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Protein & Cell 2015年第3期6卷 221-224页

作者： kunlin zhang Suhua Chang Liyuan Guo Jing Wang Key Laboratory of Mental Health Institute of Psychology Chinese Academy of Sciences Beijing 100101 China.

Dear Editor, The standard data analysis of genome-wide association study （GWAS） is based on single SNP （single nucleotide polymorphism）, thus it ignores combined effect of modest SNPs/genes. To solve this problem, pathway-based analysis （PBA） has been introduced to GWAS data analysis. PBA aims to identify biological functions and mechanisms associated with complex trait （Wang et al., 2007; Wang et al., 2010）. By now it has been one of the key ways to interpret GWAS data （Wang et al., 2010）.

关键词：

Pathway-based analysis for genome-wide association studies of schizophrenia to provide new insight in schizophrenia study

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Chinese Science Bulletin 2011年第32期56卷 3398-3402页

作者： zhang kunlin zhang LiuYan zhang WeiNa WANG Jing Key Laboratory of Mental Health Institute of Psychology Chinese Academy of Sciences Beijing 100101 China Graduate University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China

Schizophrenia (SZ) is an inheritable complex mental disease. There have been several genome-wide association studies (GWASs) of SZ to identify novel genetic susceptibility factors. To further interpret SZ GWASs, pathway-based analysis (PBA), which considers the combined effect of variants and identifies pathways associated with traits, provides a feasible solution to discover the biological function and mechanism of SZ. Furthermore, to investigate the common pathways between SZ and bipolar disorder (BD) will help explore common mechanism between psychiatric phenotypes. We performed a PBA, called improved gene set enrichment analysis (i-GSEA), on 3 independent GWASs of SZ to identify pathways associated with SZ. The results were further compared to the BD-associated pathways identified by i-GSEA for 2 BD GWASs and from literature reports. Our analysis identified a highly statistically significant association between SZ and pathway 'substrate specific channel activity' in all 3 SZ GWASs (false discovery rate (FDR) < 0.05). This association has not been reported elsewhere before. This pathway was also identified by PBA for 2 independent BD GWASs. Our results suggest that pathway 'substrate specific channel activity' is statistically significantly associated with SZ, and SZ and BD share the common biological function and mechanism represented by this pathway.

关键词：精神分裂症全基因组关联基础通路遗传易感性生物学功能 PBA

Pathway-based analysis for genome-wide association study data of bipolar disorder provides new insights for genetic study

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Protein & Cell 2015年第12期6卷 912-915页

作者： Suhua Chang (1) Jinglu Wang (1) (2) kunlin zhang (1) Jing Wang (1) 1.Key Laboratory of Mental Health Institute of Psychology Chinese Academy of Sciences Beijing 100101 China 2.University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China

Bipolar disorder （BD） is an episodic recurrent pathological mood disturbance with estimated heritability ranging from 80%-85% （Barnett and Smoller, 2009）. Although many studies have indicated that BD is a polygenic disease influenced by many genes with small effect, the pathogenesis of BD is still not well understood. According to the catalog of published genome-wide association studies （GWAS）（Welter et al., 2014）, there have been 31 BD GWASs （including bipolar disorder related symptoms and combined GWAS with other related disorders）till 01/15/2015, including the largest BD GWAS from the Psychiatric Genomics Consortium （PGC）（Sklar et al., 2011）.

关键词： association provide analysis

Precision Medicine:What Challenges Are We Facing?

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2016年第5期14卷 253-261页

作者： Yu Xue Eric-Wubbo Lameijer Kai Ye kunlin zhang Suhua Chang Xiaoyue Wang Jianmin Wu Ge Gao Fangqing Zhao Jian Li Chunsheng Han Shuhua Xu Jingfa Xiao Xuerui Yang Xiaomin Ying Xuegong zhang Wei-Hua Chen Yun Liu zhang zhang Kun Huang Jun Yu MOE Key Lahoratory of Molecular Biophysics College of Life Science and Technology and the Collaborative Innovation Center for Brain ScienceHuazhong University of Science and TechnologyWuhan 430074China School of Electronic and Information Engineering.Xi'an Jiaotong University.Xi'an 710049 China CAS Key Laboratory of Mental Health Institute of PsychologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China State Key Laboratory of'Medical Molecular Biology Institute of Basic Medical SciencesChinese Academy of Medical SciencesPeking Union Medical CollegeBeijing 100005China MOE Beijing Key Laboratory of Carcinogenesis and Translatiooal ResearchCenter for Cancer BioinformaticsPeking University Cancer Hospital&InstituteBeijing 100142China Center for Bioinformatics State Key Laboratory of Protein and Plant Gene ResearchSchool of Life SciencesPeking UniversityBeijing 100871China Beijing Institutes of Life Science.Chinese Academy of Sciences Beijing 100101China MOE Key Lahoratory of Developnlental Genes and Human Disease Institute of Life SciencesSoutheast UniversityNanjing 210096China State Key Laboratory of Stem Cell and Reproductive Biology Institute of Zoology Chinese Academy of SciencesBeijing 100101China Max Planck Independent Research Group on Population Genomics CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology(PICB)Shanghai Institutes for Biological SciencesChinese Academy of SciencesShanghai 200031China CAS Ker Laboratory of Genome Sciences and Information Chinese Academy of Sciences.Beijing 100101China MOE Key Laboratory of Bioinformatics School of Life Sciences Center for Synthetic and Systems BiologyTsinghua UniversityBeijing 100084China Computational Omics Lahoratory Center of Computational BiologyBeijing Institute of Basic Medical SciencesBeijing 100850China Bioinformatics Division TNLIST and MOE Key Laboratory for Bioinformatics Department of AutomationTsinghua UniversityBeijing 100084China Department of Bioinformatics and Systems Biology College of LifeScience and Technol

Following the publication of the US National Research Council （N RC） report ＂ Toward PrecMon Medicine.＂ Building a Knowledge Network for Biomedical Research and a New Taxonomy of Diseases＂ in 2011 [1], several n... 详细信息

关键词： PMI Precision Medicine data We

基于双向流固耦合分析载瘤对颈动脉血管发展及影响

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医用生物力学 2024年第4期39卷 699-705页

作者：冉鹏张焜林李闽氚重庆邮电大学生物信息学院重庆400065

目的研究带有囊形瘤体的颈动脉血管在血液周期性流动过程中的力学特性和瘤体变化,探究囊形瘤体发展的具体机制以及瘤体对血液流动的影响。方法采用双向流固耦合方法对颈动脉血管内囊形瘤体和血液之间的相互作用进行有限元数值仿真研究... 详细信息

目的研究带有囊形瘤体的颈动脉血管在血液周期性流动过程中的力学特性和瘤体变化,探究囊形瘤体发展的具体机制以及瘤体对血液流动的影响。方法采用双向流固耦合方法对颈动脉血管内囊形瘤体和血液之间的相互作用进行有限元数值仿真研究。分析血管的形变、关键区域的血液速度和力学特性以及瘤体对血管的影响过程。结果在瘤体与血管的交界线上,瘤体呈现较大的形变,瘤体壁面压力低。瘤体对侧血管壁和血管分叉周围的三角区域壁面压力高,易于发生拉伸或破裂。瘤体内部血液速度明显低于正常血管,形成的漩涡使瘤体内部空间未能被充分利用。瘤体在脉动周期内所受的壁面剪切力一直较小,容易导致杂质沉积形成粥样硬化斑块。结论囊形瘤体会干扰血管内血液正常流动;囊形瘤体会促进镜像瘤体产生。研究结果为囊形瘤体的治疗和预防提供理论参考。通过了解囊形瘤体的力学特性和对血管的影响,医生可以更好地制定个性化的治疗方案,提高治疗效果。

关键词：囊形瘤体双向流固耦合血液流动载瘤颈动脉

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西藏云杉林人工更新与天然更新状况的比较研究

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东北林业大学学报 1999年第5期27卷 50-51页

作者：张昆林任青山西藏农牧学院西藏林芝860000

为了探索高山林区人工与天然更新在森林恢复过程中的各种机能，寻求有效技术措施，缩短森林恢复的时间，对西藏林芝地区林芝县色齐拉山森林采伐迹地上的云杉人工与天然更新成活率，生长状况进行了综合试验研究，为西藏大面积采伐尽快恢... 详细信息

为了探索高山林区人工与天然更新在森林恢复过程中的各种机能，寻求有效技术措施，缩短森林恢复的时间，对西藏林芝地区林芝县色齐拉山森林采伐迹地上的云杉人工与天然更新成活率，生长状况进行了综合试验研究，为西藏大面积采伐尽快恢复森林提供理论依据。

关键词：云杉人工更新天然更新西藏

基于分级分区计量的供水管网漏损预警系统应用

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给水排水 2020年第10期46卷 115-120页

作者：张坤林张强金盛张自力谢晋戈上海勘测设计研究院有限公司上海200335 河北建投水务投资有限公司石家庄050051 上海积成慧集信息技术有限公司上海200233 廊坊市清泉供水有限责任公司廊坊065000

以廊坊清泉供水公司为试点,结合实地情况划定分区,进行分级分区计量,建立管网水力模型,在系统中进行配置并实现漏损控制应用。实际效果表明,该系统在辅助漏损控制、爆管预警和定位等方面发挥良好的作用,提高了水司的精细化管理水平。

关键词：分级分区计量供水管网漏损预警

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依靠科技甩掉亏损帽子

城镇供水 2002年第2期 41-42页

作者：张坤林山东省胶南市自来水公司

山东省胶南自来水公司是一家公益性事业单位。近十年来,由于受原材料价格上涨,职工工资增幅大,工程建设投资增幅快,设施运行管理手段陈旧等诸多因素的影响,致使供水成本增幅较大。而由于水价是受政府调控,增长幅度小,因而造成水价倒挂,... 详细信息

山东省胶南自来水公司是一家公益性事业单位。近十年来,由于受原材料价格上涨,职工工资增幅大,工程建设投资增幅快,设施运行管理手段陈旧等诸多因素的影响,致使供水成本增幅较大。而由于水价是受政府调控,增长幅度小,因而造成水价倒挂,经营亏损,阻碍了供水事业的健康发展。1999年一季度,亏损达147.6万元,被列入国家重点脱困企

关键词：供水设施胶南市依靠自来水公司投资财政管理水厂加工厂建工学院高位水池暗漏

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浅谈线间距不够地段线路拨移施工方案

铁道建筑技术 2015年第S1期 238-241+247页

作者：张坤林中铁二十五局集团第三工程有限公司

衡茶吉铁路吉安南疏解线1-11 m钢筋混凝土框架桥于京九线K1684+927处下穿,顶进施工方案需采用D24施工便梁扣轨,因该地段既有线间距只有4.05 m,无法直接架设D24施工便梁,方案决定采用扣轨地段拨移京九下行线加宽线间距,使扣轨地段线间距... 详细信息

衡茶吉铁路吉安南疏解线1-11 m钢筋混凝土框架桥于京九线K1684+927处下穿,顶进施工方案需采用D24施工便梁扣轨,因该地段既有线间距只有4.05 m,无法直接架设D24施工便梁,方案决定采用扣轨地段拨移京九下行线加宽线间距,使扣轨地段线间距达到4.60 m,从而满足D24施工便梁扣轨线间距需大于4.51 m的条件,同时两端设S反向曲线过渡的线路拨移施工方案。本文详述了拨移方案设计、拨移施工方法及工艺、施工人员安排及安全措施等内容。

关键词：线间距不够拨移加宽 S反向曲线

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花岗岩RHT模型部分参数确定研究

材料导报 2024年第S2期38卷 282-287页

作者：李洪超张继王富旗刘轩泽梁瑞张智宇王凯王樨尧张坤麟昆明理工大学公共安全与应急管理学院昆明650093 昆明理工大学城市学院昆明650051 昆明理工大学国土资源工程学院昆明650093 中国市政工程西南设计研究总院有限公司成都610036 内蒙古瀚石矿山工程有限公司内蒙古锡林浩特026099

岩石RHT模型参数的确定对于简化材料参数计算及提高模拟精度具有重要意义。为准确获得花岗岩RHT模型参数B、g_(t)^(*)、ε_(0)^(c)、ε_(t)^(c)、ε^(c)、ε^(t)取值,本工作在证明借助LS-DYNA软件和采用RHT模型对SHPB冲击试验进行模拟... 详细信息

岩石RHT模型参数的确定对于简化材料参数计算及提高模拟精度具有重要意义。为准确获得花岗岩RHT模型参数B、g_(t)^(*)、ε_(0)^(c)、ε_(t)^(c)、ε^(c)、ε^(t)取值,本工作在证明借助LS-DYNA软件和采用RHT模型对SHPB冲击试验进行模拟为有效研究方法后,利用该方法设计正交模拟试验。以峰值应力为评价指标,通过多重共线性分析,证明参数B、g_(t)^(*)、ε_(0)^(c)、ε_(t)^(c)、ε^(c)、ε^(t)无交互作用。进而逐一改变以上6个参数取值,利用LS-DYNA软件模拟SHPB冲击试验,分析其取值变化对岩石破坏方式和形态以及应力-应变曲线等模拟结果的影响,并采用单因素变量法对相关参数进行敏感性定量分析。研究结果表明,峰值应力和应变率的偏移率小于3%,敏感度不大于0.21,参数B、g_(t)^(*)、ε_(0)^(c)、ε_(t)^(c)、ε^(c)、ε^(t)的取值变化对模拟结果影响较小。本工作还通过对比模拟侵彻深度与已发表文献中侵彻试验结果的误差,得到了花岗岩RHT模型参数B、g_(t)^(*)、ε_(0)^(c)、ε_(t)^(c)、ε^(c)、ε^(t)的最佳取值。

关键词： RHT模型 SHPB冲击试验 LS-DYNA软件敏感性分析参数确定弹体侵彻试验