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DPHL:A DIA Pan-human Protein Mass Spectrometry Library for Robust Biomarker Discovery

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2020年第2期18卷 104-119页

作者： Tiansheng Zhu Yi Zhu Yue Xuan Huanhuan Gao Xue Cai Sander R.Piersma Thang V.Pham Tim Schelfhorst Richard R.G.D.Haas Irene V.Bijnsdorp Rui Sun Liang Yue Guan Ruan Qiushi Zhang Mo Hu Yue Zhou Winan J.Van Houdt Tessa Y.S.Le Large Jacqueline Cloos Anna Wojtuszkiewicz Danijela Koppers-Lalic Franziska Bottger Chantal Scheepbouwer Ruud H.Brakenhoff Geert J.L.H.van Leenders Jan N.M.Ijzermans John W.M.Martens Renske D.M.Steenbergen Nicole C.Grieken Sathiyamoorthy Selvarajan Sangeeta Mantoo Sze S.Lee Serene J.Y.Yeow Syed M.F.Alkaff Nan Xiang Yaoting Sun Xiao Yi Shaozheng Dai Wei Liu Tian Lu Zhicheng Wu Xiao Liang Man Wang Yingkuan Shao Xi Zheng Kailun Xu Qin Yang Yifan Meng Cong Lu Jiang Zhu Jin'e Zheng Bo Wang Sai Lou Yibei Dai Chao Xu Chenhuan Yu Huazhong Ying Tony K.Lim Jianmin Wu Xiaofei Gao Zhongzhi luan Xiaodong Teng Peng Wu Shi'ang Huang Zhihua Tao Narayanan G.Iyer Shuigeng Zhou Wenguang Shao Henry Lam Ding Ma Jiafu Ji Oi L.Kon Shu Zheng Ruedi Aebersold Connie R.Jimenez Tiannan Guo Zhejiang Provincial Laboratory of Life sciences and Biomedicine Westlake UniversityHangzhou 310024China Key Laboratory of Structural Biology of Zhejiang Province School of Life SciencesWestlake UniversityHangzhou 310024China Institute of Basic Medical sciences Westlake Institute for Advanced StudyHangzhou 310024China school of Computer Science Shanghai Key Laboratory of Intelligent Information ProcessingFudan UniversityShanghai 200433China Thermo Fisher Scientific(BREMEN)GmbH Bremen 28195Germany OncoProteomics Laboratory Department of Medical OncologyVU University Medical CenterVU UniversityAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamUrologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Thermo Fisher Scientific Shanghai 201206China The Netherlands Cancer Institute Surgical OncologyAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamSurgeryCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamPediatric Oncology/HematologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamHematologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamMedical OncologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamNeurosurgeryCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamPathologyCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Amsterdam UMC Vrije Universiteit AmsterdamOtolaryngology/Head and Neck SurgeryCancer Center AmsterdamAmsterdam 1011The Netherlands Erasmus MC University Medical Center PathologyRotterdam 1016LVThe Netherlands Erasmus MC University Medical Center SurgeryRotterdam 1016LVThe Netherlands Erasmus MC University Medical Center Medical OncologyRotterdam 1016LVThe Netherlands Department of Anatomical Pathology Singapore General HospitalSingapore 169608Singapore Division of Medical Scie

To address the increasing need for detecting and validating protein biomarkers in clinical specimens,mass spectrometry(MS)-based targeted proteomic techniques,including the selected reaction monitoring(SRM),parallel reaction monitoring(PRM),and massively parallel dataindependent acquisition(DIA),have been *** optimal performance,they require the fragment ion spectra of targeted peptides as prior *** this report,we describe a MS pipeline and spectral resource to support targeted proteomics studies for human tissue *** build the spectral resource,we integrated common open-source MS computational tools to assemble a freely accessible computational workflow based on *** then applied the workflow to generate DPHL,a comprehensive DIA pan-human library,from 1096 data-dependent acquisition(DDA)MS raw files for 16 types of cancer *** extensive spectral resource was then applied to a proteomic study of 17 prostate cancer(PCa)***,PRM validation was applied to a larger study of 57 PCa patients and the differential expression of three proteins in prostate tumor was *** a second application,the DPHL spectral resource was applied to a study consisting of plasma samples from 19 diffuse large B cell lymphoma(DLBCL)patients and 18 healthy control *** expressed proteins between DLBCL patients and healthy control subjects were detected by DIA-MS and confirmed by *** data demonstrate that the DPHL supports DIA and PRM MS pipelines for robust protein biomarker *** is freely accessible at https://***/page/***?id=IPX00014.0000.

关键词： Data-independent acquisition Parallel reaction monitoring Spectral library Prostate cancer Diffuse large B cell lymphoma

超声联合载BDNF逆转录病毒微泡开放血脑屏障治疗阿尔茨海默病

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中华生物医学工程杂志 2021年第6期27卷 591-596页

作者：李冉王皓张凯李素敏范会军郭丽娟王永玲李娜娜吴宏伟魏茜茜董磊王峰新乡医学院第一附属医院超声科河南新乡453100 河南省荣军医院超声科河南新乡453003 新乡医学院生理学与病理生理学系河南新乡453003 新乡医学院基础医学院河南省医用组织再生重点实验室河南新乡453003 新乡医学院化学教研室河南新乡453003

目的制备载脑源性神经营养因子(BDNF)逆转录病毒超声微泡(MpLXSN-BDNF),探讨其联合超声开放血脑屏障对阿尔茨海默病(AD)模型大鼠的治疗作用。方法成年雄性SD大鼠3.只,随机分为4.:超声+载pLXSN-EGFP微泡组(U+MpLXSN-EGFP组)、超声+载pLX... 详细信息

目的制备载脑源性神经营养因子(BDNF)逆转录病毒超声微泡(MpLXSN-BDNF),探讨其联合超声开放血脑屏障对阿尔茨海默病(AD)模型大鼠的治疗作用。方法成年雄性SD大鼠3.只,随机分为4.:超声+载pLXSN-EGFP微泡组(U+MpLXSN-EGFP组)、超声+载pLXSN-BDNF微泡组(U+MpLXSN-BDNF组)、超声+微泡+pLXSN-BDNF病毒组(U+M+pLXSN-BDNF组)和对照组(normal组),每组8只。脑内注射β-淀粉样蛋白1-4.建立AD大鼠模型,U+MpLXSN-EGFP组、U+MpLXSN-BDNF组、U+M+pLXSN-BDNF组大鼠分别经尾静脉注射载pLXSN-EGFP的微泡、载pLXSN-BDNF的微泡、pLXSN-BDNF病毒和微泡;上述3.注射完成后采用磁共振引导的低频聚焦超声辐照大鼠左侧海马区开放血脑屏障,normal组不进行处理。处理前、处理1个月后,各组大鼠采用Morris水迷宫实验评价大鼠行为学改变。采用免疫组化法和高效液相色谱法检测大鼠海马组织乙酰胆碱转移酶(ChAT)阳性细胞数目及乙酰胆碱(ACh)含量。结果Morris水迷宫实验显示,与处理前比较,处理1个月后U+MpLXSN-BDNF组大鼠穿越平台次数明显增多(P3.处理前后穿越平台次数比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。免疫组化和高效液相色谱法检测显示,与U+MpLXSN-BDNF组比较,U+MpLXSN-EGFP组和U+M+pLXSN-BDNF组大鼠海马组织ChAT阳性神经元数目和Ach含量均明显减少(均P<0.05)。结论超声联合载BDNF病毒微泡可增加脑内神经细胞的转染效率,促进外源基因BDNF高表达,对AD模型大鼠起到治疗作用。

关键词：阳离子微泡阿尔茨海默病逆转录病毒脑源性神经营养因子

雪上项目运动员体形态、体成分特征及对策研究

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石家庄学院学报 2021年第3期23卷 108-114页

作者：魏亚茹栾涛张爽赵文艳王宏坤武俸羽叶海波李丽隋芳莉黄子钰黄贻聪朱美英哈尔滨体育学院运动人体科学学院黑龙江哈尔滨150008

采用文献资料法、测试法、数理统计法等对58名高水平雪上项目运动员(实验组)体形态、体成分、饮食状况及生活习惯等进行研究.结果显示:实验组与对照组均具有一定身高优势,身体匀称度较好.实验组男运动员体脂率显著低于对照组,实验组女... 详细信息

采用文献资料法、测试法、数理统计法等对58名高水平雪上项目运动员(实验组)体形态、体成分、饮食状况及生活习惯等进行研究.结果显示:实验组与对照组均具有一定身高优势,身体匀称度较好.实验组男运动员体脂率显著低于对照组,实验组女运动员体脂率显著高于对照组,与一般耐力性运动项目相比,实验组体脂率水平均稍高;实验组男运动员瘦体重、蛋白质、左右上肢肌肉、左右下肢肌肉含量显著高于对照组,实验组女运动员瘦体重、蛋白质、左右上肢肌肉、左右下肢肌肉含量低于对照组,差异不显著;实验组男、女运动员机体蛋白质含量均低于正常范围值,提高蛋白质含量有益于增加瘦体重,降低体脂率;实验组男运动员体内无机盐含量显著高于对照组,实验组女运动员体内无机盐含量显著低于对照组.建议持续关注雪上项目运动员的体形态、体成分状况,针对优势与不足不断调整其运动训练方式、生活习惯、膳食结构,使体成分特征更加符合雪上运动项目特点.

关键词：雪上运动员身体形态体成分

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基于反角白光中子源次级质子的探测器标定

物理学报 2021年第8期70卷 28-36页

作者：蒋伟江浩雨易晗樊瑞睿崔增琪孙康张国辉唐靖宇孙志嘉宁常军高可庆安琪白怀勇鲍杰鲍煜曹平陈昊磊陈琪萍陈永浩陈裕凯陈朕封常青顾旻皓韩长材韩子杰贺国珠何泳成洪杨黄翰雄黄蔚玲黄锡汝季筱璐吉旭阳姜智杰敬罕涛康玲康明涛李波李超李嘉雯李论李强李晓李样刘荣刘树彬刘星言栾广源穆奇丽齐斌斌任杰任智洲阮锡超宋朝晖宋英鹏孙虹孙晓阳谭志新唐洪庆唐新懿田斌斌王丽娇王鹏程王琦王涛峰王朝辉文杰温中伟吴青彪吴晓光吴煊解立坤羊奕伟于莉余滔于永积张林浩张奇玮张显鹏张玉亮张志永赵豫斌周路平周祖英朱丹阳朱科军朱鹏中国科学院高能物理研究所北京100049 散裂中子源科学中心东莞523803 北京大学物理学院核物理与核技术国家重点实验室北京100871 核探测与核电子学国家重点实验室中国科学院大学北京100049 中国科学技术大学近代物理系合肥230026 中国原子能科学研究院核数据重点实验室北京102413 中国工程物理研究院核物理与化学研究所绵阳621900 西北核技术研究院西安710024 中国科学技术大学工程与应用物理系合肥230026 北京航空航天大学物理学院北京100083

目前国内外的质子标定终端较少,且普遍为单能质子束流.基于中国散裂中子源的反角白光中子源的eV—200 MeV中子能量区间的白光中子束流,以及中子与氢的~1H(n, el)反应,可以获得宽能谱的能量连续次级质子.利用1 GSps采样率、12 bit的波形... 详细信息

目前国内外的质子标定终端较少,且普遍为单能质子束流.基于中国散裂中子源的反角白光中子源的eV—200 MeV中子能量区间的白光中子束流,以及中子与氢的~1H(n, el)反应,可以获得宽能谱的能量连续次级质子.利用1 GSps采样率、12 bit的波形数字化获取系统采集探测器输出波形信号,通过对波形信号的分析,得到中子及反冲质子的飞行时间,进而得到反冲质子的动能.利用该方法得到的质子,为探测器质子标定等研究提供了新的研究平台.在该研究平台已经开展了带电粒子望远镜的标定实验.研究了CsI (Tl)探测器不同的信号读出方式对望远镜的DE-E二维谱、幅度-质子动能二维谱等粒子鉴别方法得到的粒子鉴别的效果,得到了较优的探测器信号读出方案.该研究为带电粒子望远镜的建设提供了实验依据,也说明了基于反角白光中子源的宽能谱质子标定的可行性.

关键词：质子标定探测器 ~1H(n,el)反应反角白光中子源