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Multi-environment BSA-seq using large F3 populations is able to achieve reliable QTL mapping with high power and resolution: An experimental demonstration in rice

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The Crop Journal 2024年第2期12卷 549-557页

作者： Yan Zheng Ei Ei Khine Khin Mar Thi Ei Ei Nyein Likun Huang lihui lin Xiaofang Xie Min Htay Wai lin Khin Than Oo Myat Myat Moe San San Aye Weiren Wu College of Life Sciences Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Fujian Provincial Key Laboratory of Crop Breeding by Design Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Key Laboratory of Genetics Breeding and Multiple Utilization of CropsMinistry of EducationFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002FujianChina Department of Botany Mawlamyine UniversityMon StateMawlamyineMyanmar Department of Botany Dagon UniversityNorth DagonYangonMyanmar

Bulked-segregant analysis by deep sequencing(BSA-seq) is a widely used method for mapping QTL(quantitative trait loci) due to its simplicity, speed, cost-effectiveness, and efficiency. However, the ability of BSA-seq to detect QTL is often limited by inappropriate experimental designs, as evidenced by numerous practical studies. Most BSA-seq studies have utilized small to medium-sized populations, with F2populations being the most common choice. Nevertheless, theoretical studies have shown that using a large population with an appropriate pool size can significantly enhance the power and resolution of QTL detection in BSA-seq, with F_(3)populations offering notable advantages over F2populations. To provide an experimental demonstration, we tested the power of BSA-seq to identify QTL controlling days from sowing to heading(DTH) in a 7200-plant rice F_(3)population in two environments, with a pool size of approximately 500. Each experiment identified 34 QTL, an order of magnitude greater than reported in most BSA-seq experiments, of which 23 were detected in both experiments, with 17 of these located near41 previously reported QTL and eight cloned genes known to control DTH in rice. These results indicate that QTL mapping by BSA-seq in large F_(3)populations and multi-environment experiments can achieve high power, resolution, and reliability.

关键词： BSA-seq QTL mapping Large F3 population Multi-environment experiment Cross-validation

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黑米新品种紫两优7206营养品质分析

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福建农业学报 2024年第2期39卷 147-153页

作者：陈凌华程祖锌许明黄荣华林荔辉福建农林大学金山学院福建福州350002 福建农林大学农学院/福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建福州350002

【目的】对新育成的黑米两系杂交稻紫两优7206进行营养品质分析,为黑稻良种选育及功能食品研发提供参考价值。【方法】以超级稻宜优673作对照,分析紫两优7206与宜优673的氨基酸、脂肪酸、花色苷和总黄酮等含量差异,以及总抗氧化能力与... 详细信息

【目的】对新育成的黑米两系杂交稻紫两优7206进行营养品质分析,为黑稻良种选育及功能食品研发提供参考价值。【方法】以超级稻宜优673作对照,分析紫两优7206与宜优673的氨基酸、脂肪酸、花色苷和总黄酮等含量差异,以及总抗氧化能力与清除自由基能力的差异。【结果】紫两优7206与宜优673在水分、灰分和脂肪含量方面无明显差异,均检测出17种氨基酸,8种脂肪酸。紫两优7206的必需氨基酸含量高于FAO提出的必需氨基酸模式,其蛋白质含量、总氨基酸与必需氨基酸含量分别比宜优673高7.33%、11.08%和9.71%。紫两优7206比宜优673具有较高的各呈味氨基酸TAV值,丰富了黑米食味品质。2种稻米的饱和脂肪酸(SFA)、单不饱和脂肪酸(MUFA)和多不饱和脂肪酸(PUFA)比值比较接近中国营养协会推荐的“<1∶1∶1”的比例,且均含有人体必需脂肪酸亚油酸与亚麻酸。紫两优7206的花色苷、总黄酮含量,以及总抗氧化能力与清除自由基能力均极显著优于宜优673。【结论】杂交配组选育的紫两优7206较宜优673具有更丰富的营养价值,对功能性黑稻的培育与食品研发具有一定参考价值。

关键词：黑米营养品质氨基酸脂肪酸花色苷

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Practical bioinformatics pipelines for single-cell RNA-seq data analysis

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Biophysics Reports 2022年第3期8卷 158-169页

作者： Jiangping He lihui lin Jiekai Chen Center for Cell lineage and Atlas (CCLA) Bioland Laboratory (Guangzhou Regenerative Medicine and Health Guangdong Laboratory) Key Laboratory of Regenerative Biology of the Chinese Academy of Sciences and Guangdong Provincial Key Laboratory of Stem Cell and Regenerative Medicine Guangzhou Institutes of Biomedicine and Health Chinese Academy of Sciences

Single-cell RNA sequencing(sc RNA-seq) is a revolutionary tool to explore cells. With an increasing number of sc RNA-seq data analysis tools that have been developed, it is challenging for users to choose and compare their performance. Here, we present an overview of the workflow for computational analysis of sc RNA-seq data. We detail the steps of a typical sc RNA-seq analysis, including experimental design, pre-processing and quality control, feature selection, dimensionality reduction, cell clustering and annotation, and downstream analysis including batch correction, trajectory inference and cell–cell communication. We provide guidelines according to our best practice. This review will be helpful for the experimentalists interested in analyzing their data, and will aid the users seeking to update their analysis pipelines.

关键词： Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) scRNA-seq analysis Practical bioinformatics pipeline

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Scorpion-inspired dual-bionic,microcrack-assisted wrinkle based laser induced graphene-silver strain sensor with high sensitivity and broad working range for wireless health monitoring system

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Nano Research 2023年第1期16卷 1228-1241页

作者： Wentao Wang Longsheng Lu Xiaoyu Lu Zhanbo Liang Honghao lin Zehong Li Xiaohua Wu lihui lin Yingxi Xie School of Mechanical&Automotive Engineering South China University of TechnologyGuangzhou 510641China

Scorpions,through ruthless survival of the fittest,evolve the unique ability to quickly locate and hunt prey with slit receptors near the leg joints and a sharp sting on the multi-freedom *** by this fantastic creature,we herein report a dual-bionic strategy to fabricate microcrack-assisted wrinkle strain sensor with both high sensitivity and ***,laserinduced graphene(LIG)is transferred from polyimide film to Ecoflex and then coated with silver paste using the casting-andpeeling and prestretch-and-release *** shape-adaptive and long-range ordered geometry(e.g.,amplitude and wavelength)of dual-bionic structure is prestrain-tuned to optimize the superfast response time(~76 ms),high sensitivity(gauge factor=223.6),broad working range(70%–100%),and good reliability(>800 cycles)of scorpion-inspired strain sensor,outperforming many LIG-based materials and other bionic *** alternate reconnect/disconnect behaviors of slit-organlike microcracks in the mechanical weak areas initiate tremendous resistance changes,whereas the scorpion-tail-like wrinkles act as a“bridge”connecting the adjacent LIG resistor units,enabling reversible resilience and unimpeded electrical linkages over a wide strain *** with the self-developed miniaturized,flexible,and all-in-one wireless transmission system,a variety of scenarios such as large body movements,tiny pulse,and heartbeat are real-time monitored via bluetooth and displayed in the client-sides,revealing a huge promise in future wearable electronics.

关键词： laser-induced graphene strain sensor scorpion dual-bionic microcrack-assisted wrinkle health monitoring system

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红米水稻抗氧化活性成分的遗传效应与环境互作

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中国水稻科学 2024年第1期38卷 25-32页

作者：程祖锌肖长春张玉婷黄昕颖史夏蕾凌波王泓超陈小玲林荔辉福建农林大学农学院/福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002 福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002 福建省(山区)作物遗传改良与创新利用重点实验室福建三明365500

【目的】剖析红米水稻总酚、总黄酮、原花青素和花色苷的遗传效应,为高营养价值红米杂交稻的培育提供参考。【方法】以8个红米恢复系为父本,6个不育系为母本,配制48个杂交组合为遗传材料,利用加性-显性遗传模型(AD模型)及统计方法,分析... 详细信息

【目的】剖析红米水稻总酚、总黄酮、原花青素和花色苷的遗传效应,为高营养价值红米杂交稻的培育提供参考。【方法】以8个红米恢复系为父本,6个不育系为母本,配制48个杂交组合为遗传材料,利用加性-显性遗传模型(AD模型)及统计方法,分析在不同环境下红米水稻抗氧化活性成分的遗传效应、杂种优势、遗传相关及其与环境互作。【结果】花色苷、原花青素、总酚和总黄酮主要受遗传主效应控制,其中原花青素、总酚和总黄酮总狭义遗传率高,以基因加性效应为主,低代选择有效;花色苷以显性效应为主,适宜中、高世代选择。这4种抗氧化活性成分的表型、遗传、加性、显性、加性×环境互作和显性×环境互作均呈正向相关,相关系数大;原花青素的基因型×环境互作效应小,稳定性好,以此为选择指标可有效提高其他3种成分,减轻工作量,提高育种效率。高温有利红米水稻杂种后代抗氧化活性成分的积累,提高群体杂种优势。此外,提高不育系抗氧化活性成分含量,有利于培育高抗氧化活性成分含量的杂交后代;恢复系18Rr174、18Rr175可有效提高后代总酚、总黄酮、原花青素含量,且受环境影响小。【结论】采用植物数量性状的加性-显性遗传模型,可有效预测亲本抗氧化活性成分的遗传效应,18Rr174、18Rr175在高抗氧化活性成分红米杂交稻的选育上具有较高应用价值。

关键词：红米水稻抗氧化成分遗传效应基因型×环境互作效应

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LncRNACRNDE、miR-4262、ZEB1在宫颈癌中的表达及与临床病理特征和预后的关系

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中国性科学 2024年第4期33卷 79-84页

作者：林丽慧闫志强任青曾思衡海南西部中心医院妇科海南儋州571700

目的探讨宫颈癌患者中长链非编码RNA(LncRNA)CRNDE、微小RNA(miRNA)-4262、锌指E盒结合同源盒1(ZEB1)表达水平变化及与临床病理特征、预后的关系。方法选取2018年6月至2019年6月海南西部中心医院收治的100例宫颈癌患者作为研究对象,通... 详细信息

目的探讨宫颈癌患者中长链非编码RNA(LncRNA)CRNDE、微小RNA(miRNA)-4262、锌指E盒结合同源盒1(ZEB1)表达水平变化及与临床病理特征、预后的关系。方法选取2018年6月至2019年6月海南西部中心医院收治的100例宫颈癌患者作为研究对象,通过实时荧光定量聚合酶链反应法检测宫颈癌组织与癌旁组织中LncRNA CRNDE、miR-4262、ZEB1 mRNA的表达。通过在线网站预测LncRNA CRNDE与miR-4262的结合位点,miR-4262与ZEB1的结合位点,分析三者表达的相关性及与临床病理特征的关系。根据宫颈癌组织中LncRNA CRNDE、miR-4262、ZEB1 mRNA表达分为高表达组、低表达组,采用Kaplan-Meier法绘制不同LncRNA CRNDE、miR-4262、ZEB1 mRNA表达宫颈癌患者的生存曲线。结果宫颈癌组织中LncRNA CRNDE、ZEB1 mRNA表达高于癌旁组织,miR-4262表达低于癌旁组织(t=13.198、25.123、11.843,P<0.01)。宫颈癌组织中LncRNA CRNDE与miR-4262表达呈负相关,与ZEB1 mRNA表达呈正相关,miR-4262与ZEB1 mRNA表达呈负相关(r=-0.654、0.701、-0.687,P<0.01)。LncRNA CRNDE、miR-4262、ZEB1 mRNA表达与国际妇产科联盟(FIGO)分期、淋巴结转移有关(P<0.05)。随访6~36个月,失访9例,死亡13例,100例宫颈癌患者3年累积生存率为86.93%。Kaplan-Meier生存曲线结果显示,LncRNA CRNDE高表达组、miR-4262低表达组及ZEB1 mRNA高表达组3年累积生存率均较低(Log-rankχ^(2)=3.899、4.132、3.891,P<0.05)。结论宫颈癌组织中LncRNA CRNDE、ZEB1 mRNA高表达,miR-4262低表达,三者表达变化与FIGO分期、淋巴结转移和预后有关。

关键词：宫颈癌长链非编码RNA CRNDE 微小RNA-4262 锌指E盒结合同源盒1 临床病理特征预后

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1例终末期直肠癌患者的安宁疗护实践

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甘肃医药 2024年第3期43卷 268-270页

作者：余蓉林丽惠黄志华刘晓珠厦门大学附属中山医院福建厦门361000

本文总结医护团队运用安宁疗护理念,采取舒适护理措施对1例直肠癌终末期患者及家属进行安宁疗护的实践经验。护理要点包括缓解不全性肠梗阻、疼痛、口腔黏膜炎、营养不良等症状,采用芳香疗法缓解恶心、呕吐、睡眠障碍、乏力等不适,制定... 详细信息

本文总结医护团队运用安宁疗护理念,采取舒适护理措施对1例直肠癌终末期患者及家属进行安宁疗护的实践经验。护理要点包括缓解不全性肠梗阻、疼痛、口腔黏膜炎、营养不良等症状,采用芳香疗法缓解恶心、呕吐、睡眠障碍、乏力等不适,制定实施预立医疗照护计划,协助患者及家属“四道人生”,完成可及愿望;做好家属哀伤辅导,最终实现患者和家属生死两相安。

关键词：直肠癌安宁疗护芳香疗法预立医疗照护计划哀伤辅导

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An mmWave Dual-Band Integrated Substrate Gap Waveguide Single Cavity Filter with Frequency Selectivity

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China Communications 2024年第1期21卷 188-199页

作者： Qiuhua lin Dongya Shen lihui Wang Zhiyong Luo School of Electronics and Communication Engineering Sun Yat-sen UniversityShenzhen 518107China School of Information Science and Engineering Yunnan UniversityKunming 650091China Pengcheng Laboratory Shenzhen 518107China Shenzhen Key Laboratory of Navigation and Communication Integration Shenzhen 518107China

A novel dual-band ISGW cavity filter with enhanced frequency selectivity is proposed in this paper by utilizing a multi-mode coupling *** cavity is designed to control the number of modes,and then the ports are determined by analyzing the coupling relationship between these selected *** synthesizing the coupling matrix of the filter,a nonresonating node(NRN)structure is introduced to flexibly tune the frequency of modes,which gets a dualband and quad-band filtering response from a tri-band filter no the ***,a frequency selective surface(FSS)has been newly designed as the upper surface of the cavity,which significantly improves the bad out-of-band suppression and frequency selectivity that often exists in most traditional cavity filter designs and *** results show that its two center frequencies are f01=27.50 GHz and f02=32.92GHz,*** with the dual-band filter that there is no the FSS metasurface,the out-of-band suppression level is improved from measured 5 dB to18 dB,and its finite transmission zero(FTZ)numbers is increased from measured 1 to 4 between the two designed *** with the tri-band and quadband filter,its passband bandwidth is expanded from measured 1.17%,1.14%,and 1.13% or 1.31%,1.50%,0.56%,and 0.57% to 1.71% and 1.87%.In addition,the filter has compact,small,and lightweight characteristics.

关键词： coupling topology frequency selectivity non-resonating node(NRN) out-of-band suppression single ISGW cavity filter

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优质抗病糯稻种质的性状鉴定及其杂种优势利用

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福建农业学报 2024年第4期39卷 398-408页

作者：张玉婷史夏蕾王泓超凌波梁莹莹陈小玲程祖锌肖长春林荔辉福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建福州350002 福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福建福州350002 三明市农业科学研究院/福建省(山区)作物遗传改良与创新利用重点实验室福建三明365051

【目的】为有效改良传统糯稻品种的产量、品质及抗性等综合性状,满足当前专用型糯稻市场的发展需求。【方法】采用不完全双列杂交(NC II)方法,构建亲本及20个杂种一代的遗传群体,评价糯稻亲本及杂交组合产量和品质性状的育种利用价值,... 详细信息

【目的】为有效改良传统糯稻品种的产量、品质及抗性等综合性状,满足当前专用型糯稻市场的发展需求。【方法】采用不完全双列杂交(NC II)方法,构建亲本及20个杂种一代的遗传群体,评价糯稻亲本及杂交组合产量和品质性状的育种利用价值,鉴定出高产、抗病、低直链淀粉含量、高碱消值的糯稻新种质。【结果】7个优良品系的实割产量变幅7744.35~9216.45 kg·hm^(-2),其中X-104实割产量最高,达9216.45 kg·hm^(-2),X-27实割产量达8960.40 kg·hm^(-2),明显优于3个对照;两个株系植株矮壮,且分别携带了Pi-1、Pi-kh和Pi-1、Pi-9、Pi-kh的稻瘟病抗性基因,表现为中抗稻瘟病;直链淀粉含量(amylose content,AC)分别为1.71%和1.68%;碱消值(alkali spreading value,ASV)达6.75级和6.13级,育种价值高。在杂种优势利用上,X-27除了株高性状一般配合力为正效应外,该株系有利提高杂种后代的产量与稻米品质。X-57降低后代的株高和AC,提高后代产量和ASV。X-104虽产量高,品质好,但不利于杂种优势利用。闽糯2S/X-41、闽糯2S/X-107杂交一代在产量、株高、AC及碱消值等性状上具有明显的超亲优势和竞争优势,在杂交糯稻上应用价值高。【结论】杂交糯稻的产量与品质均为复杂性状,其中有效穗数、穗长、千粒重、长宽比、单株产量、AC、ASV主要受糯稻恢复系的控制。各性状的广义遗传率(h2B)变幅14.72%~53.99%,狭义遗传率(h2N)变幅10.25%~43.07%,遗传率较低,易受环境影响。育种上需大量配组,方可培育出不同用途的专用型糯稻杂交稻。

关键词：糯稻直链淀粉含量稻瘟病抗性性状鉴定杂种优势

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光温敏两系不育系‘稆S’的选育与应用

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亚热带农业研究 2024年第1期20卷 9-14页

作者：陈小玲蒋云林钱子燕王泓超程祖锌林荔辉福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福建福州350002

[目的]选育优良的光温敏两系不育系,以提高其杂种后代的产量和品质。[方法]采用光温敏两系不育系‘RGD-7S’为母本与三系保持系‘中浙B’杂交,经5年9代的系谱法选育,育成不育性稳定、稻米品质优、异交特性好、株叶形态优良的光温敏两系... 详细信息

[目的]选育优良的光温敏两系不育系,以提高其杂种后代的产量和品质。[方法]采用光温敏两系不育系‘RGD-7S’为母本与三系保持系‘中浙B’杂交,经5年9代的系谱法选育,育成不育性稳定、稻米品质优、异交特性好、株叶形态优良的光温敏两系不育系‘稆S’,并分析了其主要特征特性及杂种优势。[结果]‘稆S’不育性稳定,育性转换临界温度<23℃,稳定不育期127 d左右。该不育系制种产量高,异交特性好,柱头外露率78.62%,其中双边外露率39.74%。采用‘稆S’配组的高产、优质两系杂交稻组合‘稆两优质美’先后通过了福建省和海南省农作物品种审定。[结论]光温敏两系不育系‘稆S’不育性稳定,育性转换临界温度低,稻米品质优,配合力强,应用前景广泛。

关键词：水稻光温敏两系不育系优质选育

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