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Accurate prediction of pan-cancer types using machine learning with minimal number of DNA methylation sites

Journal of Molecular Cell Biology 2023年第4期15卷 17-29页

作者： Wei Ning Tao Wu Chenxu Wu Shixiang Wang Ziyu Tao Guangshuai Wang Xiangyu Zhao kaixuan diao Jinyu Wang Jing Chen Fuxiang Chen Xue-Song Liu School of Life Science and Technology ShanghaiTech UniversityShanghai 201203China Shanghai Institute of Biochemistry and Cell Biology Center for Excellence in Molecular Cell ScienceChinese Academy of SciencesShanghai 200031China University of Chinese Academy of Sciences Chinese Academy of SciencesBeijing 100049China Department of Clinical Immunology Ninth People's HospitalShanghai Jiao Tong University School of MedicineShanghai 200011China

DNA methylation analysis has been applied to determine the primary site of cancer;however, robust and accurate prediction of cancer types with a minimum number of sites is still a significant scientific challenge. To build an accurate and robust cancer type prediction tool with a minimum number of DNA methylation sites, we internally benchmarked different DNA methylation site selection and ranking procedures, as well as different classification models. We used The Cancer Genome Atlas dataset (26 cancer types with 8296 samples) to train and test models and used an independent dataset (17 cancer types with 2738 samples) for model validation. A deep neural network model using a combined feature selection procedure (named MethyDeep) can predict 26 cancer types using 30 methylation sites with superior performance compared with the known methods for both primary and metastatic cancers in independent validation datasets. In conclusion, MethyDeep is an accurate and robust cancer type predictor with the minimum number of DNA methylation sites;it could help the cost-effective clarification of cancer of unknown primary patients and the liquid biopsy-based early screening of cancers.

关键词： DNA methylation MethyDeep cancer type prediction deep neural network(DNN) machine learning

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多楔带轮旋压工艺参数优化研究

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机床与液压 2024年第1期52卷 190-195页

作者：李卫民杨瀚文张凯璇付松松刁家宇辽宁工业大学机械工程与自动化学院辽宁锦州121001

针对多楔带轮旋压过程中成形质量较差和旋轮寿命较低的问题,以东安513型发动机多楔带轮为研究对象,基于Deform平台对冷轧钢板08Al多楔带轮成形过程进行数值仿真,通过筛选旋压工艺参数,确定设计变量,并分析主轴转速、旋轮进给速度和旋轮... 详细信息

针对多楔带轮旋压过程中成形质量较差和旋轮寿命较低的问题,以东安513型发动机多楔带轮为研究对象,基于Deform平台对冷轧钢板08Al多楔带轮成形过程进行数值仿真,通过筛选旋压工艺参数,确定设计变量,并分析主轴转速、旋轮进给速度和旋轮半径对毛坯等效应力、旋轮成形载荷的影响;基于Design-Expert软件对旋压过程的各设计变量以多目标遗传优化算法进行优化设计,并通过试验验证了有限元仿真的可靠性。经过优化后,成形后的带轮等效应力减少了39 MPa,旋轮所受成形载荷减小了10.64%。

关键词：多楔带轮旋压工艺参数成形载荷多目标优化

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汽车排气管V形金属密封环设计与优化

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润滑与密封 2023年第7期48卷 159-166,220页

作者：李卫民张凯璇杨瀚文刁家宇辽宁工业大学机械工程与自动化学院辽宁锦州121001

针对汽车排气管密封问题,设计一种适合汽车排气系统密封的V形金属密封环。该密封环采用平面接触、小接触压力方式,在满足密封要求的同时避免了较大的预紧力;在波谷处采用圆弧过渡,降低了密封环的整体刚度,侧边倾斜一定角度以增大密封环... 详细信息

针对汽车排气管密封问题,设计一种适合汽车排气系统密封的V形金属密封环。该密封环采用平面接触、小接触压力方式,在满足密封要求的同时避免了较大的预紧力;在波谷处采用圆弧过渡,降低了密封环的整体刚度,侧边倾斜一定角度以增大密封环的回弹性能。利用ANSYS Workbench软件对V形金属密封环常温预紧和高温工况下的密封性能进行分析,在保证密封强度要求下确定安装时合适的轴向压缩量;分析密封环结构参数对密封性能的影响,发现壁厚、环宽、波谷半径、接触圆半径、开口角度对密封性能影响较大。基于Design-Expert软件对密封环结构参数进行多目标优化,从而降低了密封环最大等效应力,提高了最大接触压力,减小了密封环质量,并通过相关实验验证有限元模型的可靠性。

关键词：汽车排气管 V形金属密封环轴向压缩量密封性能结构优化

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Ion Ampliseq HID Y-SNP Research Panel V1试剂盒的法医学验证

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刑事技术 2023年第6期48卷 602-609页

作者：蔡信王凯旋缪路朱久亮刁中杰吴静徐伟淮南市公安局刑侦支队安徽淮南232000 安徽宏健瑞齐生物科技有限公司合肥230031

为了测试Ion Ampliseq HID Y-SNP Research Panel V1试剂盒的技术性能指标,评估其法医学应用价值,本研究从测序表现、重复性和灵敏度等方面对该试剂盒进行测试,并采用该试剂盒对一个家系中44份遗传关系清晰但存在Y-STR突变的样本进行检... 详细信息

为了测试Ion Ampliseq HID Y-SNP Research Panel V1试剂盒的技术性能指标,评估其法医学应用价值,本研究从测序表现、重复性和灵敏度等方面对该试剂盒进行测试,并采用该试剂盒对一个家系中44份遗传关系清晰但存在Y-STR突变的样本进行检测。测序结果表明,每轮测序均产生了不低于1.97 Gb的数据,序列比中率超过99%,平均有845个(98.37%)Y-SNP位点可用于后续分析,测序结果可靠。标准品DNA 9948的分型准确,结果一致,重复性好,灵敏度可低至100 pg。所有检测的家系样本均可获得高分辨率的一致性Y-SNP单倍群。综上,Ion Ampliseq HID Y-SNP Research Panel V1试剂盒的测序质量优良,灵敏度高,重复性好,可作为家系排查的补充手段之一。

关键词：法医遗传学家系排查单倍群 Y染色体单核苷酸多态性二代测序

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我国杂粮种质资源创新研究:现状与展望

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植物学报 2023年第1期58卷 6-21页

作者：武晶汤沙王红霞常金华刘长友张凯旋刘永辉王彦楠韩渊怀刁现民中国农业科学院作物科学研究所北京100081 中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所上海200032 河北农业大学保定071001 河北省农林科学院粮油作物研究所石家庄050035 山西农业大学太原030031

该文系统综述了我国杂粮种质资源保存、鉴定评价、创新利用、基因资源挖掘研究现状,以及基础研究存在的问题和挑战,并提出杂粮研究的重点和发展方向。

关键词：杂粮种质资源基因

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猕猴桃磷肥总量控制试验分析

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耕作与栽培 2022年第3期42卷 83-85页

作者：陈开富刁艳梅高翔汪丰琴王凯旋吴道明贵阳市土肥站贵州贵阳550081 修文县土肥站贵州修文550200 贵阳市乌当区土肥站贵州贵阳550018

为了指导贵阳市猕猴桃磷肥的科学合理施用,减少过量施肥对水体富营养化的影响,采用田间试验方法,开展猕猴桃磷肥总量控制试验。试验设置4个磷肥投入水平,研究各处理对猕猴桃品质和产量的影响。结果表明,施磷能使猕猴桃树势得到明显改善... 详细信息

为了指导贵阳市猕猴桃磷肥的科学合理施用,减少过量施肥对水体富营养化的影响,采用田间试验方法,开展猕猴桃磷肥总量控制试验。试验设置4个磷肥投入水平,研究各处理对猕猴桃品质和产量的影响。结果表明,施磷能使猕猴桃树势得到明显改善,新梢抽生多且粗壮,处理2猕猴挑的品质最优,Vc含量为547 mg/kg,可溶性固形物含量为15.8%,可溶性糖含量为12.47%,糖酸比为11.21,产量为1 031.1 kg,与产量最高的处理1相比,差异不显著,但比处理1每667 m^(2)减少磷肥(纯量)用量1.6 kg,通过测算,可减少消耗0.764 8 kg标煤,减排1.907 kg的二氧化碳和0.520 kg碳。

关键词：猕猴桃磷肥总量控制

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