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Targeted gene sequencing and bioinformatics analysis of patients with gallbladder neuroendocrine carcinoma:A case report

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World Journal of Gastrointestinal Oncology 2025年第1期17卷 239-251页

作者： Yun-chuan Yang Zhi-Tao Chen Da-Long Wan Hui Tang Mu-lin Liu Department of Medical College Jinan UniversityGuangzhou 510000Guangdong ProvinceChina Department of General Surgery The First Affiliated Hospital of Bengbu Medical UniversityBengbu 233000Anhui ProvinceChina Department of Hepatobiliary Surgery Shulan(Hangzhou)Hospital Affiliated to Zhejiang Shuren University Shulan International Medical CollegeHangzhou 310022Zhejiang ProvinceChina Department of Hepatobiliary and Pancreatic Surgery The First Affiliated HospitalCollege of MedicineZhejiang UniversityHangzhou 310003Zhejiang ProvinceChina Department of Pathology The First Affiliated Hospital of Medical School of Zhejiang UniversityHangzhou 310000Zhejiang ProvinceChina

BACKGROUND Gallbladder neuroendocrine carcinoma(NEC)represents a subtype of gallbladder malignancies characterized by a low incidence,aggressive nature,and poor *** its clinical severity,the genetic alterations,mechanisms,and signaling pathways underlying gallbladder NEC remain *** SUMMARY This case study presents a rare instance of primary gallbladder NEC in a 73-year-old female patient,who underwent a radical cholecystectomy with hepatic hilar lymphadenectomy and resection of liver segments IV-B and *** gene sequencing and bioinformatics analysis tools,including STRING,GeneMANIA,Metascape,TRRUST,Sangerbox,cBioPortal and GSCA,were used to analyze the biological functions and features of mutated genes in gallbladder *** mutations(APC,ARID2,IFNA6,KEAP1,RB1,SMAD4,TP53,BTK,GATA1,GNAS,and PRDM3)were identified,and the tumor mutation burden was determined to be 9.52 muts/Mb via targeted gene sequencing.A protein-protein interaction network showed significant interactions among the twelve mutated *** Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analyses were used to assess mutation functions and *** results revealed 40 tumor-related pathways.A key regulatory factor for gallbladder NEC-related genes was identified,and its biological functions and features were compared with those of gallbladder *** Gallbladder NEC requires standardized *** with other gallbladder carcinomas revealed clinical phenotypes,molecular alterations,functional characteristics,and enriched pathways.

关键词： Gallbladder neuroendocrine carcinoma Targeted-gene sequencing Bioinformatics analysis case report Immunocytochemistry Case report

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水稻株型相关基因的定位与克隆研究进展

中国稻米 2014年第1期20卷 17-22,27页

作者：林泽川曹立勇中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室/国家水稻改良中心杭州310006

水稻株型相关性状包括分蘖数、分蘖夹角、株高及穗部性状。株型相关性状都是重要的农艺性状,是水稻产量因素的重要组成部分。株型形成涉及到一系列基因的表达和表达产物行使功能,因此对这些基因的挖掘和功能分析具有重要意义。目前,虽... 详细信息

水稻株型相关性状包括分蘖数、分蘖夹角、株高及穗部性状。株型相关性状都是重要的农艺性状,是水稻产量因素的重要组成部分。株型形成涉及到一系列基因的表达和表达产物行使功能,因此对这些基因的挖掘和功能分析具有重要意义。目前,虽尚未完全了解控制株型相关性状的基因及其功能,但也已取得了日新月异的进展。本文针对各个株型相关性状,综述了已鉴定的基因及其功能特点,以为分子育种运用及进一步遗传生理研究作理论基础。

关键词：水稻株型株高分蘖穗部性状

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水稻籽粒灌浆充实研究进展

西南农业学报 2013年第3期26卷 1286-1290页

作者：杨占烈林泽川戴高兴曹立勇中国水稻研究所/国家水稻改良中心浙江杭州310006 贵州省水稻研究所贵州贵阳550006 广西农业科学院水稻研究所广西南宁530007

为加强水稻籽粒灌浆过程中糖类代谢途径生理因子和遗传因子的研究,更好了解灌浆充实内在信息,以促进水稻高产优质品种的选育及相应栽培措施的制定。对水稻籽粒灌浆充实特性、影响灌浆充实的生理因素、相关酶活性和同化物转运基因研究以... 详细信息

为加强水稻籽粒灌浆过程中糖类代谢途径生理因子和遗传因子的研究,更好了解灌浆充实内在信息,以促进水稻高产优质品种的选育及相应栽培措施的制定。对水稻籽粒灌浆充实特性、影响灌浆充实的生理因素、相关酶活性和同化物转运基因研究以及相关籽粒灌浆充实QTL定位等进行综述,并对水稻籽粒灌浆充实研究方向进行展望,提出分子水平上解析灌浆相关性状的遗传机制的可能性。

关键词：水稻灌浆充实酶基因 QTL定位

不同施氮水平下水稻株高与抽穗期的QTL比较分析

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作物学报 2011年第9期37卷 1525-1532页

作者：冯跃翟荣荣曹立勇林泽川魏兴华程式华中国水稻研究所/国家水稻改良中心/国家水稻生物学重点实验室浙江杭州310006

利用超级杂交稻协优9308(协青早B×中恢9308)衍生的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体及其分子连锁图谱,应用Windows QTL Cartographer2.5对施氮和不施氮条件下水稻株高(PH)和抽穗期(HD)进行了QTL分析。在2种氮水平下检测到... 详细信息

利用超级杂交稻协优9308(协青早B×中恢9308)衍生的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体及其分子连锁图谱,应用Windows QTL Cartographer2.5对施氮和不施氮条件下水稻株高(PH)和抽穗期(HD)进行了QTL分析。在2种氮水平下检测到9个株高QTL和8个抽穗期QTL,检测到4个影响2种环境下株高和抽穗期差值的QTL,单个QTL可解释的表型变异介于5.68%～18.40%之间;在第7染色体上RM5436附近和第8染色上RM5556～RM310区间检测到同时控制2种氮水平下株高和抽穗期的QTL,各位点的遗传效应贡献率较大,增效等位基因均来源于R9308,适用于分子标记辅助育种和聚合育种。在第2染色体上RM5916～RM166区间和第8染色体上RM2366～RM5767区间分别检测到1个影响2种氮水平下抽穗期差值和1个株高差值的QTL可能对水稻的氮素高效利用有直接贡献。

关键词：水稻氮水平株高抽穗期 QTL分析

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不同供氮水平下水稻产量性状的QTL分析

中国水稻科学 2013年第6期27卷 577-584页

作者：冯跃翟荣荣林泽川曹立勇魏兴华程式华中国水稻研究所国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室杭州310006

利用超级稻协优9308（协青早B×中恢9308）衍生的重组自交系（recombinantinbredline，RIL）群体及其遗传连锁图谱，应用WindowsQTLCartographer2．5对施氮和不施氮条件下水稻产量性状进行了QTL分析。共检测到52个控制水稻产量性状的QT... 详细信息

利用超级稻协优9308（协青早B×中恢9308）衍生的重组自交系（recombinantinbredline，RIL）群体及其遗传连锁图谱，应用WindowsQTLCartographer2．5对施氮和不施氮条件下水稻产量性状进行了QTL分析。共检测到52个控制水稻产量性状的QTL，分布于9条染色体上的27个染色体区域，单个QTL可解释的表型变异介于4．93％～26．73％之间。2种施氮水平下检测到11个相同的产量性状QTL和30个差异表达的产量性状QTL，表明不同施氮水平下水稻产量性状的遗传机制不同。在第3染色体上RM135-RM168区间检测到的同时控制2种氮素水平下单株穗数、每穗颖花数、每穗实粒数和低氮水平下穗着粒密度的QTL和在第8染色体上RM5556-RM310区间检测到的同时控制2种氮素水平下每穗颖花数、每穗实粒数和低氮水平下单株穗数、穗着粒密度的QTL。上述QTL与已报道的水稻氮循环相关QTL位置相近。

关键词：水稻氮肥产量性状数量性状基因座

多环境条件下超级杂交稻协优9308重组自交系群体粒形性状的QTL分析

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中国水稻科学 2013年第5期27卷 482-490页

作者：杨占烈戴高兴翟荣荣林泽川王会民曹立勇程式华中国水稻研究所国家水稻改良中心杭州310006 贵州省水稻研究所贵阳550006 广西农业科学院水稻研究所南宁530007 沈阳农业大学农学院沈阳450002

利用超级杂交稻协优9308的重组自交系群体及建立的遗传连锁图谱，在3个环境条件下对粒长（GL）、粒宽（GW）、粒厚（GT）、籽粒体积（GV）和籽粒长宽比（GI。WR）等5个粒形性状的数量性状基因座（QTL）进行定位分析。结果表明，3个环境... 详细信息

利用超级杂交稻协优9308的重组自交系群体及建立的遗传连锁图谱，在3个环境条件下对粒长（GL）、粒宽（GW）、粒厚（GT）、籽粒体积（GV）和籽粒长宽比（GI。WR）等5个粒形性状的数量性状基因座（QTL）进行定位分析。结果表明，3个环境下共检测到26个QTL，分布在第1、2、3、4、6、7、8、10、11和12染色体上，其中粒长相关QTI。4个，贡献率为3．98％～54．58％；粒宽相关QTI．4个，贡献率为6．98％～9．88％；粒厚相关QTL8个，贡献率为4．91％～11．92％；籽粒体积相关QTI。5个，贡献率为5．07％～22．35％；籽粒长宽比相关QTL5个，贡献率为5．17％～47．81％。6个QTI。在两个以上环境被检测到，其中qGL3．1、qGW3．2、qGV3．1和qGLWR3．j在3个环境中同时被检测到，说明这4个QTI．受环境影响较小，能稳定表达。第3染色体RM6283一RM7370区间同时稳定检测到控制粒长、粒厚、体积和长宽比等4个性状的QTL。存在一因多效性。共检测到包括粒宽、粒厚和籽粒体积3个性状的5对加性×加性上位性互作qTL，但贡献率都较小，介于1．08％～***％。联合检测发现，粒形性状qTI，与环境存在互作，但单个QTL与环境互作效应低，对表型变异的贡献率都较小，说明粒形性状遗传比较稳定。

关键词：水稻粒形性状多环境数量性状基因座

Numerical investigation on the startup performance of high-temperature heat pipes for heat pipe cooled reactor application

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Nuclear Science and Techniques 2021年第10期32卷 143-155页

作者： Yu-chuan Guo Zi-lin Su ze-Guang Li Kan Wang Department of Engineering Physics Tsinghua UniversityBeijing 100084China

A suitable model for high-temperature heat pipe startup is a prerequisite to realizing the numerical simula-tion for the heat pipe cooled reactor startup from the cold *** is required that this model not only describes the transient behavior during the startup period,but also reduces the computing resources of the heat pipe cooled reactor simulation in the simplest *** this study,a simplified model that integrates the two-zone and network models is *** this model,vapor flow in the vapor space,evaporation,and condensation in the vapor–liquid interface are decoupled with heat conduction to achieve a fast calculation of the transient characteristics of the heat *** experimental system for a high-temperature heat pipe was developed to validate the proposed model.A potassium heat pipe was utilized as the experimental *** experiments were performed with differ-ent heating *** with the experimental results,the accuracy of the proposed model was ***,the proposed model can predict the vapor flow,pressure drop,and temperature drop in the vapor *** indicated by the analysis results,the essential requirements for successful startup are also *** heat pipe cannot achieve a successful startup until the heating power satisfies these *** the discussions indicate the capability of the proposed model for the simulation of a high-temperature heat pipe startup from the frozen state;hence,can act as a basic tool for the heat pipe cooled reactor simulation.

关键词： High-temperature heat pipe Startup Two-zone model Network model

利用大粒籼/小粒粳重组自交系定位水稻生育期及产量相关性状QTL

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中国水稻科学 2014年第6期28卷 570-580页

作者：占小登于萍林泽川陈代波沈希宏张迎信付君林程式华曹立勇中国水稻研究所国家水稻改良中心/浙江省超级稻研究重点实验室杭州310006

生育期及产量相关性状如株高、单株有效穗数、穗长、每穗实粒数、每穗总粒数和结实率等是水稻重要的农艺性状,发掘新的生育期及产量相关性状QTL,对克隆控制水稻产量性状新基因及利用分子聚合育种改良水稻产量性状具有重要意义。以两个... 详细信息

生育期及产量相关性状如株高、单株有效穗数、穗长、每穗实粒数、每穗总粒数和结实率等是水稻重要的农艺性状,发掘新的生育期及产量相关性状QTL,对克隆控制水稻产量性状新基因及利用分子聚合育种改良水稻产量性状具有重要意义。以两个在生育期及穗部性状上具有明显差异的亲本(BG1和XLJ)衍生的重组自交系群体为材料,在杭州(2011年)和海南(2012年)两个环境条件下,检测了影响水稻生育期及穗部相关性状的QTL,并对QTL上位性效应及与环境的互作进行了分析。共检测出影响生育期及产量相关性状的32个QTL,分布于第2、3、4、5、6、7和8染色体上,此外,分别检出5对双因子互作和5个QTL与环境互作。检测到的影响产量性状的QTL与前人研究结果相近的区间,其中效应较大、在不同环境下能被稳定检测到的QTL大都表现为成簇分布;重要产量性状QTL的上位性及与环境的互作效应均较小,说明基因间及基因与环境间的互作较小。

关键词：水稻重组自交系抽穗期穗部性状数量性状基因座

超级稻协优9308衍生群体根系与地上部重要农艺性状的相关性

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作物学报 2011年第10期37卷 1711-1723页

作者：梁永书占小登高志强林泽川沈希宏曹立勇程式华中国水稻研究所/水稻生物学国家重点实验室/国家水稻改良中心浙江杭州310006

利用超级稻协优9308重组自交系及其双回交群体,结合水面无土栽培技术和大田栽培,获得水稻地上部分蘖数、抽穗期和单株产量等10个性状和根长、总根长和根干重等7个根系性状数据,采用DPS统计软件分析XBR、RIL和ZHR群体这些性状相关性。结... 详细信息

利用超级稻协优9308重组自交系及其双回交群体,结合水面无土栽培技术和大田栽培,获得水稻地上部分蘖数、抽穗期和单株产量等10个性状和根长、总根长和根干重等7个根系性状数据,采用DPS统计软件分析XBR、RIL和ZHR群体这些性状相关性。结果表明,这些性状双亲间表现出显著或极显著的遗传差异,且在3个群体中都呈连续分布和双向超亲分离。根长分别与总根长、根表面积、根干重等5个性状呈极显著正相关,根直径与其他6个根系性状呈不显著相关。抽穗期、株高和单株产量等6个性状分别与根长、总根长和根干重等6个性状呈极显著正相关,但分蘖数、穗数、结实率、百粒重等4个性状与根系呈不显著相关,10个地上部农艺性状均与根直径呈不显著相关。这些结果为水稻根系遗传与育种提供了有价值的信息。本文还对利用地上部农艺性状与根系间相关性间接选择强根系超级稻的育种策略进行了探讨。

关键词：水稻根系地上部性状相关分析 XBR、RIL和ZHR群体