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i2dash:Creation of Flexible,Interactive,and Web-based Dashboards for Visualization of Omics Data

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2022年第3期20卷 568-577页

作者： Arsenij Ustjanzew Jens Preussner Mette Bentsen Carsten Kuenne mario looso Max Planck Institute for Heart and Lung Research Bioinformatics UnitD-61231 Bad NauheimGermany

Data visualization and interactive data exploration are important aspects of illustrating complex concepts and results from analyses of omics data.A suitable visualization has to be intuitive and ***-based dashboards have become popular tools for the arrangement,consolidation,and display of such ***,the combination of automated data processing pipelines handling omics data and dynamically generated,interactive dashboards is poorly ***,we present i2dash,an R package intended to encapsulate functionality for the programmatic creation of customized *** supports interactive and responsive(linked)visualizations across a set of predefined graphical layouts.i2dash addresses the needs of data analysts/software developers for a tool that is compatible and attachable to any R-based analysis pipeline,thereby fostering the separation of data visualization on one hand and data analysis tasks on the other *** addition,the generic design of i2dash enables the development of modular extensions for specific *** a proof of principle,we provide an extension of i2dash optimized for single-cell RNA sequencing analysis,supporting the creation of dashboards for the visualization needs of such *** with these features,i2dash is suitable for extensive use in large-scale sequencing/bioinformatics *** this line,we provide i2dash as a containerized solution,enabling a straightforward large-scale deployment and sharing of dashboards using cloud services.i2dash is freely available via the R package archive CRAN(https://***/package=i2dash).

关键词： Data visualization Dashboard Cloud Data analysis Automation

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