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羊口疮病毒安徽株VIR基因克隆与生物信息学分析

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中国微生态学杂志 2018年第12期30卷 1365-1370页

作者：杨侃侃俞赵荣张谦张高峰王元红张学琪鲁智敏刘自敏彭开松王勇李永东安徽农业大学动物科技学院安徽合肥230036 宁波市疾病预防控制中心浙江宁波315010

目的获取并分析ORFV AH-F10株VIR基因序列及预测其编码蛋白的生物信息学特点。方法利用实验室保存的羊口疮AH-F10株,设计VIR基因引物并进行PCR扩增、克隆及序列测定,同时利用生物信息学方法对其编码的蛋白的理化性质、二级结构、三级结... 详细信息

目的获取并分析ORFV AH-F10株VIR基因序列及预测其编码蛋白的生物信息学特点。方法利用实验室保存的羊口疮AH-F10株,设计VIR基因引物并进行PCR扩增、克隆及序列测定,同时利用生物信息学方法对其编码的蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域以及线性细胞表位进行预测。结果 AH-F10-VIR基因长552 bp,编码183个氨基酸,与Nantou株的VIR基因同源性最高,核苷酸同源性高达99.6%,氨基酸同源性为100.0%。生物信息学分析结果显示编码的蛋白相对分子量为19.88 kDa,等电点为4.83,为亲水性蛋白;α-螺旋、β-转角、无规则卷曲和延伸链分别占36.07%、3.83%、43.17%和16.94%;三级结构预测显示VIR蛋白存在较多的α-螺旋与无规则卷曲,同二级结构预测结果相符;含有17个磷酸化位点,无信号肽和跨膜结构区域,有15个潜在的B细胞优势表位,4个CTL细胞表位以及5个Th细胞表位。结论成功克隆了羊口疮安徽株VIR基因并预测了VIR蛋白的生物信息学相关信息,为进一步研究VIR蛋白奠定了基础。

关键词：羊口疮病毒 VIR基因克隆生物信息学分析

B族链球菌基质辅助激光解析电离飞行时间质谱蛋白指纹特征肽峰验证研究

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中华实验和临床感染病杂志（电子版） 2021年第3期15卷 209-215页

作者：陈光炼刘海英高坎坎关小珊钟华敏邓秋连谌亚星梁文怡蒋莹谢永强黄莲芬广州医科大学广州市妇女儿童医疗中心检验科广州市510120 广州医科大学儿科学院广州市511483

目的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析验证既往发现的B族链球菌(GBS)序列分型(ST)、血清型蛋白指纹特征肽峰及D试验阳性相关肽峰,为临床GBS快速分型和有效诊疗提供依据。方法选取2015年1月至2017年12月全国多中心新... 详细信息

目的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析验证既往发现的B族链球菌(GBS)序列分型(ST)、血清型蛋白指纹特征肽峰及D试验阳性相关肽峰,为临床GBS快速分型和有效诊疗提供依据。方法选取2015年1月至2017年12月全国多中心新生儿侵袭感染分离的237株GBS,均已知血清分型及多序列分型(MLST),运用Bruker微生物质谱仪采集菌体蛋白的肽指纹图谱,纸片扩散法分析菌株对红霉素和克林霉素耐药表型及红霉素诱导克林霉素的耐药发生率,用FlexAnalysis 3.0软件分析和验证特征肽峰。结果分子分型相关特征肽峰分析示,237株GBS均未见m/z 7 625肽峰,但48.3%ST17型菌株中(41/85)有m/z 7 620肽峰;所有ST1型菌株(2/2)均检出m/z 6 250肽峰且无m/z 6 888肽峰,即肽峰对(m/z 6 250+/6 888-),该峰对亦见于所有ST10菌株(31株)及ST2(2株)、ST4(1株)、ST156(1株)和ST579(1株)菌株。血清分型相关特征肽峰示,m/z 6 891在血清Ⅲ型(96.4%、133/138)和Ⅰb型(81.2%、56/69)常见,但在Ⅰa(90.5%、19/21)和Ⅴ型(87.5%、7/8)亦常见,故m/z 6 891肽峰无血清型特异性;m/z 7 620处小肽峰可见于29.7%Ⅲ型菌株(41/138),且均为ST17型,于其他血清型中偶见,包括Ⅴ型(12.5%、1/8)、Ⅰa型(9.5%、2/21)和Ⅰb(2.9%、2/69)。m/z 7620肽峰对Ⅲ/ST17型GBS判断的灵敏度和特异性分别可达48.2%和93.1%。D-试验阳性耐药相关特征峰,红霉素为中介或耐药,克林霉素敏感的菌株占33.76%(80/237),其中D-试验阳性占77.5%(62/80)。主要克隆亚型D试验阳性率从高到低依次为ST10/Ⅰb(100%、9/9)和ST12/Ⅰb或ST12/Ⅲ(100%、13/13)、ST17/Ⅲ(90%、27/30)、ST19/Ⅲ(40%、4/10)、ST23/Ⅰa(16.67%、1/6),ST10、ST12和ST17亚型D试验阳性率高达94.23%(49/52)。结论肽峰对(m/z 6 250+/6 888-)为ST1、ST10及少许罕见ST型GBS菌共有特征峰,m/z 6 891为不同血清型共有肽峰,而非Ⅲ/Ⅰb特异;m/z 7 620则为Ⅲ/ST17型菌特征肽峰,提示其可用于高毒力GBS的快速鉴定;100%ST10、ST12和90%ST17 D-试验阳性,其ST型特征肽峰可用于预测GBS D实验阳性。

关键词： B族链球菌基质辅助激光解析电离飞行时间质谱肽峰 D-试验

新生儿侵袭性感染B族链球菌的耐药表型及耐药机制

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中华实验和临床感染病杂志（电子版） 2018年第1期12卷 20-27页

作者：李娟高坎坎容莉莉关小珊邓秋连钟华敏龙燕高秀蓉张丽华穆小平袁春雷计文婧刘海英广州医科大学附属肿瘤医院检验科广州市510070 广州市妇女儿童医疗中心检验科广州市510623 东莞东华医院检验科东莞市523110 广东省妇幼保健院广州市511400 南方医科大学附属中山博爱医院中山市528403 西安交通大学药物院药事管理与临床药学系西安市710061

目的通过分析侵袭性感染新生儿的B族链球菌(GBS)临床分离株的耐药性和耐药基因型,为新生儿GBS感染的防治和抗菌药物的合理应用提供理论依据。方法收集2013年1月至2016年6月就诊于广东省4家医院GBS侵袭性感染<90 d新生儿病例。使用VITEK-... 详细信息

目的通过分析侵袭性感染新生儿的B族链球菌(GBS)临床分离株的耐药性和耐药基因型,为新生儿GBS感染的防治和抗菌药物的合理应用提供理论依据。方法收集2013年1月至2016年6月就诊于广东省4家医院GBS侵袭性感染<90 d新生儿病例。使用VITEK-2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析系统对GBS分离株进行鉴定和抗菌药物最小抑菌浓度(MIC)测定;应用PCR方法进行红霉素和四环素耐药基因检测。结果确诊新生儿GBS侵袭性感染93例,其中34例(36.6%)早发型,59例(63.4%)晚发型。93株GBS分离株药物敏感试验结果显示,GBS对青霉素类、头孢菌素类、利奈唑胺和万古霉素均100%敏感;对左氧氟沙星、氧氟沙星和阿奇霉素的耐药率较低,分别为8.6%、2.2%和1.1%。对红霉素、克林霉素和四环素的耐药率高,分别为60.2%、78.5%和93.5%;耐药表型以固有表型(c MLSB)为主,占53.9%,其次为L表型(26.3%)、诱导表型(i MLSB)(15.8%)和M表型(3.9%)。56株红霉素耐药菌株erm B基因的携带率为85.7%,2株(3.6%)耐药菌株同时携带erm B和mef A基因,均未检出erm A。87株四环素耐药菌株中,四环素耐药基因tet O和tet M携带率分别为74.7%和46%,其中25株同时携带tet O和tet M,均未检出tet L和tet K基因。结论青霉素和氨苄西林仍是治疗新生儿侵袭性GBS感染及高危新生儿预防GBS感染的首选药物。广东地区GBS红霉素耐药机制以erm B基因介导的核糖体靶位改变为主,四环素耐药机制以tet O和tet M基因为主。

关键词：新生儿 B族链球菌微生物敏感性试验耐药基因