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Chromosome-scale assembly and evolution of the tetraploid Salvia splendens (Lamiaceae) genome

Horticulture Research 2021年第1期8卷 2721-2735页

作者： Kai-Hua Jia Hui liu Ren-Gang Zhang Jie Xu Shan-Shan Zhou Si-Qian Jiao Xue-mei Yan Xue-Chan Tian Tian-Le Shi Hang Luo Zhi-Chao li Yu-Tao Bao Shuai Nie Jing-Fang Guo Ilga Porth Yousry AEl-Kassaby Xiao-Ru Wang Charles Chen Yves Van de Peer Wei zhao Jian-Feng Mao beijing Advanced Innovation Center for Tree Breeding by Molecular Design National Engineering Laboratory for Tree BreedingKey Laboratory of Genetics and Breeding in Forest Trees and Ornamental PlantsMinistry of EducationCollege of Biological Sciences and TechnologyBeijing Forestry UniversityBeijing 100083China Ori(Shandong)Gene science and technology Co. LtdWeifang 261000 ShandongChina Department des sciences du Bois et de la Foret Facultede Foresteriede Geographie et GeomatiqueUniversite LavalQuebec CityQC G1V 0A6Canada Department of Forest and Conservation sciences Faculty of ForestryUniversity of British ColumbiaVancouverBC V6T 1Z4Canada Department of Ecology and Environmental science UmeåPlant Science CentreUmeåUniversitySE-90187 UmeåSweden Department of Biochemistry and Molecular Biology 246 Noble Research CenterOklahoma State UniversityStillwaterOKUSA Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics Ghent UniversityGhentBelgium VIB Center for Plant Systems Biology 9052 GhentBelgium Centre for Microbial Ecology and Genomics Department of BiochemistryGenetics and Microbiology GeneticsUniversity of PretoriaPrivate Bag X20Pretoria 0028South Africa college of Horticulture Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesNanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China

Polyploidization plays a key role in plant evolution,but the forces driving the fate of homoeologs in polyploid genomes,i.e.,paralogs resulting from a whole-genome duplication(WGD)event,remain to be ***,we present a chromosome-scale genome assembly of tetraploid scarlet sage(Salvia splendens),one of the most diverse ornamental *** found evidence for three WGD events following an older WGD event shared by most eudicots(theγevent).A comprehensive,spatiotemporal,genome-wide analysis of homoeologs from the most recent WGD unveiled expression asymmetries,which could be associated with genomic rearrangements,transposable element proximity discrepancies,coding sequence variation,selection pressure,and transcription factor binding site *** observed differences between homoeologs may reflect the first step toward sub-and/or *** assembly provides a powerful tool for understanding WGD and gene and genome evolution and is useful in developing functional genomics and genetic engineering strategies for scarlet sage and other Lamiaceae species.

关键词： species evolution assembly

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鸡快慢羽性状遗传学基础分析综合实验探索与实践

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遗传 2018年第3期40卷 250-256页

作者：张丽徐海冬冷奇颖刘艳芬赵志辉效梅吴江张权安立龙李辉广东海洋大学农学院湛江524088 不详

随着全国"卓越农林人才教育培养计划"的开展,我校动物科学专业设置了"卓越班",以突出培养学生的系统思维和创新创业能力为目标开展了系列教育教学管理和课程改革。为此,我们以"鸡快、慢羽性状"为实验对象,设计了"鸡快慢羽性状遗传学基... 详细信息

随着全国"卓越农林人才教育培养计划"的开展,我校动物科学专业设置了"卓越班",以突出培养学生的系统思维和创新创业能力为目标开展了系列教育教学管理和课程改革。为此,我们以"鸡快、慢羽性状"为实验对象,设计了"鸡快慢羽性状遗传学基础分析"综合实验,突出培养学生用理论知识解决生产实践问题的思维和能力。本文重点介绍了该实验作为动物遗传学实验教学案例的实施过程及效果,首先从鸡的表型观察逐步深入到遗传学基础分析,利用遗传学理论指导鸡快、慢羽品系培育的育种实践。实验内容涉及伴性遗传规律和性别决定机制等遗传学理论知识,同时还涉及基因组DNA提取、基因扩增、酶切及电泳分析等一系列分子遗传学的技术方法。不仅有利于学生综合分析能力和专业技能的掌握,还有助于培养学生对动物科学专业的科研兴趣和创新意识。此综合性实验还展现了用遗传学理论指导动物品种培育实践过程,符合动物科学专业复合应用型人才培养目标的要求,其中的教学理念和方法可推广应用于其他生物学实验教学。

关键词：动物遗传学快慢羽综合实验动物科学

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湖北三峡库区兴山县昆虫多样性调查与评估

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昆虫学报 2020年第12期63卷 1497-1507页

作者：郑晓旭肖能文赵慕华文栋何帅洁李雪梅杨凤连吴刚华中农业大学植物科技学院武汉430070 中国环境科学研究院生态研究所北京100012

【目的】湖北三峡库区兴山县特有的地理环境与气候条件造就了当地丰富的昆虫资源,本研究对湖北三峡库区特有区域兴山县的昆虫多样性开展调查,评估兴山县昆虫多样性的威胁因子,并提出兴山县昆虫多样性保护建议。【方法】通过GPS定位系统... 详细信息

【目的】湖北三峡库区兴山县特有的地理环境与气候条件造就了当地丰富的昆虫资源,本研究对湖北三峡库区特有区域兴山县的昆虫多样性开展调查,评估兴山县昆虫多样性的威胁因子,并提出兴山县昆虫多样性保护建议。【方法】通过GPS定位系统对调查区域进行网格和区域划分,将整个兴山县分为28个有效网格(长和宽各10 km),在2017年的昆虫发生期(6月中旬)、暴发期(8月中旬)和越冬期(10月中旬),采用样线踏查法对兴山县不同生境和不同海拔网格昆虫多样性进行调查和评估。【结果】2017年从湖北省兴山县共采集并鉴定出16个目136科612种昆虫,优势目分别是鳞翅目(Lepidoptera)(47.39%)、鞘翅目(Coleoptera)(22.88%)和半翅目(Hemiptera)(11.44%)。兴山县低海拔网格昆虫多样性指数和丰富度较低,而高海拔网格昆虫多样性指数和丰富度较高。黄柏坪(龙门河林场)的昆虫Shannon-Wiener多样性指数(H′)和Margalef丰富度指数(ds)最高。【结论】兴山县昆虫优势类群为鳞翅目、鞘翅目和半翅目,网格生境中林地及林地-灌木丛混合地更适合昆虫的栖息,植被丰富的高海拔生境(主要为林地、灌木丛)昆虫多样性指数显著高于生境组成单一的低海拔生境(主要为草地、草丛、菜园和果园)。兴山县昆虫多样性威胁因子主要包括栖息地的破坏、气候变化和滥用杀虫剂。基于兴山县昆虫多样性调查研究,建议将龙门河林场列为重点保护和研究对象。

关键词：昆虫物种多样性物种丰富度威胁因子自然保护三峡库区

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Haplotype-resolved genome assembly and allele- specific gene expression in cultivated ginger

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Horticulture Research 2021年第1期8卷 2531-2545页

作者： Shi-Ping Cheng Kai-Hua Jia Hui liu Ren-Gang Zhang Zhi-Chao li Shan-Shan Zhou Tian-Le Shi Ai-Chu Ma Cong-Wen Yu Chan Gao Guang-Lei Cao Wei zhao Shuai Nie Jing-Fang Guo Si-Qian Jiao Xue-Chan Tian Xue-mei Yan Yu-Tao Bao Quan-Zheng Yun Xin-Zhu Wang Ilga Porth Yousry AEl-Kassaby Xiao-Ru Wang Zhen li Yves Van de Peer Jian-Feng Mao Pingdingshan university Henan Province Key Laboratory of Germplasm Innovation and Utilization of Eco-economic Woody PlantPingdingshan 467000 HenanChina beijing Advanced Innovation Center for Tree Breeding by Molecular Design National Engineering Laboratory for Tree BreedingKey Laboratory of Genetics and Breeding in Forest Trees and Ornamental PlantsMinistry of EducationCollege of Biological Sciences and TechnologyBeijing Forestry UniversityBeijing 100083China Ori(Shandong)Gene science and technology Co. LtdWeifang 261000 ShandongChina Pingdingshan Academy of agricultural sciences Pingdingshan 467000 HenanChina Department of Ecology and Environmental science UPSCUmea UniversityUmeaSweden Departement des sciences du Bois et de la Foret Facultede Foresteriede Geographie et GéomatiqueUniversite Laval QuebecQuebecQC G1V 0A6Canada Department of Forest and Conservation sciences Faculty of ForestryUniversity of British ColumbiaVancouverBC V6T 1Z4Canada Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics Ghent UniversityGhentBelgium VIB Center for Plant Systems Biology 9052 GhentBelgium Centre for Microbial Ecology and Genomics Department of BiochemistryGenetics and Microbiology GeneticsUniversity of PretoriaPrivate Bag X20Pretoria 0028South Africa college of Horticulture Academy for Advanced Interdisciplinary StudiesNanjing Agricultural UniversityNanjing 210095China

Ginger(Zingiber officinale)is one of the most valued spice plants worldwide;it is prized for its culinary and folk medicinal applications and is therefore of high economic and cultural ***,we present a haplotype-resolved,chromosome-scale assembly for diploid ginger anchored to 11 pseudochromosome pairs with a total length of 3.1 *** structural variation was identified between haplotypes,and two inversions larger than 15Mb on chromosome 4 may be associated with ginger *** performed a comprehensive,spatiotemporal,genome-wide analysis of allelic expression patterns,revealing that most alleles are coordinately *** alleles that exhibited the largest differences in expression showed closer proximity to transposable elements,greater coding sequence divergence,more relaxed selection pressure,and more transcription factor binding site *** also predicted the transcription factors potentially regulating 6-gingerol *** allele-aware assembly provides a powerful platform for future functional genomics,molecular breeding,and genome editing in ginger.

关键词： resolved closer breeding

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利用微卫星分析康西草原马匹种群的遗传多样性和群体结构

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畜牧兽医学报 2022年第5期53卷 1431-1441页

作者：康周才让刘宇王敏李颖毕晓昆李媛媛凌遥赵春江中国农业大学动物科技学院北京100193 中国农业大学马研究中心北京100193

旨在揭示康西草原马匹的品种来源以及群体遗传结构。本研究采集了当地60匹健康状况良好、体重适中、3~6岁之间不区分公母马的血液样品,试验分为6个种群并以纯血马等4个国外马品种、1个我国地方马品种作为对照,通过设计引物并提取基因组... 详细信息

旨在揭示康西草原马匹的品种来源以及群体遗传结构。本研究采集了当地60匹健康状况良好、体重适中、3~6岁之间不区分公母马的血液样品,试验分为6个种群并以纯血马等4个国外马品种、1个我国地方马品种作为对照,通过设计引物并提取基因组DNA结合微卫星扩增法对染色体上12个微卫星位点的等位基因进行检测,并对各种群遗传多样性参数、群体分化指数、瓶颈效应以及群体结构进行分析。试验按照群体个数为依据分为6组,每组1个重复,每个重复以该组样本量为标准。分析6个种群马的遗传参数结果表明,其中共检测到221个等位基因,平均Shannon指数为1.691;有效等位基因数(Ne)为3.649~5.397;期望杂合度(He)为0.681~0.798;观测杂合度(Ho)为0.632~0.780;平均多态信息含量(PIC)为0.643~0.772。这些结果表明,6个群体都具有很高的遗传多样性。通过微卫星DNA位点的连锁不平衡及哈迪-温伯格平衡分析发现,大多数位点的P值都大于校正值(P=0.0065),表示较多位点都处于哈迪-温伯格及连锁平衡状态。各群体间群体分化系数(Fst)表明,群体间分化程度较低(Fst<0.15)。基于Nei’s遗传距离与地理距离之间Mantel相关性检验显示二者之间呈现正相关性(R=0.502),但未达到显著水平(P=0.310);各马匹种群瓶颈效应分析表明,P值极显著(P(IAM)<0.01)说明该地区的马群体受到过瓶颈效应的影响且该马群体历史上数量有大规模的减少。通过FCA因子分析、基于Nei’s标准遗传距离UPGMA树状图以及Structure贝叶斯聚类分析发现,该地区马种群与纯血马和温血马聚为一类,说明该种群最有可能主要来源于温血马和纯血马。这些结果揭示,康西草原地区马匹具有较高的遗传多样性,该地马群体的血统与纯血马和温血马相近,这为当地马遗传资源评估以及开发利用打下了坚实的基础。

关键词：康西草原马群体微卫星DNA标记群体结构遗传多样性品种来源

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静电纺丝技术在农药领域中的应用现状及发展前景

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农药学学报 2023年第2期25卷 267-281页

作者：上官文杰梅向东胡帅赵鹏跃曹冲李凤敏黄啟良徐洪亮曹立冬中国农业科学院植物保护研究所北京100193 黑龙江大学现代农业与生态环境学院哈尔滨150080 山东农业大学植物保护学院山东泰安271018

随着纳米技术的蓬勃发展,传统农药也被注入新的活力。静电纺丝是一种灵活高效、方便快捷的超细纤维加工及制造技术。近年来,这项技术基于静电纺丝微纳米纤维的功能化改性、药物缓控释、微量化合物吸附、清洁过滤等原理而被开发应用于农... 详细信息

随着纳米技术的蓬勃发展,传统农药也被注入新的活力。静电纺丝是一种灵活高效、方便快捷的超细纤维加工及制造技术。近年来,这项技术基于静电纺丝微纳米纤维的功能化改性、药物缓控释、微量化合物吸附、清洁过滤等原理而被开发应用于农药领域。本文综述了静电纺丝技术在农药领域中的应用现状,集中论述了其在农药递送载体、农药残留分析与检测、农药污染治理方面的研究进展,并且针对该项技术在发展过程中遇到的问题和可能面临的挑战进行了讨论,同时提出了建议,旨在为静电纺丝技术在农药领域中的开发及应用提供参考。

关键词：静电纺丝微纳米纤维农药剂型残留检测污染治理

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利用微卫星标记鉴定德州驴亲子关系

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中国畜牧兽医 2019年第7期46卷 2003-2011页

作者：王敏张新浩崔冉刘宇杨莉李海静赵春江中国农业大学动物科技学院北京100193 中国农业大学马研究中心北京100193 东阿阿胶股份有限公司国家胶类中药工程技术研究中心东阿252201

试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software... 详细信息

试验旨在建立一套适用于德州驴亲子关系的鉴定体系。选取13个微卫星基因座作为标记,采集了53头德州驴血液样本,其中子代驴驹16头,候选父本13头,候选母本24头,用酚-仿法抽提血液基因组进行PCR扩增和基因扫描,并利用Peak Scanner Software v1.0软件读取基因型分型结果。对微卫星基因座的遗传多样性进行分析,利用似然法(Cervus 3.0软件)和排除法对个体间的亲子关系进行了鉴定。结果显示,13个微卫星基因座的平均等位基因数、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为6.846、0.689、0.671和0.625。期望杂合度与观测杂合度之差在0.002~0.088之间,差值较小。13个微卫星基因座的累计排除概率(EP)达到0.990以上。微卫星基因座具有高度多态性和较高的排除概率,适用于遗传分析和个体鉴定。利用Cervus 3.0软件基于似然法分析得到了16头子代驴驹的最似亲本,结合排除法对这16头驴驹及其最似亲本进行基因型比对,最终在53头德州驴中确定了11个亲子对。本试验建立了以13个微卫星位点作为核心标记,将似然法和排除法相结合作为主要分析方法的德州驴亲子关系鉴定体系,为育种工作提供参考资料。

关键词：德州驴微卫星亲子鉴定

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木质素降解菌BYL-7的筛选及降解条件优化

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微生物学通报 2020年第12期47卷 4059-4071页

作者：李灵灵王敬红赵铎刘嘉乐申贵男袁媛高亚梅晏磊魏丹王伟东黑龙江省寒区环境微生物与农业废弃物资源化利用重点实验室黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院黑龙江大庆163319 北京市农林科学院植物营养与资源研究所北京100081

【背景】微生物降解木质素因其具有降解效率高和环保等特点而备受关注。【目的】筛选高效木质素降解真菌,并对其降解条件进行优化。【方法】通过愈创木酚-马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextroseagar,PDA)和苯胺蓝平板法筛选高效木质素降解菌... 详细信息

【背景】微生物降解木质素因其具有降解效率高和环保等特点而备受关注。【目的】筛选高效木质素降解真菌,并对其降解条件进行优化。【方法】通过愈创木酚-马铃薯葡萄糖琼脂(potato dextroseagar,PDA)和苯胺蓝平板法筛选高效木质素降解菌株,利用单因素筛选及响应面试验对培养条件进行优化。【结果】筛选到一株高效木质素降解菌BYL-7,经形态和多序列分析初步确定为Trametes versicolor。单因素试验证明初始pH、温度和接种量为降解木质素显著影响因子,响应面试验确定降解木质素最优条件为:初始pH 6.7,温度25°C,接种量8%。在此条件下,碱性木质素降解率为36.5%,比未优化前提高54.0%;水稻秸秆木质素、半纤维素和纤维素降解率分别为32.8%、21.5%、13.2%,其中木质素降解率比未优化前提高36.1%;漆酶活性在第6天达到峰值120.0 U/L,比未优化前提高25.0%;木质素过氧化物酶活性在第6天达到峰值1343.8U/L,比未优化前提高36.0%;锰过氧化物酶活性在第5天达到峰值463.8U/L,比未优化前提高31.7%。【结论】研究结果为木质素的降解提供了良好的菌种资源,同时也为后续木质素的研究积累了相关数据。

关键词：变色栓菌木质素筛选降解条件优化

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微细化苦荞全粉在面条加工中的应用

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食品与发酵工业 2018年第11期44卷 222-228页

作者：张玲赵国华曾志红张雪梅李雪梁叶星高飞虎张欢欢于卉重庆市农业科学院农产品贮藏加工研究所重庆401329 西南大学食品科学学院重庆400715 法国肖邦技术公司北京100000

以小麦面粉为对照,将经过微细化处理的苦荞全粉按10%～40%(质量分数)的比例添加到小麦面粉中加工面条,在不添加增筋剂、增稠剂等的条件下,混合粉中微细化苦荞全粉添加比例为10%(质量分数)时,加工面条品质最佳。研究采用Mixolab混合实验... 详细信息

以小麦面粉为对照,将经过微细化处理的苦荞全粉按10%～40%(质量分数)的比例添加到小麦面粉中加工面条,在不添加增筋剂、增稠剂等的条件下,混合粉中微细化苦荞全粉添加比例为10%(质量分数)时,加工面条品质最佳。研究采用Mixolab混合实验仪目标剖面图分析法、感官品质、质构分析等对微细化苦荞全粉加工面条品质进行判定。结果表明,Mixolab混合实验仪目标剖面图分析法可对面条粉的加工性能进行预判,对面制品的后续加工应用有较好的指导意义。

关键词：微细化苦荞全粉混合实验仪面条加工

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湿地生态系统土壤粘粒矿物组成特征研究

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矿物学报 2023年第1期43卷 137-144页

作者：李美佳张志丹王丽群赵旻爽崔彬彬张昊冯博晗郭聃高浪涛宋雨桐钟佳君吉林农业大学资源与环境学院吉林长春130118 中国科学院高能物理研究所北京同步辐射装置实验站北京100049

以吉林省7种不同类型土壤(沼泽土、草甸土、潜育黑土、潜育白浆土、水稻土、泥炭土、暗棕壤)为研究对象,在野外采样和室内分析的基础上,对湿地土壤质地及化学组成进行分析,研究土壤粘粒矿物组成特征,探讨其形成机理及演化规律。结果表明... 详细信息

以吉林省7种不同类型土壤(沼泽土、草甸土、潜育黑土、潜育白浆土、水稻土、泥炭土、暗棕壤)为研究对象,在野外采样和室内分析的基础上,对湿地土壤质地及化学组成进行分析,研究土壤粘粒矿物组成特征,探讨其形成机理及演化规律。结果表明:1)土壤质地类型均为壤质土;2)土壤化学组成以SiO_(2)、Al_(2)O_(3)和Fe_(2)O_(3)为主,且w(SiO_(2)+Al_(2)O_(3)+Fe_(2)O_(3))>80%;3)土壤硅铝率、硅铝铁率呈现出相同的趋势,潜育黑土>草甸土>泥炭土>暗棕壤>沼泽土>潜育白浆土>水稻土;4)草甸土、潜育白浆土的粘粒矿物组成以伊利石为主,其他土壤均以伊蒙混层为主;5)利用同步辐射装置对暗棕壤进行对比分析,鉴定出了常规光谱中未被识别的矿物(斜长石、伊/蛭混层)。同步辐射衍射光谱具有扫描辨识度强等多种优势,可以成为土壤粘粒矿物特性分析的有效技术。

关键词：湿地生态系统土壤质地粘粒矿物组成 X射线衍射光谱同步辐射衍射光谱

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