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Implication of community-level ecophysiological parameterization to modelling ecosystem productivity:a case study across nine contrasting forest sites in eastern China

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Journal of Forestry Research 2024年第1期35卷 1-11页

作者： minzhe Fang Changjin Cheng Nianpeng He Guoxin Si Osbert Jianxin Sun School of Ecology and Nature Conservation Beijing Forestry UniversityBeijing 100083China Research Institute of Energy Saving Environmental ProtectionOccupational Safety and HealthChina Academy of Railway Sciences Corporation LimitedBeijing 100081China Key Laboratory of Ecosystem Network Observation and Modeling Institute of Geographic Sciences and Natural Resources ResearchChinese Academy of SciencesBeijing 100101China College of Resources and Environment University of Chinese Academy of SciencesBeijing 100049China

Parameterization is a critical step in modelling ecosystem dynamics.However,assigning parameter values can be a technical challenge for structurally complex natural plant communities;uncertainties in model simulations often arise from inappropriate model parameterization.Here we compared five methods for defining community-level specific leaf area(SLA)and leaf C:N across nine contrasting forest sites along the North-South Transect of Eastern China,including biomass-weighted average for the entire plant community(AP_BW)and four simplified selective sampling(biomass-weighted average over five dominant tree species[5DT_BW],basal area weighted average over five dominant tree species[5DT_AW],biomass-weighted average over all tree species[AT_BW]and basal area weighted average over all tree species[AT_AW]).We found that the default values for SLA and leaf C:N embedded in the Biome-BGC v4.2 were higher than the five computational methods produced across the nine sites,with deviations ranging from 28.0 to 73.3%.In addition,there were only slight deviations(<10%)between the whole plant community sampling(AP_BW)predicted NPP and the four simplified selective sampling methods,and no significant difference between the predictions of AT_BW and AP_BW except the Shennongjia site.The findings in this study highlights the critical importance of computational strategies for community-level parameterization in ecosystem process modelling,and will support the choice of parameterization methods.

关键词： Biome-BGC Community traits Forest Ecosystems Model parameterization

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A Bayesian hierarchical model for analyzing methylated RNA immunoprecipitation sequencing data

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Frontiers of Electrical and Electronic Engineering in China 2018年第3期6卷 275-286页

作者： minzhe zhangl Qiwei Lil Yang Xie Quantitative Biomedical Research Center Department of Clinical Sciences U.T. Southwestern Medical Center Dallas USA Department of Bioinformatics U.T. Southwestern Medical Center Dallas USA Simmons Comprehensive Cancer Center U.T. Southwestern Medical Center Dallas USA

Background： The recently emerged technology of methylated RNA immunoprecipitation sequencing （MeRIP-seq） sheds light on the study of RNA epigenetics. This new bioinformatics question calls for effective and robust peaking calling algorithms to detect mRNA methylation sites from MeRIP-seq data. Methods： We propose a Bayesian hierarchical model to detect methylation sites from MeRIP-seq data. Our modeling approach includes several important characteristics. First, it models the zero-inflated and over-dispersed counts by deploying a zero-inflated negative binomial model. Second, it incorporates a hidden Markov model （HMM） to account for the spatial dependency of neighboring read enrichment. Third, our Bayesian inference allows the proposed model to borrow strength in parameter estimation, which greatly improves the model stability when dealing with MeRIP-seq data with a small number of replicates. We use Markov chain Monte Carlo （MCMC） algorithms to simultaneously infer the model parameters in a de novo fashion. The R Shiny demo is available at https：//qiwei. shinyapps.io/BaySeqPeak and the R/C ＋＋ code is available at https：//***/liqiwei2000/BaySeqPeak. Results： In simulation studies, the proposed method outperformed the competing methods exomePeak and MeTPeak, especially when an excess of zeros were present in the data. In real MeRIP-seq data analysis, the proposed method identified methylation sites that were more consistent with biological knowledge, and had better spatial resolution compared to the other methods. Conclusions： In this study, we develop a Bayesian hierarchical model to identify methylation peaks in MeRIP-seq data. The proposed method has a competitive edge over existing methods in terms of accuracy, robustness and spatial resolution.

关键词： MeRIP-seq data RNA epigenomics Bayesian inference hidden Markov model zero-inflated negativebinomial

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易代之际的遗民园林雅集与文学书写——以水绘园与稊园为中心

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湖南大学学报（社会科学版） 2024年第2期38卷 103-109页

作者：彭敏哲中国海洋大学文学与新闻传播学院山东青岛266100

水绘园和稊园的设计都出于对现实中王朝兴替带来的痛苦的规避,但又各具特色,分别代表了明末清初与清末民初遗民园林的两种典型。易代之际的遗民园林雅集是“诗可以群”的文化传统与文人雅集的文化记忆之承续,“园隐”则是园林雅集文学... 详细信息

水绘园和稊园的设计都出于对现实中王朝兴替带来的痛苦的规避,但又各具特色,分别代表了明末清初与清末民初遗民园林的两种典型。易代之际的遗民园林雅集是“诗可以群”的文化传统与文人雅集的文化记忆之承续,“园隐”则是园林雅集文学书写的一大主题,是易代之际文人面临复杂的政治环境和生存困境后作出的安全选择。遗民园林对易代之际文化传承起到重要作用,象征着“精神桃源”。易代之际的遗民借助现实的文化空间,将非常态的人生境遇、改朝换代的沧桑之感揉进纵情逸乐的极致享受中,勾连起对往事的追忆与挽留,代表着一种重返故国、回归故园的人生渴望。园林的封闭性与自足性隔绝了永失故园的沉痛悲苦,代替故园成为一处超越现实的精神存在,存放鼎革之际的文化记忆,寄托着遗民们对现实世界与个人处境的迫厄之感与避世之愿。

关键词：易代遗民园林雅集文学书写

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神经节苷脂GM3的血管保护作用

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科学通报 2024年第15期69卷 1983-1985页

作者：祝敏哲付毅孔炜北京大学基础医学院生理学与病理生理学系北京100191 北京大学血管稳态与重构全国重点实验室北京100191

神经节苷脂是一类富含唾液酸的糖化鞘脂,是细胞膜的重要组成部分.1935年,德国化学家克伦克(E.Klenk)首次在尼曼匹克病(Niemann-Pick disease,NPD)和泰萨二氏病(TaySachs disease,TSD)的患者大脑中分离出这种糖脂,由于其在神经节细胞中... 详细信息

神经节苷脂是一类富含唾液酸的糖化鞘脂,是细胞膜的重要组成部分.1935年,德国化学家克伦克(E.Klenk)首次在尼曼匹克病(Niemann-Pick disease,NPD)和泰萨二氏病(TaySachs disease,TSD)的患者大脑中分离出这种糖脂,由于其在神经节细胞中含量丰富,所以将这类糖脂命名为神经节苷脂[1].

关键词：神经节苷脂尼曼匹克病神经节细胞德国化学家糖脂唾液酸

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融合BERT模型与词汇增强的中医命名实体识别模型

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计算机科学 2024年第S1期51卷 122-127页

作者：李旻哲殷继彬昆明理工大学信息工程与自动化学院昆明650500

现有的中医命名实体识别相关研究较少,基本都是基于中文病例做相关研究,在传统中医编写的病例文本中表现不佳。针对中医案例中命名实体密集且边界模糊难以划分的特点,提出了一种融合词汇增强和预训练模型的中医命名实体识别方法LEBERT-B... 详细信息

现有的中医命名实体识别相关研究较少,基本都是基于中文病例做相关研究,在传统中医编写的病例文本中表现不佳。针对中医案例中命名实体密集且边界模糊难以划分的特点,提出了一种融合词汇增强和预训练模型的中医命名实体识别方法LEBERT-BILSTM-CRF。该方法从词汇增强和预训练模型融合的角度进行优化,将词汇信息输入到BERT模型中进行特征学习,达到划分词类边界和区分词类属性的目的,提高中医医案命名实体识别的精度。实验结果表明,在文中构建的中医病例数据集上针对10个实体进行命名实体识别时,提出的基于LEBERT-BILSTM-CRF的中医案例命名实体识别模型综合准确率、召回率、F1分别为88.69%,87.4%,88.1%,高于BERT-CRF,LEBERT-CRF等常用命名实体识别模型。

关键词：自然语言处理中医案例词汇增强 BERT BLSTM-CRF

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低碳转型能否促进共同富裕?——来自低碳城市试点的证据

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经济学动态 2024年第4期 33-48页

作者：杜敏哲廖丽萍华南师范大学经济与管理学院 510006 广东财经大学财政税务学院 510320

本文从共同富裕的内涵着手,从物质富裕、精神富裕和社会共享等维度构建共同富裕指标,以低碳城市试点政策作为一项准实验,利用多期双重差分模型来考察低碳城市建设对共同富裕的影响及其作用机制。研究表明:低碳试点政策可显著提升各地区... 详细信息

本文从共同富裕的内涵着手,从物质富裕、精神富裕和社会共享等维度构建共同富裕指标,以低碳城市试点政策作为一项准实验,利用多期双重差分模型来考察低碳城市建设对共同富裕的影响及其作用机制。研究表明:低碳试点政策可显著提升各地区的共同富裕程度,并提高地区的物质富裕、精神富裕和社会共享度。机制检验发现,低碳试点政策通过产业结构优化升级、就业改善来促进地区的共同富裕。一方面,低碳试点政策增加产业结构合理化和高级化程度、提高地区产业创新程度;另一方面,此政策还通过降低劳动力错配程度,提升就业水平,助力地区共同富裕的实现。低碳试点政策在不同资源禀赋、不同地理区位和不同金融发展水平的地区对共同富裕具有显著的异质性影响。本文为推进绿色低碳转型、推动共同富裕提供了有益的政策启示。

关键词：低碳转型共同富裕产业结构优化升级就业改善

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文本视觉密度与界面色调对老年人数字健康教育的影响研究

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图学学报 2024年第3期45卷 613-623页

作者：彭程易敏哲吴群于航勇浙江理工大学艺术与设计学院浙江杭州310018 福州大学厦门工艺美术学院福建厦门361021

数字健康教育以丰富的内容和灵活的教育方式在提升百姓健康素养方面做出了巨大贡献,但由于老年群体认知能力和视觉水平的衰退,在接受数字教育时常面临信息难以识别、理解困难等问题。因此,以数字健康教育平台阅读界面为研究对象,分析了... 详细信息

数字健康教育以丰富的内容和灵活的教育方式在提升百姓健康素养方面做出了巨大贡献,但由于老年群体认知能力和视觉水平的衰退,在接受数字教育时常面临信息难以识别、理解困难等问题。因此,以数字健康教育平台阅读界面为研究对象,分析了界面视觉设计对老年群体阅读效果和认知负荷的影响。研究中的自变量为文本视觉密度和界面色调,因变量为阅读绩效。2×2双因子实验结果表明:①低文本密度下的阅读理解效果优于标准密度;②冷色调的阅读理解效果优于暖色调;③文本视觉密度与界面色调在阅读时间上存在显著的交互作用。冷色调在标准密度下的阅读用时更少,而暖色调在低密度下的阅读用时更少。研究从健康教育内容传播的视角进行界面设计分析,丰富了老年数字阅读体验数据,探讨了文本视觉密度和色调在界面中的效果与交叉关系,为提升老年人数字教育效能提供了具体设计建议。

关键词：数字健康教育老年人学习界面视觉设计文本视觉密度界面色调

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基于响应面法的膨胀性充填体强度演化规律及配比优化

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工程科学学报 2024年第5期46卷 800-811页

作者：张敏哲王贻明王志凯王剑杨世兴北京科技大学土木与资源工程学院北京100083 中冶集团铜锌有限公司北京100028

针对某铁矿采场充填接顶率低和接顶效果差的问题,通过添加复合膨胀剂可实现采场主动接顶.采用响应面法,借助Design-Expert软件中的Box-Behnken design(BBD)方法,开展了膨胀性充填体强度配比试验,研究了料浆质量分数、胶固粉质量分数和... 详细信息

针对某铁矿采场充填接顶率低和接顶效果差的问题,通过添加复合膨胀剂可实现采场主动接顶.采用响应面法,借助Design-Expert软件中的Box-Behnken design(BBD)方法,开展了膨胀性充填体强度配比试验,研究了料浆质量分数、胶固粉质量分数和复合膨胀剂质量分数对膨胀性充填体抗压强度的影响规律.结果表明,单一因素及各因素间交互作用对膨胀性充填体抗压强度均有显著影响,其中胶固粉质量分数影响最大,复合膨胀剂质量分数次之,料浆质量分数最小;料浆质量分数与胶固粉质量分数的交互作用对充填体的早、中期抗压强度影响最为显著,胶固粉质量分数与复合膨胀剂质量分数的交互作用对充填体的后期抗压强度影响最为显著.通过目标规划法确定了膨胀性充填体最优配比:料浆质量分数为69%,胶固粉质量分数为10%,复合膨胀剂质量分数为3×10^(-4).利用X射线衍射(XRD)和扫描电镜(SEM)分析发现,复合膨胀剂可使充填体的内部结构疏松而引起膨胀,提高充填接顶率.

关键词：复合膨胀剂响应面法抗压强度配比优化微观结构

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干湿循环下复合激发膏体充填材料宏-细-微观强化与损伤特性

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中南大学学报（自然科学版） 2024年第2期55卷 665-676页

作者：王贻明刘树龙吴爱祥王志凯张敏哲北京科技大学土木与资源工程学院北京100083 北京科技大学金属矿山高效开采与安全教育部重点实验室北京100083

为探明盐-碱复合激发膏体充填材料的性能变化规律及干湿循环作用下充填体结构多尺度损伤机制,对以脱硫石膏和水泥熟料为复合激发剂的膏体充填材料进行多目标优化,并对最优配比下的充填体试块进行0~25次干湿循环,开展抗压强度、X射线衍射... 详细信息

为探明盐-碱复合激发膏体充填材料的性能变化规律及干湿循环作用下充填体结构多尺度损伤机制,对以脱硫石膏和水泥熟料为复合激发剂的膏体充填材料进行多目标优化,并对最优配比下的充填体试块进行0~25次干湿循环,开展抗压强度、X射线衍射(XRD)、低场核磁共振(NMR)、扫描电镜(SEM)试验,揭示充填体宏观力学行为和微细观结构演化规律。研究结果表明:充填材料最优配比是矿渣掺量为50%,脱硫石膏与水泥熟料质量比为3:7,硅灰掺量为2.5%。随着干湿循环次数的增加,充填体宏观表现为抗压强度的折减及累积电导率升高,干湿循环10次时出现拐点,质量损失率和强度损失率分别达极小值-1.91%和-8.36%;在细观尺度上,T2谱反演良好,干湿循环作用10次后,横向弛豫时间逐渐右移且谱面积增大,表明膏体充填材料孔隙尺寸及数量随着干湿循环次数增加而增大;微观尺度上,钙矾石、石膏和方解石等侵蚀产物的膨胀结晶应力加速了微观孔隙结构的发育,反复干湿循环作用削减了C-S-H凝胶的黏聚力,由最初的堆叠蜂窝状劣化为小块状。综合宏、细、微观结构演变规律可知,孔隙结构的损伤演化与力学性能的劣化特征具有较好的同步性。

关键词：膏体充填材料多目标优化干湿循环力学性能水化产物损伤机制

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基于16S rDNA测序对中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落结构分析

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海南医学院学报 2024年第6期30卷 428-434页

作者：钟晓雪王慧陈敏哲常睿贺小宁海南医学院海南海口570100 海南医学院第二附属医院口腔科海南海口570100

目的:运用16S rDNA测序比较分析中重度牙周炎伴脑梗死患者的龈下菌斑微生物群落结构特征及多样性,并初步探讨中重度牙周炎与脑梗死的相关性。方法:根据纳入和排除标准,采集中重度牙周炎患者10例(PD组)、中重度牙周炎伴脑梗死患者10例(CI... 详细信息

目的:运用16S rDNA测序比较分析中重度牙周炎伴脑梗死患者的龈下菌斑微生物群落结构特征及多样性,并初步探讨中重度牙周炎与脑梗死的相关性。方法:根据纳入和排除标准,采集中重度牙周炎患者10例(PD组)、中重度牙周炎伴脑梗死患者10例(CI-PD组)和健康人群10例(CK组)的龈下菌斑,通过Illumnia NovaSeq 6000测序平台对16S rDNA V3-V4区进行测序,运用Qiime、R、mothur及SPSS等软件进行生物信息学分析。结果:PD和CI-PD组龈下菌群结构较为相似,但两组龈下菌群多样性较健康组有显著差异(P<0.05)。在菌门和菌属水平上,PD与CI-PD组最多的物种是拟杆菌门和梭杆菌属,而CK组是放线菌门和梭杆菌属。PD和CI-PD组龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属和TG5较CK组增加(P<0.05);CI-PD组龈下菌斑微生物群落中的奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属、心杆菌属显著低于PD组(P<0.05)。结论:CK、PD和CI-PD 3组龈下菌斑微生物群落结构存在差异性,初步提示中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属及TG5的增加和奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属及心杆菌属的减少可能与脑梗死相关。

关键词： 16S rDNA 微生物群落龈下菌斑牙周炎脑梗死

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