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Development and validation of InDel markers for identification of QTL underlying flowering time in soybean

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The Crop Journal 2018年第2期6卷 126-135页

作者： Jialin Wang Lingping Kong Kanchao Yu Fengge Zhang Xinyi Shi Yanping Wang Haiyang Nan Xiaohui Zhao Sijia Lu Dong Cao Xiaoming Li Chao Fang Feifei Wang Tong Su shichen Li Xiaohui Yuan Baohui liu Fanjiang Kong The Key Laboratory of Soybean Molecular Design Breeding Northeast Institute of Geography and AgroecologyChinese Academy of SciencesHarbin 150081HeilongjiangChina School of Life Sciences Guangzhou UniversityGuangzhou 510006GuangdongChina Qiqihar Branch of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences Qiqihar 161006HeilongjiangChina Mudanjiang Branch of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences Mudanjiang 157041HeilongjiangChina University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China College of Agriculture Northeast Agricultural UniversityHarbin 150030HeilongjiangChina The Key Laboratory of Soybean Molecular Design Breeding Northeast Institute of Geography and AgroecologyChinese Academy of SciencesHarbin 150081HeilongjiangChina.

Soybean [Glycine max(L.) Merrill] is a major plant source of protein and oil. An accurate and well-saturated molecular linkage map is a prerequisite for forward genetic studies of gene function and for modern breeding for many useful agronomic traits. Next-generation sequence data available in public databases provides valuable information and offers new insights for rapid and efficient development of molecular markers. In this study, we attempted to show the feasibility and facility of using genomic resequencing data as raw material for identifying putative In Del markers. First, we identified 17,613 In Del sites among 56 soybean accessions and obtained 12,619 primer pairs. Second, we constructed a genetic map with a random subset of 2841 primer pairs and aligned 300 polymorphic markers with the 20 consensus linkage groups(LG). The total genetic distance was 2347.3 c M and the number of mapped markers per LG ranged from 10 to 23 with an average of 15 markers. The largest and smallest genetic distances between adjacent markers were 52.3 c M and 0.1 cM, respectively. Finally, we validated the genetic map constructed by newly developed In Del markers by QTL analysis of days to flowering(DTF) under different environments. One major QTL(qDTF4) and four minor QTL(qDTF20, qDTF13, qDTF12,and q DTF11) on 5 LGs were detected. These results demonstrate the utility of the In Del markers developed in this work for map-based cloning and molecular breeding in soybean.

关键词： Soybean Resequencing data InDel markers Genetic map QTL analysis

基于TSOA定位原理混合算法的掘进机位姿检测方法

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煤炭学报 2019年第4期44卷 1255-1264页

作者：刘超符世琛成龙刘丹沈阳吴淼中国矿业大学(北京)机电与信息工程学院北京100083

为实现掘进机的位姿检测,提出了一种面向掘进机的混合算法的位姿检测方法。基于超宽带(Ultra-wideband)测距和(Time Summation of Arrival,TSOA)定位原理,系统地推导了混合算法的计算过程,将间接法得到的定位点初始坐标代入Taylor级数... 详细信息

为实现掘进机的位姿检测,提出了一种面向掘进机的混合算法的位姿检测方法。基于超宽带(Ultra-wideband)测距和(Time Summation of Arrival,TSOA)定位原理,系统地推导了混合算法的计算过程,将间接法得到的定位点初始坐标代入Taylor级数展开法,循环迭代,通过混合算法得到了掘进机的坐标值,将坐标值代入姿态角解算公式得到了掘进机的姿态角。实际实验中需要其他测量方式的标定才可验证真值,且任何测量方式均有误差,因此基于MATLAB进行仿真分析研究规律。绘制了混合算法程序流程图,仿真对比了间接法和混合算法在15 m和90 m的定位点空间分布状态、三轴误差,以及2种算法在10～100 m的测量范围内定位点均方根误差和三轴均方根误差变化情况,分析了混合算法在15 m和90 m的姿态角精度,仿真结果表明:混合算法的定位性能优于间接法,精度高于间接法,姿态角误差可控制在0. 008°以下。搭建了掘进机位姿检测系统实验平台,在模拟巷道中进行了实验验证,完整地采集了UWB测距的相关数据,在MATLAB中通过曲线拟合绘制了误差随距离变化的曲线图,得到了误差随测量距离变化的规律,实验结果表明:在3～94 m测量范围内,X轴误差可控制在4 cm以内,Y轴误差可达到毫米级,Z轴误差随测量距离增大而增大。为实现综掘装备的自主导控提供了理论基础。

关键词：掘进机位姿检测混合算法 TSOA定位原理超宽带 Taylor级数展开精度分析

应力场对相分解过程影响的计算机模拟研究(II)——非对称成分及拐点以下的相分离模拟

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稀有金属材料与工程 2005年第8期34卷 1430-1434页

作者：陈大钦李世晨郑子樵刘祖耀李剑中南大学湖南长沙410083

采用扩散界面场模型对非对称成分点及拐点以下成分点同构两相分解过程中应力场(包括外场)对析出相的形态及动力学过程的影响作了比较系统的研究。模拟结果表明:对于各向异性系统在相分解过程中由于弹性应变能与界面能间的相互作用将会... 详细信息

采用扩散界面场模型对非对称成分点及拐点以下成分点同构两相分解过程中应力场(包括外场)对析出相的形态及动力学过程的影响作了比较系统的研究。模拟结果表明:对于各向异性系统在相分解过程中由于弹性应变能与界面能间的相互作用将会导致析出相在不同阶段呈现不同的形貌如网格结构、三明治多畴结构、沉淀宏观点阵结构以及板条状等;对于非均匀弹性模量系统在外加应力场作用下,沉淀相的析出过程发生重大的变化,粒子沿弹性软方向呈各向异性析出。此外,模拟结果还发现,在应力场(包括外加场情况)存在条件下,相析出的中前期长大过程中小粒子沿着弹性软方向相互联结成大粒子,在相变后期孤立的小粒子被大粒子的长大所消耗。

关键词：扩散界面场模型成核和生长应力位向效应计算机模拟

一种基于容器的Cisco IOS-XE系统入侵检测方法

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计算机科学 2023年第4期50卷 298-307页

作者：杨鹏飞蔡瑞杰郭世臣刘胜利数学工程与先进计算国家重点实验室郑州450001 战略支援部队信息工程大学郑州450001

IOS-XE网络操作系统被广泛地应用于Cisco核心路由交换节点中,其安全性非常重要。然而由于其设计时专注于数据的快速转发功能,缺少对自身的安全的防护,因而面临重大的风险。此外,现有的针对传统IOS系统的入侵检测方法移植到IOS-XE系统后... 详细信息

IOS-XE网络操作系统被广泛地应用于Cisco核心路由交换节点中,其安全性非常重要。然而由于其设计时专注于数据的快速转发功能,缺少对自身的安全的防护,因而面临重大的风险。此外,现有的针对传统IOS系统的入侵检测方法移植到IOS-XE系统后存在实时性差、检测结果不准确、检测覆盖面不全等问题。为了加强IOS-XE系统自身的安全,提出了一种基于容器的CiscoIOS-XE系统入侵检测方法,通过在路由器上部署检测容器,实时监控路由器状态变化和用户访问请求,解决了配置隐藏攻击检测、路由器https管控流量解密以及路由器状态实时监控等问题,实现了对IOS-XE系统入侵行为的实时检测。实验结果表明,所提方法可有效检测针对IOS-XE路由器的常见攻击行为,包括口令猜解、Web注入、CLI注入、配置隐藏和后门植入等,与已有的检测方法相比具有较高的实时性和准确性,有效提升了IOS-XE路由设备的防护能力。

关键词： Cisco IOS-XE 容器配置隐藏攻击命令注入入侵检测

面向片上传感量子级联激光器的研究进展(特邀)

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光子学报 2023年第10期52卷 101-115页

作者：周斌茹马钰张世晨刘峰奇陆全勇北京量子信息科学研究院量子材料与器件研究部北京100193 中国科学院物理研究所北京凝聚态物理国家实验室北京100190 中国科学院大学物理学院北京100049 中国科学院半导体研究所半导体材料科学重点实验室北京100083

作为一种新型半导体激光器,量子级联激光器因其独特的子带间跃迁机制,具有高速响应、高非线性、输出波长大范围可调等特点。近年来随着输出光功率和电光转化效率等性能指标的快速提升,量子级联激光器已成为中红外至太赫兹波段(波长约为3... 详细信息

作为一种新型半导体激光器,量子级联激光器因其独特的子带间跃迁机制,具有高速响应、高非线性、输出波长大范围可调等特点。近年来随着输出光功率和电光转化效率等性能指标的快速提升,量子级联激光器已成为中红外至太赫兹波段(波长约为3~300μm)的主流激光光源,在大气污染监控、气体检测、太赫兹成像、生物医疗以及空间光通信等领域具有重要科学意义和应用价值。本文阐释了量子级联激光器的发展历程以及工作原理;分别重点讨论了中红外量子级联激光器在高效率、大功率、波长可调谐以及片上传感的应用等方面的研究进展,并对基于中红外量子级联激光器差频太赫兹光源和光频梳的发展进行叙述,最后进行了简要总结与展望。

关键词：量子级联激光器片上传感光频梳太赫兹

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灵活编组的城市轨道交通列车运行模式研究

城市轨道交通研究 2023年第7期26卷 229-231,235页

作者：张庆刚张士臣刘鸿宇马力平中车唐山机车车辆有限公司唐山063035 河北机车技师学院唐山063035

目的:为解决目前城市轨道交通客流不均衡造成运营成本高的现状,提出了一种能够灵活编组的城市轨道交通列车运行模式。方法:通过对现有城市轨道交通现状的调研分析,分析现有车辆配置和扩大运量的方案和缺点,提出了相应解决方案。灵活编... 详细信息

目的:为解决目前城市轨道交通客流不均衡造成运营成本高的现状,提出了一种能够灵活编组的城市轨道交通列车运行模式。方法:通过对现有城市轨道交通现状的调研分析,分析现有车辆配置和扩大运量的方案和缺点,提出了相应解决方案。灵活编组是解决现状的有效办法,即高峰期采用大编组高频次、平常时段期采用小编组高频次,低客流量线路采用小编组;根据不同时段客流需求,大小编组混跑。灵活编组车辆推荐以2辆或3辆为基本编组,选择2+2重联或3+3重联。灵活编组类型分为场段内进行编组和正线车站进行编组2种。灵活编组的实现方式包括后车以低于3 km/h的速度撞击前车进行连挂和后车停在距前车300 mm处通过车钩伸缩进行连挂2种类型。结果及结论:该研究发现,如果要实现城市轨道交通车辆的灵活编组,还有待解决一些难题。例如:可伸缩车钩的精准伸缩连挂设计,该设计可以满足车辆在300 mm距离停靠后,2个头车车钩各自可自动伸出150 mm以完成连挂;信号系统如何对车辆进行精准控制而不发生意外碰撞等。

关键词：城市轨道交通列车灵活编组运行模式

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基于点云曲面重建的飞机壁板法向检测方法

激光杂志 2022年第10期43卷 45-50页

作者：赵世辰王红平王宇刘鑫张乂文长春理工大学机电一体化实验室长春130022

为保证飞机壁板装配孔的垂直度,提出了基于随机采样一致性(RANSAC)与移动最小二乘法(MLS)的法向量检测方法。通过改进MLS的残差函数,并采用双边加权的方式改进其权函数,提出双边加权式移动最小二乘法(BWMLS)。对比平面离散数据拟合算例... 详细信息

为保证飞机壁板装配孔的垂直度,提出了基于随机采样一致性(RANSAC)与移动最小二乘法(MLS)的法向量检测方法。通过改进MLS的残差函数,并采用双边加权的方式改进其权函数,提出双边加权式移动最小二乘法(BWMLS)。对比平面离散数据拟合算例及点云曲面重建的结果,验证了BWMLS方法在拟合精度、边缘特征保持等方面相比MLS更加优越。最后将3D相机获取的带RGB信息点云数据经改进RANSAC法分割两个十字激光标记的垂直平面,在各自平面内使用BWMLS拟合空间曲线,两条曲线在交点处切线的叉积即为所测法向量。实验表明该方法具有极强的鲁棒性,测量法向偏差小于0.16°,符合飞机铆孔的垂直度精度要求。

关键词：机器人制孔曲面法向测量移动最小二乘点云重建随机采样一致性

Multiplex CRISPR/Cas9-mediated knockout of soybean LNK2 advances flowering time

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The Crop Journal 2021年第4期9卷 767-776页

作者： Zhaobo Li Qun Cheng Zhuoran Gan Zhihong Hou Yuhang Zhang Yongli Li Haiyang Li Haiyang Nan Cen Yang Linnan Chen Sijia Lu Wenqian Shi Liyu Chen Yanping Wang Chao Fang Liping Kong Tong Su shichen Li Kun Kou Lingshuang Wang Fanjiang Kong Baohui liu Lidong Dong The Innovative Academy of Seed Design Key Laboratory of Soybean Molecular Design BreedingNortheast Institute of Geography and AgroecologyChinese Academy of SciencesHarbin 130102HeilongjiangChina University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100081China Innovation Center of Molecular Genetics and Evolution School of Life SciencesGuangzhou UniversityGuangzhou 510006GuangdongChina Agronomy College of Heilongjiang Bayi Agricultural University Daqing 163319HeilongjiangChina National Center for Soybean Improvement National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm EnhancementJiangsu Collaborative Innovation Center for Modern Crop ProductionNanjing Agricultural UniversityNanjing 210095JiangsuChina Mudanjiang Branch Heilongjiang Academy of Agricultural SciencesMudanjiang 157000HeilongjiangChina

Flowering time is an important agronomic trait for soybean yield and adaptation. However, the genetic basis of soybean adaptation to diverse latitudes is still not clear. Four NIGHT LIGHT-INDUCIBLE AND CLOCK-REGULATED 2(LNK2) homeologs of Arabidopsis thaliana LNK2 were identified in soybean. Three single-guide RNAs were designed for editing the four LNK2 genes. A transgene-free homozygous quadruple mutant of the LNK2 genes was developed using the CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)/Cas9(CRISPR-associated protein 9). Under long-day(LD) conditions, the quadruple mutant flowered significantly earlier than the wild-type(WT). Quantitative real-time PCR(q RT-PCR)revealed that transcript levels of LNK2 were significantly lower in the quadruple mutant than in the WT under LD conditions. LNK2 promoted the expression of the legume-specific E1 gene and repressed the expression of FT2 a. Genetic markers were developed to identify LNK2 mutants for soybean *** results indicate that CRISPR/Cas9-mediated targeted mutagenesis of four LNK2 genes shortens flowering time in soybean. Our findings identify novel components in flowering-time control in soybean and may be beneficial for further soybean breeding in high-latitude environments.

关键词： Soybean LNK2 CRISPR/Cas9 Genome editing Flowering time

山西省绵羊捻转血矛线虫的感染现状及遗传变异分析

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2023年第6期41卷 733-738页

作者：马志雅谢世臣贺渊惠高文伟刘卿朱兴全郑文斌山西农业大学动物医学学院太谷030801 云南农业大学动物医学院云南省高校兽医公共卫生重点实验室昆明650201

目的了解山西省绵羊捻转血矛线虫的感染现状及遗传变异情况。方法采集山西省晋北的山阴县、晋中的祁县和晋南的稷山县绵羊粪样,并提取粪样基因组DNA。利用捻转血矛线虫种特异性引物,扩增样品的核糖体内转录间隔区-2(ITS-2)部分序列,经... 详细信息

目的了解山西省绵羊捻转血矛线虫的感染现状及遗传变异情况。方法采集山西省晋北的山阴县、晋中的祁县和晋南的稷山县绵羊粪样,并提取粪样基因组DNA。利用捻转血矛线虫种特异性引物,扩增样品的核糖体内转录间隔区-2(ITS-2)部分序列,经凝胶电泳观察和DNA测序分析鉴定其种属,评估不同地区绵羊捻转血矛线虫的感染现状。取PCR阳性样品,采用扩增捻转血矛线虫ITS全长序列的保守引物,PCR扩增ITS全长序列并测序,在DNAMAN 9.0中与GenBank中已公开的捻转血矛线虫ITS-2和ITS全长序列进行比对,查找碱基变异位点。使用DNAstar 7.1软件计算捻转血矛线虫ITS序列的碱基含量,并对GenBank中已报道的不同地区、不同宿主来源的18条捻转血矛线虫ITS全长序列及本研究获得的2条ITS全长序列进行序列相似性分析,用最大似然法构建基于ITS全长序列的系统进化树,分析捻转血矛线虫的遗传变异情况。结果共采集401份绵羊粪样,其中69份粪样扩增出ITS-2片段(占17.2%);序列分析结果显示,获得的ITS-2部分序列与捻转血矛线虫(GenBank登录号OQ674251)的序列相似性为100%,故鉴定为捻转血矛线虫。其中山阴县、稷山县和祁县的绵羊捻转血矛线虫阳性率分别为47.4%(64/135)、3.0%(5/169)和0(0/97)。69份ITS-2阳性的粪样中,4份样品成功扩增出ITS全长序列,其存在两种基因型,且这两种基因型之间仅在ITS-1序列中226 bp处存在1个碱基差异。基于捻转血矛线虫ITS全长序列的序列相似性分析发现,两种基因型之间的变异率仅为0.1%;18条不同地区和不同宿主来源的捻转血矛线虫的序列间变异率为0~2.6%。系统进化树分析结果显示,本研究中鉴定的序列(GenBank登录号OP518297和OP518298)与来自美国(GenBank登录号EU086378)、老挝(GenBank登录号AB908961)和中国其他地区(GenBank登录号HQ844231)的序列处于同一分支上;捻转血矛线虫的群体遗传结构无明显的地理和宿主相关性。结论山西省调查地区的绵羊捻转血矛线虫感染率较高,捻转血矛线虫的遗传变异率较低,与其他地区、不同宿主来源的捻转血矛线虫之间无明显差异。

关键词：捻转血矛线虫内转录间隔区 PCR 系统进化树绵羊山西