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Identification and Genomic Characterization of Ralstonia pseudosolanacearum Strains Isolated from Pepino Melon in China

中国植物病理学会2023年学术年会

作者： LI Zhenggang TANG Yafei YU Lin lan guobing DING Shanwen SHE Xiaoman HE Zifu Guangdong Provincial Key Laboratory of High Technology for Plant Protection Plant Protection Research Institute Guangdong Academy of Agricultural Sciences

CGMMV is a typical seed-borne tobamovirus that mainly infects cucurbit *** to the rapid growth of international trade, CGMMV has spread worldwide and become a significant threat to cucurbit *** various studies focusing on the interaction between CGMMV and host plants,the molecular mechanism of CGMMV infection is still *** this study, we utilized transcriptome and metabolome analyses to investigate the anti-viral response of bottle gourd(Lagenaria siceraria) under CGMMV *** transcriptome analysis revealed that in comparison to mock-inoculated bottle gourd, 1929 differently expressed genes( DEGs) were identified in CGMMV-inoculated bottle *** them, 1397 genes were upregulated while 532 genes were *** pathway enrichment indicated that the DEGs were involved in metabolic, biosynthesis of secondary metabolites,plant hormone signal transduction, plant-pathogen interaction, and starch and sucrose metabolism *** metabolome result showed there were 76 differentially accumulated metabolites( DAMs), of which 69 metabolites were up-accumulated, and 7 metabolites were *** DAMs were clustered into several pathways, including biosynthesis of secondary metabolites, tyrosine metabolism, flavonoid biosynthesis, carbon metabolism, and plant hormone signal transduction *** the transcriptome and metabolome results, we further investigate the plant hormone signal transduction pathway, especially the jasmonic acids( JAs) *** with the mock treatment, the genes and metabolites involved in JAs synthesis pathway were induced upon CGMMV ***, most of the transcription factors( TFs) related with JAs signaling pathway were also ***, silencing of A OS gene, which is the key gene involved in JAs synthesis,reduced CGMMV *** findings suggest that JAs may facilitate CGMMV infection in bottle gourd.

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Identification and Genomic Characterization of Ralstonia pse...

我国46个棉花品种对木尔坦棉花曲叶病毒的抗性鉴定

中国植物病理学会2023年学术年会

作者： DING Shanwen YU Lin lan guobing TANG Yafei LI Zhenggang HE Zifu SHE Xiaoman Guangdong Provincial Key Laboratory of High Technology for Plant Protection Plant Protection Research Institute Guangdong Academy of Agricultural Sciences

The Ralstonia solanacearum species complex( RSSC) strains are severely destructive on a wide host range, and caused producing serious economic *** 2018, a bacterial wilt on pepino melon was observed in Huizhou city, Guangdong province, *** the pathogen of the pepino melon bacterial wilt and exploring its pathogenesis might be useful in developing control *** and biochemical, phylotyping, and pathogenicity were carried *** isolates of pepino melon were identified as Ralstonia pseudosolanacearum( *** phylotype I), race1, biovar 3.A strain RS24 has a genome of 6.10 Mb that consists of a 3 908 757 bp circular chromosome, a 2 077 399 bp circular megaplasmid and a 118 798 bp circular small plasmid with 5 217 protein-coding genes, 60 transfer RNAs, 5 non-coding RNAs, and 4 rRNAs(5 S, 16 S, and 23 S),and the G + C content of 66.69%.Functional annotation successfully classified 4 026 genes into 25 COG *** candidate CRISPRs, 77 genomic islands and 10 prophages were ***24 contained a small plasmid carrying type Ⅳ secretion system(T4 SS), and was different from GMI1000 in the number and type of T3 SS effectors and the gene encoding T6 *** genome sequencing and analysis of strain RS24 provided effective reference data for further study of the pathogenic mechanism and exploring the host specificity of *** was the first record of pepino melon bacterial wilt caused by ***.

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植物保护学报 2017年第4期44卷 601-608页

作者：汤亚飞何自福佘小漫蓝国兵广东省农业科学院植物保护研究所广东省植物保护新技术重点实验室广州510640

为明确我国主要棉花品种对木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl Multan virus,CLCuMuV)的抗性水平,采用烟粉虱田间自然传毒和CLCuMuV侵染性克隆人工接种方法分别对收集的46个棉花品种进行抗性鉴定。结果显示:46个棉花品种田间播种后90... 详细信息

为明确我国主要棉花品种对木尔坦棉花曲叶病毒(Cotton leaf curl Multan virus,CLCuMuV)的抗性水平,采用烟粉虱田间自然传毒和CLCuMuV侵染性克隆人工接种方法分别对收集的46个棉花品种进行抗性鉴定。结果显示:46个棉花品种田间播种后90 d,新海21号、新海31号、新37号及112-2号4个品种自然发病的病株率为41.70%~100.00%,病情指数为39.81~100.00;新陆早36号、新陆中52号、中棉35号、中棉43号、鲁棉研36号、金宏祥10号6个品种的病株率为8.30%~16.70%,病情指数为0.93~9.26;其余品种未见发病。46个棉花品种人工接种CLCuMuV后60 d,新海21号、新海31号、新海37号和112-2号4个品种的病情指数为75.00~100.00,表现为高感;新陆中66号和新陆早46号病情指数分别为20.83和20.37,表现为中感;新陆早62号等10个品种的病情指数为10.46~15.87,表现为中抗;新陆早47号等14个品种的病情指数为5.26~9.26,表现为抗病;豫棉15号等11个品种的病情指数为2.22~4.86,表现为高抗;新陆早13号、新陆早61号、新陆中32号、新陆中56号和中棉41号病情指数均为0,表现为免疫。

关键词：棉花品种木尔坦棉花曲叶病毒侵染性克隆农杆菌注射接种抗性鉴定

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侵染广东番茄的番茄褪绿病毒分子鉴定

植物保护 2017年第2期43卷 133-137页

作者：汤亚飞何自福佘小漫蓝国兵广东省农业科学院植物保护研究所广州510640 广东省植物保护新技术重点实验室广州510640

在广东番茄上发现一种新病害,病株表现为叶片褪绿,叶脉颜色变深及叶片增厚等症状。利用番茄褪绿病毒Tomato chlorosis virus(ToCV)HSP70基因的两对特异引物对番茄病样进行RT-PCR检测,结果表明,从所采集的6份病样中均扩增到预期大小的DN... 详细信息

在广东番茄上发现一种新病害,病株表现为叶片褪绿,叶脉颜色变深及叶片增厚等症状。利用番茄褪绿病毒Tomato chlorosis virus(ToCV)HSP70基因的两对特异引物对番茄病样进行RT-PCR检测,结果表明,从所采集的6份病样中均扩增到预期大小的DNA特异片段。对其中1份样品的扩增片段进行克隆与序列分析,结果表明,扩增片段包括1个长度为1 665个核苷酸的完整病毒基因,其核苷酸序列与已报道的ToCV HSP70基因有较高的同源性,表明广东番茄受到了ToCV的侵染。但ToCV广东番茄分离物的HSP70序列与国内外已报道的各分离物的同源性均低于82%,存在较大差异,其中与塞浦路斯tomato、约旦JU_20分离物的同源性最高,为81.8%。这是ToCV在广东发生的首次报道,也是该病毒HSP70基因序列存在显著差异分离物的首次发现。

关键词：番茄病毒病番茄褪绿病毒 HSP70基因

辣椒黄脉病毒RT-LAMP快速检测方法的建立

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植物保护 2016年第6期42卷 100-104页

作者：汤亚飞何自福佘小漫蓝国兵广东省农业科学院植物保护研究所广州510640 广东省植物保护新技术重点实验室广州510640

辣椒黄脉病毒(Pepper vein yellows virus,PeVYV)是影响世界辣椒生产的重要病毒,也是广东省辣椒上主要病原病毒之一。本研究根据PeVYV基因组P3蛋白基因序列设计了2对引物,建立了该病毒的反转录-环介导等温扩增(reverse transcription lo... 详细信息

辣椒黄脉病毒(Pepper vein yellows virus,PeVYV)是影响世界辣椒生产的重要病毒,也是广东省辣椒上主要病原病毒之一。本研究根据PeVYV基因组P3蛋白基因序列设计了2对引物,建立了该病毒的反转录-环介导等温扩增(reverse transcription loop mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测方法。该方法70min便可完成对PeVYV的检测,无需特殊的设备,灵敏度比普通RT-PCR高10倍,对田间疑似病样的检出结果与RT-PCR的结果一致。本研究建立的PeVYV RT-LAMP检测方法具有快速、灵敏和操作简便等优点,适合于对PeVYV病样快速、准确检测与鉴定。

关键词：辣椒黄脉病毒 RT-LAMP 快速检测

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广东省马铃薯块茎软腐病病原菌鉴定

植物保护学报 2019年第3期46卷 618-625页

作者：佘小漫汤亚飞蓝国兵于琳邓铭光何自福广东省农业科学院植物保护研究所广东省植物保护新技术重点实验室

为明确广东省惠州市马铃薯块茎软腐病的病原菌,采用常规病组织分离法获得4株菌株,通过生理生化特征和分子生物学特性对其进行鉴定,并测定了该病原菌对20个马铃薯品种的致病力。结果显示,该病原菌为革兰氏阳性菌,在LB平板上菌落有透明和... 详细信息

为明确广东省惠州市马铃薯块茎软腐病的病原菌,采用常规病组织分离法获得4株菌株,通过生理生化特征和分子生物学特性对其进行鉴定,并测定了该病原菌对20个马铃薯品种的致病力。结果显示,该病原菌为革兰氏阳性菌,在LB平板上菌落有透明和不透明2种形态;除葡萄糖发酵阳性、对链霉素和青霉素具有抗性等特征不同外,BP-hd-1、BP-hd-2、BP-hd-3和BP-hd-4菌株与短小芽胞杆菌Bacillus pumilus菌株的其它生理生化特征均相同。系统进化分析结果表明,4株菌株的16S rDNA序列分别与短小芽胞杆菌AI-Khrj18(KY123871)、ML270(KC692158)、NCTC10337(LT906438)和ARD21(KX023236)的相似性为100.0%;4株菌株的gyrB基因序列均与短小芽胞杆菌AUEC29菌株(HM585095)的gyrB基因相似性最高,为99.7%~99.8%。生理生化特征及分子生物学鉴定结果表明,引起广东省马铃薯块茎软腐病的病原菌为短小芽胞杆菌。致病力测定结果显示,接种菌株BP-1后20个马铃薯品种的发病率均为100.0%,表明该病原菌对马铃薯有强致病力。

关键词：马铃薯块茎软腐病短小芽胞杆菌鉴定致病力

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广东香葱炭疽病病原菌鉴定

园艺学报 2022年第1期49卷 129-140页

作者：于琳佘小漫汤亚飞蓝国兵李正刚何自福广东省农业科学院植物保护研究所广州510640 广东省植物保护新技术重点实验室广州510640

为明确广东香葱炭疽病的病原菌种类,在广东省香葱主要产区惠州市和韶关市采集香葱炭疽病疑似病株,分离、纯化病原菌;通过病原菌分生孢子悬液接种活体香葱植株和离体植株叶片,柯赫氏法则验证,明确病原菌的致病性;通过观察病原菌的形态特... 详细信息

为明确广东香葱炭疽病的病原菌种类,在广东省香葱主要产区惠州市和韶关市采集香葱炭疽病疑似病株,分离、纯化病原菌;通过病原菌分生孢子悬液接种活体香葱植株和离体植株叶片,柯赫氏法则验证,明确病原菌的致病性;通过观察病原菌的形态特征,结合其核糖体内转录间隔区(ITS)、肌动蛋白(ACT)、几丁质合成酶1 (CHS1)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和β微管蛋白(TUB2)基因部分序列的多基因分子系统学分析等方法,确定病原菌的分类地位。从病样中分离获得23个形态特征相似的单分生孢子分离物。致病性人工接种结果表明,供试菌株分生孢子在20和25℃下均可侵染香葱产生与田间相似的炭疽病症状,老叶较嫩叶更易感病。20℃在PDA培养基上,供试菌株菌落呈灰色,菌丝生长速度较快;25和28℃菌丝生长较慢,菌落呈花瓣状;后期在菌落表面形成橘红色分生孢子堆。分生孢子梗透明,顶端簇生分生孢子;分生孢子透明,单细胞,微弯,大小13.1~19.6μm×3.2~3.9μm。附着胞深棕色,形状不规则,大小11.7~25.5μm×5.0~14.3μm;刚毛深棕色至浅棕色,基部膨大,顶端尖或圆滑,长为44.5μm×106.4μm。这些形态特征与白蜡树刺盘孢(Colletotrichum spaethianum)基本一致。供试菌株的ITS、ACT、CHS1、GAPDH和TUB2基因序列与白蜡树刺盘孢模式菌株CBS167.49对应基因序列的一致性为99.46%~100%。系统发育树显示,该菌株与白蜡树刺盘孢的3个菌株单独聚成一支。明确了广东香葱炭疽病的病原菌为白蜡树刺盘孢,这是白蜡树刺盘孢侵染香葱引起香葱炭疽病的首次报道。

关键词：香葱炭疽病白蜡树刺盘孢病原鉴定

同方期刊数据库

假茄科雷尔氏菌菌株RSCM的全基因组测序及基因组比较分析

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植物保护学报 2023年第5期50卷 1137-1149页

作者：丁善文马紫君蓝国兵汤亚飞何自福佘小漫广东省农业科学院植物保护研究所广东省植物保护新技术重点实验室农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室广州510640

为丰富假茄科雷尔氏菌Ralstonia pseudosolanacearum基因组数据库并探索其致病机理,以前期从南瓜上分离的菌株RSCM为研究对象,采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术对其进行全基因组测序,利用SMRT Link、Arrow和eg... 详细信息

为丰富假茄科雷尔氏菌Ralstonia pseudosolanacearum基因组数据库并探索其致病机理,以前期从南瓜上分离的菌株RSCM为研究对象,采用第二代Illumina平台与第三代PacBio平台相结合的测序技术对其进行全基因组测序,利用SMRT Link、Arrow和eggNOG等软件对测序得到的原始数据进行组装、拼接和注释,并通过比较基因组方法分析其与菌株GMI1000的差异。结果表明,菌株RSCM基因组大小约为6000712 bp,由3788542 bp的环形染色体和2212170 bp的环形宏质粒组成,含有5047个编码基因,其中分别有3579、4240、3171个基因获得GO、COG和KEGG数据库的注释;在菌株RSCM基因组中预测到58个tRNA、4个5S rRNA、4个16S rRNA、4个23S r RNA和4个ncRNA,含有5个前噬菌体序列和35个基因组岛。ANI分析发现研究对象与菌株GMI1000的亲缘性最近,ANI值为99.0%;基因组对比分析结果显示,与菌株GMI1000相比,菌株RSCM中存在易位、倒置、易位兼倒置的基因有571个;缺失1个Ⅱ型分泌系统的基因簇Cluster-3;且包含RipS8、RipAL、RipAP、RipAT、RipBA、RipBE、RipBM和RS_T3E_Hyp14八个特有的Ⅲ型效应蛋白。对RipBA效应蛋白进行鉴定分析,发现其具有1个糖基化位点、3个蛋白激酶C磷酸化位点和2个豆蔻酰化位点;RT-qPCR检测发现,在菌株RSCM侵染寄主过程中RipBA基因显著上调表达。表明菌株RSCM与菌株GMI1000的基因组存在差异,推测其可能与假茄科雷尔氏菌的寄主适应性和致病性有关。

关键词：假茄科雷尔氏菌全基因组测序比较基因组分析特异基因

侵染萝卜的油菜花叶病毒广东分离物分子特征及其致病性分析

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中国农业科学 2022年第14期55卷 2752-2761页

作者：李正刚汤亚飞佘小漫于琳蓝国兵何自福广东省农业科学院植物保护研究所/广东省植物保护新技术重点实验室

【目的】病毒病是萝卜（Raphanus sativus）生产上的主要病害之一，严重危害萝卜生产安全及产业发展。本研究旨在鉴定侵染广东萝卜的病毒种类，探究侵染萝卜的油菜花叶病毒（youcai mosaic virus,YoMV）分子特征及致病性，为萝卜病毒病... 详细信息

【目的】病毒病是萝卜（Raphanus sativus）生产上的主要病害之一，严重危害萝卜生产安全及产业发展。本研究旨在鉴定侵染广东萝卜的病毒种类，探究侵染萝卜的油菜花叶病毒（youcai mosaic virus,YoMV）分子特征及致病性，为萝卜病毒病的防控提供科学依据。【方法】从广东省惠州市萝卜种植基地采集了3个疑似病毒病侵染的萝卜病样及1个无症状样品，提取样品总RNA，利用小RNA深度测序初步探明病毒种类，然后根据测序结果设计病毒特异引物进行RT-PCR验证。应用分段克隆方法扩增病原病毒YoMV基因组1—3 405 nt片段和3 194—6 304 nt片段，然后通过同源重组克隆到p CB301双元载体上，得到YoMV-GD分离物基因组全长序列，同时构建该病毒分离物的侵染性克隆。利用MEGA7软件对YoMV-GD及其他分离物全长核苷酸序列进行系统进化分析。通过侵染性克隆人工注射接种本生烟和普通烟，检验pCB301-YoMV-GD的侵染性，然后再注射接种萝卜和菜心，测定YoMV-GD分离物的致病性。【结果】侵染广东萝卜的病毒包含萝卜隐状病毒3(Raphanus sativus cryptic virus 3,RsCV3)、萝卜黄病毒1(Raphanus sativus chrysovirus 1,RasCV1)、芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus,TuMV）、YoMV 4种；YoMV-GD分离物全长序列为6 304 nt，编码4个蛋白，分别为124.7 kD复制相关蛋白、183 kD复制酶、30 kD运动蛋白MP、17.7 kD外壳蛋白CP，与YoMV英国分离物（GenBank登录号：AY318866）核苷酸相似性最高，为99.18%;YoMV-GD分离物与英国、德国及我国上海、重庆分离物的亲缘关系较近；构建的侵染性克隆pCB301-YoMV-GD可以系统侵染本生烟和普通烟，引起严重的坏死、枯斑等症状，具有较强的侵染性；YoMV-GD可以系统侵染萝卜和菜心，引起轻微的黄化和花叶等症状，致病力较弱。【结论】侵染广东萝卜的病毒包含RsCV3、RasCV1、TuMV和YoMV，且以复合侵染形式存在；YoMV遗传进化并没有明显的地域性；YoMV-GD对烟草致病力较强，而对萝卜和菜心致病力较弱。

关键词：萝卜病毒病油菜花叶病毒分子特征侵染性克隆致病性