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Structural variation during dog domestication: insights from gray wolf and dhole genomes

National Science Review 2019年第1期6卷 110-122页

作者： Guo-Dong Wang Xiu-Juan Shao Bing Bai junlong Wang Xiaobo Wang Xue Cao Yan-Hu liu Xuan Wang Ting-Ting Yin Shao-Jie Zhang Yan Lu Zechong Wang Lu Wang Wenming Zhao Bing Zhang Jue Ruan Ya-Ping Zhang Kunming College of Life Science University of Chinese Academy of Sciences Beijing Zoo Core Genomic Facility Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of Sciences Center for Excellence in Animal Evolution and Genetics Chinese Academy of Sciences Agricultural Genomics Institute Chinese Academy of Agricultural Sciences Medical Faculty Kunming University of Science and Technology Department of Pediatrics the First People's Hospital of Yunnan Province College of Pharmacology Soochow University Key Laboratory of Animal Models and Human Disease Mechanisms of the Chinese Academy of Sciences and Yunnan Province Kunming Institute of ZoologyChinese Academy of Sciences Department of Laboratory Animal Science Kunming Medical University Laboratory for Conservation and Utilization of Bio-Resources and Key Laboratory for Microbial Resources of the Ministry of Education Yunnan University

Several processes like phenotypic evolution, disease susceptibility and environmental adaptations, which fashion the domestication of animals, are largely attributable to structural variations(SVs) in the genome.Here, we present high-quality draft genomes of the gray wolf(Canis lupus) and dhole(Cuon alpinus) with scaffold N50 of 6.04 Mb and 3.96 Mb, respectively. Sequence alignment comprising genomes of three canid species reveals SVs specific to the dog, particularly 16 315 insertions, 2565 deletions, 443 repeats, 16 inversions and 15 translocations. Functional annotation of the dog SVs associated with genes indicates their enrichments in energy metabolisms, neurological processes and immune systems. Interestingly, we identify and verify at population level an insertion fully covering a copy of the AKR1 B1(Aldo-Keto Reductase Family 1 Member B) transcript. Transcriptome analysis reveals a high level of expression of the new AKR1 B1 copy in the small intestine and liver, implying an increase in de novo fatty acid synthesis and antioxidant ability in dog compared to gray wolf, likely in response to dietary shifts during the agricultural revolution. For the first time, we report a comprehensive analysis of the evolutionary dynamics of SVs during the domestication step of dogs. Our findings demonstrate that retroposition can birth new genes to facilitate domestication, and affirm the importance of large-scale genomic variants in domestication studies.

关键词： dog domestication genome assembly structural variation gray wolf dhole

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放射性物质活度及其运动速度对SPM报警数据影响

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核电子学与探测技术 2023年第4期43卷 831-838页

作者：杨长杰刘崎韩叶良谭俊龙国家核安保技术中心北京102401

采用线性自动化移动系统携带特殊核材料和放射性物质对基于谱分析的门式车辆放射性物质监测系统(SPM)进行了多种研究试验。通过对SPM采集到的γ计数率数据进行分析,得到了特殊核材料和放射性物质的活度及其运动速度与SPM的γ计数率之间... 详细信息

采用线性自动化移动系统携带特殊核材料和放射性物质对基于谱分析的门式车辆放射性物质监测系统(SPM)进行了多种研究试验。通过对SPM采集到的γ计数率数据进行分析,得到了特殊核材料和放射性物质的活度及其运动速度与SPM的γ计数率之间的关系,提出了一种改进SPM报警算法以提高报警准确率的方法。

关键词：门式车辆放射性物质监测系统特殊核材料放射性物质 γ计数率

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基于CEEMDAN-MFDE-HHO-SVM的机载燃油泵故障辨识

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机电工程 2023年第10期40卷 1616-1623页

作者：刘军龙俞凯耀张相春遵义师范学院资源与环境学院贵州遵义563006 浙江国际海运职业技术学院海洋装备工程学院浙江舟山316012 遵义师范学院生物与农业科技学院(食品科技学院) 贵州遵义563006

针对机载燃油泵振动信号的有效分量相互耦合、故障特征提取困难,进而导致故障识别准确率低的问题,提出了一种基于自适应噪声完备经验模态分解(CEEMDAN)、多尺度波动散布熵(MFDE)和哈里斯鹰算法(HHO)优化支持向量机(SVM)的机载燃油泵故... 详细信息

针对机载燃油泵振动信号的有效分量相互耦合、故障特征提取困难,进而导致故障识别准确率低的问题,提出了一种基于自适应噪声完备经验模态分解(CEEMDAN)、多尺度波动散布熵(MFDE)和哈里斯鹰算法(HHO)优化支持向量机(SVM)的机载燃油泵故障辨识方法(CEEMDAN-MFDE-HHO-SVM)。首先,采用CEEMDAN方法对机载燃油泵振动信号进行了自适应分解,生成了一组从低频到高频分布的本征模态函数(IMF),并选择包含冲击信息较多的IMF分量进行了信号重构,得到了噪声含量较低的信号;然后,采用MFDE方法计算了低噪信号的熵值,构造了表征样本故障属性的特征矩阵;最后,采用HHO算法对SVM的关键参数进行了优化,以构造基于HHO-SVM模型的多故障分类器,对机载燃油泵的故障进行了辨识;基于实测机载燃油泵故障数据集,将CEEMDAN-MFDE-HHO-SVM方法与其他组合方法进行了对比分析。研究结果表明:该故障辨识模型的故障分类准确率达到了100%,在信号处理、熵值特征提取和分类器方面都优于其他对比方法;该模型不仅具有更高的分类准确率,而且具有更优异的效率,后续可以将其推广到其他机械设备的故障辨识中。

关键词：泵故障识别准确率自适应噪声完备经验模态分解多尺度波动散布熵哈里斯鹰优化支持向量机

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Effect of Corona Treatment and Dielectric Separation on Seed Vigor of Hybrid Rice

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Agricultural Biotechnology 2018年第4期7卷 48-54页

作者： Jia PANG Hong liu Haiqing ZHANG Aimin liu Jiwai He Ye liu junlong liu Yixin ZHANG College of Agronomy Hunan Agricultural UniversityChangsha 410128China Hunan Longping Seed Co.Ltd. Changsha 410006China

[Objectives] The aim was to investigate the effects of corona field and dielectric separation on the seed vigor of hybrid rice.[Methods] The seeds of 6 hybrid rice varieties were processed with corona field, dielectric separation and corona field ＋ dielectric separation.[Results] When the field intensity was 200 km/m and the processing time was 4 min, the seed vigor was significantly increased. The seed vigor of Y Liangyou 9918 （2014） increased the most, and the germination potential and the germination rate increased by 17 and 12 percentage points respectively compared to the control. Corona field reduced seed conductivity, and for seedlings, it decreased their MDA content, increased proline content, improved peroxidase activity, and enhanced root activity. When the rotating speed of the drum was 30 r/min, the dielectric separation voltage of 4 500 V could achieve good separation effect, and the vitality of seeds at different grades was significantly different. Under the optimized corona field combined with optimized voltage processing of dielectric separation, the seed vigor at all grades from the separation was significantly higher than that of the dielectric separation processing alone. The combined separation processing separated no seeds with germination rate of higher than 80% from the hybrid rice seeds with germination rate of lower than 60%, yet it could effectively separate the seeds with germination rate of higher than 80% from the hybrid rice seeds with germination rate of 65%-70%. After the combined processing, the germination rates of separated Grade I seeds of Wangliangyou 6 （2015）, N Liangyouhuazhan （2015）, Wangliangyou 6 （2016） increased by 20, 15, 20 percentage points from the germination rates of the control, while the germination rates of N Liangyouhuazhan （2016） and Y Liangyou 9918 （2016）, which had the germination rates of higher than 80%, increased by 3 and 9 percentage points from the control, suggesting insignificant separation effect.[Conclusions] This study provided a new technical appr

关键词： Corona treatment Dielectric separation Hybrid rice Seed vigor

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老年人慢性纤维化肺曲霉病1例

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中华老年医学杂志 2023年第2期42卷 215-218页

作者：张豪赵振李俊龙刘承云华中科技大学同济医学院附属协和医院老年病科武汉430022 华中科技大学同济医学院附属协和医院神经外科武汉430022 华中科技大学同济医学院附属协和医院核医学科武汉430022

肺曲霉菌是一种机会致病性霉菌,发病后会出现过敏性疾病到浸润性疾病的不同临床表现,未经治疗的慢性肺曲霉病(CPA)常发展为慢性纤维化肺曲霉病(CFPA),进展到终末期会发展为复杂性慢性肺曲霉病(CCPA)伴发严重肺间质纤维化最终导致呼吸衰... 详细信息

肺曲霉菌是一种机会致病性霉菌,发病后会出现过敏性疾病到浸润性疾病的不同临床表现,未经治疗的慢性肺曲霉病(CPA)常发展为慢性纤维化肺曲霉病(CFPA),进展到终末期会发展为复杂性慢性肺曲霉病(CCPA)伴发严重肺间质纤维化最终导致呼吸衰竭而死亡。老年人感染率高,尤其是对于合并免疫系统损伤性疾病者,严重基础疾病、肺损伤和老年人免疫反应受损者,病情进展更快速易转为重症或者死亡。本文报道1例患者慢性纤维化肺曲霉菌病的发病过程、影像学特点和病原学结果,并对尼达尼布改善慢性纤维化肺曲霉病患者的肺功能进行分析,最终发现慢性纤维化肺曲霉菌病经过抗真菌、抗感染、抗纤维化等治疗后患者肺功能明显好转,尤其尼达尼布对于慢性纤维化肺曲霉菌患者肺功能有改善作用,对于老年患者真菌感染并发肺间质性病变的诊治提供一定的建议和启示。

关键词：肺纤维化曲霉菌病蛋白酪氨酸激酶类寡核苷酸序列分析

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能源地下结构研究及应用进展

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煤田地质与勘探 2022年第10期50卷 119-130页

作者：温继伟侯珺泷刘星宏曾现恩项天陈昊天石家庄铁道大学土木工程学院河北石家庄050043 成都理工大学环境与土木工程学院四川成都610059

能源地下结构是将热交换管埋设在建筑基础构件和地下结构物中,兼具承载及换热功能的结构形式,在有效节省宝贵且不可逆的地下空间资源的同时,还能充分利用非碳基的连续稳定、安全清洁的地热能资源,这比传统的地源热泵更具优势。系统总结... 详细信息

能源地下结构是将热交换管埋设在建筑基础构件和地下结构物中,兼具承载及换热功能的结构形式,在有效节省宝贵且不可逆的地下空间资源的同时,还能充分利用非碳基的连续稳定、安全清洁的地热能资源,这比传统的地源热泵更具优势。系统总结了能源地下结构的概念、优势、国内外研究及应用进展,重点阐述了能源隧道、能源桩(能源锚杆)、能源地下连续墙和能源综合管廊4种目前常见能源地下结构的现状。将地源热泵系统与煤矿巷道等矿区建设相结合,既能够对地热能资源进行综合利用,还可有效解决传统深部采矿掘进作业时的高温热害及寒区煤矿巷道的保温防冻难题,具有环保、低碳、节能、高效的显著优势,是实现绿色矿井建设及碳达峰碳中和目标的有效途径,可产生显著的经济效益、环境效益和社会效益。然而,现有能源地下结构的研究模型均有其适用性和局限性、研究结果与实际工况存在较大偏差、能源地下连续墙和能源综合管廊研究较少等是当前存在的主要问题,对于能源地下结构的研究工作应结合工程实际情况,并尽可能考虑所有因素对结构工程的影响,以期提升研究成果的精度和水平;此外,对煤矿巷道等矿区建设中运用能源地下结构的可行性和前景进行了探讨,在能源地下结构的基础上,进一步综合太阳能、风能等非碳基清洁能源构建复合能源利用系统也是值得尝试的思路;同时,还对能源地下结构在抗(减)震、抗爆和防火等方面的防灾减灾设计给出建议,可为能源地下结构及其在绿色矿井建设方面的研究、应用与发展提供参考。

关键词：能源地下结构地热能地源热泵绿色矿井节能减灾 “双碳”目标进展

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Ti及氢化物几何与电子结构的密度泛函理论研究

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稀有金属材料与工程 2010年第5期39卷 832-837页

作者：刘显坤刘颖郑州代君龙四川大学四川成都610065 中国工程物理研究院核物理与化学研究所四川绵阳621900

采用基于密度泛函理论(DFT)的总体能量平面波超软赝势方法,结合广义梯度近似(GGA),对hcp结构的Ti及Ti-H体系超原胞进行第一性原理计算,获得该体系结构的晶格常数、总体能量、能带结构、态密度以及Mulliken布居数等参数。结果表明:Ti晶... 详细信息

采用基于密度泛函理论(DFT)的总体能量平面波超软赝势方法,结合广义梯度近似(GGA),对hcp结构的Ti及Ti-H体系超原胞进行第一性原理计算,获得该体系结构的晶格常数、总体能量、能带结构、态密度以及Mulliken布居数等参数。结果表明:Ti晶胞中引入H原子后,晶体杂质形成能降低,晶胞体积发生膨胀,且随氢含量增加,晶胞晶格畸变程度越大,体积增加越明显;从能带结构、电子态密度分布及布居电荷变化可知,加入H后晶胞中储存H的八面体原子间大部分Ti-Ti键增强,费米面向低能方向移动,合金活性得到改善,发生转移的电子主要以TiP轨道电子为主。

关键词： Ti 氢化物晶体结构电子结构 DFT

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复合菌群强化修复石油-氯酚污染土壤

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石油学报(石油加工) 2023年第6期39卷 1412-1422页

作者：李婧于钧泷赵晓东左帅刘其友张秀霞中国石油大学(华东)化学化工学院山东青岛266580 石油石化污染物控制与处理国家重点实验室北京102206

为了解决石油烃和有机氯化合物复合污染问题,采用石油-有机氯复合菌群,以2,4-二氯苯酚为代表性有机氯化合物,开展石油-氯酚复合污染土壤生物修复实验,考察修复过程中污染物降解率、微生物总数、酶活性及群落结构变化。结果表明:添加石油... 详细信息

为了解决石油烃和有机氯化合物复合污染问题,采用石油-有机氯复合菌群,以2,4-二氯苯酚为代表性有机氯化合物,开展石油-氯酚复合污染土壤生物修复实验,考察修复过程中污染物降解率、微生物总数、酶活性及群落结构变化。结果表明:添加石油-有机氯复合菌群修复污染土壤130 d后,石油烃降解率达到77.68%,碳数27以下所有烃类峰强度均有降低,氯酚降解率达到100%。修复过程中土壤脱氢酶活性、细菌和真菌数量呈先上升后下降趋势,且三者与石油烃和氯酚降解率呈正相关,修复后土壤微生物Alpha多样性指数下降。利用高通量测序技术检测微生物群落结构。结果表明:菌群强化修复的土壤中厚壁菌门比例增加,放线菌门比例降低;添加复合菌群强化修复后土壤中芽孢杆菌属和苍白杆菌属为优势菌属。

关键词：复合菌群石油氯酚污染土壤生物修复群落结构降解率

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模拟胃肠消化过程中猴头菌多酚类物质及其抗氧化活性的变化规律

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菌物学报 2023年第5期42卷 1151-1162页

作者：郭杨昪杜笑刘畅常明昌孟俊龙邓冰刘靖宇山西农业大学食品科学与工程学院山西晋中030801 黄土高原食用菌山西省重点实验室山西晋中030801 山西省食用菌工程技术研究中心山西晋中030801

本研究采用体外模拟胃肠消化模型,分析了猴头菌子实体多酚类物质(polyphenol compounds from fruiting bodies of Hericium erinaceus,HEP)在模拟胃肠道消化(gastrointestinal digestion,GD)过程中总多酚和总黄酮的含量变化规律,并对其酚酸和黄酮类物质的释放量及其体外抗氧化活性进行了比较,采用H2O2诱导RAW 264.7细胞氧化损伤模型,研究了HEP及其胃与肠消化产物对细胞氧化损伤的保护作用。结果表明:经胃消化的猴头菌子实体多酚类物质产物(HEP-S)与HEP相比,其总多酚和总黄酮含量分别上升了11.66%和27.33%,DPPH、ABTS和·OH自由基清除能力分别升高了10.33%、17.52%和2.22%。肠消化产物(HEP-I)与HEP相比,总多酚和总黄酮分别降低了35.82%和46.67%,DPPH、ABTS和·OH自由基清除能力分别降低了60.02%、50.13%和46.43%。液质联用(UPLC-MS/MS)的检测结果显示,HEP、HEP-S和HEP-I均由18种酚酸和2种黄酮组分组成,且在HEP-S和HEP-I中均无新物质检出。但与HEP相比,HEP-S和HEP-I中酚酸和黄酮组分的具体含量会存在明显差异。与化学抗氧化结果不同的是,与HEP相比,HEP-S对H2O2诱导的RAW 264.7细胞氧化损伤的保护作用不显著(P<0.05),而HEP-I对RAW 264.7细胞氧化的保护作用显著升高。

关键词：猴头菌子实体多酚类物质体外模拟消化抗氧化

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四川盆地新场构造带深层须二段致密砂岩断褶裂缝体特征和地质模式

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石油勘探与开发 2023年第3期50卷 530-540页

作者：刘君龙刘忠群刘振峰刘雅利申宝剑肖开华毕有益王晓雯王爱范凌霄李吉通中国石油化工股份有限公司石油勘探开发研究院北京100083 中国石油化工股份有限公司西南油气分公司成都610081

针对四川盆地川西坳陷新场构造带上三叠统须家河组二段(简称须二段)储量动用率低、气藏甜点地质模式认识不清的问题,基于大量岩心、野外露头、分析化验和井震资料,精细解剖新场构造带须二段气藏,提出断褶裂缝体概念并划分其类型,分析裂... 详细信息

针对四川盆地川西坳陷新场构造带上三叠统须家河组二段(简称须二段)储量动用率低、气藏甜点地质模式认识不清的问题,基于大量岩心、野外露头、分析化验和井震资料,精细解剖新场构造带须二段气藏,提出断褶裂缝体概念并划分其类型,分析裂缝发育主控因素,建立断褶裂缝体地质模式。研究表明:(1)断褶裂缝体是指断裂、褶皱及其伴生的裂缝储集体;(2)根据裂缝体特征及成因,可进一步划分为断缝体、褶缝体和断褶体3种类型;(3)断裂上盘、越靠近断裂有效裂缝越发育,褶皱褶曲幅度越大、越靠近褶皱枢纽面有效裂缝越发育;(4)建立2类5型断褶裂缝体地质模式,分别为断褶裂缝类和基质储渗类,前者可分为网状缝型和单构造缝型,后者可分为层理缝型、低渗孔隙型和极低渗孔隙型。此外,建立断褶裂缝体有利区优选流程,提出有利开发目标,支撑井位部署获得高产,并可以为中国深层致密砂岩油气藏勘探开发提供借鉴。

关键词：断褶裂缝体裂缝控制因素成因特征地质模式深层致密砂岩新场构造带上三叠统须二段四川盆地

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