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Cis-regulatory change and expression divergence between duplicate genes formed by genome duplication of Arabidopsis thaliana

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Chinese Science Bulletin 2010年第22期55卷 2359-2365页

作者： chen kenian ZHANG YanBin TANG Tian SHI SuHua State Key Laboratory of Biocontrol School of Life Sciences Sun Yat-Sen (Zhongshan) University Guangzhou 510275 China Department of Biotechnology Guangzhou Medical College Guangzhou 510182 China College of Computer Science Hangzhou Dianzi University Hangzhou 310018 China

As an index of functional divergence, expression divergence between duplicate gene copies has been observed and correlated with protein coding sequence divergence and bias in gene functional classes. However, the changes in the cis-regulatory region of the duplicate genes which is thought to have important role in expression divergence, has not been explored on the genome-wide scale. We analyzed functional genomics data for a large number of duplicated gene pairs formed by ancient polyploidy events in Arabidopsis thaliana. The divergence in cis-regulatory regions between two copies is positively correlated with the magnitude difference of expression. Moreover, we find that highly expressed duplicate gene pairs have a more diverged cis-regulatory region than weakly expressed gene pairs. We also show that the correlation between expression functional constraint and protein functional constraint is different in old and young duplicate pairs. Our results suggest that cis-regulatory sequence divergence contributes to the expression divergence of duplicate genes formed by genome-wide duplication. Cis-regulatory region diverges faster in highly expressed duplicate pairs. The diversify selection strengths that act on cis-regulatory region and protein coding region are negatively correlated in young duplicate pairs under expression constraint.

关键词：全基因组拟南芥独联体分歧复形监管基因表达差异蛋白质编码区

Alternative splicing: An important mechanism in stem cell biology

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World Journal of Stem Cells 2015年第1期7卷 1-10页

作者： kenian chen Xiaojing Dai Jiaqian Wu The Vivian L Smith Department of Neurosurgery The Center for Stem Cell and Regenerative Medicine University of Texas Medical School at HoustonHouston TX 77030 United States

Alternative splicing(AS) is an essential mechanism in post-transcriptional regulation and leads to protein diversity. It has been shown that AS is prevalent in metazoan genomes, and the splicing pattern is dynamically regulated in different tissues and cell types, including embryonic stem cells. These observations suggest that AS may play critical roles in stem cell biology. Since embryonic stem cells and induced pluripotent stem cells have the ability to give rise to alltypes of cells and tissues, they hold the promise of future cell-based therapy. Many efforts have been devoted to understanding the mechanisms underlying stem cell selfrenewal and differentiation. However, most of the studies focused on the expression of a core set of transcription factors and regulatory RNAs. The role of AS in stem cell differentiation was not clear. Recent advances in highthroughput technologies have all owed the profiling of dynamic splicing patterns and cis-motifs that are responsible for AS at a genome-wide scale, and provided novel insights in a number of studies. In this review, we discuss some recent findings involving AS and stem cells. An emerging picture from these findings is that AS is integrated in the transcriptional and post-transcriptional networks and together they control pluripotency maintenance and differentiation of stem cells.

关键词： Alternative splicing Stem cell Pluripotency Differentiation Splicing factor

3.5Mt/a重油催化裂化装置烟气脱硫外排污水的COD控制

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化工技术与开发 2022年第5期51卷 67-69页

作者：陈闪鲁维轩陈克念王爱民范思廷中国石油广西石化分公司广西钦州535008

某炼厂3.5Mt·a^(-1)催化裂化装置是首次应用WGS的大型重油催化裂化装置,为满足《石油炼制工业污染物排放标准》要求,实现外排污水的COD达标排放,实施了氧化罐增高的技术改造,提高了氧化效果,实现了烟气脱硫外排污水COD的达标平稳控制。

关键词：催化裂化装置烟气脱硫 COD 控制

应用Aspen Hysys流程模拟实现气体分馏装置的提质增效

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化工技术与开发 2023年第11期52卷 96-100页

作者：蓝玉达吴章柱王宝鹏史光辉陈克念祁凯华中国石油广西石化公司广西钦州535008

采用AspenHysys流程模拟软件,搭建了60万t·a^(-1)气体分馏装置的三塔模型,以精确地模拟实际的生产工况。基于此模型,对压力、温度和进料板位置进行了模拟分析,提出了最佳操作条件:丙烯塔的进料位置改为第130层塔板,回流量降至458t·h^(... 详细信息

采用AspenHysys流程模拟软件,搭建了60万t·a^(-1)气体分馏装置的三塔模型,以精确地模拟实际的生产工况。基于此模型,对压力、温度和进料板位置进行了模拟分析,提出了最佳操作条件:丙烯塔的进料位置改为第130层塔板,回流量降至458t·h^(-1),进料温度和丙烯塔操作压力保持不变,可新增丙烯产量70kg·h^(-1)。同时,对脱丙烷塔进行了优化分析,在确保塔底C3含量≤0.7%(v/v)的前提下,回流量可降至65t·h^(-1)。通过降低塔顶回流量和回收高价值的丙烯产品,可实现经济效益人民币164.28万元·a-1。

关键词：流程模拟气体分馏装置丙烯经济效益

不同松树树种段木栽培茯苓产量对林分郁闭度的响应

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贵州农业科学 2024年第2期52卷 77-83页

作者：袁丛军令狐克念陈鸿艺刘忠保丁访军贵州省林业科学研究院西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室贵州贵阳550005 贵州雷公山森林生态系统国家定位观测研究站贵州贵阳550005

【目的】探明林分郁闭度和不同松树树种段木组合栽培对茯苓产量的影响,为提高茯苓栽培产量提供科学依据。【方法】以茯苓为研究对象,选择低、中、高3种郁闭度林分,分别采用湿地松、马尾松和火炬松3种松树段木栽培茯苓,考察松树不同松种... 详细信息

【目的】探明林分郁闭度和不同松树树种段木组合栽培对茯苓产量的影响,为提高茯苓栽培产量提供科学依据。【方法】以茯苓为研究对象,选择低、中、高3种郁闭度林分,分别采用湿地松、马尾松和火炬松3种松树段木栽培茯苓,考察松树不同松种与林分郁闭度组合处理茯苓菌核个数、单个鲜重和总鲜重,通过方差分析和多重比较筛选树种与林分郁闭度的最佳搭配方案。【结果】湿地松段木栽培茯苓水溶性多糖含量为0.49%,马尾松和火炬松段木栽培均为0.26%。湿地松和马尾松段木栽培,中郁闭度林分茯苓单个鲜重和总鲜重显著高于低郁闭度;火炬松段木栽培,高郁闭度林分茯苓总鲜重低于中郁闭度且显著低于低郁闭度。【结论】湿地松、马尾松和火炬松3种松树段木栽培的茯苓综合品质良好,其中,以湿地松段木栽培茯苓的可溶性多糖含量最高。3种郁闭度林分环境下最佳段木栽培搭配方式:低郁闭度林分+火炬松段木,中/高郁闭度林分+湿地松或马尾松段木。

关键词：茯苓郁闭度林分菌核产量马尾松湿地松火炬松

基于大感知域LSTM-Seq2Seq模型的代码缺陷检测方法

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中国民航大学学报 2023年第2期41卷 14-20,38页

作者：王鹏姚鑫鹏汪克念陈文琪陈曦中国民航大学安全科学与工程学院天津300300 中国民航大学中欧航空工程师学院天津300300 民航航空器适航审定技术重点实验室天津300300

针对现有基于深度神经网络的代码缺陷检测方法无法分析缺陷特征并输出相关评审建议的问题,提出一种基于大感知域LSTM-Seq2Seq模型的代码缺陷检测方法。首先,使用长短期记忆网络(LSTM,long short-term memory)学习缺陷代码的编码特征,建... 详细信息

针对现有基于深度神经网络的代码缺陷检测方法无法分析缺陷特征并输出相关评审建议的问题,提出一种基于大感知域LSTM-Seq2Seq模型的代码缺陷检测方法。首先,使用长短期记忆网络(LSTM,long short-term memory)学习缺陷代码的编码特征,建立缺陷判别模型。其次,针对模型与数据集不匹配的问题,向序列到序列模型(Seq2Seq,sequence to sequence)引入代码段长度系数,提升模型对代码评审任务的适用度;通过建立代码缺陷特征与评审建议特征间的映射关系建立了代码分析模型,实现评审输出功能。最后,利用公开数据集SARD对该方法进行了验证,该方法在准确率、召回率、F1值方面的测试结果分别为92.50%、87.20%、87.60%,典型代码缺陷输出的评审文本与专家评审的文本相似度为85.99%,可有效减少评审过程对专家经验的依赖。

关键词：缺陷检测代码评审长短期记忆网络(LSTM) 序列到序列模型(Seq2Seq)

马尾松林分郁闭度及种植材料对茯苓菌核产量的影响

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西部林业科学 2023年第3期52卷 95-100,108页

作者：令狐克念袁丛军王浩东陈鸿艺刘忠保汪沙戴晓勇丁访军贵州省林业科学研究院贵州贵阳550005 贵州大学林学院贵州贵阳550025

比较不同郁闭度和段木大小对茯苓产量的影响,研究茯苓栽培过程中适宜的郁闭度和段木大小。本文选择低、中和高郁闭度不同的林分环境种植茯苓,每种郁闭度下的段木分为短、中、长处理,每种长度下的段木分为小径级和中径级处理,统计收获茯... 详细信息

比较不同郁闭度和段木大小对茯苓产量的影响,研究茯苓栽培过程中适宜的郁闭度和段木大小。本文选择低、中和高郁闭度不同的林分环境种植茯苓,每种郁闭度下的段木分为短、中、长处理,每种长度下的段木分为小径级和中径级处理,统计收获茯苓菌核产量后进行方差分析和多重比较。结果显示:(1)相同段木条件下,中郁闭度提高总茯苓鲜重和单个茯苓鲜重,高郁闭度降低单个茯苓鲜重;当郁闭度一定时,总茯苓鲜重随径级和段木长增加而升高,其中增加段木径级能提高结苓个数;(2)郁闭度对茯苓产量的影响受段木大小显著影响,低郁闭度下,增加段木长度不影响茯苓产量,在长段木处理下增加径级会提高总茯苓鲜重;中郁闭度下,短、中段木促进总茯苓鲜重对中径级的积极响应,小径级促进长段木对总茯苓鲜重和单个茯苓鲜重的积极响应;高郁闭度下,中、长段木促进茯苓个数和总茯苓鲜重对中经级表现出积极响应,小、中径级促进中段木对总茯苓鲜重和单个茯苓鲜重积极响应。段木大小的最佳搭配方案为:低郁闭度+长段木+中径级段木,中郁闭度+短/中段木+中径级或中郁闭度+长段木+小径级,高郁闭度+中/长段木+中径级能提高茯苓菌核产量。独山县马尾松林种植的茯苓水溶性多糖含量较高,综合表现良好。

关键词：茯苓郁闭度段木茯苓菌核产量

ATP/ZnO纳米复合材料光催化降解直接耐酸枣红的动力学研究

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非金属矿 2010年第4期33卷 17-20页

作者：刘敏姚超李峰魏科年陈志刚常州大学化工学院常州213164 江苏省凹土工程技术研究中心盱眙211700

以纳米凹凸棒石为载体,利用化学沉淀法制备了ATP/ZnO纳米复合材料,通过TEM、BET比表面分析对纳米复合材料进行了表征。研究了复合材料对直接耐酸枣红的光催化降解性能。结果表明:当ATP/ZnO纳米复合材料用量为1.0g/L、直接耐酸枣红溶液... 详细信息

以纳米凹凸棒石为载体,利用化学沉淀法制备了ATP/ZnO纳米复合材料,通过TEM、BET比表面分析对纳米复合材料进行了表征。研究了复合材料对直接耐酸枣红的光催化降解性能。结果表明:当ATP/ZnO纳米复合材料用量为1.0g/L、直接耐酸枣红溶液初始浓度为0.01g/L、pH值为3时,光催化反应4h后,直接耐酸枣红的降解率达到93.34%,其光催化降解反应可用一级反应动力学方程进行描述。

关键词：凹凸棒石氧化锌光催化直接耐酸枣红动力学

贵州30个竹种枝叶化学计量和生物量分配特征

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贵州林业科技 2023年第3期51卷 6-13页

作者：陈骥越王浩东袁丛军令狐克念李鹤左碧贵州省林业基金管理站贵州贵阳550001 贵州省林业科学研究院贵州贵阳550005 贵州雷公山森林生态系统国家定位观测研究站贵州贵阳550005 七星关区拱拢坪国有林场贵州毕节551700

竹子具有较强的表型可塑性,母竹与其繁育出的新竹具有不同的生长策略。研究春、夏季新竹和母竹枝叶生态化学计量特征和生物量分配模式,对竹种栽培具有一定的指导意义。分别于春季(4月)和夏季(8月)对百里杜鹃竹博园内30个竹种新竹和母竹... 详细信息

竹子具有较强的表型可塑性,母竹与其繁育出的新竹具有不同的生长策略。研究春、夏季新竹和母竹枝叶生态化学计量特征和生物量分配模式,对竹种栽培具有一定的指导意义。分别于春季(4月)和夏季(8月)对百里杜鹃竹博园内30个竹种新竹和母竹的近2年生枝叶C、N、P、K含量及化学计量比、枝叶生物量和含水率进行研究。结果表明:在春季,相较于母竹,新竹叶片中N、K和N∶P含量显著增加,C∶N降低;新竹枝N、P、K含量显著增加,C、C∶N显著下降。夏季时期,相较于母竹,新竹叶片C∶P、N∶P显著增加,P含量显著下降;新竹枝C∶N、C∶P增加,N、P含量降低。母竹叶片中C与P呈负相关,C与C∶P和N∶P呈显著正相关,而新竹叶片C与其他元素无相关性;新竹枝、叶和母竹枝的N与P、K,P与K,C∶N与C∶P、N∶P,C∶P与N∶P呈不同程度正相关,N、P、K均与C∶N、C∶P和N∶P呈不同程度负相关。夏季新竹和母竹的枝、叶生物量均高于春季,夏季新竹枝叶生物量比率、枝叶含水率和母竹枝含水率显著高于春季,夏季母竹叶含水率显著小于春季含水率;在春季时,相较于母竹,新竹枝生物量、枝和叶含水率显著增加,叶生物量降低;而在夏季,叶生物量、枝叶生物量比显著降低。春季新竹生长期N、P、K主要用于枝叶生长而非固C,3种元素间存在协同关系,所以春季需满足新竹生长所需氮肥、磷肥和钾肥;夏季新竹会降低对N、P的吸收来提高C积累,夏季应减少N、P施加。新、母竹有不同的生物量分配策略:相较于母竹,新竹分配更多生物量给枝,更少的生物量到叶片,新竹枝叶含水率显著高于母竹。

关键词：竹生态化学计量含水量生物量养分限制