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Profiling of circular RnA n^(6)-methyladenosine in moso bamboo(Phyllostachys edulis)using nanopore-based direct RnA sequencing

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Journal of Integrative Plant Biology 2020年第12期62卷 1823-1838页

作者： Yongsheng Wang Huihui Wang Feihu Xi Huiyuan Wang Ximei Han Wentao Wei Hangxiao Zhang Qianyue Zhang Yushan Zheng Qiang Zhu Markus V.Kohnen Anireddy S.n.Reddy Lianfeng Gu Basic Forestry and Proteomics Research Center College of life scienceFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002China Basic Forestry and Proteomics Research Center College of ForestryFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002China College of Forestry Fujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002China Department of Biology and Program in Cell and Molecular Biology Colorado State UniversityFort CollinsColoradoUSA

n6-methyladenosine(m^(6)A)is a prevalent modification in messenger RnAs and circular RnAs that play important roles in regulating various aspects of RnA ***,the occurrence of the m^(6)A modification in plant circular RnAs has not been reported.A widely used method to identify m^(6)A modifications relies on m^(6)A-specific antibodies followed by next-generation sequencing of precipitated RnAs(MeRIP-Seq).However,one limitation of MeRIP-Seq is that it does not provide the precise location of m^(6)A at single-nucleotide *** more recent sequencing techniques such as nanopore-based direct RnA sequencing(DRS)can overcome such limitations,the technology does not allow sequencing of circular RnAs,as these molecules lack a poly(A)***,we developed a novel method to detect the precise location of m^(6)A modifications in circular RnAs using nanopore *** first enriched our samples for circular RnAs,which we then fragmented and sequenced on the nanopore platform with a customized *** this method,we identified 470 unique circular RnAs from DRS reads based on the back-spliced junction *** exonic circular RnAs,about 10%contained m^(6)A sites,which mainly occurred around acceptor and donor splice *** study demonstrates the utility of our antibody-independent method in identifying total and methylated circular RnAs using nanopore *** method has the additional advantage of providing the exact location of m^(6)A sites at single-base resolution in circular RnAs or linear transcripts from non-coding RnA without poly(A)tails.

关键词： circular precise overcome

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Observation and modelling of stimulated Raman scattering driven by an optically smoothed laser beam in experimental conditions relevant for shock ignition

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High Power Laser Science and Engineering 2021年第4期9卷 160-178页

作者： G.Cristoforetti S.Hüller P.Koester L.Antonelli S.Atzeni F.Baffigi D.Batani C.Baird n.Booth M.Galimberti K.Glize A.Héron M.Khan P.Loiseau D.Mancelli M.notley P.Oliveira O.Renner M.Smid A.Schiavi G.Tran n.C.Woolsey L.A.Gizzi Intense Laser Irradiation Laboratory INO-CNRINO-CNR56124 PisaItaly Centre de Physique Théorique CPHT CNRSIP ParisEcole Polytechnique91128 PalaiseauFrance York Plasma Institute Department of PhysicsUniversity of YorkYork YO105DDUK Dipartimento SBAI Universitàdi Roma'La Sapienza'00161 RomaItaly Universitéde Bordeaux CNRSCEACELIA33405 TalenceFrance STFC Rutherford Appleton Lab Central Laser FacilityDidcot SN21SZUK Key Laboratory for Laser Plasmas(MOE) Shanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China CEA DAMDIF91297 ArpajonFrance UniversitéParis-Saclay CEALMCE91680 Bruyeres-le-ChatelFrance Institute of Physics ELI BeamlinesInstitute of Plasma PhysicsCzech Academy of Sciences18221 PragueCzech Republic Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf 01328 DresdenGermany

We report results and modelling of an experiment performed at the Target Area West Vulcan laser facility,aimed at investigating laser±plasma interaction in conditions that are of interest for the shock ignition scheme in inertial confinement fusion(ICF),that is,laser intensity higher than 10^(16) W/cm^(2) impinging on a hot(T>1 kev),inhomogeneous and long scalelength pre-formed *** show a significant stimulated Raman scattering(SRS)backscattering(;%-20%of laser energy)driven at low plasma densities and no signatures of two-plasmon decay(TPD)/SRS driven at the quarter critical density *** are satisfactorily reproduced by an analytical model accounting for the convective SRS growth in independent laser speckles,in conditions where the reflectivity is dominated by the contribution from the most intense speckles,where SRS becomes *** and kinetic simulations well reproduce the onset of SRS at low plasma densities in a regime strongly affected by non-linear Landau damping and by filamentation of the most intense laser *** absence of TPD/SRS at higher densities is explained by pump depletion and plasma smoothing driven by *** prevalence of laser coupling in the low-density profile justifies the low temperature measured for hot electrons(7-12 kev),which is well reproduced by numerical simulations.

关键词： plasma simulations shock ignition stimulated Raman scattering inertial confinement fusion laser-plasma interaction

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禽流感病毒H5n1血凝素蛋白的细胞膜上提纯和结晶

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中国医师杂志 2009年第5期11卷 584-586,590页

作者：谌资郑煜煌 Yipu Lin David J Stevens Steve A Wharton Patrick J collins Junfeng Liu Alan J Hay 中南大学湘雅二医院感染科湖南长沙410011 WHO Influenza Collaborating Centre National Institute for Medical Research NW7 1AA London UK Division of Virology and Molecular Biology National Institute for Medical Research NW7 1AA London UK

目的从细胞膜上提纯禽流感病毒H5n1的血凝素蛋白H51151F和H51151F＋A134V＋E186D，并使蛋白结晶。方法细胞内大量增殖重组牛痘病毒，去垢剂提取细胞膜中的HA蛋白，连续蔗糖密度梯度超速离心，Western印迹检测，菠萝蛋白酶等裂解HA，离... 详细信息

目的从细胞膜上提纯禽流感病毒H5n1的血凝素蛋白H51151F和H51151F＋A134V＋E186D，并使蛋白结晶。方法细胞内大量增殖重组牛痘病毒，去垢剂提取细胞膜中的HA蛋白，连续蔗糖密度梯度超速离心，Western印迹检测，菠萝蛋白酶等裂解HA，离子交换层析，SDS—PAGE电泳并染色检测蛋白纯度，坐滴气象扩散法结晶。结果从细胞膜中提取了高纯度的血凝素蛋白H51151F和H51151F＋A134V＋E186D，并得到了H51151F蛋白晶体。结论首次获得了禽流感病毒H5n1的I-IS1151F蛋白晶体，为进一步研究禽流感病毒人传人的可能性打下基础。

关键词：流感禽流感病毒A型鸟/分离和提纯血凝素糖蛋白类流感病毒/分离和提纯

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Phylogeography and morphometric variation in the Cinnamon Hummingbird complex:Amazilia rutila(Aves:Trochilidae)

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Avian Research 2021年第4期12卷 509-525页

作者： Melisa Vázquez-López nandadevi Córtes-Rodríguez Sahid M.Robles-Bello Alfredo Bueno-Hernández Luz E.Zamudio-Beltrán Kristen Ruegg Blanca E.Hernández-Baños Museo de Zoología Facultad de CienciasUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoApartado Postal04510 Mexico CityMexico Department of Biology Ithaca CollegeIthacaNY 14850USA Museo de Zoología Facultad de Estudios Superiores ZaragozaUniversidad Nacional Autónoma de MéxicoMexico CityMexico Department of Biology Colorado State UniversityFort CollinsCO 80523USA

Background:The Mesoamerican dominion is a biogeographic area of great interest due to its complex topography and distinctive climatic *** area has a large diversity of habitats,including tropical deciduous forests,which house a large number of endemic ***,we assess phylogeographic pattern,genetic and morphometric variation in the Cinnamon Hummingbird complex Amazilia rutila,which prefers habitats in this *** resident species is distributed along the Pacific coast from Sinaloa—including the Tres Marías Islands in Mexico to Costa Rica,and from the coastal plain of the Yucatán Peninsula of Mexico south to ***:We obtained genetic data from 85 samples of ***,using 4 different molecular markers(mtDnA:nD2,COI;nDnA:ODC,MUSK)on which we performed analyses of population structure(median-joining network,STRU CTU RE,FST,AMOVA),Bayesian and Maximum Likelihood phylogenetic analyses,and divergence time *** order to evaluate the historic suitability of environmental conditions,we constructed projection models using past scenarios(Pleistocene periods),and conducted Bayesian Skyline Plots(BSP)to visualize changes in population sizes over *** analyze morphometric variation,we took measurements of 5 morphological traits from 210 study *** tested for differences between sexes,differences among geographic groups(defined based on genetic results),and used PCA to examine the variation in multivariate ***:Using mtDnA,we recovered four main geographic groups:the Pacific coast,the Tres Marías Islands,the Chiapas region,and the Yucatán Peninsula together with Central *** same groups were recovered by the phylogenetic results based on the multilocus *** based on BSP results showed constant population size over time throughout the *** complex and within each geographic *** niche model projec-tions onto past scenarios revealed no drastic changes in suitable conditions,but revealed some

关键词： Amazilia rutila Genetic structure Genetic variation Phylogeography Tres Marías Islands Trochilidae Tropical deciduous forest

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第14章气候的辐射强迫:辐射强迫的概念、强迫机制及其量化和应用的历史演变

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气象科技进展 2019年第S1期9卷 217-236页

作者： V·拉马斯瓦米 W.collins J.HAYWOOD J.LEAn n.MAHOWALD G.MYHRE V.nAIK K.P.SHInE B.SODEn G.STEnCHIKOV T.STORELVMO 贾朋群(编译) 李婧华(编译) nOAA/GFDL 劳伦斯伯克利国家实验室/加州大学伯克利分校埃克塞特大学/英国气象局美国海军研究实验室康奈尔大学雷丁大学迈阿密大学沙特阿卜杜拉国王科技大学奥斯陆大学挪威国际气候和环境研究中心不详

我们描述地球气候"辐射强迫"(RF,见,例如,IPCC 1990)的概念化、公式化、量化、应用和使用的历史演变。短波和长波辐射的基本理论在19到20世纪发展起来,建立了确定和量化的自然和人为影响地球辐射能量平衡的扰动的分析框架。19世纪首次... 详细信息

我们描述地球气候"辐射强迫"(RF,见,例如,IPCC 1990)的概念化、公式化、量化、应用和使用的历史演变。短波和长波辐射的基本理论在19到20世纪发展起来,建立了确定和量化的自然和人为影响地球辐射能量平衡的扰动的分析框架。19世纪首次洞见到二氧化碳的变化会辐射强迫地球气候,并得到从1957年开始的大气气体浓度持续观测的经验支持。20世纪实验室和外场观测、仪器、计算技术、充分混合的温室气体和气候系统的数据和分析等的进步,使得RF的开发和形成体系成为可能,这使得RF在复杂程度增加的统计模式的帮助下,与全球平均海平面温度的变化联系到一起。这也反过来,在1990年前确立和牢固了RF是气候科学中的核心概念。与地表温度建立联系,被证明是RF概念最重要的应用,建立了评估不同机制的相对气候影响的简单指标。1970年代后期和1980年代,量化评估被加速开发,包括首次对二氧化碳加倍强迫的气候影响评估("查尼"报告),这一概念随后超越了充分混合的温室气体(WMGHG:二氧化碳、甲烷、一氧化二氮和卤化碳),拓展到宽泛的臭氧等短生命期要素的不同机制中。WMO和IPCC的国际评估开启了重要的系列周期性评估,量化自然(太阳辐射变化和火山喷发带来的平流层气溶胶)和不断增加的人为机制(WMGHG、臭氧、气溶胶、陆面改变、航迹云)强迫。从1990年代到现在,对作用于气候系统的辐射机制的知识和科学信度得到大幅提升。RF的概念基础也随着对辐射强迫气候变化方式的认识和强迫机制多样性的增加而演变,形成了当前以"有效辐射强迫"(ERF)作为实际辐射强迫的优先定义的情况,目的是更好地捕捉强迫与全球平均地表温度之间的联系。然而,ERF的使用,伴随其本身存在的问题,包括用气候模式对其诊断的挑战,应用于弱强迫和快速气候调节(快响应)与气候反馈之间的模糊不清;这必须在未来应用中进一步细化。全球气候模式模拟不同机制辐射扰动已经证实了强迫如何影响温度以外气候变量,例如降水。模式模拟的强迫-反馈联系,包括不同机制强迫空间分布的多样性,提供了在扰动能量平衡和引起气候变化方面机制有效性的实际展示。过去半个世纪的重要进步,在非常高的信度上确立了自工业化前时代以来的人类活动导致的全球平均ERF为正值(2013年IPCC评估给出最佳估计为2.3 W·m^-2,变化范围从1.1~3.3 W·m^-2;90%信度区间)。更进一步,排除了气候上有重要影响的火山喷发的直接后果后,净人类活动强迫超过自然辐射强迫机制而占主导。然而,人为净ERF存在的大量不确定性使得源自观测的气候敏感性估计和预测未来气候影响存在大的不确定性。ERF的不确定性,主要是由快速气候调节的表达、给出公认的工业化前大气状态的特征所面对的困难和气溶胶与云相互作用不完整认识等共同造成的。这种不确定性不利于气候适应量化未来减缓途径的评估。地球系统科学的一个巨大挑战,隐藏在持续维持辐射强迫概念最初设计时相对简单的构成的同时,改进强迫量化的过程中。这也反过来,需要准确、不断复杂化和全面的气候系统相关过程的解释。

关键词：地球气候平流层气溶胶气候敏感性一氧化二氮最佳估计大气状态计算技术加速开发

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