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Analysis of tandem repeats in the genome of chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis

chinese Science Bulletin 2005年第14期50卷 1462-1469页

作者： kong jie1 & gao huan2.3.1. key laboratory for sustainable utilization of marine fisheries re- sources, ministry of agriculture, yellow sea fisheris research insti- tute,{3., qingdao 2.6071, China 2. institute of Oceanology, chinese academy of sciences, qingdao 2.6071, China 3. The Graduate School of the chinese academy of sciences, Beijing 10003., China key laboratory for sustainable {3. of {3. fisheries resources Ministry of Agriculture Yellow Sea Fisheris Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences Qingdao China institute of Oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao China The Graduate School of the chinese academy of sciences Beijing China

Through random sequencing, we found a total of 884000 base-pairs (bp) of random genomic sequences in the genome of chinese shrimp (Fenneropenaeus chinensis). Using bio-soft Tandem repeat Finder (TRF) software, 2159 tandem repeats were found, in which there were 1714 mi- crosatellites and 445 minisatellites, accounting for 79.4% and 20.6% of repeat sequences, respectively. The cumulative length of repeat sequences was found to be 116685 bp, ac- counting for 13.2% of the total DNA sequence; the cumula- tive length of microsatellites occupied 9.78% of the total DNA sequence, and that of minisatellites occupied 3.42%. In decreasing order, the 20 most abundant repeat sequence classes were as follows: AT (557), AC (471), AG (274), AAT (92), A (56), AAG (28), ATC (27), ATAG (27), AGG (18), ACT (15), C (11), AAC (11), ACAT (11), CAGA (10), AGAA (9), AGGG (7), CAAA (7), CGCA (6), ATAA (6), AGAGAA (6). Dinucleotide repeats, not only in the aspect of the number, but also in cumulative length, were the preponderant repeat type. There were few classes and low copy numbers of repeat units of the pentanucleotide repeat type, which included only three classes: AGAGA, GAGGC and AAAGA. The classes and copy numbers of heptanucleotide, eleven-nucleotide and thirteen-nucleotide primer-number-composed repeats were distinctly less than that of repeat types beside them.

关键词：虾遗传特性遗传基因 DNA

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日本囊对虾基因组小卫星的特征分析

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水产学报 2007年第2期31卷 137-144页

作者：栾生孔杰王清印高焕王伟继张庆文中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室山东青岛2.6071

为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3.3.5个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小... 详细信息

为了分析日本囊对虾基因组中小微星序列的分布特征并开发小卫星标记,构建了日本囊对虾随机基因组文库,对其中片段长度为400-1 000bp的3.3.5个克隆测序,共获得总长度为1 606 711bp的DNA序列。在序列拼接后的2 815个克隆中,筛选到487个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的3.97%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(8.62%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.826,P1)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广(3.1-47.6),其次是10bp(2.5-44),再次是12bp(2.2-28)。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复单位(13.45),3.bp(9.3.)和7bp(9.28)。小卫星序列重复单位的拷贝数分布范围2-48,集中分布在2-3.,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。小卫星序列中,AT含量大于50%的序列占66%小卫星AT含量与相应的序列数目不相关(R=0.063.P3.,P1),小卫星序列的产生与其两端侧翼序列的碱基组成可能存在一定的关系。

关键词：日本囊对虾串联重复序列小卫星重复单位拷贝数

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Establishment of microsatellite-based triplex PCR for parentage analysis of chinese shrimp Fenneropenaeus chinensis

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Acta Oceanologica Sinica 2007年第2期26卷 65-74页

作者： gao huan kong {3. HU Ping MENG Xianhong LUAN Sheng ZHANG Tianshi Jiangsu key laboratory of marine Biotechnology Huaihai Institute of Technology Lianyungang 222005 China key laboratory for sustainable {3. of {3. fisheries resources of ministry of agriculture Yellow Sea Fisheries Research Institute Chinese Academy of Fishery Sciences Qingdao 266071 China

Through exploring the microsatellite primers from the random genome sequences of chinese shrimp （Fenneropenaeus chinensis）, some microsatellite primers were obtained with rich polymorphic genetic information, and a triplex PCR was established using three primers （RS1101, RS0683.and H081 primers）. By adjusting the final concentration of Mg^2＋, dNTP and primers, and using a touch-town PCR program, the optimum amplification parameters of PCR system were obtained, which could successfully amplify the three primers in a PCR reaction. In the denatured PAGE gel, the amplified DNA fragments of three primers RS1 101,RS0683.and H081 could be easily identified each other. For the triplex PCR system, the PPE （probabilities of paternity exclusion） is 0.967 9,and the DP （discrimination power） is 0.999 *** the triplex PCR to test ten individuals of a parentage and their parents, an individual was excluded from the parentage in all of the three microsatellite loci, which might be mixed into the parentage for some unknown reason such as factitious misplay. The triplex PCR will be of great practical value in identifying the parentages of F. chinensis.

关键词： multiplex PCR touch-down PCR microsatellite parentage analysis Fenneropenaeus chinensis

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中国明对虾BMP-7基因的克隆及表达模式分析

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水产科学 2023年第3期42卷 347-356页

作者：高娜卢霞闫允君孔杰孟宪红李旭鹏隋娟陈宝龙曹宝祥高焕栾生江苏海洋大学海洋科学与水产学院江苏省海洋生物技术重点试验室江苏连云港222005 中国水产科学研究院黄海水产研究所农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室山东青岛266071 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室山东青岛266071 中国科学院烟台海岸带研究所沿海生物资源高效利用研究开发中心山东烟台264003

为探明转化生长因子-β (TGF-β)超蛋白家族的成员之一骨形态发生蛋白7 (BMP-7)基因在中国明对虾肌肉发生和生长过程中的表达模式,通过cDNA末端快速扩增技术得到了中国明对虾BMP-7基因(FcBMP-7基因)2003.bp的全长cDNA,包含466 bp的5′... 详细信息

为探明转化生长因子-β (TGF-β)超蛋白家族的成员之一骨形态发生蛋白7 (BMP-7)基因在中国明对虾肌肉发生和生长过程中的表达模式,通过cDNA末端快速扩增技术得到了中国明对虾BMP-7基因(FcBMP-7基因)2003.bp的全长cDNA,包含466 bp的5′非翻译区和295 bp的3.非翻译区,1242 bp的开放阅读框共编码413.氨基酸。利用实时荧光定量PCR技术分析FcBMP-7基因在中国明对虾幼体原肠期、无节幼体期、溞状幼体期、糠虾幼体期、仔虾期5个不同发育时期肌肉组织中的表达规律,结果显示,该基因在幼体发育的各时期均有表达,原肠期表达量最低,从无节幼体期开始表达量显著增加(P3.95±0.08) g和(1.55±0.12) g]的8种组织中的表达模式,结果显示,FcBMP-7基因具有组织表达广泛性,且两组间的大部分组织的表达量均存在显著差异(P<0.05)。试验结果表明,FcBMP-7基因可能作为调节因子参与了中国明对虾幼体肌肉发生和幼虾肌肉生长过程,研究结果可为进一步解析中国明对虾肌肉发生发育的分子机制提供重要的理论资料。

关键词：中国明对虾 BMP-7基因克隆表达模式

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