcinoma. HDGF expression in 88 CC patients aged 23 to 76 years(median, 54 years) was analyzed by immunohistochemistry. A rabbit polyclonal antibody against the C-terminal amino acids(aa 231-240) of the human HDGF sequence was used as primary antibody at a dilution of 1:5000. This specific anti-HDGF antibody was purified using C-terminal peptide-conjugated Sepharose columns. Staining of endothelial cells in the noncancerous areas of each specimen was used as an internal positive control. Samples with more than 80% of tumor cells showing positive immunoreactivity in both the nucleus and cytoplasm were regarded as HDGF index level 2, more than 80% positive immunoreactivity in either the nucleus or cytoplasm as level 1, and less than 80% in both the nucleus and cytoplasm as level 0. The chisquare test and Fisher's exact probability test were used to examine the relationship between HDGF expression and clinicopathologic parameters, and statistical significance was examined by the log-rank test. Multivariate analysis of factors related to survival was performed using Cox's proportional hazards regression model. Statistical significance was set at P < 0.05. RESULTS: The five-year overall survival rate was 82.9%. Fourteen patients died due to tumors, nine of whom had tumor recurrence at 2-21 mo(median, 10 mo) after surgery. Tumor recurrence in five patients was determined at the time of the patients' deaths. Nineteen cases were regarded as HDGF index level 0, 11 as level 1, and 58 as level 2. Patients with level 2 expression showed higher rates of histological classification of keratinized squamous cell carcinomaand adenosquamous carcinoma(44.8% of level 2 patients and 13.3% in levels 0 and 1), deep in

关键词：肝癌宫颈癌治疗方法临床分析

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鸡骨柴及香薷属药用植物叶绿体基因组比较

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西南农业学报 2024年第7期37卷 1420-1434页

作者：余潇宋雨茹赵振宁湖南财政经济学院经济地理学院长沙410205 湖南财政经济学院/湖南省经济地理研究所长沙410205 西南林业大学园林园艺学院昆明650224 西南林业大学林学院昆明650224

[目的]全面解析鸡骨柴(Elsholtzia fruticosa)的叶绿体全基因组序列与结构特征,探讨香薷属药用植物叶绿体基因组的整体特征与变异模式,比较序列的种间变异情况,筛选种间高变异序列,为香薷属药用植物叶绿体基因组的深入研究和应用奠定基... 详细信息

[目的]全面解析鸡骨柴(Elsholtzia fruticosa)的叶绿体全基因组序列与结构特征,探讨香薷属药用植物叶绿体基因组的整体特征与变异模式,比较序列的种间变异情况,筛选种间高变异序列,为香薷属药用植物叶绿体基因组的深入研究和应用奠定基础。[方法]以传统民族药用植物鸡骨柴为试验材料,采用高通量测序技术对鸡骨柴进行叶绿体基因组测序、组装和注释,同时利用生物信息学手段对4种香薷属药用植物(鸡骨柴、海州香薷、密花香薷、边山香薷)叶绿体基因组的反向重复区边界、结构同源性、基因密码子使用偏性参数、核苷酸组成及进化关系进行分析。[结果](1)鸡骨柴叶绿体基因组全长151550 bp,为典型四分体结构,共检测出49个简单重复序列(SSRs)。(2)4种香薷属药用植物叶绿体基因组边界扩张收缩较为稳定相似,只在个别种(密花香薷、边山香薷)中发生了较小变异。(3)4种香薷属药用植物的非编码区变异大于编码区,同时大单拷贝区的变异程度最高,反向重复区a的变异程度最低。(4)相对于其它3个物种,鸡骨柴叶绿体基因组变异程度最低,psbA、petA、psbF、ycf1、petG和psbL等基因编码区存在显著差异,同时trnQ-UUG、trnS-GCT、trnM-GTT、trnS-GGA、trnL-CAA等基因间隔区也存在不同程度的变异。(5)4种香薷属药用植物叶绿体基因组密码子偏好性主要受碱基突变和选择压力的影响,最优密码子大多以A或T(U)作为第3位碱基。(6)系统发育树表明鸡骨柴与野拔子亲缘关系最近。[结论]本研究为香薷属药用植物的系统发育研究和分子标记开发等工作提供了参考依据。

关键词：鸡骨柴香薷属叶绿体基因组特征密码子偏好性系统发育分析

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利用中华蜜蜂工蜂幼虫肠道转录组纳米孔长读段数据完善东方蜜蜂参考基因组序列和功能注释

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昆虫学报 2024年第3期67卷 346-357页

作者：李坤泽宋宇轩臧贺荆欣范小雪陈颖那志豪陈大福付中民郭睿福建农林大学蜂学与生物医药学院福州350002 天然生物毒素国家地方联合工程实验室福州350002 福建省蜂疗研究所福州350002

【目的】将已获得的中华蜜蜂Apis cerana cerana转录组纳米孔长读段数据比对到东方蜜蜂***参考基因组,进行注释基因的结构优化,鉴定未注释的新基因和新转录本并进行功能注释以及预测其SSR位点、完整ORF和转录因子(transcription factor,... 详细信息

【目的】将已获得的中华蜜蜂Apis cerana cerana转录组纳米孔长读段数据比对到东方蜜蜂***参考基因组,进行注释基因的结构优化,鉴定未注释的新基因和新转录本并进行功能注释以及预测其SSR位点、完整ORF和转录因子(transcription factor,TF)家族及成员的分析验证,完善现有的东方蜜蜂参考基因组序列和功能注释。【方法】基于已获得的高质量的接种蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis的中华蜜蜂工蜂4,5和6日龄幼虫肠道转录组纳米孔测序数据,使用gffcompare软件将已鉴定到的全长转录本比对到东方蜜蜂参考基因组以优化已注释基因的结构;采用gffcompare软件鉴定参考基因组上未注释的新基因和新转录本,再通过比对Nr,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库进行功能注释;使用misa,TransDecoder v3.0.0和animalTFDB 2.0软件分别预测SSR位点、完整ORF和TF家族及成员。【结果】共对东方蜜蜂参考基因组上已注释的4648个基因结构进行了优化,对1336个基因同时延长了5′UTR和3′UTR,分别延长了1688个基因的5′UTR和1624个基因的3′UTR;共鉴定到2148个新基因,其中分别有818,298,587,359和333个新基因可注释到Nr,KOG,eggNOG,GO和KEGG数据库;共鉴定到35432条新转录本,其中分别有30974,21222,29025,19852和9214条新转录本可注释到上述5个数据库;共发掘出22541个SSR位点,其中单、双、三和六碱基重复的SSR数量分别为12078,7140,2825和43个,混合SSR的数量为2964个,分布频率最高的类型是单碱基重复(153.37个/Mb);共预测到58个TF家族及1611个成员;共预测出28775个完整ORF,其中编码长度分布在100~200个氨基酸的ORF(38.99%)最多。【结论】研究结果优化了东方蜜蜂参考基因组上已注释基因的结构,并补充了参考基因组上未注释的新基因、新转录本、SSR、完整ORF及TF。

关键词：东方蜜蜂中华蜜蜂第三代测序技术纳米孔测序全长转录本转录组基因组

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绵羊EST-SSR分子标记的鉴定及特异性分析

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中国食品学报 2023年第2期23卷 330-340页

作者：马小梅宋亚倩罗瑞明宁夏大学食品与葡萄酒学院银川750021

通过SSR Finder软件及misa技术从NCBI系统中的绵羊表达序列标签(EST)数据库中筛查SSR位点,利用Primer 3.0设计绵羊EST-SSR荧光引物,对宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉进行区分。以3种绵羊的肝脏DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行PC... 详细信息

通过SSR Finder软件及misa技术从NCBI系统中的绵羊表达序列标签(EST)数据库中筛查SSR位点,利用Primer 3.0设计绵羊EST-SSR荧光引物,对宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉进行区分。以3种绵羊的肝脏DNA为模板,对设计的EST-SSR引物进行PCR扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型。结果显示,通过EST-SSR标记设计的荧光引物p2105.1:248-559、p2025.1:896-1059和p2104.1:704-1015在宁夏滩羊肉、新疆细毛羊肉和藏绵羊肉中具有良好特异性,可实现3个绵羊品种的区分。通过EST-SSR标记技术可准确判断3个纯种绵羊肉的品种,这对绵羊遗传资源的开发利用、品种鉴别以及丰富分子标记类型具有重要的意义。

关键词：绵羊 EST-SSR 引物设计特异性分析

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怀玉山产三叶青叶绿体基因组特征及其系统进化关系

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中草药 2023年第16期54卷 5358-5371页

作者：洪森荣刘雯莉宋冰雁颜玉情上饶师范学院生命科学学院江西上饶334001 上饶农业技术创新研究院江西上饶334001 上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室江西上饶334001 上饶市三叶青保育与利用技术创新中心江西上饶334001

目的解析怀玉山产三叶青Tetrastigmahemsleyanum叶绿体基因组信息序列特征和确定其在崖爬藤属的系统位置。方法用Illumina高通量测序平台Nova Seq6000进行测序获得怀玉山产三叶青叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、t RNAscan-SE、misa、VIST... 详细信息

目的解析怀玉山产三叶青Tetrastigmahemsleyanum叶绿体基因组信息序列特征和确定其在崖爬藤属的系统位置。方法用Illumina高通量测序平台Nova Seq6000进行测序获得怀玉山产三叶青叶绿体基因组序列,借助Ge Seq、t RNAscan-SE、misa、VISTA tools、DNADna SP6.0、JSHYCloud、CodonW1.4.2、Pasteur Galaxy、mafft 7.0、fasttree 2.1.10等生物信息学工具进行序列分析、密码子偏好分析、崖爬藤属基因组比较分析和系统发育研究。结果怀玉山产三叶青Tetrastigma hemsleyanum叶绿体基因组为共价闭合双链环状分子,长160165 bp,包含1个大单拷贝区(large single copy region,LSC)、1个反向重复区a(inverted repeat region a,IRa)、1个反向重复区b(inverted repeat region b,IRb)和1个小单拷贝区(small single copy region,SSC);怀玉山产三叶青叶绿体基因组注释到光合作用基因、自我复制基因、其他基因和未知功能基因4类共133个基因,包括88个CDS基因、37个t RNA基因和8个r RNA基因;怀玉山产三叶青叶绿体基因组检测到63个SSR位点,其中单碱基重复56个,双碱基重复7个;怀玉山产三叶青叶绿体基因组核苷酸多样性的变化范围为0~0.23418,基因间隔区trn S-GCU-trn G-UCC、rps16-trnG-UCC以及基因ycf1变异率最高。怀玉山产三叶青叶绿体基因组密码子偏好以A或U结尾,具有较强的偏好性。突变对密码子偏好性的影响较强,而其他因素如自然选择对密码子的偏好性影响较小。怀玉山产三叶青叶绿体基因组有31个高频密码子,16个以U结尾,13个以A结尾,2个以G结尾,其中13个为最优密码子。怀玉山产三叶青与福建产三叶青(MW375708)和广西产三叶青(MW375709)亲缘关系较近,与浙江产三叶青(MT827073)、浙江产三叶青(MW375707)、浙江产三叶青KT033563(NC_029339)、四川产三叶青(MW375710)和浙江产三叶青(MW375711)亲缘关系较远。结论三叶青之间的亲缘关系与地理位置相关性不大。首次采用生物信息学分析方法对怀玉山产三叶青叶绿体基因组进行了全面、深度解析,结果将为崖爬藤属药用植物的遗传多样性分析以及新品系的遗传育种研究等提供理论依据。

关键词：三叶青叶绿体基因组特征系统进化关系大单拷贝区小单拷贝区

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基于高通量测序的大叶铁线莲基因组微卫星特征分析

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分子植物育种 2022年第4期20卷 1087-1094页

作者：宋琳琳王豆豆周晓君河南科技学院生命科技学院新乡453003 洛阳师范学院生命科学学院洛阳471934

为了探究大叶铁线莲的遗传背景,本研究利用Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台获得大叶铁线莲简化基因组水平上的序列信息,测序获得4.819 Gb的高质量数据。使用misa软件对组装得到的235602条contigs序列进行扫描,获得含SSR的序列有496... 详细信息

为了探究大叶铁线莲的遗传背景,本研究利用Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台获得大叶铁线莲简化基因组水平上的序列信息,测序获得4.819 Gb的高质量数据。使用misa软件对组装得到的235602条contigs序列进行扫描,获得含SSR的序列有4966条,共有5017个SSR位点,其中完全型(Perfect)SSR有4827个,复合型(Compound)SSR有190个。大叶铁线莲SSR的出现频率(检出的SSR个数与总序列数之比)为2.13%,平均每12.33 kb出现1个SSR(1/12.33 kb)。SSR位点的主要重复单元类型为二核苷酸重复,占SSR总数的38.53%,其次为单核苷酸,占SSR总数的36.58%。5017个SSR中共发现106种重复基序,其中三核苷酸重复基序的类型最多,共有55种。大叶铁线莲简化基因组中的SSR重复长度区间为10~30 bp,主要集中在10~20 bp(占91.03%)的范围内。本研究为认识大叶铁线莲基因组特征以及在基因组水平开展其种群遗传学研究提供了基础数据。

关键词：大叶铁线莲二代测序基因组完全型微卫星

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热带臭虫转录组分析

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中国媒介生物学及控制杂志 2022年第1期33卷 54-61页

作者：李婷廖嵩徐业王常禄王建国江西农业大学入侵生物实验室江西南昌330045 Department of Entomology RutgersThe State University of New JerseyNew BrunswickNJ 08901USA

目的获得热带臭虫转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础。方法基于Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台,对热带臭虫混合样本进行测序,采用Trinity软件组装有效测序数据获得unigenes。将unigenes分别与非冗余蛋白数据库(NR)、基因本体... 详细信息

目的获得热带臭虫转录组数据,为后续基因功能研究奠定基础。方法基于Illumina NovaSeq 6000高通量测序平台,对热带臭虫混合样本进行测序,采用Trinity软件组装有效测序数据获得unigenes。将unigenes分别与非冗余蛋白数据库(NR)、基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)、直系同源蛋白分组比对数据库(eggNOG)和注释蛋白数据库(Swiss-Prot)进行比对和功能注释,利用misa软件对热带臭虫的unigenes进行简单重复序列位点分析,使用Samtools和GATK软件检测热带臭虫单核苷酸多态性(SNP)。结果转录组测序数据质控后获得5.49 Gb高质量数据,组装后获得21619个unigenes,总长度为29322540 bp,平均长度为1356 bp。将unigenes序列与5个公共数据库进行比对和功能注释,得到45362个有功能注释的unigenes,预测发现10906条编码区序列,检测到7754个简单重复序列(SSR)位点信息和33144个SNP位点信息。结论报道并构建了热带臭虫转录组数据库,并对21619个unigenes进行组装和功能注释分析,该数据的获得可为后期热带臭虫的功能基因研究、SSR和SNP分子标记开发、遗传多样性分析以及遗传图谱构建等奠定基础。

关键词：热带臭虫转录组生物信息学微卫星单核苷酸多态性

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中华大仰蝽转录组学研究及SSR新标记开发

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昆虫学报 2022年第1期65卷 31-43页

作者：李敏张丹丽李荣荣雷廷宋鲜梅卜文俊太原师范学院生物系山西晋中030619 南开大学生命科学学院昆虫学研究所天津300071

【目的】中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫,可用于蚊虫的生物防治。本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库,挖掘其基因信息。【方法】采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录... 详细信息

【目的】中华大仰蝽Notonecta chinensis为中国和日本冲绳分布的重要水生天敌昆虫,可用于蚊虫的生物防治。本研究旨在建立中华大仰蝽转录组数据库,挖掘其基因信息。【方法】采用高通量测序平台Illumina NextSeq500对中华大仰蝽进行转录组测序、de novo组装及生物信息学分析;利用misa软件基于转录组unigenes数据进行SSR新分子标记筛选。毛细管电泳检测SSR多态性。【结果】总计获得34782282条clean reads(NCBI SRA数据库登录号:SRR13259254),组装成37801条unigenes,N50为913 bp。将unigenes与已知数据库比对进行基因功能注释,分别有36474,32470,27781,35079和5638条序列注释到nr,Swiss-Prot,GO,eggNOG和KEGG数据库。通过GO数据库注释,unigenes的功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能三大类,其中参与细胞、细胞部分及结合功能的unigenes比例较大。eggNOG数据库注释结果显示,37801条unigenes归到25个基因家族,注释到未知功能的最多。KEGG代谢通路富集分析显示,5638条unigenes注释到245个代谢通路,注释到核糖体的数目最多。此外,用misa软件在转录组测序数据中的37801条unigenes中搜索到3124个SSR位点(占总unigenes的8.26%),发生频率为7.07%。通过PCR筛选出16个SSR位点。7个中华大仰蝽地理种群3个位点NcCF/NcCR,NcKF/NcKR和NcLF/NcLR的多态信息含量(PIC)分别为0.870,0.902和0.857,具高度多态性。【结论】本研究成功获得了中华大仰蝽转录组数据,为其基因功能分析提供了分子理论基础;SSR新标记的开发为中华大仰蝽遗传多样性分析、隐存种鉴定及基因图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。

关键词：中华大仰蝽转录组 SSR 基因注释 Illumina NextSeq

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串口-网络协议转换器设计与实现

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西安科技大学学报 2009年第4期29卷 482-486页

作者：龚尚福宋会亮西安科技大学计算机科学与技术学院陕西西安710054

针对现场总线与工业以太网互连需求研究并设计了一个串口-网络协议转换器。它能够实现多个串口设备的数据采集和控制,再通过以太网接口与PC机相连。从硬件和软件分为2个主要部分进行研究。硬件部分将μC/OS-Ⅱ作为嵌入式操作系统,选择LP... 详细信息

针对现场总线与工业以太网互连需求研究并设计了一个串口-网络协议转换器。它能够实现多个串口设备的数据采集和控制,再通过以太网接口与PC机相连。从硬件和软件分为2个主要部分进行研究。硬件部分将μC/OS-Ⅱ作为嵌入式操作系统,选择LPC2210作为控制器,串口处理模块采用MAX3232芯片对UART进行RS232电平转换;以太网控制芯片选用常用的10misa总线接口的RTL8019AS。软件部分主要分为μC/OS-Ⅱ嵌入式操作系统的移植与串口驱动模块的设计与实现。

关键词：串口-网络协议转换器 LPC2210 μC/OS-Ⅱ移植串口驱动

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大旗瓣凤仙花与瑶山凤仙花叶绿体全基因组比较及系统发育分析

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南方农业学报 2022年第9期53卷 2497-2509页

作者：陶大燕宋倩闫海霞周锦业关世凯潘有强罗述名广西农业科学院花卉研究所广西南宁530007 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室广西南宁530007 悉尼大学农业与环境学院植物育种研究所澳大利亚新南威尔士州2570

【目的】比较大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花的叶绿体全基因组序列,并分析凤仙花属20个物种的系统发育情况及遗传进化关系,为证实这两个分类群的早期植物学分类及其种质资源利用和遗传改良提供理论依据。【方法】基于BGISEQ-500测序平台,对... 详细信息

【目的】比较大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花的叶绿体全基因组序列,并分析凤仙花属20个物种的系统发育情况及遗传进化关系,为证实这两个分类群的早期植物学分类及其种质资源利用和遗传改良提供理论依据。【方法】基于BGISEQ-500测序平台,对大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组进行测序,利用Fastp软件和NOVOPlasty v.2.6.2程序对叶绿体基因组进行组装。利用CpGAVAS在线工具对叶绿体基因组序列进行注释,并使用MAFFT v.7.0、CAIcal、REPuter、misa和FastTree等生物信息学软件进行序列比对、密码子偏性分析、重复序列定位及简单重复序列(SSRs)和系统发育分析。【结果】大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组长度分别为152437和152286 bp,GC含量分别为36.77%和36.80%;其中大单拷贝(LSC)区分别为83331和83212 bp,小单拷贝(SSC)区分别为17376和17312 bp,反向重复区(IRa和IRb)分别为25865和25881 bp。大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组均包含88个蛋白编码基因、8个rRNA基因和37个t RNA基因,且无假基因。系统发育分析结果表明,凤仙花属内的物种分类与基于系统形态学分析的早期植物学分类一致;虽然大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花叶绿体基因组非常接近,但二者为不同的凤仙花属种类,而不是早期形态分类学上的两个亚种水平。【结论】大旗瓣凤仙花和瑶山凤仙花为2个独立的凤仙花属种类,二者叶绿体基因组发生部分遗传变异,鉴定出的SSRs位点可用于物种鉴定和群体遗传学研究。

关键词：大旗瓣凤仙花瑶山凤仙花叶绿体全基因组系统发育

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