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Development of high-resolution multiple-SNP arrays for genetic analyses and molecular breeding through genotyping by target sequencing and liquid chip

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Plant Communications 2021年第6期2卷 12-26页

作者： Zifeng Guo Quannv Yang Feifei Huang Hongjian Zheng Zhiqin Sang Yanfen Xu Cong Zhang kunsheng wu Jiajun Tao Boddupalli MPrasanna Michael SOlsen Yunbo Wang Jianan Zhang Yunbi Xu Institute of Crop Science Chinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100081China School of Food Science and Engineering Foshan University/CIMMYT-China Tropical Maize Research CenterFoshan 528225GuangdongChina MolBreeding Biotechnology Co. Ltd.Shijiazhuang 050035China Crop Breeding and Cultivation Research Institute Shanghai Academy of Agricultural Sciences/CIMMYT-China Specialty Maize Research CenterShanghai 201403China Xinjiang Academy of Agricultural Reclamation Shihezi 832000XinjiangChina International Maize and Wheat Improvement Center(CIMMYT) El Batan Texcoco 56130Mexico CIMMYT(International Maize and Wheat Improvement Center) ICRAF CampusUnited Nations AvenueNairobiKenya National Foxtail Millet Improvement Center Minor Cereal Crops Laboratory of Hebei ProvinceInstitute of Millet CropsHebei Academy of Agriculture and Forestry SciencesShijiazhuang 050035China

Genotyping platforms,as critical supports for genomics,genetics,and molecular breeding,have been well implemented at national institutions/universities in developed countries and multinational seed companies that possess high-throughput,automatic,large-scale,and shared *** this study,we integrated an improved genotyping by target sequencing(GBTS)system with capture-in-solution(liquid chip)technology to develop a multiple single-nucleotide polymorphism(mSNP)approach in which mSNPs can be captured from a single *** one 40K maize mSNP panel,we developed three types of markers(40K mSNPs,251K SNPs,and 690K haplotypes),and generated multiple panels with various marker densities(1K–40K mSNPs)by sequencing at different *** genetic diversity analysis was performed with genic versus intergenic markers and di-allelic SNPs versus non-typical *** with the one-amplicon-one-SNP system,mSNPs and within-mSNP haplotypes are more powerful for genetic diversity detection,linkage disequilibrium decay analysis,and genome-wide association *** technologies,protocols,and application scenarios developed for maize in this study will serve as a model for the development of mSNP arrays and highly efficient GBTS systems in animals,plants,and microorganisms.

关键词： multiple single-nucleotide polymorphisms mSNPs genotyping by target sequencing GBTS multiplexing PCR sequence capture in-solution(liquid chip) linkage disequilibrium LD

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尿激酶溶栓再通后早期与择期PCI术治疗急性ST段抬高型心肌梗死的研究

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数理医药学杂志 2015年第10期28卷 1431-1433页

作者：吴坤生广东省佛山市顺德区中医院心内科佛山528300

目的：探讨尿激酶溶栓再通后早期与择期PCI术治疗急性ST段抬高型心肌梗死的研究.方法：选取某院心内科2013年1月~2014年5月收治的90例急性ST段抬高型心肌梗死患者作为研究对象,按随机分组法,将其分为对照组与干预组各45例.两组患者均给... 详细信息

目的：探讨尿激酶溶栓再通后早期与择期PCI术治疗急性ST段抬高型心肌梗死的研究.方法：选取某院心内科2013年1月~2014年5月收治的90例急性ST段抬高型心肌梗死患者作为研究对象,按随机分组法,将其分为对照组与干预组各45例.两组患者均给予尿激酶溶栓治疗,干预组溶栓再通后6h行PCI术,对照组溶栓再通后择期10d进行PCI术.通过观察患者住院期间主要心脏不良事件（MACE）的发生率,以及比较两组患者PCI术后1周及6个月的心功能恢复情况、6min步行距离.结果：（1）干预组患者的MACE总发生率低于对照组,差异具有统计学意义（P 〈0.05）;（2）PCI术后1周,两组患者的心功能情况及6min步行距离经比较,无统计学差异性（P 〉0.05）;PCI术后6月,干预组患者的心功能指标值（左室收缩末内径、舒张末内径、左室射血分数）及6min步行距离均优于对照组,差异具有统计学意义（P 〈0.01）.结论：急性ST段抬高型心肌梗死溶栓后早期行PCI术治疗,能有效改善患者术后心功能指标恢复,降低不良事件的发生率.

关键词：尿激酶经皮冠状动脉介入术急性心肌梗死心功能

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阿托伐他汀联合通心络胶囊治疗冠心病的疗效及安全性评价

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中国现代医生 2013年第20期51卷 50-51页

作者：吴坤生广东省佛山市顺德区中医院心内科广东佛山528300

目的探讨阿托伐他汀联合通心络胶囊治疗冠心病（coronary heart disease，CHD）的临床疗效及安全性。方法分析我院自2011年4月～2013年1月收治的冠心病患者113例，按照随机数字表法分成观察组58例和对照组55例。观察组给予阿托伐他汀和... 详细信息

目的探讨阿托伐他汀联合通心络胶囊治疗冠心病（coronary heart disease，CHD）的临床疗效及安全性。方法分析我院自2011年4月～2013年1月收治的冠心病患者113例，按照随机数字表法分成观察组58例和对照组55例。观察组给予阿托伐他汀和通心络联合治疗，对照组单独给予阿托伐他汀。两组均以3个月为一个疗程，比较治疗后两组临床疗效、血清总胆固醇（TC），血清甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白（LDL-C）、高密度脂蛋白（HDL-C）及不良反应情况。结果①对照组与观察组临床总有效率分别为63．6％（35／55）、81．0％（47／58）（x2=4．29，P〈0．05）。②对照组与观察组治疗后比较，在TC、TG,LDL—C水平比较，差异有统计学意义（P〈0．05），HDL—C水平比较，差异无统计学意义（P〉0．05）。③对照组与观察组胃肠道不良反应发生率5．4％（3／55）及8．6％（5／58）（X2=0．43，P〉0．05）。结论阿托伐他汀与通心络胶囊联合治疗CHD疗效确切，有效降低血脂水平，且安全性较好。

关键词：冠心病阿托伐他汀通心络胶囊安全性疗效

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瑞舒伐他汀对心肌梗死患者急诊冠脉介入治疗术后再狭窄的影响

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中国现代医生 2013年第26期51卷 62-63页

作者：吴坤生罗智敏广东省佛山市顺德区中医院心内科广东佛山528300 广东省佛山市中医院心血管内科广东佛山528000

目的探讨瑞舒伐他汀对心肌梗死（myocardialinfarction，MI）患者急诊冠脉介入术（percutaneousc（）ronaryintervention，PCI）后再狭窄的影响。方法分析两院自2011年1月-2013年3月收治的行急诊PCI的MI患者76例，按照随机数字表法分为... 详细信息

目的探讨瑞舒伐他汀对心肌梗死（myocardialinfarction，MI）患者急诊冠脉介入术（percutaneousc（）ronaryintervention，PCI）后再狭窄的影响。方法分析两院自2011年1月-2013年3月收治的行急诊PCI的MI患者76例，按照随机数字表法分为对照组36例，给予常规治疗，观察组40例，在常规治疗的基础上加用瑞舒伐他汀。比较两组术前、术后狭窄程度；低密度脂蛋白（LDL—C）、总胆同醇（TC）、C-反应蛋白（CRP）、肿瘤坏死因子（TNF）。结果①两组靶血管直径术后与术前比较，均有鼎著性改变（P〈0．01），术前、术后两组靶血管直径比较，无显著性差异（P〉0．05），两组术后与术前比较，靶血管狭窄程度，均有显著性改变（P〈0．05）。②两组治疗后与治疗前，LDL—C、TC、CRP、TNF水平比较具有显著性差异（P〈0．05）。两组治疗后比较LDL—C、TC、CRP、TNF水平，具有显著性差异（P〈0．05）。结论瑞舒伐他汀在防治PCI术后狭窄方面，具有一定的作用，且具有显著的降脂作用。

关键词：瑞舒伐他汀心肌梗死冠脉介入术再狭窄

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残差网络改进下的水果分类

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无线电通信技术 2023年第4期49卷 659-664页

作者：吴琨生朱明睿姚燕洁李航南宁师范大学计算机与信息工程学院广西南宁530100 南宁师范大学地理科学与规划学院广西南宁530100 广西民族大学人工智能学院广西南宁530006

广西地处次亚热带地区,丰盛的水果是其支柱产业之一,但是种类繁多的背后对于构建智能物流分销链有着很大的困难,其中的水果智能识别分类就是一个非常重要的问题。针对现有分类模型对水果分类效果不好的情况,在基于ResNet-50网络上提出一... 详细信息

广西地处次亚热带地区,丰盛的水果是其支柱产业之一,但是种类繁多的背后对于构建智能物流分销链有着很大的困难,其中的水果智能识别分类就是一个非常重要的问题。针对现有分类模型对水果分类效果不好的情况,在基于ResNet-50网络上提出一种ResNet-50MFC网络,通过实验证明,进行300次迭代后,与原模型相比准确率提升了3.9%。不仅于此,在实际数据集上也取得很好的效果,证明了该模型的有效性和实用性。

关键词： ResNet-50 水果分类 MFC

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冠心Ⅱ号方颗粒对冠脉支架植入术后患者血管内皮功能及预后的影响

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国际医药卫生导报 2023年第11期29卷 1560-1564页

作者：吴坤生钟玉娟潘惠京王玉林广州中医药大学顺德医院(佛山市顺德区中医院)心内科佛山528300

目的探讨冠心Ⅱ号方颗粒对冠脉支架植入术后患者血管内皮功能及预后的影响。方法选择2021年3月1日至2022年2月28日于广州中医药大学顺德医院行冠脉支架植入术的冠心病患者120例,按随机数字表法分组,各60例。对照组男32例,女28例,年龄(52... 详细信息

目的探讨冠心Ⅱ号方颗粒对冠脉支架植入术后患者血管内皮功能及预后的影响。方法选择2021年3月1日至2022年2月28日于广州中医药大学顺德医院行冠脉支架植入术的冠心病患者120例,按随机数字表法分组,各60例。对照组男32例,女28例,年龄(52.34±7.86)岁;研究组男35例,女25例,年龄(51.63±8.42)岁。对照组术后予常规西药治疗,研究组在对照组基础上加服冠心Ⅱ号方颗粒,持续治疗6个月。评价两组疗效及治疗前后中医证候积分、西雅图心绞痛量表(SAQ)评分、血流介导的肱动脉内皮依赖性舒张功能(FMD值)、血清核转录因子-κB(NF-κB)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-6(IL-6)、一氧化氮(NO)、内皮素-1(ET-1)水平变化。另两组均观察至术后6个月,记录支架内再狭窄(ISR)、主要不良心血管事件(MACE)发生率。统计学方法采用独立样本t检验、配对t检验、χ^(2)检验。结果两组比较,研究组总有效率高于对照组[91.67%(55/60)比73.33%(44/60)],差异有统计学意义(χ^(2)=6.984,P=0.008);治疗后两组SAQ评分及FMD值、血清NO水平均高于治疗前,中医证候积分及血清NF-κB、TNF-α、IL-6、ET-1水平均低于治疗前,且研究组改善均更明显(均P<0.05);术后6个月,研究组ISR发生率[1.67%(1/60)比13.33%(8/60)]、MACE发生率[5.00%(3/60)比16.67%(10/60)]均低于对照组(χ^(2)=4.324、4.227,P=0.038、0.040)。结论冠心Ⅱ号方颗粒用于冠脉支架植入术后疗效确切,能有效抑制炎症,改善血管内皮功能,缓解临床症状,降低术后MACE、ISR风险,从而改善预后。

关键词：冠脉支架植入术冠心病血管内皮功能预后冠心Ⅱ号方颗粒

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Vibration Reduction Performance of Damping-Enhanced Water-Lubricated Bearing Using Fluid-Saturated Perforated Slabs

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Chinese Journal of Mechanical Engineering 2020年第6期33卷 218-227页

作者： Yong Jin Jianjun Lu wu Ouyang Zhenglin Liu kunsheng Lao Ministry of Education Key Laboratory of High Performance Ship Technology(Wuhan University of Technology)Wuhan430063China School of Energy and Power Engineering Wuhan University of TechnologyWuhan430063China

As the first link element for the transmission of shaft vibration to the pedestal and even to the hull,water-lubricated bearing plays a key role in suppressing *** the porous structure is considered as one of the main methods for improving the wideband vibration and noise reduction performance of materials in many industrial fields,the studies in the field of water-lubricated bearing remain *** enhance vibration reduction performance,a fluid-saturated perforated slab is designed in this study,and via the establishment of a fluid-solid coupled vibration model,the influence law and impact levels were analyzed and verified by simulation and *** results obtained verified that the total vibration amplitude of damping-enhanced stern bearing in the vertical direction was smaller than that of the normal stern bearing,and the reduction amplitude of the characteristic frequency agreed with the optimal value at approximately 0.1 of the volume fraction of the liquid phase when the solid-fluid phase was rubber–***,the increase in fluid fraction did not enhance the damping effect,instead,it unexpectedly reduced the natural frequency of the raw material *** research indicates that the design of the fluid-saturated perforated slab is effective in reducing the transmission of the vibration amplitude from the shaft,and presents the best volume fraction of the liquid phase.

关键词： Water-lubricated stern bearing Fluid-saturated perforated slabs Fluid-salid coupled vibration model

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苹果果实角质层提取及分析方法的优化

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中国农学通报 2017年第16期33卷 53-58页

作者：陈剑婷吴坤胜周磊磊宋欢李沆曲桂芹中国农业大学食品科学与营养工程学院北京100083

苹果货架期失水是影响其品质的重要因素,而果实角质层又是水分散失的主要屏障,探讨苹果货架期角质层和果实失水率的相关性尤为重要,而对角质层组分的定性和定量测定,展开相关研究的前提。本研究本研究针对现有对苹果果实角质层提取和分... 详细信息

苹果货架期失水是影响其品质的重要因素,而果实角质层又是水分散失的主要屏障,探讨苹果货架期角质层和果实失水率的相关性尤为重要,而对角质层组分的定性和定量测定,展开相关研究的前提。本研究本研究针对现有对苹果果实角质层提取和分析的方法进行比较优化,为研究货架期苹果果实角质层的代谢变化及苹果果实采后综合减损措施的探求提供方法学基础。研究结果表明,利用氯仿溶液处理完整果实1 min、完整果实1 h、表皮圆片1 min、表皮圆片1 h,发现氯仿处理表皮圆片1 h所得蜡质含量最高,蜡质成分种类及占比,与其他三者无显著差异,是苹果果实蜡质提取的最优方法。在苹果果实角质分析方面,证明了目前普遍应用于番茄果实角质分析的MeOH-HCl试剂,对苹果果实角质的解聚具有稳定可靠的效果,苹果角质所得的单体产率可达92%左右。

关键词：苹果角质层提取

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Ultrafast isomerization dynamics of retinal in bacteriorhodopsin as revealed by femtosecond absorption spectroscopy

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Chinese Science Bulletin 2008年第13期53卷 1972-1977页

作者： wu YiShi ZHONG Sheng AI XiCheng HU kunsheng ZHANG JianPing Slate Key Laboratory for Structural Chemistry of Unstable and Stable Species Institute of Chemistry Chinese Academy of Sciences Beijing 100190 China Institute of Biophysics the Chinese Academy of Sciences Beijing 100101 China Department of Chemistry Renmin University of China Beijing 100872 China

A femtosecond (fs) broad-band absorption apparatus was used to measure the early photoisomeriza-tion process of bacteriorhodopsin’s (BR) photocycle to reveal the character of the important interme-diate of J625 and to obtain a deeper understanding of the role of photoisomerization in BR photocycle. Two time constants of 0.5 ps (95%) and 2.0 ps (5%) were brought out by global fitting on thirty curves in the near-infrared region. We suggest that the first time constant results from the decay of I460 interme-diate,and the longer component might be associated with BR isomer. The global analysis over 450,540,630,710 and 870 nm traces identified two time constants,～0.5 and～3 ps. The slower component can be extracted from the processes of both J625→BR568 (540 nm) and J625→K590 (630 nm),suggesting J-in-termediate takes a partial cis configuration. The obvious negative feature in early delay time of 700―780 nm regions was attributed to the radiative transition (stimulated emission) from the Franck-Condon active configuration along the isomerization potential surface of all-trans-retinal.

关键词：光致异构化受激发射球状配件噬菌调理素

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靶向测序基因型检测（GBTS）技术及其应用

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中国农业科学 2020年第15期53卷 2983-3004页

作者：徐云碧杨泉女郑洪建许彦芬桑志勤郭子锋彭海张丛蓝昊发王蕴波吴坤生陶家军张嘉楠中国农业科学院作物科学研究所佛山科学技术学院食品科学与工程学院/CIMMYT-中国热带玉米研究中心上海市农业科学院作物研究所/CIMMYT-中国特用玉米研究中心国际玉米小麦改良中心石家庄博瑞迪生物技术有限公司新疆农垦科学院作物研究所江汉大学

借助于分子标记进行基因型检测的技术在生物遗传改良等领域发挥着重要的作用。国际跨国种业公司凭借其高通量、自动化、大规模的共享检测平台,基因型检测技术得到广泛应用。随着从3G时代的高成本固相芯片和随机测序式基因型检测(genotyp... 详细信息

借助于分子标记进行基因型检测的技术在生物遗传改良等领域发挥着重要的作用。国际跨国种业公司凭借其高通量、自动化、大规模的共享检测平台,基因型检测技术得到广泛应用。随着从3G时代的高成本固相芯片和随机测序式基因型检测(genotyping by sequencing,GBS)发展到成本低、对检测平台要求较低、基于靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing,GBTS)的液相芯片,基因型检测技术完成了向4G时代的转变。在本文中首先介绍了两项最新的GBTS技术(基于多重PCR的GenoPlexs和基于液相探针捕获的GenoBaits)及其原理。同时,发展了可以在单个扩增子内检测多个SNP,称之为多聚单核苷酸多态性(multiple single-nucleotide-polymorphism cluster,mSNP或multiple dispersed nucleotide polymorphism,MNP)的技术,极大地提高了目标位点(扩增子)内变异的检测效率。与GBS和固相芯片相比,GBTS技术具有平台广适性、标记灵活性、检测高效性、信息可加性、支撑便捷性和应用广谱性。同一款标记集(例如玉米40K mSNP),可以获得3种不同的标记形式(40K mSNP、260K SNP和754K单倍型);并可以根据应用场景的需求,通过控制测序深度获得多种不同的标记密度(1—40K mSNP)。GenoPlexs和GenoBaits 2种技术相结合,可广泛应用于生物进化、遗传图谱构建、基因定位克隆、标记性状关联检测(全基因组关联分析——GWAS和混合样本分析——BSA)、后裔鉴定、基因渐渗、基因累加、品种权保护、品种质量监测、转基因成分/基因编辑/伴生生物检测等领域。目前,已经在20余种主要农作物、蔬菜以及部分动物和微生物中开发了GBTS标记50余套,并已广泛应用于上述领域。最后,展望了与未来GBTS应用相关的几个问题,包括便携式、自动化、高通量、智能化检测平台;根据用户需求定制的可变密度、多功能分子检测;GBTS与其他技术(KASP、高密度芯片、BSA策略等)的整合;基于资源共享的开源育种等。这些将推动GBTS技术在动物、植物和微生物遗传改良等领域的广泛应用。

关键词：靶向测序基因型检测(GBTS) 多重PCR 液相探针多聚单核苷酸多态性(mSNP) 多个分散型核苷酸多态性(MNP) 单倍型遗传改良开源育种

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