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CShaperApp:Segmenting and analyzing cellular morphologies of the developing Caenorhabditis elegans embryo

Quantitative Biology 2024年第3期12卷 329-334页

作者： Jianfeng Cao lihan hu Guoye Guan Zelin Li Zhongying Zhao Chao Tang Hong Yan Department of Electrical Engineering City University of Hong KongHong KongChina Centre for Intelligent Multidimensional Data Analysis Limited Hong KongChina College of Computer and Information Hohai UniversityNanjingChina Center for Quantitative Biology Peking UniversityBeijingChina Department of Biology Hong Kong Baptist UniversityHong KongChina State Key Laboratory of Environmental and Biological Analysis Hong Kong Baptist UniversityHong KongChina Peking-Tsinghua Center for Life Sciences Peking UniversityBeijingChina School of Physics Peking UniversityBeijingChina

Caenorhabditis elegans has been widely used as a model organism in developmental biology due to its invariant *** this study,we developed a desktop software CShaperApp to segment fluorescence-labeled images of cell membranes and analyze cellular morphologies interactively during *** *** on the previously proposed framework CShaper,CShaperApp empowers biologists to automatically and efficiently extract quantitative cellular morphological data with either an existing deep learning model or a fine-tuned one adapted to their in-house *** results show that it takes about 30 min to process a three-dimensional time-lapse(4D)dataset,which consists of 150 image stacks at a~1.5-min interval and covers *** embryogenesis from the 4-cell to 350-cell *** robustness of CShaperApp is also validated with the datasets from different ***,modularized implementation increases the flexibility in multi-task applications and promotes its flexibility for future *** cell morphology over development has emerged as a focus of interest in developmental biology,CShaperApp is anticipated to pave the way for those studies by accelerating the high-throughput generation of systems-level quantitative data *** software can be freely downloaded from the website of Github(cao13jf/CShaperApp)and is executable on Windows,macOS,and Linux operating systems.

关键词： C.elegans embryogenesis cellular morphology cellular segmentation deep learning desktop software

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Transparency and reporting characteristics of randomized controlled trials with Chinese herbal medicine formulas interventions

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Frontiers of Medicine 2024年第4期18卷 757-761页

作者： Juan Wang Dongni Shi Yaochen Wang Xuanqi Zhang Han Li Xihong Wang Shufeng Luo lihan hu Jiashuai Deng Lin Zhang Chung Tai Lau Chung Wah Cheng Fei Han Ji Li Ping Wang Aiping Lyu Zhaoxiang Bian Xuan Zhang Institute for Research and Continuing Education Hong Kong Baptist UniversityShenzhen518057China Chinese EQUATOR Centre Hong Kong Baptist UniversityHKSAR999077China School of Traditional Chinese Medicine Tianjin University of Chinese MedicineTianjin301617China School of Chinese Medicine Beijing University of Chinese MedicineBeijing100105China School of Chinese Medicine Hong Kong Baptist UniversityHKSAR999077China Department of Pediatrics Guang’anmen HospitalChina Academy of Chinese Medical SciencesBeijing100053China Xiyuan Hospital China Academy of Chinese Medical SciencesBeijing100091China Centre for Chinese Herbal Medicine Drug Development Hong Kong Baptist UniversityHKSAR999077China

To enhance the clarity and transparency of reporting in trials involving Chineseherbal medicine(CHM)formulas,the CONSORT extension specifically tailored for CHM formulas(CONSORT-CHM Formulas 2017)was introduced in 2017[1].This statement,along with its corresponding checklist,outlines key elements essential for reporting in randomized controlled trials(RCTs)related tothe rationale,design,analysis,and interpretation of interventions using CHM *** CONSORT-CHM Formulas 2017 elaborated on 7 of 25 CONSORT checklist items,namely title,abstract and keywords,backgrounds and objectives,participants,interventions,outcomes,generalizability,and interpretation.

关键词： formulas statement rational

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文艺复兴艺术理论中“Difficultà”的多重阐释

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天津美术学院学报 2023年第1期 99-102页

作者：胡力涵广州美术学院艺术与人文学院

文艺复兴时期的艺术术语是艺术理论中较为普遍的论题,它根植于那时的人对艺术作品从视觉到概念等各方面意义的认知,这种认知因为勾连着受艺术影响的生活而广为流传。本文以艺术术语“difficultà”为中心,从文艺复兴时期的原始文献中摄... 详细信息

文艺复兴时期的艺术术语是艺术理论中较为普遍的论题,它根植于那时的人对艺术作品从视觉到概念等各方面意义的认知,这种认知因为勾连着受艺术影响的生活而广为流传。本文以艺术术语“difficultà”为中心,从文艺复兴时期的原始文献中摄取信息,按含义嬗变的过程,文章内容分为可识别的“技艺”、“优雅”之源、由思想主导的“装饰”等三个部分,逐一阐述与其有关的观念与文化,重构其概念体系。

关键词：艺术术语诗学修辞学米开朗琪罗

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长江浦口段江滩复绿对河道行洪能力的影响

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河海大学学报（自然科学版） 2021年第4期49卷 316-321页

作者：王玲玲姜兆宇韩建军胡礼涵河海大学水文水资源与水利工程科学国家重点实验室江苏南京210098 河海大学水利水电学院江苏南京210098

为分析长江浦口段江滩复绿工程对河道行洪的影响,基于MIKE21 FM建立工程区段二维水动力模型,采用Moghadam淹没植被明渠糙率公式模拟植被阻水作用,研究植被对滩面糙率的改变及对行洪阻力的影响。选取水位和流速为观测指标,分析复绿前后... 详细信息

为分析长江浦口段江滩复绿工程对河道行洪的影响,基于MIKE21 FM建立工程区段二维水动力模型,采用Moghadam淹没植被明渠糙率公式模拟植被阻水作用,研究植被对滩面糙率的改变及对行洪阻力的影响。选取水位和流速为观测指标,分析复绿前后滩地、主槽水面线变化和流速分布变化,研究不同流量条件下,植被带对行洪影响能力的影响。结果表明,江滩复绿后,河段上游水位壅高,滩地流速减小,主槽流速增大;滩面淹没水深小于临界水深(1.3 m)时,上游壅高随流量增大而增大;滩面淹没水深大于临界水深时,上游壅高随流量增大而减小。

关键词：环境整治江滩绿化行洪能力水位壅高长江浦口段

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调水期风场对淮河入江水道浅水湖泊水动力水质的影响研究

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河海大学学报（自然科学版） 2023年第3期51卷 31-37页

作者：饶贵康王玲玲徐津胡礼涵徐鹏程唐洪武河海大学水文水资源与水利工程科学国家重点实验室江苏南京210098 河海大学水利水电学院江苏南京210098

为研究调水期风场对淮河入江水道高邮湖、邵伯湖输水流场的影响,采用MIKE21 Flow Model建立研究区域的二维风生流数值模型,在盛行风场作用下分析两湖泊的水动力变化与水质更新规律。结果表明:风荷载作用下,高邮湖内形成了多个形态迥异... 详细信息

为研究调水期风场对淮河入江水道高邮湖、邵伯湖输水流场的影响,采用MIKE21 Flow Model建立研究区域的二维风生流数值模型,在盛行风场作用下分析两湖泊的水动力变化与水质更新规律。结果表明:风荷载作用下,高邮湖内形成了多个形态迥异的风生环流,环流的流向、形状与风场的风向密切相关;新民滩控制线的上下级湖面是风涌增减水作用显著的区域,风速越高水位变幅越大,该水位变幅可能导致高邮泵站设计扬程与调水动力不足;风场的剪切拖曳作用对湖区水体与长江水体的更新置换规律也有影响,顺风条件下湖区水体水质的更新速度与程度显著提高,而逆风条件下水体更新强度则明显下降。

关键词：南水北调浅水湖泊风生流风涌水水体置换

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表面应变重构的视觉识别方法

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哈尔滨工程大学学报 2024年第8期45卷 1590-1598页

作者：霍军周李高瑞胡清华张占葛葛利涵大连理工大学机械工程学院辽宁大连116024 中国航天员科研训练中心北京100094

针对全断面岩石隧道掘进机刀盘在恶劣工况下的应变监测,本文提出了一种表面应变重构的视觉识别方法。通过图像中圆形标距中心点之间像素点数量的变化,得到标距的实际变形,并在此基础上结合柯西-格林公式进行表面应力重构。本文以隧道掘... 详细信息

针对全断面岩石隧道掘进机刀盘在恶劣工况下的应变监测,本文提出了一种表面应变重构的视觉识别方法。通过图像中圆形标距中心点之间像素点数量的变化,得到标距的实际变形,并在此基础上结合柯西-格林公式进行表面应力重构。本文以隧道掘进机刀盘刀座和筋板2个关键位置为研究对象,设计了4330V和Q345-D共2种材料不同尺寸标准样件,搭建了基于视觉识别和基于应变片的2套测量系统,进行了拉伸载荷作用下的应变对比及样件表面应力重构。研究表明:本文基于视觉识别方法测得的2种材料标准件变形的误差范围为1.28%~3.23%,在此基础上,进行的材料表面应力重构的误差范围为2.20%~4.76%。本文方法可以实现变形的准确测量及实现多方向的应变和变形重构,为实现复杂结构的应变和变形测量奠定了坚实基础。

关键词：隧道掘进机刀盘图像识别相机标定畸变矫正轮廓识别变形测量应变测量应变重构

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生物有机肥对土壤镉形态及玉米镉积累的影响

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华中农业大学学报 2024年第5期43卷 126-131页

作者：陈礼瀚吕奇蔚张光正胡红青华中农业大学资源与环境学院武汉430070 河南省淅川县物华生物科技有限公司淅川474450

为探究生物有机肥治理镉污染土壤的可行性及对土壤重金属污染修复的效果,采集河南省淅川县2种镉污染土壤,分别设置6种施肥处理:CK(不施用任何物料)、NPK(常规施NPK肥)、NPK+0.5%OF(常规施肥+0.5%商品有机肥)、NPK+1%OF(NPK+1%商品有机肥... 详细信息

为探究生物有机肥治理镉污染土壤的可行性及对土壤重金属污染修复的效果,采集河南省淅川县2种镉污染土壤,分别设置6种施肥处理:CK(不施用任何物料)、NPK(常规施NPK肥)、NPK+0.5%OF(常规施肥+0.5%商品有机肥)、NPK+1%OF(NPK+1%商品有机肥)、NPK+0.5%BF(NPK+0.5%生物有机肥)和NPK+1%BF(NPK+1%生物有机肥),测定种植前后土壤全镉含量、土壤各化学形态镉、玉米植株根系及籽粒镉含量。结果显示,以添加1%生物有机肥的治理效果最佳,NPK+1%BF处理下2种土壤有效态镉含量相较于NPK+1%OF降幅分别为19.74%、7.09%;施用有机物料降低土壤弱酸提取态镉含量,提高残渣态镉含量,NPK+1.0%BF弱酸提取态镉含量相比CK下降11%、残渣态镉上升16%;施用有机物料各处理玉米植株根系、籽粒镉含量显著降低,以NPK+1.0%BF处理效果最佳,相比NPK处理,土壤Ⅰ的玉米根系、籽粒镉含量降幅达34.41%、31.59%。综上,在镉污染土壤中施用生物有机肥,可显著降低土壤有效态镉含量,促进土壤弱酸提取态镉向残渣态镉转化,降低镉危害;玉米根系及籽粒镉含量均显著下降,综合治理效果表现为生物有机肥优于商品有机肥。

关键词：镉生物有机肥白腐菌土壤镉形态镉污染土壤土壤重金属污染修复玉米

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Exploring Brain Age Calculation Models Available for Alzheimer's Disease

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Journal of Beijing Institute of Technology 2023年第2期32卷 181-187页

作者： lihan Wang Honghong Liu Weijia Liu Qunxi Dong Bin hu School of Computer Science Beijing Institute of TechnologyBeijing 100081China School of Medical Technology Beijing Institute of TechnologyBeijing 100081China

The advantages of structural magnetic resonance imaging(sMRI)-based multidimensional tensor morphological features in brain disease research are the high sensitivity and resolution of sMRI to comprehensively capture the key structural information and quantify the structural ***,its direct application to regression analysis of high-dimensional small-sample data for brain age prediction may cause“dimensional catastrophe”.Therefore,this paper develops a brain age prediction method for high-dimensional small-sample data based on sMRI multidimensional morphological features and constructs brain age gap estimation(BrainAGE)biomarkers to quantify abnormal aging of key subcortical structures by extracting subcortical structural features for brain age prediction,which can then establish statistical analysis models to help diagnose Alzheimer’s disease and monitor health conditions,intervening at the preclinical stage.

关键词： brain age gap estimation(BrainAGE) Alzheimer’s disease(AD) structural magnetic resonance imaging(sMRI)

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南水北调东线二期半专道输水方案对淮河入江水道行洪能力影响研究

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江苏水利 2023年第2期 14-18页

作者：饶贵康徐津王玲玲胡礼涵唐洪武水文水资源与水利工程科学国家重点实验室江苏南京210098 河海大学水利水电学院江苏南京210098

淮河入江水道是淮河下泄洪水的主要通道,承担来自淮河中上游约66%~79%的洪水,是淮河行洪的安全阀。为了研究南水北调东线二期半专道输水方案对淮海入江水道行洪的影响,建立北抵洪泽湖三河闸、南至长江三江营的一二维水动力数学模型,在... 详细信息

淮河入江水道是淮河下泄洪水的主要通道,承担来自淮河中上游约66%~79%的洪水,是淮河行洪的安全阀。为了研究南水北调东线二期半专道输水方案对淮海入江水道行洪的影响,建立北抵洪泽湖三河闸、南至长江三江营的一二维水动力数学模型,在设计洪水工况下分析工程方案对入江水道行洪的影响。结果表明:工程实施后,入江水道上段、下段行洪水位低于设计值;中段邵伯湖由于东侧修建隔堤侵占河道,行洪时部分区域水位有少量抬高,当对新民滩南部实施切滩补偿后,可有效消除其影响。

关键词：南水北调淮河入江水道半专道输水方案一二维耦合行洪

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男性不育患者精浆弹性蛋白酶水平与体外受精-胚胎移植结局的关系

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中国性科学 2024年第10期33卷 34-37页

作者：谢立汉胡丽琴张昭谢斯盛东莞市人民医院生殖医学科广东东莞523000 东莞市人民医院中医科广东东莞523000

目的分析男性不育患者精浆弹性蛋白酶(SPE)水平与体外受精-胚胎移植(IVF-ET)结局的关系。方法选取2020年6月至2022年12月东莞市人民医院收治的122例男性不育患者作为研究对象,根据IVF-ET治疗前患者SPE检测值分为异常组(n=40)和正常组(n=... 详细信息

目的分析男性不育患者精浆弹性蛋白酶(SPE)水平与体外受精-胚胎移植(IVF-ET)结局的关系。方法选取2020年6月至2022年12月东莞市人民医院收治的122例男性不育患者作为研究对象,根据IVF-ET治疗前患者SPE检测值分为异常组(n=40)和正常组(n=82)。比较两组常规精液参数和助孕结局,采用χ^(2)检验Phi系数分析SPE水平与IVF-ET结局的相关性,采用Pearson法分析SPE水平与精液白细胞浓度、精子DNA碎片率的相关性。结果异常组精液白细胞浓度、精子DNA碎片率、SPE水平均高于正常组,优质胚胎率、临床妊娠率均低于正常组(P<0.05)。男性不育患者SPE水平与优质胚胎率、临床妊娠率有关(P<0.05)。SPE水平与精液白细胞浓度、精子DNA碎片率呈正相关(P<0.05)。结论男性不育患者SPE水平与IVF-ET结局有关,且SPE异常高表达会降低优质胚胎率和临床妊娠率。

关键词：不育体外受精-胚胎移植精浆弹性蛋白酶优质胚胎率临床妊娠率

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