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m^(6)A Profile Dynamics Indicates Regulation of Oyster Development by m^(6)A-RNA Epitranscriptomes

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2023年第4期21卷 742-755页

作者： lorane le franc.bruno petton Pascal Favrel Guillaume Rivière Laboratoire de Biologie des Organismes et des Ecosyste`mes Aquatiques(BOREA) Muséum d’Histoire NaturelleSorbonne UniversitéUniversitéde Caen NormandieUniversitédes AntillesCNRS UMR 8067IRD14032 CaenFrance Ifremer Laboratoire des Sciences de l’Environnement MarinUMR 6539 CNRS/UBO/IRD/IfremerCentre Bretagne29280 PlouzanéFrance

The N6-methylation of RNA adenosines(N6-methyladenosine,m^(6)A)is an important regulator of gene expression with critical implications in vertebrate and insect ***,the developmental significance of epitranscriptomes in lophotrochozoan organisms remains *** methylated RNA immunoprecipitation sequencing(MeRIP-seq),we generated transcriptome-wide m^(6)A-RNA methylomes covering the entire development of the oyster from oocytes to *** RNA classes display specific m^(6)A signatures,with messenger RNAs(mRNAs)and long non-coding RNAs(lncRNAs)exhibiting distinct profiles and being highly methylated compared to transposable element(TE)*** are dynamic and correspond to the chronological steps of development(cleavage,gastrulation,organogenesis,and metamorphosis),with minimal mRNA and lncRNA methylation at the morula stage followed by a global *** m^(6)A levels are correlated with transcript levels,and shifts in methylation profiles correspond to expression *** methylated transcripts cluster according to embryo-larval stages and bear the corresponding developmental functions(cell division,signal transduction,morphogenesis,and cell differentiation).The m^(6)A level of TE transcripts is also regulated and peaks during the *** demonstrate that m^(6)A-RNA methylomes are dynamic and associated with gene expression regulation during oyster *** putative epitranscriptome implication in the cleavage,maternal-to-zygotic transition,and cell differentiation in a lophotrochozoan model brings new insights into the control and evolution of developmental processes.

关键词： RNA methylation Transcription Embryo Metamorphosis Evo-devo

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