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A gap-free reference genome reveals structural variations associated with flowering time in rapeseed(Brassica napus)

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Horticulture Research 2023年第10期10卷 37-49页

作者： Bao Li Qian yang Lulu yang Xing Zhou Lichao Deng Liang Qu Dengli Guo Rongkui Hui Yiming Guo Xinhong Liu Tonghua Wang Lianyi Fan Mei Li mingli yan Crop Research Institute Hunan Academy of Agricultural SciencesChangshaHunan 410125China Hunan Hybrid Rapeseed Engineering and Technology Research Center ChangshaHunan 410125China Department of Cell Biology and Genetics Wuhan Benagen Tech Solutions Company LimitedWuhanHubei 430021China

Allopolyploid oilseed rape(Brassica napus)is an important oil crop and vegetable.However,the latest version of its reference genome,with collapsed duplications,gaps,and other issues,prevents comprehensive genomic analysis.Herein,we report a gap-free assembly of the rapeseed cv.Xiang5A genome using a combination of ONT(Oxford Nanopore Technologies)ultra-long reads,PacBio high-fidelity reads,and Hi-C datasets.It includes gap-free assemblies of all 19 chromosomes and telomere-to-telomere assemblies of eight chromosomes.Compared with previously published genomes of B.napus,our gap-free genome,with a contig N50 length of 50.70 Mb,has complete assemblies of 9 of 19 chromosomes without manual intervention,and greatly improves contiguity and completeness,thereby representing the highest quality genome assembly to date.Our results revealed that B.napus Xiang5A underwent nearly complete triplication and allotetraploidy relative to Arabidopsis thaliana.Using the gap-free assembly,we found that 917 flowering-related genes were affected by structural variation,including BnaA03.VERNALIZATION INSENSITIVE 3 and BnaC04.HIGH EXPRESSION OF OSMOTICALLY RESPONSIVE GENES 1.These genes may play crucial roles in regulating flowering time and facilitating the adaptation of Xiang5A in the yangtze River Basin of China.This reference genome provides a valuable genetic resource for rapeseed functional genomic studies and breeding.

关键词： structural free thereby

Effects of redox potential on soil cadmium solubility:Insight into microbial community

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Journal of Environmental Sciences 2019年第1期31卷 224-232页

作者： Delong Meng Juan Li Tianbo Liu Yongjun Liu mingli yan Jin Hu Xiaoqi Li Xueduan Liu Yili Liang Hongwei Liu Huaqun Yin School of Minerals Processing and Bioengineering Central South University Key laboratory of Biometallurgy Ministry of Education College of Agronomy Hunan Agricultural University College of Plant protection Hunan Agricultural University School of Life Science Hunan University of Science and Technology

Understanding the role of microbes in the solubility of cadmium(Cd) is of fundamental importance for remediation of Cd toxicity. The present study aimed to identify the microbes that involved in regulating Cd solubility and to reveal possible mechanisms. Therefore,microbial communities were investigated through high-throughput sequencing approach, the molecular ecological network was constructed and metagenomes were predicted. Our results indicated that redox conditions affected both the solubility of soil Cd and the microbial communities. Anaerobic microbes, such as Anaerolineaceae, did not only play important roles in shaping the microbial community in soils, but might also be involved in regulating the Cd solubility. Two possible mechanisms that how Anaerolineaceae involved in Cd solubility are(1) Anaerolineaceae are important organic matter degraders under anoxic conditions and(2) Anaerolineaceae can co-exist with methane metabolism microbes, while methane metabolism promotes the precipitation of soluble Cd. Thus, application of Anaerolineaceae in bioremediation of soil Cadmium contamination is a potential approach. The study provided a novel insight into the role of microbial community in the regulation of Cd solubility under different redox conditions, and suggested a potential approach for the remediation of soil Cd contamination.

关键词： Cd solubility Redox potential Microbial community Molecular ecology networks (MENs) Anaerolineaceae

天麻脑保护活性成分跨血脑屏障的转运方式研究

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中国医院药学杂志 2024年第10期44卷 1132-1138页

作者：颜明丽杨茜宁珑许春萍孙云兰陈明何芳雁云南中医药大学中药学院云南昆明650500 云南中医药大学云南省傣医药与彝医药重点实验室云南昆明650500

目的:基于药物转运体研究天麻脑保护活性成分对羟基苯甲醛(4-HBd)、对羟基苯甲醇(4-HBA)、3,4-二羟基苯甲醛(3,4-DD)跨血脑屏障(BBB)的转运方式。方法:建立符合要求的4-HBd、4-HBA及3,4-DD于HBSS缓冲液内的HPLC分析方法;用永生化人脑微... 详细信息

目的:基于药物转运体研究天麻脑保护活性成分对羟基苯甲醛(4-HBd)、对羟基苯甲醇(4-HBA)、3,4-二羟基苯甲醛(3,4-DD)跨血脑屏障(BBB)的转运方式。方法:建立符合要求的4-HBd、4-HBA及3,4-DD于HBSS缓冲液内的HPLC分析方法;用永生化人脑微血管内皮细胞(hCMEC/D3)及Transwell结构建立体外BBB转运模型,通过观察细胞形态、记录跨膜电阻值及荧光素钠转运实验加以评价,进行3个成分的跨膜转运研究;通过记录给予不同BBB关键外排转运体抑制剂(维拉帕米、ko143、MK571)后转运量的变化,对比各自外排率(ER)及渗透系数(Papp),明确4-HBd、4-HBA及3,4-DD跨BBB的转运方式及特征。结果:4-HBd、4-HBA、3,4-DD在2 h内的外排率分别在0.83~0.99、0.74~0.97、0.63~0.85之间,且不同时间点3个成分的吸收速率(Papp AP-BL)与外排速率(Papp BL-AP)相近,三者的Papp均大于1×10^(–6)cm·s^(–1),故判断4-HBd、4-HBA及3,4-DD跨BBB入脑方式为脂溶扩散;加入P-gp抑制剂维拉帕米后,4-HBd外排率降低(P<0.05),而4-HBA及3,4-DD外排率无明显变化,故推断4-HBd为外排转运体P-gp的底物。结论:4-HBd、4-HBA及3,4-DD跨BBB方式均为脂溶扩散,其中4-HBd为P-gp外排转运体的底物。

关键词：对羟基苯甲醛对羟基苯甲醇 3,4-二羟基苯甲醛血脑屏障外排转运体双向转运

紫叶甘蓝型油菜花青素合成的转录组-代谢组联合分析

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华北农学报 2024年第3期39卷 25-34页

作者：周弘峰朱思颖贺丹刘丽莉陈道宗谭晨张大为严明理经济作物遗传改良与综合利用湖南省重点实验室湖南科技大学生命科学与健康学院湖南湘潭411201 岳麓山实验室湖南长沙410128 油菜杂种优势利用湖南省工程研究中心湖南省作物研究所湖南长沙410125 赣南师范大学生命科学学院江西赣州341000

通过筛选甘蓝型油菜绿叶和紫叶突变体叶片中差异表达基因和差异代谢物,为解析花青素合成机理奠定理论基础。对苗期叶片呈紫色的甘蓝型油菜(PL)和叶片呈绿色的甘蓝型油菜ZS11(GL)幼苗表型观察发现,PL在长出2片真叶(3周)时紫色斑驳分布,... 详细信息

通过筛选甘蓝型油菜绿叶和紫叶突变体叶片中差异表达基因和差异代谢物,为解析花青素合成机理奠定理论基础。对苗期叶片呈紫色的甘蓝型油菜(PL)和叶片呈绿色的甘蓝型油菜ZS11(GL)幼苗表型观察发现,PL在长出2片真叶(3周)时紫色斑驳分布,随着发育紫色逐渐加深,抽薹期后紫色逐渐变浅最终消失(>16周),GL叶片则全时期呈绿色;转录组KEGG分析在第6,13,16周找到2 523个共差异表达基因,上述差异表达基因在花青素合成途径显著富集。与花青素合成相关的24个基因显著差异表达,包括3个MYBL2、1个C4H、1个F3H、2个F3′H、2个TT8、3个DFR、4个ANS、5个UGT、3个TT19,上述基因在第6,13周PL叶片中表达量均高于GL。选取8个差异表达基因进行qRT-PCR验证,结果与转录组分析数据趋势一致。花青素靶向代谢组共检测到50种花青素,其中29种积累差异显著;PL相对于GL有16种花青素积累上调,13种花青素积累下调。PL叶片中多种矢车菊素积累量显著增加,而矮牵牛素积累量显著下降,花青素合成途径中差异表达基因和差异代谢物的表达量均达到显著水平。TT8及其靶基因(DFR、ANS、UGT、TT19)在发育早期(6~13周)的上调促进了PL中以矢车菊素为主的花青素的积累以及矮牵牛素为主的花青素的减少,导致叶片叶色出现差异。而发育后期(13~16周),这些花青素合成基因的下调和花青素的降解可能导致花青素积累的减少,使PL由紫叶转变为绿叶。

关键词：甘蓝型油菜花青素转录组代谢组叶色

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45钢环断裂原因

理化检验（物理分册） 2024年第6期60卷 34-36页

作者：宋全李晗淡婷张国庆徐宋娟颜明礼首都航天机械有限公司北京100076

某45钢环在进行淬火时发生断裂现象,采用宏观观察、化学成分分析、扫描电镜和能谱分析、金相检验、硬度测试等方法对钢环断裂原因进行分析。结果表明:钢环的断裂性质为淬火断裂,较高的加热温度和水冷形成的淬火应力是其断裂的主要原因,... 详细信息

某45钢环在进行淬火时发生断裂现象,采用宏观观察、化学成分分析、扫描电镜和能谱分析、金相检验、硬度测试等方法对钢环断裂原因进行分析。结果表明:钢环的断裂性质为淬火断裂,较高的加热温度和水冷形成的淬火应力是其断裂的主要原因,零件基体存在大量沿环向分布的MnS夹杂物,严重割裂了基体的连续性,对心部断裂起到促进作用。

关键词： 45钢环淬火断裂沿晶断裂热应力 MnS 淬火应力

湘潭莲子种植区土壤和莲子重金属污染的生态风险评价

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生态科学 2023年第3期42卷 184-189页

作者：于辉严明理湖南科技大学生命科学与健康学院重金属污染土壤生态修复与安全利用湖南省高校重点实验室经济作物遗传改良与综合利用湖南省重点实验室湘潭411201

为探讨湘潭莲子种植区土壤重金属的污染特征及潜在生态风险,以6个主要的莲子种植区为研究对象,分析了土壤和莲子籽粒中锰、铜、砷、镉、铅和铬的含量和污染特征,并利用潜在生态危害指数法评价了土壤重金属的综合潜在生态风险。结果表明:... 详细信息

为探讨湘潭莲子种植区土壤重金属的污染特征及潜在生态风险,以6个主要的莲子种植区为研究对象,分析了土壤和莲子籽粒中锰、铜、砷、镉、铅和铬的含量和污染特征,并利用潜在生态危害指数法评价了土壤重金属的综合潜在生态风险。结果表明:6种重金属中镉含量平均值高于风险筛选值,低于风险管制值,其它重金属含量的平均值低于或接近风险筛选值。各元素生态风险从大到小依次是镉、铅、砷、铜、铬、锰。6个位点的综合生态危害指数平均值为224.7,属于中等污染风险水平。各位点对应的莲子也受到一定程度的重金属污染,籽粒中镉和铅存在超标现象。通过以上分析说明,莲子种植区土壤重金属整体呈现出中等生态风险状态。为了确保莲子的安全生产,有必要加强莲子种植区的土壤检测和治理。

关键词：湘潭莲子重金属生态风险

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近20年海外中文研究热点可视化分析

天津师范大学学报（社会科学版） 2023年第5期 33-42页

作者：任晓霏晏明丽沙博翰江苏大学文学院镇江202013

基于Web of Science、Science Direct和EBSCO三大外文数据库,运用Endnote和VOS viewer对自2002年以来近20年间有关海外中文研究的1,272篇文献进行整理和可视化分析,通过知识图谱的方式展示其变化特点。研究发现:对于中文研究这一主题,... 详细信息

基于Web of Science、Science Direct和EBSCO三大外文数据库,运用Endnote和VOS viewer对自2002年以来近20年间有关海外中文研究的1,272篇文献进行整理和可视化分析,通过知识图谱的方式展示其变化特点。研究发现:对于中文研究这一主题,海外英文文献的发文量整体保持稳步上升的态势,2007—2009年和2015—2017年这两个时间段发文量剧增;核心期刊有来自世界著名的《系统》(System)、《语用学杂志》(Journal of Pragmatics)、《神经语言学杂志》(Journal of Neurolinguistics)等;核心作者主体为国外知名大学学者,但核心作者合作群体少且合作强度弱;研究热点聚焦于中文作为第二语言教学、双语(多语)环境下中文普通话的规划与应用、学生中文学习情况的调查与分析等主题研究。

关键词：海外中文研究可视化分析研究热点国际中文教育

政府补贴如何影响畜牧业企业研发投入强度——基于企业生命周期和高管股权激励的视角

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中国农村观察 2024年第3期 80-103页

作者：鄢朝辉王明利赵承翔中国农业科学院农业经济与发展研究所

企业是科技创新主体。畜牧业企业是促进畜牧业科技创新和高质量发展的重要推动力。本文基于畜牧业企业创新能力弱和政府财政趋紧的现实背景,使用2007-2021年中国畜牧业上市公司数据,实证分析政府补贴对畜牧业企业研发投入强度的影响。... 详细信息

企业是科技创新主体。畜牧业企业是促进畜牧业科技创新和高质量发展的重要推动力。本文基于畜牧业企业创新能力弱和政府财政趋紧的现实背景,使用2007-2021年中国畜牧业上市公司数据,实证分析政府补贴对畜牧业企业研发投入强度的影响。研究发现:在处理了内生性问题和进行稳健性检验后,政府研发补贴会显著提升畜牧业企业的研发投入强度,政府非研发补贴对畜牧业企业研发投入强度无显著影响。将样本企业按照生命周期划分为成长期、成熟期和衰退期子样本,发现政府研发补贴对成长期畜牧业企业的研发投入强度有显著正向影响,对成熟期和衰退期畜牧业企业研发投入强度的影响不显著。高管股权激励在政府研发补贴对成长期畜牧业企业研发投入强度的影响中起正向调节作用,对成熟期和衰退期企业研发投入强度的调节作用不显著。异质性分析发现,政府研发补贴对民营畜牧业企业、乳制品加工和动物保健企业以及东部和中部地区畜牧业企业的研发投入强度的提升效果更明显。因此,应提高政府补贴中研发补贴的比例,鼓励成长期畜牧业企业实施高管股权激励计划,根据畜牧业企业所处的不同生命周期、所有权性质、行业和地区,有差异地发放研发补贴。

关键词：政府补贴畜牧业企业研发投入强度企业生命周期高管股权激励

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代数无处不在:交叉融合发展下的有效引擎

科学 2024年第1期76卷 29-34页

作者：闫焱邓明立华北理工大学理学院河北唐山063210 河北师范大学数学科学学院河北石家庄050024

代数学是伴随着早期文明的产生而产生的,它是最早的、有组织的智力活动之一。代数化是20世纪数学发展的一个重要特征和有效引擎,将代数的思想和方法渗透到其他领域的研究中,所呈现出的“交叉融合”的数学倾向是20世纪数学发展的特色之... 详细信息

代数学是伴随着早期文明的产生而产生的,它是最早的、有组织的智力活动之一。代数化是20世纪数学发展的一个重要特征和有效引擎,将代数的思想和方法渗透到其他领域的研究中,所呈现出的“交叉融合”的数学倾向是20世纪数学发展的特色之一。如果要对代数学的历史寻本挖源,它几乎可以和人类的文明史相媲美。著名数学大师范·德·瓦尔登(B.L.van der Waerden,1903—1996)认为,在美索不达米亚、埃及、中国以及印度的古代文明之前,就存在着一种文明,这种文明是大部分早期数学的源泉[1]。

关键词：代数学抽象代数代数组合结构数学