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Identification of transcription factor-miRNA-lncRNA feed-forward loops in breast cancer subtypes

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Identification of transcription factor-miRNA-lncRNA feed-for...

紫檀芪减轻小鼠缺血性脑损伤后神经细胞凋亡和氧化应激

中国生物工程学会第二届青年科技论坛暨首届青年工作委员会...

作者： Jiang leiming yu Xuexin 姜伟 College of Bioinformatics Science and Technology Harbin Medical University 哈尔滨医科大学

Breast cancer is the most widespread cancer among women. Previous studies have demonstrated that feed-forward loop(FFL) played important roles in tumors. However, the lncRNA-involved FFLs have not been explored very well. Understanding the characteristics of lncRNA-involved FFLs in breast cancer subtypes may be a key question with clinical implications. In this study, we firstly used ChIPBase and star Base to construct an integrated regulatory network with 118637 regulations, including 107 TFs, 1851 miRNAs and 5236 lncRNAs. Secondly, 8543 TF-miRNA-lncRNA FFLs were extracted from the network. Then, based on mRNA, miRNA, and lncRNA differential expression from TCGA and TANRIC, we identified 104, 85, 95, 276 dysregulated FFLs for luminal A, luminal B, HER2+ and basal-like breast cancer subtype, respectively. Through merging these FFLs for each subtype, we obtained four subtype-specific regulatory sub-networks. Next, we analyzed the characteristics of regulatory sub-networks of the four subtypes, we found that all of the four regulatory sub-networks were enriched in known breast cancer lncRNAs(p < 10-5), such as MALAT1, NEAT1, GAS5, XIST. Many of the known lncRNAs acted as hub nodes in sub-networks. The TF SP1, which involved in cell differentiation and cell growth, was shared by all the regulatory sub-networks. Furthermore, the lncRNAs in SP1-mediated FFLs were also presented across four subtypes. At last, we used CCLE and TANRIC data to evaluate the effect of the lncRNAs on drug resistance. We found that 17 lncRNAs’ expression associated with the chemoresponse of 28 drugs. For example, the up-regulated expression of MALAT1 might cause the resistance of TW-37, which is a small-molecule inhibitor of Bcl-2 and could inhibit the growth of breast cancer cells. In summary, this study might uncovered the dysregulated lncRNA-involved regulatory FFLs and revealed potential mechanisms of breast cancer subtypes.

关键词：

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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神经解剖学杂志 2022年第2期38卷 194-200页

作者：田士来康军林魏玉娥武志郑茂华火雷鸣兰州大学第一医院神经外科兰州730000 兰州大学第一医院护理部兰州730000

目的:探索紫檀芪(PTE)对小鼠缺血性脑损伤后凋亡及氧化应激的影响。方法:将雄性C57BL/6J小鼠分为4组,即假手术组(sham)、脑缺血再灌注损伤组(IR)、紫檀芪治疗组(PTE+IR)和ZnPP拮抗紫檀芪治疗组(PTE+ZnPP+IR),其中PTE的剂量为5 mg/kg,于... 详细信息

目的:探索紫檀芪(PTE)对小鼠缺血性脑损伤后凋亡及氧化应激的影响。方法:将雄性C57BL/6J小鼠分为4组,即假手术组(sham)、脑缺血再灌注损伤组(IR)、紫檀芪治疗组(PTE+IR)和ZnPP拮抗紫檀芪治疗组(PTE+ZnPP+IR),其中PTE的剂量为5 mg/kg,于建立模型(IR)前连续5 d每天腹腔给药1次,ZnPP以3 mg/kg的剂量于IR前30 min及IR后24 h分别腹腔给药1次;然后于缺血性脑损伤后48 h进行脑钠离子(Na^(+))含量测定;于缺血性脑损伤后6、24及48 h(IR6、IR24及IR48 h)使用TUNEL试剂盒检测细胞凋亡,Western Blot检测Bcl-2、Bax及HO-1蛋白的表达,OxyBlot蛋白氧化试剂盒检测羰基含量。结果:PTE可降低脑缺血再灌注损伤后小鼠缺血侧脑组织Na+含量、抑制脑细胞凋亡、降低Bax/Bcl-2的比值和上调HO-1的表达,同时PTE可减轻小鼠缺血侧脑组织的氧化应激反应,但是PTE的这些神经保护作用可被ZnPP逆转。结论:PTE在小鼠脑缺血再灌注损伤中具有明确的神经保护作用,其机制与抗氧化应激及抑制细胞凋亡有关。

关键词：紫檀芪脑缺血再灌注损伤凋亡氧化应激小鼠

海北高寒灌丛草甸(2003-2020年)与高寒矮生嵩草草甸(2002-2020年)生物量监测数据集

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中国科学数据:中英文网络版 2023年第3期8卷 94-105页

作者：李杰霞张法伟张雷明于贵瑞李英年中国科学院西北高原生物研究所高原生物适应与进化重点实验室西宁810008 中国科学院地理科学与资源研究所生态系统网络观测与模拟重点实验室北京100101

青藏高原是全球气候变化的热点区域和敏感区域,高寒灌丛和高寒矮生嵩草(Kobresia humilis)草甸是高寒草甸主要类型,对青藏高原乃至全球的高寒草甸生态系统的可持续发展有着重要的作用。生物量作为反映草地生态系统生产功能的直接指标,... 详细信息

青藏高原是全球气候变化的热点区域和敏感区域,高寒灌丛和高寒矮生嵩草(Kobresia humilis)草甸是高寒草甸主要类型,对青藏高原乃至全球的高寒草甸生态系统的可持续发展有着重要的作用。生物量作为反映草地生态系统生产功能的直接指标,是研究其生态系统功能及其他因素之间关系的有效途径。高寒灌丛与高寒矮生嵩草草甸生物量的准确测定和评估是科学认知青藏高原高寒草甸生态功能的关键之一。位于青海省海北州的高寒草地生态系统国家野外科学观测研究站(简称海北站),自2003年和2002年分别开展高寒金露梅(Potentilla fruticosa)灌丛与高寒矮生嵩草生态系统生物量的科学监测,已分别连续积累了17年、18年的原始数据。为准确掌握青藏高原乃至全球高寒灌丛和高寒矮生嵩草草甸生态系统的碳汇潜力及准确预测其生态系统对气候变化的长期响应等相关研究,现公开发表海北通量监测站区2003–2020年高寒灌丛、2002–2020年高寒矮生嵩草草甸相关生物量数据。本数据集包含金露梅灌丛草甸、高寒矮生嵩草草甸地上生物量和地下生物量,可为高寒草甸生态系统生物量时空动态的科学认知、遥感反演、模型验证提供地面观测数据,有助于高寒草甸健康可持续发展。

关键词：高寒草甸生物量高寒灌丛矮生嵩草青藏高原

基于VXI总线的飞机航姿设备综合测试诊断系统

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计算机测量与控制 2005年第7期13卷 630-631,644页

作者：庞湘萍余雷鸣空军第一航空学院河南信阳464000

为实现对飞机航姿系统的综合测试与故障快速诊断,采用VXI总线技术建立了飞机航姿设备综合测试系统,并设计了一个基于知识的故障诊断专家系统;对该系统的硬件和软件组成进行了介绍,对关键技术问题进行了分析并提出了解决办法;该测试诊断... 详细信息

为实现对飞机航姿系统的综合测试与故障快速诊断,采用VXI总线技术建立了飞机航姿设备综合测试系统,并设计了一个基于知识的故障诊断专家系统;对该系统的硬件和软件组成进行了介绍,对关键技术问题进行了分析并提出了解决办法;该测试诊断系统极大提高了航姿设备的维修与排故效率。

关键词：航姿设备 VXI总线故障诊断自动测试

实质性减税的效应分析:基于防范化解重大经济风险视角

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税务研究 2020年第4期 22-26页

作者：杨雷鸣朱波苏宇杨坦西南财经大学金融学院国家税务总局重庆市税务局稽查局四川大学经济学院

当前,我国正处于经济结构调整和发展阶段转换的关键时期,防范化解重大经济风险是基本要求,实质性减税是重要改革措施。通过分析我国面临的重大经济风险和实质性减税的主要内容,可以发现实质性减税具有良好的防范化解重大经济风险的效应... 详细信息

当前,我国正处于经济结构调整和发展阶段转换的关键时期,防范化解重大经济风险是基本要求,实质性减税是重要改革措施。通过分析我国面临的重大经济风险和实质性减税的主要内容,可以发现实质性减税具有良好的防范化解重大经济风险的效应。更好发挥实质性减税的效应,需要筑牢财政基础,打通激励循环,做好跟踪优化。

关键词：实质性减税重大经济风险减税效应

珠江口盆地西南部深水区S1构造油气储层预测与烃类检测

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地球物理学进展 2022年第1期37卷 450-459页

作者：吴其林房晓璐杜增利于俊峰王身建刘大伟孙雷鸣广东石油化工学院石油工程学院茂名525000 中国石化西北油田分公司勘探开发研究院乌鲁木齐830011 中海油服物探事业部特普公司湛江524057

储层预测与烃类检测是深海油气勘探决策的关键环节,关系到深海油气勘探部署.然而,受海上钻井稀疏(甚至没有钻井)、缺乏测井资料、3D地震资料等不利因素,深海油气储层预测与烃类检测面临极大的技术挑战.本文以南海珠江口盆地西南部深水... 详细信息

储层预测与烃类检测是深海油气勘探决策的关键环节,关系到深海油气勘探部署.然而,受海上钻井稀疏(甚至没有钻井)、缺乏测井资料、3D地震资料等不利因素,深海油气储层预测与烃类检测面临极大的技术挑战.本文以南海珠江口盆地西南部深水区S1构造研究为例,在研究区没有钻井、仅7条长63 km的二维地震测线的资料条件下,以邻区相似构造背景的荔湾凹陷LW-X井岩石物理分析入手,确定了波阻抗识别含气砂岩的可行性.同时,井-震AVO正演模拟确定了研究区AVO含气异常类型,即5%低含气时表现为第三类AVO异常,15%以上高含气时为第四类AVO异常,利用P·G与标量泊松比相结合识别含气砂岩.最终形成以叠后波阻抗反演与叠前AVO分析相互验证的方法组合,开展了深水无井区储层预测与烃类检测,预测结果表明S1构造具备大型气藏的勘探规模,为该区的下一步勘探部署提供了依据.

关键词：深水区珠海组波阻抗反演标量泊松比 AVO反演

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华北克拉通破坏区最新构造运动起始时间讨论

地球科学 2019年第5期44卷 1647-1660页

作者：徐锡伟白鸾曦魏雷鸣陈桂华于贵华中国地震局地壳应力研究所北京100085 中国地震局地质研究所活动构造与火山重点实验室北京100029

华北克拉通破坏区是历史破坏性地震频发区,震源机制解和地震地表破裂带等反映出历史地震的发震断层为新生走滑断层,很难用地壳的伸展构造系统来合理解释.首先对1679年三河-平谷M8.0级地震的大厂隐伏凹陷西边界夏垫断裂进行高分辨率地震... 详细信息

华北克拉通破坏区是历史破坏性地震频发区,震源机制解和地震地表破裂带等反映出历史地震的发震断层为新生走滑断层,很难用地壳的伸展构造系统来合理解释.首先对1679年三河-平谷M8.0级地震的大厂隐伏凹陷西边界夏垫断裂进行高分辨率地震勘探和上盘钻孔地层进行标定,然后在河套断陷盆地带大青山南麓晚更新世湖相地层中识别出2期角度不整合面(UC1和UC2),并进行了系统测年,综合近年来活动断层比例尺填图和城市活动断层探测成果,明确指出,在华北克拉通破坏区,代表新生代早期地壳伸展运动的铲形正断层的活动性在上新世至第四纪早期逐渐减弱,到晚更新世早期基本停止活动;晚更新世中期以来大青山构造运动为华北克拉通破坏区最新一期构造运动,主要表现为区域剪切应变条件下新生走滑断层形成和扩展,并伴随相关地震活动.最新构造运动的主要动力来源于青藏高原物质东向挤出,以及其对鄂尔多斯块体西南缘强烈东向推挤作用.这些新认识对深化华北克拉通破坏区地震发震机理研究,理解板内最新变形动力学,均具有十分重要的科学价值.

关键词：华北克拉通三河-平谷地震地震发震机理青藏高原鄂尔多斯块体构造地质

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新加坡高等职业技术教育经验及特色

继续教育研究 2022年第9期 79-83页

作者：傅雷鸣陈一飞於海明南京农业大学信息管理学院江苏南京210031 南京农业大学浦口校区管委会江苏南京210031 南京农业大学工学院江苏南京210031

完善的教育体系不仅可以帮助国家的经济得到发展,还可以提升本国的国际竞争能力。新加坡高等职业技术教育通过四十年的不断摸索和发展,现已基本形成完善的体系,该体系的建立结合了本国的基本国情,十分适合该国的长远发展,因此我国结合... 详细信息

完善的教育体系不仅可以帮助国家的经济得到发展,还可以提升本国的国际竞争能力。新加坡高等职业技术教育通过四十年的不断摸索和发展,现已基本形成完善的体系,该体系的建立结合了本国的基本国情,十分适合该国的长远发展,因此我国结合实际情况,对此进行了一定的研究。基于此,针对新加坡高等职业技术教育经验及特色进行了探讨。

关键词：新加坡高等职业技术教育经验特色

基于声音与视觉特征多级融合的鱼类行为识别模型U-FusionNet-ResNet50+SENet

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大连海洋大学学报 2023年第2期38卷 348-356页

作者：胥婧雯于红张鹏谷立帅李海清郑国伟程思奇殷雷明大连海洋大学信息工程学院辽宁省海洋信息技术重点实验室辽宁大连116023 设施渔业教育部重点实验室(大连海洋大学) 辽宁大连116023 大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023

为解决在光线昏暗、声音与视觉噪声干扰等复杂条件下,单模态鱼类行为识别准确率和召回率低的问题,提出了基于声音和视觉特征多级融合的鱼类行为识别模型U-FusionNet-ResNet50+SENet,该方法采用ResNet50模型提取视觉模态特征,通过MFCC+Re... 详细信息

为解决在光线昏暗、声音与视觉噪声干扰等复杂条件下,单模态鱼类行为识别准确率和召回率低的问题,提出了基于声音和视觉特征多级融合的鱼类行为识别模型U-FusionNet-ResNet50+SENet,该方法采用ResNet50模型提取视觉模态特征,通过MFCC+RestNet50模型提取声音模态特征,并在此基础上设计一种U型融合架构,使不同维度的鱼类视觉和声音特征充分交互,在特征提取的各阶段实现特征融合,最后引入SENet构成关注通道信息特征融合网络,并通过对比试验,采用多模态鱼类行为的合成加噪试验数据验证算法的有效性。结果表明:U-FusionNet-ResNet50+SENet对鱼类行为识别准确率达到93.71%,F1值达到93.43%,召回率达到92.56%,与效果较好的已有模型Intermediate-feature-level deep model相比,召回率、F1值和准确率分别提升了2.35%、3.45%和3.48%。研究表明,所提出的U-FusionNet-ResNet50+SENet识别方法,可有效解决单模态鱼类行为识别准确率低的问题,提升了鱼类行为识别的整体效果,可以有效识别复杂条件下鱼类的游泳、摄食等行为,为真实生产条件下的鱼类行为识别研究提供了新思路和新方法。

关键词：行为识别深度学习多模态融合 U-FusionNet ResNet50 SENet